More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcolC_1653 on replicon NC_010468
Organism: Escherichia coli ATCC 8739



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00448  rhsD element protein  82.61 
 
 		 1426 aa  2125    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1235  hypothetical protein  68.33 
 
 		 1405 aa  1738    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.617923 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01414  rhsE element core protein RshE  81.78 
 
 		 1200 aa  1754    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03331  rhsB element core protein RshB  81.12 
 
 		 1411 aa  2092    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0115  YD repeat protein  81.27 
 
 		 1377 aa  2092    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0233  YD repeat protein  81.04 
 
 		 1411 aa  2090    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2190  RHS protein  86.44 
 
 		 682 aa  957    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0179088  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2936  YD repeat protein  80.38 
 
 		 1397 aa  2077    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1115  protein RhsA  69.75 
 
 		 1388 aa  1780    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3113  YD repeat protein  82.61 
 
 		 1426 aa  2126    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.637043  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0727  protein rhsA precursor  80.78 
 
 		 1397 aa  2080    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0601  RHS Repeat family protein  82.76 
 
 		 1398 aa  2130    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0794  RHS repeat protein  80.34 
 
 		 1399 aa  2077    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4473  protein rhsA precursor  79.26 
 
 		 1365 aa  2021    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0246  Rhs protein  77.92 
 
 		 1415 aa  2012    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4092  protein rhsB precursor  80.96 
 
 		 1411 aa  2091    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.576153  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0258  RHS Repeat family protein  81.88 
 
 		 586 aa  739    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0252  RHS Repeat family protein  73.79 
 
 		 1410 aa  1897    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.661469 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0748  RhsC protein  81.1 
 
 		 1397 aa  2091    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4081  YD repeat-containing protein  83.94 
 
 		 713 aa  860    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0548  RhsC protein  80.56 
 
 		 1308 aa  2077    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01426  hypothetical protein  81.78 
 
 		 1216 aa  1783    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2955  YD repeat-containing protein  80.46 
 
 		 1397 aa  2076    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0536  RhsD protein precursor  82.9 
 
 		 1429 aa  2137    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0234  YD repeat-containing protein  80.48 
 
 		 1411 aa  2080    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1639  protein rhsD, truncation  83.68 
 
 		 1405 aa  2164    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4965  Rhs family protein  80.54 
 
 		 1409 aa  2080    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.832182  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0244  protein RhsH  73.14 
 
 		 1417 aa  1868    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3681  RhsB protein  81.04 
 
 		 1411 aa  2090    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00453  hypothetical protein  82.61 
 
 		 1426 aa  2125    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2065  protein rhsD  82.35 
 
 		 1400 aa  2119    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.595023 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0120  YD repeat-containing protein  80.7 
 
 		 1377 aa  2080    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2201  YD repeat-containing protein  82.7 
 
 		 1268 aa  2122    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4010  protein rhsA precursor  80.54 
 
 		 1388 aa  2076    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5395  RHS Repeat family protein  80.54 
 
 		 1394 aa  2081    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.037802  normal  0.495388 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1667  YD repeat-containing protein  97.63 
 
 		 1199 aa  2114    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.620432 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1653  YD repeat-containing protein  100 
 
 		 1251 aa  2568    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000538479 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03284  hypothetical protein  81.12 
 
 		 1411 aa  2092    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3712  YD repeat-containing protein  36.62 
 
 		 1490 aa  707    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.913964 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0299  YD repeat-containing protein  33.43 
 
 		 1525 aa  616  1e-175  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2521  YD repeat-containing protein  33.26 
 
 		 1509 aa  615  9.999999999999999e-175  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00658  rhsC element core protein RshC  76.3 
 
 		 554 aa  612  1e-173  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4482  YD repeat-containing protein  33.08 
 
 		 1528 aa  607  9.999999999999999e-173  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0254  RhsG core protein with extension  78.29 
 
 		 502 aa  571  1e-161  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.814194 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2934  RHS protein  78.53 
 
 		 477 aa  541  9.999999999999999e-153  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.375887  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00660  conserved protein, rhs-like protein  77.91 
 
 		 477 aa  539  1e-151  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2953  RHS protein  77.91 
 
 		 477 aa  539  1e-151  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.944321  normal  0.880791 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0728  RHS domain-containing protein  77.91 
 
 		 477 aa  536  1e-151  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00651  hypothetical protein  77.91 
 
 		 477 aa  539  1e-151  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0749  RHS repeat-containing protein  78.22 
 
 		 477 aa  539  1e-151  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00294679  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29400  hypothetical protein  31.17 
 
 		 1317 aa  434  1e-120  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3959  hypothetical protein  31.44 
 
 		 1319 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4283  YD repeat-containing protein  34.74 
 
 		 1679 aa  364  5.0000000000000005e-99  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3751  YD repeat-containing protein  34.07 
 
 		 1677 aa  356  1e-96  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.457542 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4008  YD repeat-containing protein  33.14 
 
 		 1791 aa  350  1e-94  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2049  YD repeat-containing protein  33.68 
 
 		 1770 aa  345  4e-93  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  29.72 
 
 		 1547 aa  319  2e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  29.3 
 
 		 1520 aa  316  1.9999999999999998e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3345  YD repeat-containing protein  26.95 
 
 		 1583 aa  306  1.0000000000000001e-81  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.370886  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  31.77 
 
 		 1560 aa  297  1e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0499  YD repeat-containing protein  26.59 
 
 		 1604 aa  295  3e-78  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3481  YD repeat-containing protein  27.75 
 
 		 1586 aa  290  8e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.130925  normal  0.269624 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2740  YD repeat-containing protein  27.43 
 
 		 1602 aa  286  1.0000000000000001e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3788  YD repeat-containing protein  27.39 
 
 		 1554 aa  286  2.0000000000000002e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0253716  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  26.31 
 
 		 1609 aa  285  5.000000000000001e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4797  rhs-related transmembrane protein, YD repeat protein  28.33 
 
 		 1626 aa  284  8.000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  27.72 
 
 		 1527 aa  279  2e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  27.94 
 
 		 1550 aa  279  3e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  27.62 
 
 		 1551 aa  277  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3480  YD repeat-containing protein  28.83 
 
 		 1620 aa  275  3e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.219558 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2330  RHS protein  27.64 
 
 		 1573 aa  270  8.999999999999999e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.361613 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3178  type VI secretion system Vgr family protein  29.26 
 
 		 1981 aa  270  1e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.568675 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4094  RHS domain-containing protein  77.63 
 
 		 314 aa  256  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.700312  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3802  Rhs family protein  77.63 
 
 		 314 aa  256  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.276743  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03450  predicted Rhs-family protein  76.97 
 
 		 314 aa  254  5.000000000000001e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03401  hypothetical protein  76.97 
 
 		 233 aa  254  7e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1826  Rhs family protein  29.59 
 
 		 1429 aa  254  9.000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831768  normal  0.546607 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0118  RHS protein  78 
 
 		 312 aa  252  3e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.604872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6210  RHS protein  25.22 
 
 		 1421 aa  239  3e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0158165  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2434  RHS protein  27.06 
 
 		 1348 aa  236  2.0000000000000002e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2081  YD repeat protein  25.69 
 
 		 1528 aa  234  6e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.359432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2806  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  26.36 
 
 		 1552 aa  228  5.0000000000000005e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1171  rhsD protein  26.36 
 
 		 1543 aa  228  8e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0248  YD repeat protein  26.39 
 
 		 1434 aa  225  4e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0347  YD repeat protein  27.99 
 
 		 1379 aa  224  7e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  26.59 
 
 		 1400 aa  223  3e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4426  Rhs family protein  29.35 
 
 		 1362 aa  222  3e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.479042 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0766  YD repeat-containing protein  24.04 
 
 		 1466 aa  221  6e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.668703  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0698  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  23.83 
 
 		 1492 aa  221  7.999999999999999e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.632091  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4805  YD repeat-containing protein  29.21 
 
 		 1229 aa  214  1e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.739306  normal  0.809733 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3692  RHS/YD repeat-containing protein  27.59 
 
 		 1419 aa  210  1e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.333413  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4085  RHS family protein, putative  25.79 
 
 		 1530 aa  209  2e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.572678  normal  0.0133781 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0267  rhsD protein  25.84 
 
 		 1539 aa  205  3e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0333  RHS/YD repeat-containing protein  28.94 
 
 		 1418 aa  205  5e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3344  PAAR  27.62 
 
 		 1494 aa  205  6e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0030504  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5023  YD repeat-containing protein  27.62 
 
 		 1494 aa  205  6e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00366927  normal  0.185239 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4986  YD repeat-containing protein  27.08 
 
 		 1409 aa  201  6e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0330  RHS/YD repeat-containing protein  28.82 
 
 		 1402 aa  201  9e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.581458  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0403  YD repeat-containing protein  28.82 
 
 		 1390 aa  201  1.0000000000000001e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03448  rhsA element core protein RshA  92.31 
 
 		 290 aa  199  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>