More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caul_4158 on replicon NC_010338
Organism: Caulobacter sp. K31



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010338  Caul_4158  YD repeat-containing protein  100 
 
 		 1198 aa  2416    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.529985 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2453  YD repeat-containing protein  44.13 
 
 		 1177 aa  586  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0637205 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0173  Rhs family protein  30.98 
 
 		 1381 aa  397  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2443  YD repeat-containing protein  32.03 
 
 		 927 aa  386  1e-105  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20520  hypothetical protein  35.66 
 
 		 903 aa  385  1e-105  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000061545  normal  0.488224 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32830  hypothetical protein  34.36 
 
 		 889 aa  370  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000050197  hitchhiker  0.0000345173 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2322  YD repeat-containing protein  34.03 
 
 		 913 aa  350  1e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.330208  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0941  YD repeat protein  29.12 
 
 		 1467 aa  328  3e-88  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.125138  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2251  YD repeat protein  29.71 
 
 		 1577 aa  314  4.999999999999999e-84  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.37026  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04849  RhsD protein  30.46 
 
 		 917 aa  291  4e-77  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0148662  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04723  RhsD protein  30.04 
 
 		 920 aa  283  1e-74  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.370413  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1946  YD repeat-containing protein  31.84 
 
 		 1433 aa  272  2e-71  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.465933  normal  0.94223 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2437  YD repeat-containing protein  32.65 
 
 		 690 aa  267  1e-69  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04760  putative RHS-related protein  33.12 
 
 		 788 aa  234  9e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05695  putative RHS-related protein  33.12 
 
 		 788 aa  234  9e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00355  putative RHS-related transmembrane protein  33.17 
 
 		 741 aa  233  1e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05537  putative RHS-related protein  32.1 
 
 		 764 aa  228  5.0000000000000005e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.285743  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0017  YD repeat protein  29.47 
 
 		 738 aa  205  4e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.215545  hitchhiker  0.000002636 
 
 
-
 
NC_003296  RS05526  putative RHS-related protein  31.43 
 
 		 705 aa  204  6e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1945  YD repeat-containing protein  32.4 
 
 		 605 aa  199  3e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.312246  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5510  YD repeat-containing protein  26.37 
 
 		 1390 aa  191  5.999999999999999e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.162905  normal  0.931179 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2902  YD repeat protein  25.02 
 
 		 1271 aa  182  4.999999999999999e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.729617  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00576  RhsD protein  30.25 
 
 		 613 aa  178  6e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  25.8 
 
 		 1352 aa  177  9e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3720  YD repeat-containing protein  25.47 
 
 		 1301 aa  172  5e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.148361  decreased coverage  0.000379992 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1472  YD repeat-containing protein  27.33 
 
 		 1600 aa  165  5.0000000000000005e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.059879  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4426  Rhs family protein  25.62 
 
 		 1362 aa  163  1e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.479042 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0347  YD repeat protein  24.95 
 
 		 1379 aa  160  1e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2434  RHS protein  25.19 
 
 		 1348 aa  160  1e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00947  putative RHS-related protein  29.96 
 
 		 499 aa  157  1e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.55464  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  26.28 
 
 		 1572 aa  153  2e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  25.99 
 
 		 1576 aa  151  6e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0129  Rhs family protein  27.03 
 
 		 1427 aa  151  6e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00943  rhs-related protein  29.44 
 
 		 681 aa  150  1.0000000000000001e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.739239 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3881  YD repeat-containing protein  25.03 
 
 		 1386 aa  150  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  25.88 
 
 		 1550 aa  150  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05538  putative RHS-related protein  27.57 
 
 		 818 aa  149  2.0000000000000003e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.252151  normal  0.640714 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  26.29 
 
 		 1614 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08820  Rhs family protein  26.39 
 
 		 1485 aa  149  4.0000000000000006e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0271193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  25.91 
 
 		 1551 aa  148  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00945  rhs-related protein  29.61 
 
 		 587 aa  145  4e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.68449  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  25.86 
 
 		 1547 aa  145  7e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  24.66 
 
 		 1400 aa  144  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4085  RHS family protein, putative  25.92 
 
 		 1530 aa  143  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.572678  normal  0.0133781 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3576  YD repeat protein  24.54 
 
 		 2149 aa  142  3e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.971607  hitchhiker  0.00854554 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0331  Rhs family protein  26.22 
 
 		 1568 aa  142  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  25.21 
 
 		 1560 aa  142  3.9999999999999997e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2613  YD repeat-containing protein  25.16 
 
 		 866 aa  142  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.315185 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0317  Rhs family protein  26.47 
 
 		 924 aa  142  4.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.325486  normal  0.374096 
 
 
-
 
NC_003296  RS00940  rhs-related protein  32.5 
 
 		 468 aa  142  6e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.70443 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  24.87 
 
 		 1520 aa  141  7.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  24.44 
 
 		 2096 aa  140  2e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2563  YD repeat-containing protein  24.13 
 
 		 1611 aa  139  2e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3108  rhs-related protein  24.42 
 
 		 1385 aa  139  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.93941 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2450  RHS protein  37.95 
 
 		 414 aa  139  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.132039 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3178  type VI secretion system Vgr family protein  23.14 
 
 		 1981 aa  139  5e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.568675 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0248  YD repeat protein  25.03 
 
 		 1434 aa  138  7.000000000000001e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  24.57 
 
 		 1411 aa  137  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8635  YD repeat protein  26.72 
 
 		 1489 aa  136  1.9999999999999998e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128218  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5261  YD repeat-containing protein  26.62 
 
 		 1487 aa  136  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.792751 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0346  YD repeat-containing protein  22.69 
 
 		 2035 aa  135  3.9999999999999996e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4986  YD repeat-containing protein  25.24 
 
 		 1409 aa  135  5e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1826  Rhs family protein  24.36 
 
 		 1429 aa  135  5e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831768  normal  0.546607 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  25.83 
 
 		 2277 aa  134  9e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  25.81 
 
 		 1527 aa  134  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3481  YD repeat-containing protein  24.97 
 
 		 1586 aa  133  2.0000000000000002e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.130925  normal  0.269624 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0572  YD repeat protein  26.11 
 
 		 1509 aa  133  2.0000000000000002e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.442069  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4544  YD repeat protein  25.79 
 
 		 1488 aa  132  3e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0377133  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1422  YD repeat-containing protein  25.49 
 
 		 1197 aa  132  3e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.645858  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  24.76 
 
 		 1595 aa  132  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32860  Rhs family protein  24.21 
 
 		 1259 aa  131  7.000000000000001e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.390343  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2934  YD repeat protein  24.41 
 
 		 1953 aa  130  1.0000000000000001e-28  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.601825 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4580  YD repeat protein  22.53 
 
 		 1401 aa  130  2.0000000000000002e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.315308  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  24.97 
 
 		 1586 aa  130  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2808  peptidase C39, bacteriocin processing  26.06 
 
 		 1599 aa  130  2.0000000000000002e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1472  NHL/RHS/YD repeat-containing protein  25.97 
 
 		 1834 aa  129  4.0000000000000003e-28  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0012  YD repeat protein  26.05 
 
 		 3027 aa  128  5e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0648  Rhs family protein  22.75 
 
 		 1446 aa  127  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000723582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3344  PAAR  25.28 
 
 		 1494 aa  125  6e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0030504  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6418  YD repeat-containing protein  22.91 
 
 		 1368 aa  125  6e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0100911  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5023  YD repeat-containing protein  25.28 
 
 		 1494 aa  125  6e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00366927  normal  0.185239 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1050  YD repeat protein  24.37 
 
 		 2731 aa  124  8e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4951  YD repeat-containing protein  26.52 
 
 		 1495 aa  124  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.746977 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8624  YD repeat protein  24.89 
 
 		 1528 aa  123  1.9999999999999998e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.165231  normal  0.776649 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0420  YD repeat protein  24.37 
 
 		 1475 aa  123  3e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05482  putative RHS-related transmembrane protein  25.82 
 
 		 1517 aa  122  3.9999999999999996e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.489685  normal  0.876645 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4990  YD repeat-containing protein  24.58 
 
 		 867 aa  121  6e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3788  YD repeat-containing protein  23.97 
 
 		 1554 aa  121  9e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0253716  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3692  RHS/YD repeat-containing protein  23.67 
 
 		 1419 aa  120  1.9999999999999998e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.333413  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0051  YD repeat protein  23.82 
 
 		 1437 aa  120  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0009  YD repeat-containing protein  23.56 
 
 		 1840 aa  119  5e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.886586  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2740  YD repeat-containing protein  23.43 
 
 		 1602 aa  118  6.9999999999999995e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2568  YD repeat protein  24.33 
 
 		 931 aa  118  7.999999999999999e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  23.57 
 
 		 1609 aa  116  3e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06221  RHS Repeat family  26.32 
 
 		 1345 aa  115  4.0000000000000004e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0388129  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05631  RHS Repeat family  26.32 
 
 		 1345 aa  115  4.0000000000000004e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.000440631  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0321  Rhs family protein  25.06 
 
 		 1359 aa  115  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.73436  hitchhiker  0.000636537 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2813  YD repeat protein  26.01 
 
 		 1673 aa  115  7.000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06218  Rhs family protein  26.12 
 
 		 1008 aa  115  7.000000000000001e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.374255  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00948  Rhs family protein  26.12 
 
 		 1008 aa  115  7.000000000000001e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00234387  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>