More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS05537 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RS00355  putative RHS-related transmembrane protein  82.48 
 
 
741 aa  1035    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS00940  rhs-related protein  83.11 
 
 
468 aa  743    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.70443 
 
 
-
 
NC_003296  RS04760  putative RHS-related protein  84.38 
 
 
788 aa  1048    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05526  putative RHS-related protein  81.36 
 
 
705 aa  1065    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05537  putative RHS-related protein  100 
 
 
764 aa  1547    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.285743  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05695  putative RHS-related protein  84.38 
 
 
788 aa  1048    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20520  hypothetical protein  37.34 
 
 
903 aa  311  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000061545  normal  0.488224 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04849  RhsD protein  36.94 
 
 
917 aa  309  1.0000000000000001e-82  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0148662  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2322  YD repeat-containing protein  35.4 
 
 
913 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.330208  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS00908  putative RSH-related protein  82.86 
 
 
319 aa  305  2.0000000000000002e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.303359 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0173  Rhs family protein  37.73 
 
 
1381 aa  304  5.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04723  RhsD protein  36.13 
 
 
920 aa  301  2e-80  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.370413  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0941  YD repeat protein  37.36 
 
 
1467 aa  300  9e-80  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.125138  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32830  hypothetical protein  36.74 
 
 
889 aa  294  3e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000050197  hitchhiker  0.0000345173 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2443  YD repeat-containing protein  35.02 
 
 
927 aa  288  2.9999999999999996e-76  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2251  YD repeat protein  35.29 
 
 
1577 aa  283  8.000000000000001e-75  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.37026  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00576  RhsD protein  38.36 
 
 
613 aa  265  3e-69  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2437  YD repeat-containing protein  35.27 
 
 
690 aa  263  1e-68  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1946  YD repeat-containing protein  33.33 
 
 
1433 aa  252  2e-65  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.465933  normal  0.94223 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3720  YD repeat-containing protein  30.33 
 
 
1301 aa  234  6e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.148361  decreased coverage  0.000379992 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4158  YD repeat-containing protein  32.15 
 
 
1198 aa  232  2e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.529985 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0017  YD repeat protein  31.09 
 
 
738 aa  223  8e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.215545  hitchhiker  0.000002636 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2292  hypothetical protein  38.53 
 
 
347 aa  213  1e-53  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1945  YD repeat-containing protein  31.39 
 
 
605 aa  206  2e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.312246  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1472  YD repeat-containing protein  27.75 
 
 
1600 aa  164  4.0000000000000004e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.059879  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3459  YD repeat-containing protein  28.55 
 
 
3193 aa  160  1e-37  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  28.48 
 
 
1352 aa  158  3e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2563  YD repeat-containing protein  26.6 
 
 
1611 aa  149  2.0000000000000003e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5510  YD repeat-containing protein  27.83 
 
 
1390 aa  147  7.0000000000000006e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.162905  normal  0.931179 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2453  YD repeat-containing protein  33.51 
 
 
1177 aa  146  2e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0637205 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1826  Rhs family protein  25.74 
 
 
1429 aa  144  4e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831768  normal  0.546607 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  27.25 
 
 
2096 aa  141  3.9999999999999997e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  26.26 
 
 
1595 aa  141  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  26.21 
 
 
1586 aa  140  8.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  25.91 
 
 
1576 aa  140  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3576  YD repeat protein  25.9 
 
 
2149 aa  139  2e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.971607  hitchhiker  0.00854554 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4063  NHL repeat-containing protein  28.22 
 
 
1763 aa  137  6.0000000000000005e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.512891  normal  0.666526 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  25.36 
 
 
1560 aa  137  7.000000000000001e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1475  YD repeat-containing protein  28.26 
 
 
2294 aa  137  9.999999999999999e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.705972 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0009  YD repeat-containing protein  24.23 
 
 
1840 aa  135  3.9999999999999996e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.886586  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  25.52 
 
 
1614 aa  134  5e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1156  YD repeat-containing protein  28.14 
 
 
2961 aa  133  1.0000000000000001e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8640  YD repeat protein  26.82 
 
 
1518 aa  132  2.0000000000000002e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.357358  normal  0.924086 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4802  hypothetical protein  26.4 
 
 
2017 aa  132  3e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.772458  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  24.59 
 
 
1572 aa  131  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2902  YD repeat protein  26.13 
 
 
1271 aa  130  7.000000000000001e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.729617  normal 
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2808  peptidase C39, bacteriocin processing  27.01 
 
 
1599 aa  130  9.000000000000001e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0004  YD repeat-containing protein  23.83 
 
 
1942 aa  130  1.0000000000000001e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3178  type VI secretion system Vgr family protein  26.37 
 
 
1981 aa  130  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.568675 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3233  YD repeat protein  25.89 
 
 
1639 aa  129  3e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.471244  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1283  YD repeat-containing protein  25.53 
 
 
1531 aa  128  5e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.950777 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1373  YD repeat-containing protein  24.1 
 
 
1917 aa  127  6e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8635  YD repeat protein  26.66 
 
 
1489 aa  127  6e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128218  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1472  NHL/RHS/YD repeat-containing protein  25.65 
 
 
1834 aa  127  6e-28  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3788  YD repeat-containing protein  24.87 
 
 
1554 aa  127  8.000000000000001e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0253716  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2450  RHS protein  38.54 
 
 
414 aa  127  1e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.132039 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1373  integrins alpha chain  26.97 
 
 
1976 aa  126  1e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2934  YD repeat protein  27.43 
 
 
1953 aa  127  1e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.601825 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1158  YD repeat-containing protein  26.91 
 
 
1517 aa  126  2e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0480723  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003490  Rhs family protein  24.55 
 
 
1384 aa  125  3e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  28.27 
 
 
2277 aa  124  5e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0317  Rhs family protein  26.04 
 
 
924 aa  123  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.325486  normal  0.374096 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0129  Rhs family protein  27.31 
 
 
1427 aa  123  9.999999999999999e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4544  YD repeat protein  27.61 
 
 
1488 aa  123  1.9999999999999998e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0377133  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0331  Rhs family protein  26.27 
 
 
1568 aa  121  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1371  YD repeat-containing protein  25.3 
 
 
1959 aa  121  6e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  25.17 
 
 
1550 aa  120  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1130  wall-associated protein  25.42 
 
 
2225 aa  119  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.490053  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0842  YD repeat-containing protein  29.52 
 
 
2831 aa  119  1.9999999999999998e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08820  Rhs family protein  24.28 
 
 
1485 aa  118  3.9999999999999997e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0271193  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2813  YD repeat protein  25.72 
 
 
1673 aa  118  5e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6111  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  26.93 
 
 
1558 aa  116  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.25246 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1938  YD repeat protein  26.12 
 
 
678 aa  117  1.0000000000000001e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3884  YD repeat protein  27.46 
 
 
1879 aa  116  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4426  Rhs family protein  25.11 
 
 
1362 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.479042 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2355  YD repeat-containing protein  23.85 
 
 
1494 aa  116  2.0000000000000002e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  23.78 
 
 
1520 aa  116  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0341  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  24.76 
 
 
1527 aa  115  3e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0346  YD repeat-containing protein  24.09 
 
 
2035 aa  115  3e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2699  YD repeat protein  23.91 
 
 
1892 aa  115  4.0000000000000004e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.499088  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0188  YD repeat-containing protein  26.05 
 
 
1147 aa  114  5e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.336651  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  23.8 
 
 
1609 aa  114  5e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2818  YD repeat protein  25.26 
 
 
1679 aa  114  6e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2434  RHS protein  24.48 
 
 
1348 aa  114  6e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1967  YD repeat-containing protein  27.09 
 
 
2486 aa  114  6e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1558  YD repeat-containing protein  22.59 
 
 
3320 aa  114  7.000000000000001e-24  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0012  YD repeat protein  24.37 
 
 
3027 aa  114  8.000000000000001e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4085  RHS family protein, putative  23.16 
 
 
1530 aa  113  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.572678  normal  0.0133781 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2081  YD repeat protein  26.76 
 
 
1528 aa  113  1.0000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.359432  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0410  YD repeat-containing protein  24.83 
 
 
1189 aa  113  1.0000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1899  YD repeat-containing protein  30.14 
 
 
423 aa  112  2.0000000000000002e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.126482  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4990  YD repeat-containing protein  25.93 
 
 
867 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  26.47 
 
 
1411 aa  112  3e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00948  Rhs family protein  26.62 
 
 
1008 aa  111  5e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00234387  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0572  YD repeat protein  25.08 
 
 
1509 aa  111  5e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.442069  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06218  Rhs family protein  26.62 
 
 
1008 aa  111  5e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.374255  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2740  YD repeat-containing protein  24.37 
 
 
1602 aa  111  5e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3232  YD repeat-containing protein  23.36 
 
 
1669 aa  111  5e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7071  YD repeat protein  25.46 
 
 
1160 aa  110  7.000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7436  Rhs family protein-like protein  28.42 
 
 
2076 aa  110  1e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>