More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_5438 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  100 
 
 		 1572 aa  3244    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  59.56 
 
 		 1586 aa  1827    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  53.43 
 
 		 1595 aa  1511    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  64.41 
 
 		 1576 aa  1893    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  58.1 
 
 		 1614 aa  1600    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2563  YD repeat-containing protein  40.9 
 
 		 1611 aa  1076    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2570  YD repeat-containing protein  38.29 
 
 		 1565 aa  853    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.332337  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2577  YD repeat-containing protein  38.29 
 
 		 1565 aa  853    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.328115  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  30.5 
 
 		 1547 aa  431  1e-119  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0331  Rhs family protein  30.66 
 
 		 1568 aa  432  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3788  YD repeat-containing protein  31.05 
 
 		 1554 aa  420  1e-116  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0253716  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  30.78 
 
 		 1527 aa  419  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2434  RHS protein  30.72 
 
 		 1348 aa  419  9.999999999999999e-116  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  29.79 
 
 		 1520 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  29.81 
 
 		 1550 aa  414  1e-114  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3108  rhs-related protein  31.21 
 
 		 1385 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.93941 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  32 
 
 		 1400 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  30.74 
 
 		 1551 aa  416  1e-114  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4426  Rhs family protein  29.97 
 
 		 1362 aa  406  1e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.479042 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  28.97 
 
 		 1560 aa  402  9.999999999999999e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  31.78 
 
 		 1411 aa  402  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0648  Rhs family protein  30.77 
 
 		 1446 aa  397  1e-109  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000723582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6210  RHS protein  30.22 
 
 		 1421 aa  395  1e-108  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0158165  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3481  YD repeat-containing protein  29.75 
 
 		 1586 aa  395  1e-108  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.130925  normal  0.269624 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003490  Rhs family protein  29.05 
 
 		 1384 aa  393  1e-107  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3881  YD repeat-containing protein  30.49 
 
 		 1386 aa  393  1e-107  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4986  YD repeat-containing protein  30.53 
 
 		 1409 aa  382  1e-104  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2330  RHS protein  27.52 
 
 		 1573 aa  379  1e-103  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.361613 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  30.45 
 
 		 1609 aa  375  1e-102  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0572  YD repeat protein  29.27 
 
 		 1509 aa  375  1e-102  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.442069  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08820  Rhs family protein  29.62 
 
 		 1485 aa  371  1e-101  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0271193  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32860  Rhs family protein  29.34 
 
 		 1259 aa  374  1e-101  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.390343  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1422  YD repeat-containing protein  28.32 
 
 		 1197 aa  366  2e-99  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.645858  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2740  YD repeat-containing protein  29.08 
 
 		 1602 aa  366  2e-99  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1283  YD repeat-containing protein  28.98 
 
 		 1531 aa  362  5e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.950777 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4990  YD repeat-containing protein  34.42 
 
 		 867 aa  359  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3692  RHS/YD repeat-containing protein  29.29 
 
 		 1419 aa  356  2e-96  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.333413  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4797  rhs-related transmembrane protein, YD repeat protein  26.29 
 
 		 1626 aa  355  4e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8640  YD repeat protein  27.59 
 
 		 1518 aa  353  1e-95  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.357358  normal  0.924086 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3519  YD repeat protein  28.68 
 
 		 1508 aa  353  1e-95  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0534715  normal  0.146276 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2613  YD repeat-containing protein  33.94 
 
 		 866 aa  351  6e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.315185 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3233  YD repeat protein  28.31 
 
 		 1639 aa  348  3e-94  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.471244  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0333  RHS/YD repeat-containing protein  29.04 
 
 		 1418 aa  348  6e-94  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4544  YD repeat protein  28.47 
 
 		 1488 aa  347  1e-93  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0377133  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3178  type VI secretion system Vgr family protein  29.04 
 
 		 1981 aa  345  2.9999999999999997e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.568675 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6958  YD repeat protein  28.74 
 
 		 1495 aa  345  5e-93  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0165328  normal  0.66981 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0403  YD repeat-containing protein  29.46 
 
 		 1390 aa  345  5e-93  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1826  Rhs family protein  28.66 
 
 		 1429 aa  342  4e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831768  normal  0.546607 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0248  YD repeat protein  27.65 
 
 		 1434 aa  341  7e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8635  YD repeat protein  27.21 
 
 		 1489 aa  341  8e-92  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128218  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6085  YD repeat-containing protein  29.26 
 
 		 1410 aa  338  3.9999999999999995e-91  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.232268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0330  RHS/YD repeat-containing protein  29.13 
 
 		 1402 aa  338  5e-91  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.581458  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2081  YD repeat protein  28.87 
 
 		 1528 aa  334  7.000000000000001e-90  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.359432  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8624  YD repeat protein  27.31 
 
 		 1528 aa  329  2.0000000000000001e-88  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.165231  normal  0.776649 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0317  Rhs family protein  32.55 
 
 		 924 aa  328  6e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.325486  normal  0.374096 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4085  RHS family protein, putative  28.03 
 
 		 1530 aa  327  1e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.572678  normal  0.0133781 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2806  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  28.82 
 
 		 1552 aa  327  1e-87  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1171  rhsD protein  28.72 
 
 		 1543 aa  325  5e-87  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0347  YD repeat protein  29.14 
 
 		 1379 aa  323  9.999999999999999e-87  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2818  YD repeat protein  28.84 
 
 		 1679 aa  322  3e-86  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3344  PAAR  29.48 
 
 		 1494 aa  321  7e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0030504  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5023  YD repeat-containing protein  29.48 
 
 		 1494 aa  321  7e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00366927  normal  0.185239 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2813  YD repeat protein  28.34 
 
 		 1673 aa  316  1.9999999999999998e-84  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2508  YD repeat-containing protein  25.35 
 
 		 1699 aa  314  6.999999999999999e-84  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0105853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2355  YD repeat-containing protein  24.65 
 
 		 1494 aa  311  5e-83  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4805  YD repeat-containing protein  27.86 
 
 		 1229 aa  308  6e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.739306  normal  0.809733 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4951  YD repeat-containing protein  28.75 
 
 		 1495 aa  306  3.0000000000000004e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.746977 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3480  YD repeat-containing protein  27.03 
 
 		 1620 aa  305  3.0000000000000004e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.219558 
 
 
-
 
NC_003296  RS05482  putative RHS-related transmembrane protein  29.31 
 
 		 1517 aa  303  2e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.489685  normal  0.876645 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0341  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  27.28 
 
 		 1527 aa  301  4e-80  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0321  Rhs family protein  28.13 
 
 		 1359 aa  298  7e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.73436  hitchhiker  0.000636537 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5261  YD repeat-containing protein  28.08 
 
 		 1487 aa  297  1e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.792751 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0410  YD repeat-containing protein  27.24 
 
 		 1189 aa  296  2e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2104  rhsD protein  27.9 
 
 		 1593 aa  293  2e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0967057  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1403  substrate-binding repeat-containing protein  27.16 
 
 		 1541 aa  286  2.0000000000000002e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0698  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  24.79 
 
 		 1492 aa  283  2e-74  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.632091  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0766  YD repeat-containing protein  24.75 
 
 		 1466 aa  283  3e-74  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.668703  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1322  substrate-binding repeat-containing protein  26.34 
 
 		 1541 aa  281  6e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2570  YD repeat-containing protein  26.18 
 
 		 1541 aa  280  1e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0509  YD repeat-containing protein  26.21 
 
 		 1541 aa  280  1e-73  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0575036  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1059  YD repeat-containing protein  26.21 
 
 		 1541 aa  280  1e-73  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0238  YD repeat-containing protein  26.21 
 
 		 1541 aa  280  1e-73  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.691901  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1266  YD repeat-containing protein  26.33 
 
 		 1381 aa  279  3e-73  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2838  YD repeat-containing protein  25.19 
 
 		 1654 aa  279  3e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0573188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2951  RhsD protein  26.74 
 
 		 1539 aa  272  2.9999999999999997e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0267  rhsD protein  28.37 
 
 		 1539 aa  271  7e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4580  YD repeat protein  26.8 
 
 		 1401 aa  270  1e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.315308  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3345  YD repeat-containing protein  25.4 
 
 		 1583 aa  270  1e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.370886  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1160  YD repeat protein  25.96 
 
 		 1423 aa  269  4e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00301652  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0420  YD repeat protein  27.12 
 
 		 1475 aa  267  1e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0650  YD repeat protein  24.54 
 
 		 1422 aa  266  2e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.614814  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  27.42 
 
 		 1352 aa  265  4e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1504  YD repeat protein  27.24 
 
 		 1457 aa  265  6.999999999999999e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0437  YD repeat-containing protein  34.04 
 
 		 598 aa  264  1e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.161008 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05538  RHS Repeat family  27.25 
 
 		 1579 aa  263  2e-68  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0425564  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00285  RhsD protein  27.09 
 
 		 1428 aa  259  2e-67  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0673678  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0145  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  25.59 
 
 		 1150 aa  259  4e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1615  Rhs1 protein  25.59 
 
 		 1150 aa  258  4e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0168  Rhs1 protein  25.5 
 
 		 1150 aa  257  1.0000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0051  YD repeat protein  26.63 
 
 		 1437 aa  257  2.0000000000000002e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>