More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4085 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4085  RHS family protein, putative  100 
 
 		 1530 aa  3156    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.572678  normal  0.0133781 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0331  Rhs family protein  35.33 
 
 		 1568 aa  797    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1283  YD repeat-containing protein  37.28 
 
 		 1531 aa  870    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.950777 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6210  RHS protein  35.08 
 
 		 1421 aa  630  1e-179  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0158165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0648  Rhs family protein  34.02 
 
 		 1446 aa  632  1e-179  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000723582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  36.03 
 
 		 1411 aa  627  1e-178  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  33.45 
 
 		 1400 aa  611  1e-173  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4986  YD repeat-containing protein  32.69 
 
 		 1409 aa  608  9.999999999999999e-173  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3108  rhs-related protein  32.82 
 
 		 1385 aa  595  1e-168  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.93941 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3881  YD repeat-containing protein  33.23 
 
 		 1386 aa  587  1e-166  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0317  Rhs family protein  39.61 
 
 		 924 aa  558  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.325486  normal  0.374096 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6085  YD repeat-containing protein  31.74 
 
 		 1410 aa  541  9.999999999999999e-153  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.232268  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4805  YD repeat-containing protein  33.23 
 
 		 1229 aa  536  1e-150  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.739306  normal  0.809733 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4426  Rhs family protein  33.1 
 
 		 1362 aa  503  1e-140  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.479042 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3692  RHS/YD repeat-containing protein  30.83 
 
 		 1419 aa  478  1e-133  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.333413  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0321  Rhs family protein  31.09 
 
 		 1359 aa  477  1e-133  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.73436  hitchhiker  0.000636537 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2613  YD repeat-containing protein  39.72 
 
 		 866 aa  474  1e-132  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.315185 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2838  YD repeat-containing protein  31.63 
 
 		 1654 aa  473  1.0000000000000001e-131  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0573188  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4081  Rhs family protein  31.72 
 
 		 1140 aa  458  1e-127  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.451767  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3481  YD repeat-containing protein  30.29 
 
 		 1586 aa  459  1e-127  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.130925  normal  0.269624 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0333  RHS/YD repeat-containing protein  29.67 
 
 		 1418 aa  456  1.0000000000000001e-126  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4990  YD repeat-containing protein  38.1 
 
 		 867 aa  456  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2434  RHS protein  31.79 
 
 		 1348 aa  452  1e-125  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0347  YD repeat protein  28.54 
 
 		 1379 aa  452  1e-125  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0330  RHS/YD repeat-containing protein  30.05 
 
 		 1402 aa  447  1.0000000000000001e-124  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.581458  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0403  YD repeat-containing protein  30.08 
 
 		 1390 aa  447  1.0000000000000001e-124  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3345  YD repeat-containing protein  31.09 
 
 		 1583 aa  436  1e-120  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.370886  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3788  YD repeat-containing protein  30.36 
 
 		 1554 aa  433  1e-119  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0253716  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3344  PAAR  30.39 
 
 		 1494 aa  422  1e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0030504  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5023  YD repeat-containing protein  30.39 
 
 		 1494 aa  422  1e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00366927  normal  0.185239 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0499  YD repeat-containing protein  31.02 
 
 		 1604 aa  421  1e-116  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  29.07 
 
 		 1547 aa  389  1e-106  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  29.58 
 
 		 1560 aa  386  1e-105  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  29.01 
 
 		 1520 aa  385  1e-105  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  29.03 
 
 		 1550 aa  385  1e-105  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3178  type VI secretion system Vgr family protein  29.43 
 
 		 1981 aa  372  1e-101  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.568675 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  27.92 
 
 		 1527 aa  369  1e-100  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  27.97 
 
 		 1551 aa  369  1e-100  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2740  YD repeat-containing protein  27.72 
 
 		 1602 aa  361  7e-98  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1826  Rhs family protein  28.86 
 
 		 1429 aa  346  2e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831768  normal  0.546607 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2563  YD repeat-containing protein  28.77 
 
 		 1611 aa  343  2e-92  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  28.03 
 
 		 1572 aa  327  1e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0373  Rhs family protein  31.91 
 
 		 855 aa  321  7.999999999999999e-86  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  27.76 
 
 		 1614 aa  320  9e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  27.04 
 
 		 1576 aa  315  4.999999999999999e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2525  YD repeat-containing protein  38.86 
 
 		 561 aa  315  5.999999999999999e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.949888 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  27.07 
 
 		 1586 aa  311  6.999999999999999e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  27.03 
 
 		 1595 aa  311  6.999999999999999e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  26.64 
 
 		 1609 aa  308  7e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3480  YD repeat-containing protein  27.28 
 
 		 1620 aa  298  4e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.219558 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0131  Rhs1 protein  27.71 
 
 		 1150 aa  293  1e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.462528  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0168  Rhs1 protein  27.27 
 
 		 1150 aa  293  2e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1615  Rhs1 protein  27.19 
 
 		 1150 aa  291  5.0000000000000004e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0145  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  27.36 
 
 		 1150 aa  291  8e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4997  YD repeat-containing protein  35.46 
 
 		 555 aa  284  8.000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08820  Rhs family protein  27.24 
 
 		 1485 aa  283  2e-74  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0271193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6684  YD repeat-containing protein  26.41 
 
 		 1149 aa  275  3e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.198743  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4797  rhs-related transmembrane protein, YD repeat protein  27.4 
 
 		 1626 aa  271  8e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4473  protein rhsA precursor  26.08 
 
 		 1365 aa  261  7e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0299  YD repeat-containing protein  29.34 
 
 		 1525 aa  261  7e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4482  YD repeat-containing protein  29.74 
 
 		 1528 aa  260  1e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2521  YD repeat-containing protein  29.64 
 
 		 1509 aa  260  1e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1322  substrate-binding repeat-containing protein  25.33 
 
 		 1541 aa  258  5e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1403  substrate-binding repeat-containing protein  25.18 
 
 		 1541 aa  258  7e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2570  YD repeat-containing protein  25.31 
 
 		 1541 aa  258  8e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0509  YD repeat-containing protein  25.35 
 
 		 1541 aa  256  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0575036  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1059  YD repeat-containing protein  25.35 
 
 		 1541 aa  256  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0238  YD repeat-containing protein  25.35 
 
 		 1541 aa  256  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.691901  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5261  YD repeat-containing protein  27.13 
 
 		 1487 aa  255  4.0000000000000004e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.792751 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3519  YD repeat protein  25.3 
 
 		 1508 aa  250  1e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0534715  normal  0.146276 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8624  YD repeat protein  26.85 
 
 		 1528 aa  249  3e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.165231  normal  0.776649 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003490  Rhs family protein  25.97 
 
 		 1384 aa  248  6.999999999999999e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8635  YD repeat protein  25.43 
 
 		 1489 aa  247  9.999999999999999e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128218  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1266  YD repeat-containing protein  25.64 
 
 		 1381 aa  246  1.9999999999999999e-63  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3233  YD repeat protein  27.53 
 
 		 1639 aa  246  3e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.471244  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3959  hypothetical protein  27.34 
 
 		 1319 aa  246  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2818  YD repeat protein  28.16 
 
 		 1679 aa  244  7e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3017  YD repeat-containing protein  27.4 
 
 		 1149 aa  243  2e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2355  YD repeat-containing protein  24.83 
 
 		 1494 aa  241  1e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29400  hypothetical protein  28.31 
 
 		 1317 aa  239  2e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2570  YD repeat-containing protein  27.08 
 
 		 1565 aa  238  5.0000000000000005e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.332337  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2577  YD repeat-containing protein  27.08 
 
 		 1565 aa  238  5.0000000000000005e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.328115  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4951  YD repeat-containing protein  25.93 
 
 		 1495 aa  237  1.0000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.746977 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0572  YD repeat protein  26.36 
 
 		 1509 aa  237  2.0000000000000002e-60  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.442069  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2081  YD repeat protein  25.8 
 
 		 1528 aa  234  9e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.359432  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0252  RHS Repeat family protein  27.51 
 
 		 1410 aa  234  1e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.661469 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0246  Rhs protein  26.64 
 
 		 1415 aa  231  8e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0650  YD repeat protein  24.07 
 
 		 1422 aa  231  1e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.614814  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8640  YD repeat protein  26.03 
 
 		 1518 aa  229  4e-58  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.357358  normal  0.924086 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1434  YD repeat-containing protein  24.21 
 
 		 1553 aa  228  5.0000000000000005e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.16383  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4544  YD repeat protein  27.82 
 
 		 1488 aa  228  8e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0377133  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1422  YD repeat-containing protein  27.16 
 
 		 1197 aa  227  1e-57  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.645858  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4988  YD repeat-containing protein  38.6 
 
 		 480 aa  227  1e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05482  putative RHS-related transmembrane protein  25.91 
 
 		 1517 aa  226  3e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.489685  normal  0.876645 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0601  RHS Repeat family protein  26.86 
 
 		 1398 aa  226  3e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0248  YD repeat protein  24.77 
 
 		 1434 aa  225  4e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  24.74 
 
 		 2096 aa  225  4.9999999999999996e-57  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  26.83 
 
 		 1352 aa  224  9.999999999999999e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2201  YD repeat-containing protein  26.69 
 
 		 1268 aa  223  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0727  protein rhsA precursor  26.45 
 
 		 1397 aa  222  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>