More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6418 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_6418  YD repeat-containing protein  100 
 
 		 1368 aa  2841    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0100911  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4580  YD repeat protein  60.97 
 
 		 1401 aa  1587    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.315308  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0248  YD repeat protein  28.93 
 
 		 1434 aa  370  1e-101  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00285  RhsD protein  29.17 
 
 		 1428 aa  368  1e-100  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0673678  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05538  RHS Repeat family  29.17 
 
 		 1579 aa  367  1e-100  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0425564  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2806  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  25.69 
 
 		 1552 aa  352  2e-95  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1171  rhsD protein  25.61 
 
 		 1543 aa  352  4e-95  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2104  rhsD protein  25.48 
 
 		 1593 aa  323  1.9999999999999998e-86  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0967057  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  27.29 
 
 		 1547 aa  320  9e-86  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0698  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  26.34 
 
 		 1492 aa  320  1e-85  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.632091  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  26.75 
 
 		 1550 aa  317  9.999999999999999e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08820  Rhs family protein  26.93 
 
 		 1485 aa  317  9.999999999999999e-85  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0271193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0766  YD repeat-containing protein  26.2 
 
 		 1466 aa  312  2.9999999999999997e-83  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.668703  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32860  Rhs family protein  27.07 
 
 		 1259 aa  312  2.9999999999999997e-83  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.390343  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0267  rhsD protein  25.48 
 
 		 1539 aa  311  4e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2951  RhsD protein  25.17 
 
 		 1539 aa  307  1.0000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  26.73 
 
 		 1520 aa  305  5.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6958  YD repeat protein  27.64 
 
 		 1495 aa  304  6.000000000000001e-81  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0165328  normal  0.66981 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  27.24 
 
 		 1527 aa  301  6e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  26.94 
 
 		 1551 aa  299  3e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1422  YD repeat-containing protein  25.84 
 
 		 1197 aa  296  2e-78  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.645858  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  26.74 
 
 		 1560 aa  293  2e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4544  YD repeat protein  27.13 
 
 		 1488 aa  291  6e-77  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0377133  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8640  YD repeat protein  27.07 
 
 		 1518 aa  289  2e-76  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.357358  normal  0.924086 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2563  YD repeat-containing protein  27.21 
 
 		 1611 aa  288  4e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05482  putative RHS-related transmembrane protein  26.91 
 
 		 1517 aa  285  3.0000000000000004e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.489685  normal  0.876645 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2081  YD repeat protein  26.64 
 
 		 1528 aa  284  8.000000000000001e-75  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.359432  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2434  RHS protein  25.41 
 
 		 1348 aa  278  4e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2818  YD repeat protein  26.82 
 
 		 1679 aa  275  5.000000000000001e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1826  Rhs family protein  27.09 
 
 		 1429 aa  272  2.9999999999999997e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831768  normal  0.546607 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2813  YD repeat protein  26.64 
 
 		 1673 aa  272  4e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3344  PAAR  27.07 
 
 		 1494 aa  269  4e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0030504  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5023  YD repeat-containing protein  27.07 
 
 		 1494 aa  269  4e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00366927  normal  0.185239 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4111  Rhs family protein-like protein  26.58 
 
 		 989 aa  266  1e-69  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.217652  normal  0.0101653 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0341  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  25.42 
 
 		 1527 aa  264  6.999999999999999e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  25.47 
 
 		 1609 aa  262  3e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0572  YD repeat protein  26.1 
 
 		 1509 aa  262  3e-68  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.442069  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3178  type VI secretion system Vgr family protein  26.7 
 
 		 1981 aa  261  4e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.568675 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3233  YD repeat protein  26.13 
 
 		 1639 aa  261  6e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.471244  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0410  YD repeat-containing protein  26.5 
 
 		 1189 aa  261  9e-68  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  25.81 
 
 		 1576 aa  258  5e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3519  YD repeat protein  25.24 
 
 		 1508 aa  258  5e-67  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0534715  normal  0.146276 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  25.97 
 
 		 1614 aa  257  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0648  Rhs family protein  26.36 
 
 		 1446 aa  251  5e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000723582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5261  YD repeat-containing protein  26.28 
 
 		 1487 aa  251  6e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.792751 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8635  YD repeat protein  25.31 
 
 		 1489 aa  251  6e-65  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128218  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3481  YD repeat-containing protein  24.67 
 
 		 1586 aa  251  7e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.130925  normal  0.269624 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6210  RHS protein  26.76 
 
 		 1421 aa  249  3e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0158165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  26.84 
 
 		 1595 aa  249  3e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  26.84 
 
 		 1586 aa  247  9.999999999999999e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2330  RHS protein  24.21 
 
 		 1573 aa  247  9.999999999999999e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.361613 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1283  YD repeat-containing protein  25.5 
 
 		 1531 aa  247  9.999999999999999e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.950777 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3788  YD repeat-containing protein  23.84 
 
 		 1554 aa  244  1e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0253716  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1403  substrate-binding repeat-containing protein  24.69 
 
 		 1541 aa  240  1e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0238  YD repeat-containing protein  24.74 
 
 		 1541 aa  239  4e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.691901  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0509  YD repeat-containing protein  24.74 
 
 		 1541 aa  239  4e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0575036  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1059  YD repeat-containing protein  24.74 
 
 		 1541 aa  239  4e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1266  YD repeat-containing protein  24.74 
 
 		 1381 aa  238  7e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4951  YD repeat-containing protein  26.64 
 
 		 1495 aa  238  8e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.746977 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8624  YD repeat protein  24.66 
 
 		 1528 aa  236  2.0000000000000002e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.165231  normal  0.776649 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2570  YD repeat-containing protein  24.61 
 
 		 1541 aa  236  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1322  substrate-binding repeat-containing protein  24.61 
 
 		 1541 aa  235  4.0000000000000004e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0321  Rhs family protein  25.54 
 
 		 1359 aa  234  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.73436  hitchhiker  0.000636537 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  24.19 
 
 		 1400 aa  229  3e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4426  Rhs family protein  24.84 
 
 		 1362 aa  229  3e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.479042 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1504  YD repeat protein  24.84 
 
 		 1457 aa  228  4e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0347  YD repeat protein  24.96 
 
 		 1379 aa  228  5.0000000000000005e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3881  YD repeat-containing protein  24.93 
 
 		 1386 aa  226  2e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  26.76 
 
 		 1572 aa  225  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003490  Rhs family protein  23.39 
 
 		 1384 aa  224  7e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0051  YD repeat protein  24.53 
 
 		 1437 aa  224  9e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1609  YD repeat protein  25.11 
 
 		 1447 aa  224  9.999999999999999e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2694  YD repeat protein  25.34 
 
 		 1428 aa  224  9.999999999999999e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00194911  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3108  rhs-related protein  24.96 
 
 		 1385 aa  224  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.93941 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4986  YD repeat-containing protein  24.79 
 
 		 1409 aa  222  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1160  YD repeat protein  24.38 
 
 		 1423 aa  221  7e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00301652  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3692  RHS/YD repeat-containing protein  23.72 
 
 		 1419 aa  216  2.9999999999999995e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.333413  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  24.89 
 
 		 1411 aa  214  1e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0331  Rhs family protein  24.09 
 
 		 1568 aa  213  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  24.76 
 
 		 2096 aa  209  3e-52  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2740  YD repeat-containing protein  22.73 
 
 		 1602 aa  209  4e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0420  YD repeat protein  23.33 
 
 		 1475 aa  208  5e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29400  hypothetical protein  25.3 
 
 		 1317 aa  206  3e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0650  YD repeat protein  23.46 
 
 		 1422 aa  206  4e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.614814  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1434  YD repeat-containing protein  24.02 
 
 		 1553 aa  204  8e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.16383  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00283  RhsD protein  28.25 
 
 		 613 aa  203  1.9999999999999998e-50  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.333499  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4085  RHS family protein, putative  24.24 
 
 		 1530 aa  202  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.572678  normal  0.0133781 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2870  YD repeat protein  24.13 
 
 		 2144 aa  201  5e-50  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  26.24 
 
 		 1352 aa  202  5e-50  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0333  RHS/YD repeat-containing protein  23.24 
 
 		 1418 aa  200  2.0000000000000003e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0330  RHS/YD repeat-containing protein  23.5 
 
 		 1402 aa  199  3e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.581458  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0346  YD repeat-containing protein  25.82 
 
 		 2035 aa  194  1e-47  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0403  YD repeat-containing protein  23.71 
 
 		 1390 aa  194  1e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1472  YD repeat-containing protein  26.39 
 
 		 1600 aa  192  2.9999999999999997e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.059879  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6085  YD repeat-containing protein  22.51 
 
 		 1410 aa  192  2.9999999999999997e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.232268  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0317  Rhs family protein  25.98 
 
 		 924 aa  190  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.325486  normal  0.374096 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2568  YD repeat protein  24.4 
 
 		 931 aa  190  2e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2508  YD repeat-containing protein  22.92 
 
 		 1699 aa  188  6e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0105853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2570  YD repeat-containing protein  25.05 
 
 		 1565 aa  186  3e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.332337  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2577  YD repeat-containing protein  25.05 
 
 		 1565 aa  186  3e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.328115  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>