More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2330 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  41.62 
 
 		 1527 aa  1040    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2330  RHS protein  100 
 
 		 1573 aa  3256    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.361613 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  40.39 
 
 		 1560 aa  1012    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  43.36 
 
 		 1547 aa  1098    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  43.01 
 
 		 1550 aa  1083    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  43.2 
 
 		 1520 aa  1100    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  40.7 
 
 		 1551 aa  1034    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  45.9 
 
 		 1609 aa  1256    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2647  YD repeat-containing protein  40.72 
 
 		 934 aa  633  1e-179  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.217872  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4797  rhs-related transmembrane protein, YD repeat protein  31.65 
 
 		 1626 aa  600  1e-170  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3480  YD repeat-containing protein  30.69 
 
 		 1620 aa  572  1e-161  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.219558 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3481  YD repeat-containing protein  32.84 
 
 		 1586 aa  529  1e-148  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.130925  normal  0.269624 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3788  YD repeat-containing protein  31.52 
 
 		 1554 aa  486  1e-135  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0253716  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3178  type VI secretion system Vgr family protein  32.69 
 
 		 1981 aa  476  1e-132  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.568675 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2740  YD repeat-containing protein  30.44 
 
 		 1602 aa  474  1e-132  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1826  Rhs family protein  32.4 
 
 		 1429 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831768  normal  0.546607 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4426  Rhs family protein  30.38 
 
 		 1362 aa  438  1e-121  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.479042 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  29.55 
 
 		 1400 aa  436  1e-120  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3108  rhs-related protein  29.74 
 
 		 1385 aa  422  1e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.93941 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  30.45 
 
 		 1411 aa  419  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3881  YD repeat-containing protein  30.42 
 
 		 1386 aa  413  1e-113  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4986  YD repeat-containing protein  29.63 
 
 		 1409 aa  405  1e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2434  RHS protein  30.93 
 
 		 1348 aa  399  1e-109  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0648  Rhs family protein  31.28 
 
 		 1446 aa  397  1e-108  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000723582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6210  RHS protein  30.01 
 
 		 1421 aa  390  1e-107  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0158165  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0437  YD repeat-containing protein  42.47 
 
 		 598 aa  379  1e-103  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.161008 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  27.52 
 
 		 1572 aa  379  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2563  YD repeat-containing protein  28.91 
 
 		 1611 aa  377  1e-103  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2613  YD repeat-containing protein  33.21 
 
 		 866 aa  375  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.315185 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1283  YD repeat-containing protein  28.37 
 
 		 1531 aa  375  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.950777 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0333  RHS/YD repeat-containing protein  29.36 
 
 		 1418 aa  370  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0403  YD repeat-containing protein  29.16 
 
 		 1390 aa  364  8e-99  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0331  Rhs family protein  29.39 
 
 		 1568 aa  362  3e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0330  RHS/YD repeat-containing protein  29.15 
 
 		 1402 aa  362  4e-98  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.581458  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6085  YD repeat-containing protein  28.55 
 
 		 1410 aa  361  7e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.232268  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  28.48 
 
 		 1614 aa  360  9.999999999999999e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  28.38 
 
 		 1576 aa  357  8.999999999999999e-97  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2646  RHS protein  40.07 
 
 		 583 aa  353  1e-95  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4990  YD repeat-containing protein  32.48 
 
 		 867 aa  353  2e-95  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0248  YD repeat protein  28.66 
 
 		 1434 aa  352  3e-95  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3692  RHS/YD repeat-containing protein  30.12 
 
 		 1419 aa  351  6e-95  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.333413  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  27.89 
 
 		 1586 aa  346  2e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  28.58 
 
 		 1595 aa  345  4e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0317  Rhs family protein  31.13 
 
 		 924 aa  344  9e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.325486  normal  0.374096 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0347  YD repeat protein  29.38 
 
 		 1379 aa  343  1e-92  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08820  Rhs family protein  28.16 
 
 		 1485 aa  331  7e-89  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0271193  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4805  YD repeat-containing protein  28.22 
 
 		 1229 aa  324  9.999999999999999e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.739306  normal  0.809733 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3959  hypothetical protein  30.43 
 
 		 1319 aa  315  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0252  RHS Repeat family protein  29.25 
 
 		 1410 aa  313  2e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.661469 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32860  Rhs family protein  27.94 
 
 		 1259 aa  313  2e-83  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.390343  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0698  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  27.12 
 
 		 1492 aa  311  5e-83  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.632091  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0766  YD repeat-containing protein  26.99 
 
 		 1466 aa  311  5.9999999999999995e-83  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.668703  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2508  YD repeat-containing protein  25.73 
 
 		 1699 aa  308  6e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0105853  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1235  hypothetical protein  29.07 
 
 		 1405 aa  308  6e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.617923 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0267  rhsD protein  27.93 
 
 		 1539 aa  307  1.0000000000000001e-81  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3345  YD repeat-containing protein  27.16 
 
 		 1583 aa  306  2.0000000000000002e-81  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.370886  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0233  YD repeat protein  30.82 
 
 		 1411 aa  304  9e-81  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0246  Rhs protein  30.28 
 
 		 1415 aa  302  3e-80  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2838  YD repeat-containing protein  26.91 
 
 		 1654 aa  302  3e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0573188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29400  hypothetical protein  29.98 
 
 		 1317 aa  301  9e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2936  YD repeat protein  30.31 
 
 		 1397 aa  300  2e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0548  RhsC protein  28.6 
 
 		 1308 aa  299  3e-79  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0234  YD repeat-containing protein  30.64 
 
 		 1411 aa  299  3e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0115  YD repeat protein  30.49 
 
 		 1377 aa  298  5e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8640  YD repeat protein  27.33 
 
 		 1518 aa  298  6e-79  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.357358  normal  0.924086 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0321  Rhs family protein  26.06 
 
 		 1359 aa  298  6e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.73436  hitchhiker  0.000636537 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0120  YD repeat-containing protein  30.54 
 
 		 1377 aa  298  6e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2955  YD repeat-containing protein  30.39 
 
 		 1397 aa  297  1e-78  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4010  protein rhsA precursor  28.81 
 
 		 1388 aa  297  1e-78  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2951  RhsD protein  27.63 
 
 		 1539 aa  296  2e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003490  Rhs family protein  27.37 
 
 		 1384 aa  295  4e-78  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3519  YD repeat protein  26.74 
 
 		 1508 aa  295  4e-78  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0534715  normal  0.146276 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05538  RHS Repeat family  28.16 
 
 		 1579 aa  295  4e-78  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0425564  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2104  rhsD protein  26.83 
 
 		 1593 aa  295  5e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0967057  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1171  rhsD protein  26.28 
 
 		 1543 aa  294  8e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03331  rhsB element core protein RshB  30.42 
 
 		 1411 aa  293  2e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00285  RhsD protein  28.24 
 
 		 1428 aa  293  2e-77  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0673678  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3681  RhsB protein  30.37 
 
 		 1411 aa  293  2e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0748  RhsC protein  30.24 
 
 		 1397 aa  293  2e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03284  hypothetical protein  30.42 
 
 		 1411 aa  293  2e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1115  protein RhsA  29.64 
 
 		 1388 aa  292  4e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0244  protein RhsH  30.59 
 
 		 1417 aa  292  4e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3233  YD repeat protein  24.36 
 
 		 1639 aa  291  8e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.471244  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0499  YD repeat-containing protein  26.88 
 
 		 1604 aa  291  9e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1422  YD repeat-containing protein  27.39 
 
 		 1197 aa  286  2.0000000000000002e-75  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.645858  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4092  protein rhsB precursor  27.39 
 
 		 1411 aa  282  3e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.576153  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3712  YD repeat-containing protein  28.2 
 
 		 1490 aa  281  1e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.913964 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6958  YD repeat protein  26.74 
 
 		 1495 aa  278  6e-73  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0165328  normal  0.66981 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0727  protein rhsA precursor  26.87 
 
 		 1397 aa  278  7e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5395  RHS Repeat family protein  28.99 
 
 		 1394 aa  278  8e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.037802  normal  0.495388 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0794  RHS repeat protein  28.76 
 
 		 1399 aa  275  4.0000000000000004e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4544  YD repeat protein  27.23 
 
 		 1488 aa  274  9e-72  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0377133  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0410  YD repeat-containing protein  24.32 
 
 		 1189 aa  274  1e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2806  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  25.85 
 
 		 1552 aa  272  4e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4473  protein rhsA precursor  27.14 
 
 		 1365 aa  271  7e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4965  Rhs family protein  28.66 
 
 		 1409 aa  271  7e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.832182  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0572  YD repeat protein  28 
 
 		 1509 aa  270  2e-70  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.442069  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4580  YD repeat protein  25 
 
 		 1401 aa  270  2e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.315308  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1653  YD repeat-containing protein  27.63 
 
 		 1251 aa  265  4.999999999999999e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000538479 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0341  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  23.63 
 
 		 1527 aa  265  6e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>