More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3683 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_1923  peptidoglycan-binding LysM  99.98 
 
 		 5189 aa  9189    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3683  peptidoglycan-binding LysM  100 
 
 		 5236 aa  10710    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2290  YD repeat protein  26.85 
 
 		 6272 aa  434  1e-119  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3674  hypothetical protein  93.81 
 
 		 194 aa  381  1e-103  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0012  YD repeat protein  24.05 
 
 		 3027 aa  216  9e-54  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1050  YD repeat protein  23.91 
 
 		 2731 aa  206  9.999999999999999e-51  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3576  YD repeat protein  24.53 
 
 		 2149 aa  199  1e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.971607  hitchhiker  0.00854554 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  25.93 
 
 		 2096 aa  181  4e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_011727  PCC8801_4560  YD repeat protein  25.09 
 
 		 1485 aa  161  3e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4514  YD repeat-containing protein  23.56 
 
 		 3689 aa  159  2e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.40016 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  24.26 
 
 		 2277 aa  159  2e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1373  YD repeat-containing protein  21.66 
 
 		 1917 aa  151  3e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0346  YD repeat-containing protein  21.94 
 
 		 2035 aa  147  4e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2902  YD repeat protein  24.39 
 
 		 1271 aa  142  1e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.729617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3232  YD repeat-containing protein  24.36 
 
 		 1669 aa  137  7.999999999999999e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0004  YD repeat-containing protein  23.78 
 
 		 1942 aa  136  1.0000000000000001e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0009  YD repeat-containing protein  21.55 
 
 		 1840 aa  134  5.0000000000000004e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.886586  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1691a  wall-associated protein precursor  24.52 
 
 		 1987 aa  132  2.0000000000000002e-28  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1371  YD repeat-containing protein  21.53 
 
 		 1959 aa  131  4.0000000000000003e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  26.24 
 
 		 1352 aa  124  4.9999999999999996e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2934  YD repeat protein  24.24 
 
 		 1953 aa  120  5e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.601825 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0303  YD repeat-containing protein  23.23 
 
 		 3273 aa  115  3e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1422  YD repeat-containing protein  25.04 
 
 		 1197 aa  114  4.0000000000000004e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.645858  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1472  YD repeat-containing protein  24.86 
 
 		 1600 aa  114  4.0000000000000004e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.059879  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32860  Rhs family protein  25.4 
 
 		 1259 aa  114  5e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.390343  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05538  RHS Repeat family  23 
 
 		 1579 aa  113  8.000000000000001e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0425564  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00285  RhsD protein  23 
 
 		 1428 aa  113  1e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0673678  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2081  YD repeat protein  23.93 
 
 		 1528 aa  112  3e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.359432  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4544  YD repeat protein  25.16 
 
 		 1488 aa  110  6e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0377133  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  27.25 
 
 		 1609 aa  109  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0941  YD repeat protein  25 
 
 		 1467 aa  109  1e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.125138  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0248  YD repeat protein  27.88 
 
 		 1434 aa  106  9e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  22.84 
 
 		 1547 aa  106  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8640  YD repeat protein  24.21 
 
 		 1518 aa  105  2e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.357358  normal  0.924086 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2036  YD repeat-containing protein  23.76 
 
 		 3073 aa  105  2e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4797  rhs-related transmembrane protein, YD repeat protein  24.89 
 
 		 1626 aa  106  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5510  YD repeat-containing protein  23.81 
 
 		 1390 aa  105  3e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.162905  normal  0.931179 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0331  Rhs family protein  24.59 
 
 		 1568 aa  104  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0347  YD repeat protein  22.35 
 
 		 1379 aa  104  5e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  22.6 
 
 		 1520 aa  103  7e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3052  YD repeat-containing protein  21.78 
 
 		 2942 aa  103  8e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3481  YD repeat-containing protein  26.34 
 
 		 1586 aa  103  1e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.130925  normal  0.269624 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0317  Rhs family protein  24.85 
 
 		 924 aa  103  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.325486  normal  0.374096 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1171  rhsD protein  25.52 
 
 		 1543 aa  102  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2806  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  25.52 
 
 		 1552 aa  102  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3519  YD repeat protein  25.05 
 
 		 1508 aa  101  5e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0534715  normal  0.146276 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2951  RhsD protein  23.33 
 
 		 1539 aa  100  6e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3480  YD repeat-containing protein  29.14 
 
 		 1620 aa  100  7e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.219558 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8624  YD repeat protein  22.86 
 
 		 1528 aa  100  7e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.165231  normal  0.776649 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0267  rhsD protein  22.73 
 
 		 1539 aa  100  1e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1283  YD repeat-containing protein  26.19 
 
 		 1531 aa  99.4  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.950777 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3788  YD repeat-containing protein  23.55 
 
 		 1554 aa  99  2e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0253716  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2740  YD repeat-containing protein  23.66 
 
 		 1602 aa  98.6  3e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  23.82 
 
 		 1595 aa  98.2  3e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8635  YD repeat protein  24.65 
 
 		 1489 aa  98.6  3e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128218  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3178  type VI secretion system Vgr family protein  26.48 
 
 		 1981 aa  97.8  5e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.568675 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00283  RhsD protein  26.61 
 
 		 613 aa  97.8  5e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.333499  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1826  Rhs family protein  27.41 
 
 		 1429 aa  97.4  6e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831768  normal  0.546607 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  21.71 
 
 		 1550 aa  97.1  7e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08820  Rhs family protein  24.65 
 
 		 1485 aa  97.1  8e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0271193  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  23.82 
 
 		 1586 aa  97.1  8e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  23.38 
 
 		 1551 aa  97.1  9e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  22.33 
 
 		 1527 aa  95.9  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  23.53 
 
 		 1614 aa  95.5  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0173  Rhs family protein  24.74 
 
 		 1381 aa  95.1  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3488  YD repeat-containing protein  24.43 
 
 		 1023 aa  95.1  3e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0275829 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2453  YD repeat-containing protein  24.62 
 
 		 1177 aa  95.1  4e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0637205 
 
 
-
 
NC_003296  RS05482  putative RHS-related transmembrane protein  23.74 
 
 		 1517 aa  94.7  5e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.489685  normal  0.876645 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  23.07 
 
 		 1560 aa  94  7e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3959  hypothetical protein  26.05 
 
 		 1319 aa  94  7e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  24.28 
 
 		 1576 aa  93.6  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2647  YD repeat-containing protein  24.58 
 
 		 934 aa  93.2  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.217872  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0601  RHS Repeat family protein  23.75 
 
 		 1398 aa  93.6  1e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4142  YD repeat protein  25.17 
 
 		 1046 aa  92.4  2e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2104  rhsD protein  24.45 
 
 		 1593 aa  92.4  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0967057  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1403  substrate-binding repeat-containing protein  24.28 
 
 		 1541 aa  92  2e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0794  RHS repeat protein  22.54 
 
 		 1399 aa  92  2e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0572  YD repeat protein  24.92 
 
 		 1509 aa  92  3e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.442069  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1059  YD repeat-containing protein  24.09 
 
 		 1541 aa  91.7  3e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0238  YD repeat-containing protein  24.09 
 
 		 1541 aa  91.7  3e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.691901  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1266  YD repeat-containing protein  24.09 
 
 		 1381 aa  92  3e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0748  RhsC protein  24.52 
 
 		 1397 aa  92  3e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0234  YD repeat-containing protein  22.95 
 
 		 1411 aa  91.7  3e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0509  YD repeat-containing protein  24.09 
 
 		 1541 aa  91.7  3e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0575036  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2955  YD repeat-containing protein  22.95 
 
 		 1397 aa  92  3e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3681  RhsB protein  24.52 
 
 		 1411 aa  91.7  4e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2936  YD repeat protein  25.18 
 
 		 1397 aa  90.9  5e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03331  rhsB element core protein RshB  24.52 
 
 		 1411 aa  90.9  6e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3345  YD repeat-containing protein  24.54 
 
 		 1583 aa  90.9  6e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.370886  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03284  hypothetical protein  24.52 
 
 		 1411 aa  90.9  6e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3459  YD repeat-containing protein  24.56 
 
 		 3193 aa  90.9  7e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0766  YD repeat-containing protein  22.51 
 
 		 1466 aa  90.5  8e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.668703  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0120  YD repeat-containing protein  22.75 
 
 		 1377 aa  90.1  9e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0233  YD repeat protein  22.75 
 
 		 1411 aa  90.1  0.000000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2521  YD repeat-containing protein  25.73 
 
 		 1509 aa  90.1  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2508  YD repeat-containing protein  27.51 
 
 		 1699 aa  89.7  0.000000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0105853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1322  substrate-binding repeat-containing protein  24.13 
 
 		 1541 aa  90.1  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2570  YD repeat-containing protein  24.13 
 
 		 1541 aa  90.1  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5261  YD repeat-containing protein  23.06 
 
 		 1487 aa  90.1  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.792751 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2443  YD repeat-containing protein  25.23 
 
 		 927 aa  89.7  0.000000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>