More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS00355 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS00355  putative RHS-related transmembrane protein  100 
 
 		 741 aa  1493    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00940  rhs-related protein  86.18 
 
 		 468 aa  755    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.70443 
 
 
-
 
NC_003296  RS04760  putative RHS-related protein  86.47 
 
 		 788 aa  1065    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05526  putative RHS-related protein  80.99 
 
 		 705 aa  890    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05537  putative RHS-related protein  82.48 
 
 		 764 aa  1013    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.285743  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05695  putative RHS-related protein  86.47 
 
 		 788 aa  1065    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0173  Rhs family protein  37.9 
 
 		 1381 aa  310  6.999999999999999e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20520  hypothetical protein  36.77 
 
 		 903 aa  308  3e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000061545  normal  0.488224 
 
 
-
 
NC_003296  RS00908  putative RSH-related protein  83.23 
 
 		 319 aa  301  3e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.303359 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04849  RhsD protein  34.45 
 
 		 917 aa  294  4e-78  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0148662  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2251  YD repeat protein  35.89 
 
 		 1577 aa  290  7e-77  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.37026  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2322  YD repeat-containing protein  34.55 
 
 		 913 aa  290  7e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.330208  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0941  YD repeat protein  37.28 
 
 		 1467 aa  290  9e-77  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.125138  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04723  RhsD protein  33.92 
 
 		 920 aa  281  4e-74  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.370413  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32830  hypothetical protein  34.62 
 
 		 889 aa  281  4e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000050197  hitchhiker  0.0000345173 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2443  YD repeat-containing protein  33.12 
 
 		 927 aa  259  2e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00576  RhsD protein  36.07 
 
 		 613 aa  251  3e-65  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3720  YD repeat-containing protein  31.26 
 
 		 1301 aa  251  3e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.148361  decreased coverage  0.000379992 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1946  YD repeat-containing protein  33.39 
 
 		 1433 aa  246  8e-64  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.465933  normal  0.94223 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2437  YD repeat-containing protein  33.72 
 
 		 690 aa  242  2e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4158  YD repeat-containing protein  33.17 
 
 		 1198 aa  234  5e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.529985 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0017  YD repeat protein  32.34 
 
 		 738 aa  233  8.000000000000001e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.215545  hitchhiker  0.000002636 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1945  YD repeat-containing protein  32.9 
 
 		 605 aa  205  2e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.312246  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2292  hypothetical protein  39 
 
 		 347 aa  204  4e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  28.7 
 
 		 1352 aa  173  9e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3459  YD repeat-containing protein  28.99 
 
 		 3193 aa  165  4.0000000000000004e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1472  YD repeat-containing protein  29.67 
 
 		 1600 aa  163  1e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.059879  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5510  YD repeat-containing protein  28.53 
 
 		 1390 aa  157  9e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.162905  normal  0.931179 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2453  YD repeat-containing protein  35.08 
 
 		 1177 aa  155  2e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0637205 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1283  YD repeat-containing protein  29.04 
 
 		 1531 aa  155  2.9999999999999998e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.950777 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  28.32 
 
 		 2096 aa  154  4e-36  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1826  Rhs family protein  24.59 
 
 		 1429 aa  148  3e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831768  normal  0.546607 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2740  YD repeat-containing protein  25.83 
 
 		 1602 aa  148  4.0000000000000006e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  25.38 
 
 		 1560 aa  148  5e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  27.2 
 
 		 1586 aa  146  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  27.13 
 
 		 1595 aa  145  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0842  YD repeat-containing protein  31.17 
 
 		 2831 aa  144  5e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2808  peptidase C39, bacteriocin processing  29.41 
 
 		 1599 aa  144  8e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1156  YD repeat-containing protein  29.96 
 
 		 2961 aa  143  9.999999999999999e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2902  YD repeat protein  28.28 
 
 		 1271 aa  143  9.999999999999999e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.729617  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3788  YD repeat-containing protein  25.93 
 
 		 1554 aa  141  3.9999999999999997e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0253716  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8640  YD repeat protein  27.42 
 
 		 1518 aa  140  8.999999999999999e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.357358  normal  0.924086 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  23.89 
 
 		 1550 aa  139  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4063  NHL repeat-containing protein  28.99 
 
 		 1763 aa  139  2e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.512891  normal  0.666526 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  24.69 
 
 		 1576 aa  137  5e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3178  type VI secretion system Vgr family protein  25.67 
 
 		 1981 aa  137  6.0000000000000005e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.568675 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  30.23 
 
 		 2277 aa  137  7.000000000000001e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2563  YD repeat-containing protein  26.62 
 
 		 1611 aa  137  7.000000000000001e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  26.99 
 
 		 1614 aa  137  8e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  24.97 
 
 		 1572 aa  135  3e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2934  YD repeat protein  27.43 
 
 		 1953 aa  135  3e-30  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.601825 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3576  YD repeat protein  25.87 
 
 		 2149 aa  134  6e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.971607  hitchhiker  0.00854554 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1475  YD repeat-containing protein  28.05 
 
 		 2294 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.705972 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2355  YD repeat-containing protein  24.42 
 
 		 1494 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  23.97 
 
 		 1551 aa  132  3e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003490  Rhs family protein  24.68 
 
 		 1384 aa  131  4.0000000000000003e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4990  YD repeat-containing protein  26.58 
 
 		 867 aa  130  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08820  Rhs family protein  26.19 
 
 		 1485 aa  130  1.0000000000000001e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0271193  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4544  YD repeat protein  28.3 
 
 		 1488 aa  130  1.0000000000000001e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0377133  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1422  YD repeat-containing protein  25.98 
 
 		 1197 aa  129  2.0000000000000002e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.645858  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  23.29 
 
 		 1520 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4986  YD repeat-containing protein  26 
 
 		 1409 aa  128  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1472  NHL/RHS/YD repeat-containing protein  27.92 
 
 		 1834 aa  127  6e-28  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0331  Rhs family protein  26.19 
 
 		 1568 aa  127  8.000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8635  YD repeat protein  25.96 
 
 		 1489 aa  127  9e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128218  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0410  YD repeat-containing protein  25.1 
 
 		 1189 aa  127  9e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  23.82 
 
 		 1527 aa  127  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2298  YD repeat protein  25.5 
 
 		 1338 aa  126  1e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0129  Rhs family protein  28.55 
 
 		 1427 aa  127  1e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2450  RHS protein  39.59 
 
 		 414 aa  126  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.132039 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  23.41 
 
 		 1547 aa  125  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0317  Rhs family protein  26.32 
 
 		 924 aa  125  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.325486  normal  0.374096 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4426  Rhs family protein  26.72 
 
 		 1362 aa  125  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.479042 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  25.95 
 
 		 1400 aa  124  6e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3233  YD repeat protein  25.19 
 
 		 1639 aa  124  6e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.471244  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1158  YD repeat-containing protein  27.48 
 
 		 1517 aa  123  9.999999999999999e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0480723  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2813  YD repeat protein  24 
 
 		 1673 aa  123  9.999999999999999e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2434  RHS protein  27.12 
 
 		 1348 aa  123  9.999999999999999e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1938  YD repeat protein  25.98 
 
 		 678 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2213  RhsD protein precursor  54.39 
 
 		 207 aa  122  3e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.017753  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  23.12 
 
 		 1609 aa  121  3.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0341  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  25.24 
 
 		 1527 aa  121  4.9999999999999996e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32860  Rhs family protein  25.15 
 
 		 1259 aa  120  6e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.390343  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3108  rhs-related protein  26.23 
 
 		 1385 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.93941 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0009  YD repeat-containing protein  24.7 
 
 		 1840 aa  119  1.9999999999999998e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.886586  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3692  RHS/YD repeat-containing protein  26.08 
 
 		 1419 aa  118  3e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.333413  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0012  YD repeat protein  25.49 
 
 		 3027 aa  118  3e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6111  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  27.94 
 
 		 1558 aa  118  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.25246 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0648  Rhs family protein  26.62 
 
 		 1446 aa  118  3.9999999999999997e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000723582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0004  YD repeat-containing protein  23.71 
 
 		 1942 aa  118  5e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2167  YD repeat-containing protein  29.64 
 
 		 2003 aa  117  5e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.154621 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2818  YD repeat protein  23.95 
 
 		 1679 aa  118  5e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00948  Rhs family protein  26.92 
 
 		 1008 aa  117  6.9999999999999995e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00234387  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06218  Rhs family protein  26.92 
 
 		 1008 aa  117  6.9999999999999995e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.374255  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1130  wall-associated protein  25.99 
 
 		 2225 aa  117  7.999999999999999e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.490053  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0347  YD repeat protein  24.85 
 
 		 1379 aa  116  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  25.64 
 
 		 1411 aa  116  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0572  YD repeat protein  25.89 
 
 		 1509 aa  115  2.0000000000000002e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.442069  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2036  YD repeat-containing protein  27.62 
 
 		 3073 aa  115  2.0000000000000002e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4802  hypothetical protein  25.51 
 
 		 2017 aa  115  3e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.772458  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>