More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_2936 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00448  rhsD element protein  77.05 
 
 		 1426 aa  1978    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00658  rhsC element core protein RshC  98.05 
 
 		 554 aa  1058    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00660  conserved protein, rhs-like protein  95.11 
 
 		 477 aa  650    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01414  rhsE element core protein RshE  75.43 
 
 		 1200 aa  1624    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03331  rhsB element core protein RshB  95.93 
 
 		 1411 aa  2459    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0115  YD repeat protein  96.42 
 
 		 1377 aa  2475    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0233  YD repeat protein  96.33 
 
 		 1411 aa  2467    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2190  RHS protein  76.26 
 
 		 682 aa  853    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0179088  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2934  RHS protein  96.02 
 
 		 477 aa  654    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.375887  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2936  YD repeat protein  100 
 
 		 1397 aa  2875    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4081  YD repeat-containing protein  97.41 
 
 		 713 aa  998    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3113  YD repeat protein  77.2 
 
 		 1426 aa  1982    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.637043  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0246  Rhs protein  70.36 
 
 		 1415 aa  1836    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0728  RHS domain-containing protein  94.8 
 
 		 477 aa  645    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0727  protein rhsA precursor  96.78 
 
 		 1397 aa  2783    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1639  protein rhsD, truncation  76.6 
 
 		 1405 aa  1984    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00651  hypothetical protein  95.11 
 
 		 477 aa  650    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4965  Rhs family protein  97.11 
 
 		 1409 aa  2479    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.832182  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0794  RHS repeat protein  96.96 
 
 		 1399 aa  2476    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3712  YD repeat-containing protein  36.92 
 
 		 1490 aa  743    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.913964 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0749  RHS repeat-containing protein  95.72 
 
 		 477 aa  651    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00294679  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0244  protein RhsH  69.6 
 
 		 1417 aa  1797    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01426  hypothetical protein  75.61 
 
 		 1216 aa  1653    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0536  RhsD protein precursor  76.47 
 
 		 1429 aa  1975    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4010  protein rhsA precursor  96.23 
 
 		 1388 aa  2460    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1115  protein RhsA  68.28 
 
 		 1388 aa  1745    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0258  RHS Repeat family protein  76.36 
 
 		 586 aa  695    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2065  protein rhsD  76.75 
 
 		 1400 aa  1976    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.595023 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03284  hypothetical protein  95.93 
 
 		 1411 aa  2459    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3681  RhsB protein  96.41 
 
 		 1411 aa  2471    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0601  RHS Repeat family protein  76.61 
 
 		 1398 aa  1972    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4473  protein rhsA precursor  91.46 
 
 		 1365 aa  2382    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0748  RhsC protein  97.49 
 
 		 1397 aa  2803    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1235  hypothetical protein  66.93 
 
 		 1405 aa  1702    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.617923 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00453  hypothetical protein  77.05 
 
 		 1426 aa  1978    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0120  YD repeat-containing protein  96.89 
 
 		 1377 aa  2490    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0548  RhsC protein  96.32 
 
 		 1308 aa  2461    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2201  YD repeat-containing protein  76.7 
 
 		 1268 aa  1973    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2953  RHS protein  95.11 
 
 		 477 aa  650    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.944321  normal  0.880791 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1667  YD repeat-containing protein  74.93 
 
 		 1199 aa  1706    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.620432 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4092  protein rhsB precursor  96.65 
 
 		 1411 aa  2480    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.576153  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5395  RHS Repeat family protein  94.57 
 
 		 1394 aa  2481    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.037802  normal  0.495388 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2955  YD repeat-containing protein  97.28 
 
 		 1397 aa  2803    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0252  RHS Repeat family protein  69.76 
 
 		 1410 aa  1816    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.661469 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0234  YD repeat-containing protein  96.49 
 
 		 1411 aa  2478    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1653  YD repeat-containing protein  80.38 
 
 		 1251 aa  2077    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000538479 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2521  YD repeat-containing protein  33.84 
 
 		 1509 aa  630  1e-179  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0299  YD repeat-containing protein  34.38 
 
 		 1525 aa  630  1e-179  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4482  YD repeat-containing protein  34.1 
 
 		 1528 aa  620  1e-176  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0254  RhsG core protein with extension  73.64 
 
 		 502 aa  539  1e-151  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.814194 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29400  hypothetical protein  33.08 
 
 		 1317 aa  450  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3959  hypothetical protein  32.7 
 
 		 1319 aa  436  1e-120  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4283  YD repeat-containing protein  27.94 
 
 		 1679 aa  405  1e-111  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3751  YD repeat-containing protein  33.53 
 
 		 1677 aa  342  2e-92  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.457542 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4008  YD repeat-containing protein  32.83 
 
 		 1791 aa  342  2.9999999999999998e-92  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2049  YD repeat-containing protein  33.37 
 
 		 1770 aa  338  3.9999999999999995e-91  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3345  YD repeat-containing protein  26.98 
 
 		 1583 aa  319  2e-85  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.370886  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  28.73 
 
 		 1547 aa  313  1e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0499  YD repeat-containing protein  26.78 
 
 		 1604 aa  309  2.0000000000000002e-82  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2740  YD repeat-containing protein  27.73 
 
 		 1602 aa  308  4.0000000000000004e-82  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4797  rhs-related transmembrane protein, YD repeat protein  28.76 
 
 		 1626 aa  303  2e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3802  Rhs family protein  91.45 
 
 		 314 aa  301  7e-80  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.276743  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4094  RHS domain-containing protein  91.45 
 
 		 314 aa  301  7e-80  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.700312  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03450  predicted Rhs-family protein  90.79 
 
 		 314 aa  300  1e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03401  hypothetical protein  90.79 
 
 		 233 aa  299  2e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2330  RHS protein  29.41 
 
 		 1573 aa  297  9e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.361613 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3480  YD repeat-containing protein  29.21 
 
 		 1620 aa  296  2e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.219558 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0118  RHS protein  91.33 
 
 		 312 aa  296  3e-78  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.604872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3178  type VI secretion system Vgr family protein  30.51 
 
 		 1981 aa  295  5e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.568675 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  28.49 
 
 		 1609 aa  291  5.0000000000000004e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  28.25 
 
 		 1550 aa  290  1e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3481  YD repeat-containing protein  27.65 
 
 		 1586 aa  285  3.0000000000000004e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.130925  normal  0.269624 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  28.25 
 
 		 1551 aa  284  8.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  28.28 
 
 		 1527 aa  282  3e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1826  Rhs family protein  29.88 
 
 		 1429 aa  276  2.0000000000000002e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831768  normal  0.546607 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  28.92 
 
 		 1560 aa  276  3e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4426  Rhs family protein  26.81 
 
 		 1362 aa  241  1e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.479042 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2081  YD repeat protein  26.07 
 
 		 1528 aa  234  8.000000000000001e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.359432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  26.15 
 
 		 1400 aa  234  1e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3788  YD repeat-containing protein  27.5 
 
 		 1554 aa  232  5e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0253716  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3108  rhs-related protein  26.25 
 
 		 1385 aa  229  2e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.93941 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0248  YD repeat protein  25.52 
 
 		 1434 aa  228  6e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2434  RHS protein  26.55 
 
 		 1348 aa  227  1e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0698  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  23.92 
 
 		 1492 aa  226  3e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.632091  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1171  rhsD protein  26.97 
 
 		 1543 aa  224  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2806  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  26.97 
 
 		 1552 aa  223  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0766  YD repeat-containing protein  24.33 
 
 		 1466 aa  218  5.9999999999999996e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.668703  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2838  YD repeat-containing protein  25.99 
 
 		 1654 aa  218  7e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0573188  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4805  YD repeat-containing protein  28.44 
 
 		 1229 aa  217  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.739306  normal  0.809733 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4085  RHS family protein, putative  26.39 
 
 		 1530 aa  213  2e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.572678  normal  0.0133781 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03448  rhsA element core protein RshA  99.04 
 
 		 290 aa  213  3e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03399  hypothetical protein  99.04 
 
 		 290 aa  213  3e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6085  YD repeat-containing protein  29.15 
 
 		 1410 aa  212  4e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.232268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32860  Rhs family protein  27.86 
 
 		 1259 aa  212  5e-53  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.390343  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  27.37 
 
 		 1520 aa  208  6e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0347  YD repeat protein  28.15 
 
 		 1379 aa  208  7e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0331  Rhs family protein  27.66 
 
 		 1568 aa  206  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  25.68 
 
 		 2096 aa  206  3e-51  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2613  YD repeat-containing protein  26.22 
 
 		 866 aa  206  3e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.315185 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2104  rhsD protein  26.4 
 
 		 1593 aa  202  5e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0967057  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>