More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4580 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_4580  YD repeat protein  100 
 
 		 1401 aa  2907    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.315308  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6418  YD repeat-containing protein  61.21 
 
 		 1368 aa  1602    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0100911  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00285  RhsD protein  29.3 
 
 		 1428 aa  397  1e-109  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0673678  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05538  RHS Repeat family  29.5 
 
 		 1579 aa  399  1e-109  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0425564  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0248  YD repeat protein  28.5 
 
 		 1434 aa  393  1e-107  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2806  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  26.22 
 
 		 1552 aa  352  3e-95  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1171  rhsD protein  26.14 
 
 		 1543 aa  351  7e-95  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  28.68 
 
 		 1547 aa  340  9.999999999999999e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  28.55 
 
 		 1520 aa  333  2e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  28.83 
 
 		 1527 aa  332  3e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0698  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  26.32 
 
 		 1492 aa  329  3e-88  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.632091  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08820  Rhs family protein  27.59 
 
 		 1485 aa  327  1e-87  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0271193  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2104  rhsD protein  26.04 
 
 		 1593 aa  326  2e-87  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0967057  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  29.02 
 
 		 1550 aa  325  3e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0766  YD repeat-containing protein  26.21 
 
 		 1466 aa  323  9.999999999999999e-87  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.668703  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  28.77 
 
 		 1551 aa  322  3e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1422  YD repeat-containing protein  26.34 
 
 		 1197 aa  316  1.9999999999999998e-84  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.645858  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0267  rhsD protein  25.45 
 
 		 1539 aa  298  5e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  27.43 
 
 		 1560 aa  295  4e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2951  RhsD protein  25.53 
 
 		 1539 aa  295  5e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3344  PAAR  28.22 
 
 		 1494 aa  283  2e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0030504  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5023  YD repeat-containing protein  28.22 
 
 		 1494 aa  283  2e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00366927  normal  0.185239 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32860  Rhs family protein  26.08 
 
 		 1259 aa  282  3e-74  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.390343  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  25.06 
 
 		 1576 aa  281  4e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05482  putative RHS-related transmembrane protein  27.37 
 
 		 1517 aa  281  5e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.489685  normal  0.876645 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5261  YD repeat-containing protein  27.49 
 
 		 1487 aa  275  5.000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.792751 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2434  RHS protein  25.67 
 
 		 1348 aa  275  6e-72  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  27.94 
 
 		 1614 aa  273  2e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2563  YD repeat-containing protein  26.61 
 
 		 1611 aa  273  2e-71  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2330  RHS protein  24.81 
 
 		 1573 aa  271  5e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.361613 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  26.8 
 
 		 1572 aa  271  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0572  YD repeat protein  26.05 
 
 		 1509 aa  268  5e-70  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.442069  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  26.15 
 
 		 1609 aa  264  8.999999999999999e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4544  YD repeat protein  26.26 
 
 		 1488 aa  264  1e-68  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0377133  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3481  YD repeat-containing protein  25.76 
 
 		 1586 aa  262  3e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.130925  normal  0.269624 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8640  YD repeat protein  26.19 
 
 		 1518 aa  259  2e-67  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.357358  normal  0.924086 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4951  YD repeat-containing protein  27.63 
 
 		 1495 aa  259  2e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.746977 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4797  rhs-related transmembrane protein, YD repeat protein  25.95 
 
 		 1626 aa  260  2e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3178  type VI secretion system Vgr family protein  26.6 
 
 		 1981 aa  259  3e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.568675 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6958  YD repeat protein  26.22 
 
 		 1495 aa  258  6e-67  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0165328  normal  0.66981 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0341  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  25.18 
 
 		 1527 aa  257  1.0000000000000001e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1826  Rhs family protein  27.02 
 
 		 1429 aa  256  2.0000000000000002e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831768  normal  0.546607 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4111  Rhs family protein-like protein  26.89 
 
 		 989 aa  256  2.0000000000000002e-66  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.217652  normal  0.0101653 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0648  Rhs family protein  26.06 
 
 		 1446 aa  254  8.000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000723582  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2081  YD repeat protein  26.06 
 
 		 1528 aa  254  8.000000000000001e-66  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.359432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  25.16 
 
 		 1595 aa  251  8e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  25.63 
 
 		 1586 aa  251  9e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0410  YD repeat-containing protein  26.14 
 
 		 1189 aa  248  6.999999999999999e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3788  YD repeat-containing protein  25.15 
 
 		 1554 aa  247  9.999999999999999e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0253716  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8635  YD repeat protein  24.52 
 
 		 1489 aa  246  3e-63  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128218  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2813  YD repeat protein  26.26 
 
 		 1673 aa  242  2.9999999999999997e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6210  RHS protein  25.72 
 
 		 1421 aa  243  2.9999999999999997e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0158165  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3108  rhs-related protein  25.06 
 
 		 1385 aa  241  9e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.93941 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  25.04 
 
 		 1400 aa  241  9e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3881  YD repeat-containing protein  25.34 
 
 		 1386 aa  240  1e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2818  YD repeat protein  25.88 
 
 		 1679 aa  239  4e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3233  YD repeat protein  25.25 
 
 		 1639 aa  238  5.0000000000000005e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.471244  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3480  YD repeat-containing protein  26.61 
 
 		 1620 aa  238  7e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.219558 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4426  Rhs family protein  25 
 
 		 1362 aa  235  4.0000000000000004e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.479042 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3519  YD repeat protein  24.14 
 
 		 1508 aa  232  4e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0534715  normal  0.146276 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4986  YD repeat-containing protein  25.13 
 
 		 1409 aa  231  5e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8624  YD repeat protein  23.91 
 
 		 1528 aa  226  2e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.165231  normal  0.776649 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0420  YD repeat protein  24.74 
 
 		 1475 aa  227  2e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1504  YD repeat protein  24.31 
 
 		 1457 aa  223  1.9999999999999999e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  25 
 
 		 1411 aa  223  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0347  YD repeat protein  24.56 
 
 		 1379 aa  223  1.9999999999999999e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1160  YD repeat protein  24.5 
 
 		 1423 aa  222  3.9999999999999997e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00301652  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0321  Rhs family protein  24.68 
 
 		 1359 aa  219  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.73436  hitchhiker  0.000636537 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0650  YD repeat protein  25.61 
 
 		 1422 aa  216  1.9999999999999998e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.614814  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00283  RhsD protein  30.72 
 
 		 613 aa  215  4.9999999999999996e-54  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.333499  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0330  RHS/YD repeat-containing protein  25.08 
 
 		 1402 aa  214  7.999999999999999e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.581458  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0403  YD repeat-containing protein  25.34 
 
 		 1390 aa  214  1e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0333  RHS/YD repeat-containing protein  25.06 
 
 		 1418 aa  213  2e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1609  YD repeat protein  24.02 
 
 		 1447 aa  213  2e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1403  substrate-binding repeat-containing protein  22.88 
 
 		 1541 aa  209  3e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3692  RHS/YD repeat-containing protein  22.95 
 
 		 1419 aa  205  6e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.333413  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0509  YD repeat-containing protein  22.59 
 
 		 1541 aa  204  7e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0575036  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1059  YD repeat-containing protein  22.59 
 
 		 1541 aa  204  7e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0238  YD repeat-containing protein  22.59 
 
 		 1541 aa  204  7e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.691901  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2647  YD repeat-containing protein  28.81 
 
 		 934 aa  204  9e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.217872  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2570  YD repeat-containing protein  26.03 
 
 		 1565 aa  204  9.999999999999999e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.332337  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2577  YD repeat-containing protein  26.03 
 
 		 1565 aa  204  9.999999999999999e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.328115  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2508  YD repeat-containing protein  23.76 
 
 		 1699 aa  203  1.9999999999999998e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0105853  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2568  YD repeat protein  25.43 
 
 		 931 aa  203  1.9999999999999998e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1266  YD repeat-containing protein  22.59 
 
 		 1381 aa  203  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6085  YD repeat-containing protein  25.8 
 
 		 1410 aa  203  1.9999999999999998e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.232268  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2570  YD repeat-containing protein  22.71 
 
 		 1541 aa  203  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  25.99 
 
 		 1352 aa  202  3.9999999999999996e-50  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2694  YD repeat protein  24.09 
 
 		 1428 aa  202  5e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00194911  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0331  Rhs family protein  24.22 
 
 		 1568 aa  201  6e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1322  substrate-binding repeat-containing protein  22.71 
 
 		 1541 aa  201  6e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0051  YD repeat protein  23.73 
 
 		 1437 aa  199  3e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2870  YD repeat protein  23.8 
 
 		 2144 aa  196  3e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003490  Rhs family protein  22.81 
 
 		 1384 aa  194  1e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1434  YD repeat-containing protein  23.69 
 
 		 1553 aa  192  4e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.16383  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2355  YD repeat-containing protein  23.1 
 
 		 1494 aa  190  1e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1283  YD repeat-containing protein  23.59 
 
 		 1531 aa  189  4e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.950777 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4805  YD repeat-containing protein  24.44 
 
 		 1229 aa  188  8e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.739306  normal  0.809733 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29400  hypothetical protein  25 
 
 		 1317 aa  186  3e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2740  YD repeat-containing protein  23.24 
 
 		 1602 aa  186  4.0000000000000006e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>