More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_4951 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008784  BMASAVP1_0238  YD repeat-containing protein  34.27 
 
 		 1541 aa  640    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.691901  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0509  YD repeat-containing protein  34.27 
 
 		 1541 aa  640    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0575036  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05482  putative RHS-related transmembrane protein  61.37 
 
 		 1517 aa  1648    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.489685  normal  0.876645 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1059  YD repeat-containing protein  34.27 
 
 		 1541 aa  640    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2570  YD repeat-containing protein  34.13 
 
 		 1541 aa  640    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1322  substrate-binding repeat-containing protein  34.39 
 
 		 1541 aa  643    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1434  YD repeat-containing protein  33.4 
 
 		 1553 aa  642    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.16383  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1403  substrate-binding repeat-containing protein  34.27 
 
 		 1541 aa  644    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5261  YD repeat-containing protein  83.07 
 
 		 1487 aa  2283    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.792751 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3344  PAAR  85.77 
 
 		 1494 aa  2308    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0030504  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5023  YD repeat-containing protein  85.77 
 
 		 1494 aa  2308    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00366927  normal  0.185239 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4951  YD repeat-containing protein  100 
 
 		 1495 aa  3044    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.746977 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1266  YD repeat-containing protein  34.97 
 
 		 1381 aa  618  1e-175  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0341  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  33.48 
 
 		 1527 aa  587  1e-166  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  32.77 
 
 		 1411 aa  534  1e-150  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0410  YD repeat-containing protein  33.98 
 
 		 1189 aa  509  9.999999999999999e-143  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0420  YD repeat protein  32.51 
 
 		 1475 aa  478  1e-133  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0650  YD repeat protein  31.2 
 
 		 1422 aa  472  1.0000000000000001e-131  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.614814  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1504  YD repeat protein  32.33 
 
 		 1457 aa  469  9.999999999999999e-131  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1609  YD repeat protein  31.89 
 
 		 1447 aa  469  9.999999999999999e-131  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2694  YD repeat protein  31.44 
 
 		 1428 aa  466  1e-129  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00194911  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0051  YD repeat protein  31.33 
 
 		 1437 aa  461  9.999999999999999e-129  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08820  Rhs family protein  33.79 
 
 		 1485 aa  453  1e-125  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0271193  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1160  YD repeat protein  31.45 
 
 		 1423 aa  448  1.0000000000000001e-124  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00301652  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32860  Rhs family protein  32.82 
 
 		 1259 aa  423  1e-116  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.390343  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3233  YD repeat protein  31.99 
 
 		 1639 aa  410  1.0000000000000001e-112  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.471244  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2508  YD repeat-containing protein  28.84 
 
 		 1699 aa  406  1e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0105853  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2818  YD repeat protein  31 
 
 		 1679 aa  404  1e-111  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4544  YD repeat protein  32.68 
 
 		 1488 aa  393  1e-107  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0377133  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3079  YD repeat-containing protein  28.59 
 
 		 1505 aa  392  1e-107  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00723203  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2813  YD repeat protein  30.81 
 
 		 1673 aa  393  1e-107  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6958  YD repeat protein  30.9 
 
 		 1495 aa  389  1e-106  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0165328  normal  0.66981 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0585  YD repeat-containing protein  28.96 
 
 		 1600 aa  383  1e-104  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0647  RHS Repeat family protein  28.48 
 
 		 1616 aa  377  1e-103  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2081  YD repeat protein  30.67 
 
 		 1528 aa  378  1e-103  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.359432  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1422  YD repeat-containing protein  30.6 
 
 		 1197 aa  380  1e-103  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.645858  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0572  YD repeat protein  32.23 
 
 		 1509 aa  377  1e-102  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.442069  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8640  YD repeat protein  31.92 
 
 		 1518 aa  369  1e-100  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.357358  normal  0.924086 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8624  YD repeat protein  30.74 
 
 		 1528 aa  369  1e-100  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.165231  normal  0.776649 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3519  YD repeat protein  31.52 
 
 		 1508 aa  358  3.9999999999999996e-97  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0534715  normal  0.146276 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8635  YD repeat protein  30.28 
 
 		 1489 aa  356  2e-96  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128218  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3108  rhs-related protein  27.45 
 
 		 1385 aa  350  1e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.93941 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  27.48 
 
 		 1400 aa  344  9e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4986  YD repeat-containing protein  28.13 
 
 		 1409 aa  343  2e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2568  YD repeat protein  33.26 
 
 		 931 aa  339  1.9999999999999998e-91  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0648  Rhs family protein  28 
 
 		 1446 aa  313  2e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000723582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3881  YD repeat-containing protein  27.81 
 
 		 1386 aa  313  2e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  29.84 
 
 		 1614 aa  309  3e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0403  YD repeat-containing protein  28.54 
 
 		 1390 aa  307  1.0000000000000001e-81  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0333  RHS/YD repeat-containing protein  28.41 
 
 		 1418 aa  306  3.0000000000000004e-81  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  28.75 
 
 		 1572 aa  305  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  29.25 
 
 		 1576 aa  303  2e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0330  RHS/YD repeat-containing protein  28.19 
 
 		 1402 aa  301  9e-80  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.581458  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4805  YD repeat-containing protein  27.17 
 
 		 1229 aa  300  1e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.739306  normal  0.809733 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6210  RHS protein  27.43 
 
 		 1421 aa  300  1e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0158165  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2563  YD repeat-containing protein  28.71 
 
 		 1611 aa  298  4e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  28.11 
 
 		 1550 aa  288  5.999999999999999e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  27.9 
 
 		 1547 aa  288  5.999999999999999e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  28.97 
 
 		 1595 aa  286  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  28.55 
 
 		 1586 aa  285  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  28.31 
 
 		 1520 aa  283  2e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6085  YD repeat-containing protein  27.24 
 
 		 1410 aa  280  2e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.232268  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  26.79 
 
 		 1551 aa  278  7e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  27.76 
 
 		 1527 aa  278  8e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0321  Rhs family protein  27.07 
 
 		 1359 aa  277  9e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.73436  hitchhiker  0.000636537 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2870  YD repeat protein  30.91 
 
 		 2144 aa  277  1.0000000000000001e-72  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0347  YD repeat protein  26.61 
 
 		 1379 aa  275  4.0000000000000004e-72  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4426  Rhs family protein  28.78 
 
 		 1362 aa  275  4.0000000000000004e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.479042 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1283  YD repeat-containing protein  27.51 
 
 		 1531 aa  268  4e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.950777 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3692  RHS/YD repeat-containing protein  25.97 
 
 		 1419 aa  266  1e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.333413  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3788  YD repeat-containing protein  27.12 
 
 		 1554 aa  265  3e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0253716  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3481  YD repeat-containing protein  27.94 
 
 		 1586 aa  264  8e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.130925  normal  0.269624 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  27.98 
 
 		 1560 aa  261  7e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4797  rhs-related transmembrane protein, YD repeat protein  27.57 
 
 		 1626 aa  260  1e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4580  YD repeat protein  27.63 
 
 		 1401 aa  259  3e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.315308  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0331  Rhs family protein  27.01 
 
 		 1568 aa  256  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2740  YD repeat-containing protein  26.34 
 
 		 1602 aa  255  5.000000000000001e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0248  YD repeat protein  27.42 
 
 		 1434 aa  251  5e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  28.94 
 
 		 1609 aa  251  1e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  27.39 
 
 		 1352 aa  248  4.9999999999999997e-64  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4990  YD repeat-containing protein  28.88 
 
 		 867 aa  243  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4085  RHS family protein, putative  25.68 
 
 		 1530 aa  242  5e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.572678  normal  0.0133781 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2434  RHS protein  27.3 
 
 		 1348 aa  241  5.999999999999999e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3480  YD repeat-containing protein  27.24 
 
 		 1620 aa  239  2e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.219558 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6418  YD repeat-containing protein  26.19 
 
 		 1368 aa  239  2e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0100911  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1826  Rhs family protein  25.81 
 
 		 1429 aa  236  2.0000000000000002e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831768  normal  0.546607 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0267  rhsD protein  27.05 
 
 		 1539 aa  234  1e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1472  YD repeat-containing protein  28.01 
 
 		 1600 aa  226  2e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.059879  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2613  YD repeat-containing protein  28.99 
 
 		 866 aa  226  2e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.315185 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0317  Rhs family protein  27.92 
 
 		 924 aa  227  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.325486  normal  0.374096 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  26.73 
 
 		 2096 aa  225  4e-57  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2951  RhsD protein  25.73 
 
 		 1539 aa  225  6e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05538  RHS Repeat family  26.82 
 
 		 1579 aa  222  3.9999999999999997e-56  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0425564  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003490  Rhs family protein  25.65 
 
 		 1384 aa  221  7e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4081  Rhs family protein  27 
 
 		 1140 aa  221  7.999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.451767  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1171  rhsD protein  27.18 
 
 		 1543 aa  221  7.999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00285  RhsD protein  26.72 
 
 		 1428 aa  221  7.999999999999999e-56  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0673678  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3178  type VI secretion system Vgr family protein  25.83 
 
 		 1981 aa  221  1e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.568675 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2806  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  27.09 
 
 		 1552 aa  220  2e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0499  YD repeat-containing protein  27.41 
 
 		 1604 aa  214  7.999999999999999e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>