More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_0410 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010465  YPK_0410  YD repeat-containing protein  100 
 
 
1189 aa  2454    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0341  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  99.15 
 
 
1527 aa  2179    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3344  PAAR  35.57 
 
 
1494 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0030504  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5023  YD repeat-containing protein  35.57 
 
 
1494 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00366927  normal  0.185239 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5261  YD repeat-containing protein  34.48 
 
 
1487 aa  525  1e-147  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.792751 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3233  YD repeat protein  33.33 
 
 
1639 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.471244  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05482  putative RHS-related transmembrane protein  34.33 
 
 
1517 aa  519  1.0000000000000001e-145  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.489685  normal  0.876645 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2818  YD repeat protein  32.56 
 
 
1679 aa  519  1.0000000000000001e-145  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4951  YD repeat-containing protein  34.1 
 
 
1495 aa  514  1e-144  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.746977 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2508  YD repeat-containing protein  30.55 
 
 
1699 aa  512  1e-143  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0105853  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2813  YD repeat protein  32.52 
 
 
1673 aa  510  1e-143  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1059  YD repeat-containing protein  31.1 
 
 
1541 aa  459  1e-127  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0238  YD repeat-containing protein  31.1 
 
 
1541 aa  459  1e-127  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.691901  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1266  YD repeat-containing protein  30.76 
 
 
1381 aa  459  1e-127  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2570  YD repeat-containing protein  31.1 
 
 
1541 aa  456  1e-127  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1403  substrate-binding repeat-containing protein  30.89 
 
 
1541 aa  457  1e-127  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0509  YD repeat-containing protein  31.1 
 
 
1541 aa  459  1e-127  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0575036  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1322  substrate-binding repeat-containing protein  30.76 
 
 
1541 aa  456  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32860  Rhs family protein  30.38 
 
 
1259 aa  454  1.0000000000000001e-126  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.390343  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08820  Rhs family protein  30.78 
 
 
1485 aa  450  1.0000000000000001e-124  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0271193  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1434  YD repeat-containing protein  29.82 
 
 
1553 aa  445  1e-123  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.16383  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1422  YD repeat-containing protein  30.16 
 
 
1197 aa  436  1e-120  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.645858  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8640  YD repeat protein  30.85 
 
 
1518 aa  419  9.999999999999999e-116  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.357358  normal  0.924086 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2694  YD repeat protein  31.74 
 
 
1428 aa  416  1e-114  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00194911  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1609  YD repeat protein  31.37 
 
 
1447 aa  410  1e-113  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6958  YD repeat protein  30.64 
 
 
1495 aa  410  1e-113  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0165328  normal  0.66981 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2081  YD repeat protein  29.74 
 
 
1528 aa  403  9.999999999999999e-111  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.359432  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4544  YD repeat protein  30.04 
 
 
1488 aa  402  9.999999999999999e-111  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0377133  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0420  YD repeat protein  31.32 
 
 
1475 aa  403  9.999999999999999e-111  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0650  YD repeat protein  31.23 
 
 
1422 aa  402  9.999999999999999e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.614814  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0051  YD repeat protein  31.15 
 
 
1437 aa  398  1e-109  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8624  YD repeat protein  29.26 
 
 
1528 aa  397  1e-109  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.165231  normal  0.776649 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1504  YD repeat protein  30.74 
 
 
1457 aa  391  1e-107  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8635  YD repeat protein  28.97 
 
 
1489 aa  390  1e-107  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128218  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0572  YD repeat protein  30.32 
 
 
1509 aa  388  1e-106  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.442069  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1160  YD repeat protein  30.52 
 
 
1423 aa  388  1e-106  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00301652  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3519  YD repeat protein  28.48 
 
 
1508 aa  357  6.999999999999999e-97  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0534715  normal  0.146276 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2568  YD repeat protein  31.33 
 
 
931 aa  342  2.9999999999999998e-92  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0585  YD repeat-containing protein  27.91 
 
 
1600 aa  330  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3079  YD repeat-containing protein  27.89 
 
 
1505 aa  329  2.0000000000000001e-88  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00723203  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0647  RHS Repeat family protein  27.56 
 
 
1616 aa  327  1e-87  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  28.34 
 
 
1595 aa  320  9e-86  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2563  YD repeat-containing protein  27.79 
 
 
1611 aa  320  9e-86  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  28.82 
 
 
1586 aa  317  8e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2870  YD repeat protein  29.5 
 
 
2144 aa  316  1.9999999999999998e-84  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  27.22 
 
 
1576 aa  312  2e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  27.9 
 
 
1614 aa  312  2e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  26.97 
 
 
1547 aa  305  4.0000000000000003e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  26.64 
 
 
1551 aa  302  2e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  26.78 
 
 
1527 aa  303  2e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  27.42 
 
 
1572 aa  300  1e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0248  YD repeat protein  26.54 
 
 
1434 aa  297  9e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  26.88 
 
 
1550 aa  291  4e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3481  YD repeat-containing protein  27.52 
 
 
1586 aa  291  6e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.130925  normal  0.269624 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3480  YD repeat-containing protein  26 
 
 
1620 aa  284  8.000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.219558 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2434  RHS protein  26.43 
 
 
1348 aa  282  3e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4797  rhs-related transmembrane protein, YD repeat protein  26.65 
 
 
1626 aa  279  2e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  26.77 
 
 
1609 aa  279  2e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  26.86 
 
 
1520 aa  279  3e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2330  RHS protein  24.3 
 
 
1573 aa  276  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.361613 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3108  rhs-related protein  26.44 
 
 
1385 aa  273  2e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.93941 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  27.23 
 
 
1560 aa  269  2e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  26.14 
 
 
1400 aa  268  5.999999999999999e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  26.07 
 
 
1411 aa  267  1e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1826  Rhs family protein  29.93 
 
 
1429 aa  266  2e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831768  normal  0.546607 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1283  YD repeat-containing protein  28.37 
 
 
1531 aa  265  3e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.950777 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3178  type VI secretion system Vgr family protein  29.48 
 
 
1981 aa  265  4e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.568675 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4426  Rhs family protein  27.49 
 
 
1362 aa  265  4.999999999999999e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.479042 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6418  YD repeat-containing protein  26.45 
 
 
1368 aa  264  1e-68  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0100911  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1171  rhsD protein  27.22 
 
 
1543 aa  263  2e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2806  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  27.22 
 
 
1552 aa  261  5.0000000000000005e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4986  YD repeat-containing protein  26.15 
 
 
1409 aa  258  3e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0648  Rhs family protein  26.42 
 
 
1446 aa  257  7e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000723582  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3788  YD repeat-containing protein  26.15 
 
 
1554 aa  255  3e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0253716  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0321  Rhs family protein  26.49 
 
 
1359 aa  254  6e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.73436  hitchhiker  0.000636537 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0317  Rhs family protein  28.17 
 
 
924 aa  254  6e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.325486  normal  0.374096 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4580  YD repeat protein  25.56 
 
 
1401 aa  254  7e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.315308  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0698  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  25.76 
 
 
1492 aa  254  9.000000000000001e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.632091  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3881  YD repeat-containing protein  25.35 
 
 
1386 aa  251  8e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0766  YD repeat-containing protein  25.52 
 
 
1466 aa  250  1e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.668703  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6210  RHS protein  26.91 
 
 
1421 aa  247  9.999999999999999e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0158165  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2613  YD repeat-containing protein  27.83 
 
 
866 aa  243  2e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.315185 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0331  Rhs family protein  26.27 
 
 
1568 aa  242  2.9999999999999997e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0267  rhsD protein  25.72 
 
 
1539 aa  238  5.0000000000000005e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2740  YD repeat-containing protein  27.41 
 
 
1602 aa  229  2e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0333  RHS/YD repeat-containing protein  24.89 
 
 
1418 aa  227  1e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0403  YD repeat-containing protein  25.33 
 
 
1390 aa  225  3e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2951  RhsD protein  25.28 
 
 
1539 aa  223  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3692  RHS/YD repeat-containing protein  25.04 
 
 
1419 aa  223  1.9999999999999999e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.333413  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4990  YD repeat-containing protein  28.01 
 
 
867 aa  219  2e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0330  RHS/YD repeat-containing protein  25.07 
 
 
1402 aa  219  2e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.581458  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0347  YD repeat protein  24.52 
 
 
1379 aa  218  5.9999999999999996e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003490  Rhs family protein  24.85 
 
 
1384 aa  213  2e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4085  RHS family protein, putative  27.24 
 
 
1530 aa  211  6e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.572678  normal  0.0133781 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1472  YD repeat-containing protein  25.59 
 
 
1600 aa  206  2e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.059879  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  22.94 
 
 
1352 aa  204  9.999999999999999e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2570  YD repeat-containing protein  25.24 
 
 
1565 aa  204  9.999999999999999e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.332337  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2577  YD repeat-containing protein  25.24 
 
 
1565 aa  204  9.999999999999999e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.328115  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  22.52 
 
 
2096 aa  203  1.9999999999999998e-50  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2355  YD repeat-containing protein  24.24 
 
 
1494 aa  202  1.9999999999999998e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>