More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_2870 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_32860  Rhs family protein  45.64 
 
 
1259 aa  743    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.390343  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4544  YD repeat protein  44.64 
 
 
1488 aa  644    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0377133  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1422  YD repeat-containing protein  44.3 
 
 
1197 aa  728    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.645858  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08820  Rhs family protein  44.38 
 
 
1485 aa  721    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0271193  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0572  YD repeat protein  46.95 
 
 
1509 aa  726    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.442069  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2870  YD repeat protein  100 
 
 
2144 aa  4246    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3519  YD repeat protein  38.04 
 
 
1508 aa  558  1e-157  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0534715  normal  0.146276 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2081  YD repeat protein  38.82 
 
 
1528 aa  534  1e-150  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.359432  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8640  YD repeat protein  38.11 
 
 
1518 aa  531  1e-149  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.357358  normal  0.924086 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6958  YD repeat protein  38.44 
 
 
1495 aa  517  1.0000000000000001e-145  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0165328  normal  0.66981 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8624  YD repeat protein  36.64 
 
 
1528 aa  514  1e-144  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.165231  normal  0.776649 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8635  YD repeat protein  34.32 
 
 
1489 aa  454  1e-125  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128218  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0341  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  29.42 
 
 
1527 aa  330  2.0000000000000001e-88  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0410  YD repeat-containing protein  29.5 
 
 
1189 aa  311  5.9999999999999995e-83  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3344  PAAR  31.1 
 
 
1494 aa  292  5.0000000000000004e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0030504  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5023  YD repeat-containing protein  31.1 
 
 
1494 aa  292  5.0000000000000004e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00366927  normal  0.185239 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2813  YD repeat protein  29.12 
 
 
1673 aa  286  3.0000000000000004e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2818  YD repeat protein  29.02 
 
 
1679 aa  284  1e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2508  YD repeat-containing protein  25.88 
 
 
1699 aa  283  2e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0105853  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3079  YD repeat-containing protein  28.69 
 
 
1505 aa  279  3e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00723203  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3233  YD repeat protein  26.94 
 
 
1639 aa  278  1.0000000000000001e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.471244  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05538  RHS Repeat family  29.03 
 
 
1579 aa  276  3e-72  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0425564  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00285  RhsD protein  29.03 
 
 
1428 aa  276  3e-72  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0673678  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5261  YD repeat-containing protein  30.02 
 
 
1487 aa  276  4.0000000000000004e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.792751 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0509  YD repeat-containing protein  27.95 
 
 
1541 aa  275  5.000000000000001e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0575036  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0238  YD repeat-containing protein  27.95 
 
 
1541 aa  275  5.000000000000001e-72  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.691901  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1059  YD repeat-containing protein  27.95 
 
 
1541 aa  275  5.000000000000001e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4951  YD repeat-containing protein  30.91 
 
 
1495 aa  275  6e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.746977 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2570  YD repeat-containing protein  27.95 
 
 
1541 aa  273  2.9999999999999997e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1322  substrate-binding repeat-containing protein  27.95 
 
 
1541 aa  272  4e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1403  substrate-binding repeat-containing protein  27.84 
 
 
1541 aa  272  5e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1266  YD repeat-containing protein  27.95 
 
 
1381 aa  271  8e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0647  RHS Repeat family protein  28.19 
 
 
1616 aa  270  2e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1434  YD repeat-containing protein  27.82 
 
 
1553 aa  270  2e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.16383  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0585  YD repeat-containing protein  28.32 
 
 
1600 aa  270  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05482  putative RHS-related transmembrane protein  30.61 
 
 
1517 aa  270  2.9999999999999995e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.489685  normal  0.876645 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0248  YD repeat protein  28.75 
 
 
1434 aa  267  1e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0267  rhsD protein  30.32 
 
 
1539 aa  268  1e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1171  rhsD protein  28.81 
 
 
1543 aa  266  2e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2806  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  28.25 
 
 
1552 aa  265  6.999999999999999e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0420  YD repeat protein  27.31 
 
 
1475 aa  261  9e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0650  YD repeat protein  27.92 
 
 
1422 aa  259  5e-67  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.614814  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1160  YD repeat protein  27.63 
 
 
1423 aa  255  7e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00301652  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1609  YD repeat protein  27.7 
 
 
1447 aa  254  1e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  28.69 
 
 
1550 aa  251  1e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  27.95 
 
 
1547 aa  249  4e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0051  YD repeat protein  27.27 
 
 
1437 aa  249  4e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1504  YD repeat protein  27.39 
 
 
1457 aa  248  6.999999999999999e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2951  RhsD protein  29.53 
 
 
1539 aa  247  1.9999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2104  rhsD protein  26.7 
 
 
1593 aa  247  1.9999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0967057  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  27.61 
 
 
1520 aa  246  3e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2694  YD repeat protein  26.45 
 
 
1428 aa  245  6e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00194911  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  27.16 
 
 
1411 aa  241  8e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  27.95 
 
 
1527 aa  239  4e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3788  YD repeat-containing protein  28.1 
 
 
1554 aa  238  8e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0253716  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  28.03 
 
 
1551 aa  237  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3481  YD repeat-containing protein  27.68 
 
 
1586 aa  236  3e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.130925  normal  0.269624 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3881  YD repeat-containing protein  26.35 
 
 
1386 aa  235  8.000000000000001e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0698  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  26.04 
 
 
1492 aa  233  4e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.632091  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  27.3 
 
 
1614 aa  231  1e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  26.42 
 
 
1576 aa  229  4e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0766  YD repeat-containing protein  26.2 
 
 
1466 aa  229  5.0000000000000005e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.668703  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  26.46 
 
 
1572 aa  228  8e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1283  YD repeat-containing protein  28.15 
 
 
1531 aa  226  4.9999999999999996e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.950777 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00283  RhsD protein  31.97 
 
 
613 aa  223  1.9999999999999999e-56  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.333499  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  28.22 
 
 
1560 aa  220  2.9999999999999998e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  28.72 
 
 
1609 aa  217  1.9999999999999998e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2563  YD repeat-containing protein  26.54 
 
 
1611 aa  217  1.9999999999999998e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0331  Rhs family protein  27.84 
 
 
1568 aa  215  9e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2434  RHS protein  27.52 
 
 
1348 aa  215  1e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0346  YD repeat-containing protein  24.69 
 
 
2035 aa  214  1e-53  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  26.64 
 
 
1586 aa  214  2e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  26.83 
 
 
1595 aa  213  4e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0012  YD repeat protein  25.99 
 
 
3027 aa  212  6e-53  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3108  rhs-related protein  25.7 
 
 
1385 aa  211  1e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.93941 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4805  YD repeat-containing protein  26.06 
 
 
1229 aa  211  1e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.739306  normal  0.809733 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2330  RHS protein  28.18 
 
 
1573 aa  211  1e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.361613 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  24.39 
 
 
2096 aa  210  3e-52  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2570  YD repeat-containing protein  26.83 
 
 
1565 aa  207  2e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.332337  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2577  YD repeat-containing protein  26.83 
 
 
1565 aa  207  2e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.328115  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  25.7 
 
 
1400 aa  206  3e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1472  YD repeat-containing protein  26.63 
 
 
1600 aa  206  4e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.059879  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4986  YD repeat-containing protein  25.05 
 
 
1409 aa  203  3e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  23.43 
 
 
2277 aa  203  3e-50  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3480  YD repeat-containing protein  26.98 
 
 
1620 aa  202  6e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.219558 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6418  YD repeat-containing protein  24.13 
 
 
1368 aa  201  1.0000000000000001e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0100911  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2740  YD repeat-containing protein  27.88 
 
 
1602 aa  198  9e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0317  Rhs family protein  29.83 
 
 
924 aa  197  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.325486  normal  0.374096 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2568  YD repeat protein  28.35 
 
 
931 aa  197  2e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4426  Rhs family protein  28.15 
 
 
1362 aa  197  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.479042 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6210  RHS protein  27.95 
 
 
1421 aa  195  9e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0158165  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4580  YD repeat protein  23.8 
 
 
1401 aa  195  1e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.315308  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2902  YD repeat protein  24.78 
 
 
1271 aa  193  2.9999999999999997e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.729617  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4797  rhs-related transmembrane protein, YD repeat protein  25.95 
 
 
1626 aa  191  2e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0321  Rhs family protein  25.24 
 
 
1359 aa  190  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.73436  hitchhiker  0.000636537 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0648  Rhs family protein  27.82 
 
 
1446 aa  185  8.000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000723582  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3576  YD repeat protein  26.95 
 
 
2149 aa  179  4e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.971607  hitchhiker  0.00854554 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0373  Rhs family protein  27.24 
 
 
855 aa  178  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4081  Rhs family protein  24.33 
 
 
1140 aa  176  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.451767  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003490  Rhs family protein  23.59 
 
 
1384 aa  173  3e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>