More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_0129 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_0129  Rhs family protein  100 
 
 		 1427 aa  2887    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2953  YD repeat-containing protein  30.43 
 
 		 1127 aa  391  1e-107  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.000628016  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2443  YD repeat-containing protein  27.83 
 
 		 927 aa  231  7e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0941  YD repeat protein  26.75 
 
 		 1467 aa  221  7e-56  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.125138  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2902  YD repeat protein  29.83 
 
 		 1271 aa  217  9.999999999999999e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.729617  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2437  YD repeat-containing protein  28.37 
 
 		 690 aa  201  7.999999999999999e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0173  Rhs family protein  28.26 
 
 		 1381 aa  192  4e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4267  YD repeat-containing protein  22.64 
 
 		 1562 aa  189  2e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4406  YD repeat-containing protein  22.64 
 
 		 1562 aa  189  2e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0132  YD repeat-containing protein  23.96 
 
 		 1422 aa  182  2.9999999999999997e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32830  hypothetical protein  27 
 
 		 889 aa  180  1e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000050197  hitchhiker  0.0000345173 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  27.83 
 
 		 2096 aa  180  2e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20520  hypothetical protein  27 
 
 		 903 aa  180  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000061545  normal  0.488224 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  27.33 
 
 		 1352 aa  165  6e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  25.3 
 
 		 1576 aa  164  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2251  YD repeat protein  26.82 
 
 		 1577 aa  162  4e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.37026  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1946  YD repeat-containing protein  26.3 
 
 		 1433 aa  159  5.0000000000000005e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.465933  normal  0.94223 
 
 
-
 
NC_002936  DET1472  NHL/RHS/YD repeat-containing protein  27.57 
 
 		 1834 aa  155  4e-36  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1457  YD repeat-containing protein  26.48 
 
 		 1423 aa  152  6e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5510  YD repeat-containing protein  24.76 
 
 		 1390 aa  151  1.0000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.162905  normal  0.931179 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2322  YD repeat-containing protein  26.61 
 
 		 913 aa  150  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.330208  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  24.21 
 
 		 1614 aa  150  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04849  RhsD protein  26.2 
 
 		 917 aa  149  4.0000000000000006e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0148662  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04723  RhsD protein  26.49 
 
 		 920 aa  146  3e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.370413  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4158  YD repeat-containing protein  26.81 
 
 		 1198 aa  146  3e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.529985 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0132  YD repeat protein  29.03 
 
 		 2349 aa  145  6e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1158  YD repeat-containing protein  24.49 
 
 		 1517 aa  143  3e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0480723  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0160  YD repeat protein  27.18 
 
 		 2658 aa  143  3e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1472  YD repeat-containing protein  27.89 
 
 		 1600 aa  142  3.9999999999999997e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.059879  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1373  YD repeat-containing protein  24.88 
 
 		 1917 aa  139  3.0000000000000003e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0012  YD repeat protein  26.37 
 
 		 3027 aa  139  5e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1475  YD repeat-containing protein  27.16 
 
 		 2294 aa  137  9.999999999999999e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.705972 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3232  YD repeat-containing protein  25.18 
 
 		 1669 aa  137  9.999999999999999e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2563  YD repeat-containing protein  24.76 
 
 		 1611 aa  137  9.999999999999999e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04760  putative RHS-related protein  27.96 
 
 		 788 aa  134  1.0000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05695  putative RHS-related protein  27.96 
 
 		 788 aa  134  1.0000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0004  YD repeat-containing protein  24.01 
 
 		 1942 aa  132  4.0000000000000003e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4426  Rhs family protein  22.64 
 
 		 1362 aa  130  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.479042 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3576  YD repeat protein  23.22 
 
 		 2149 aa  131  1.0000000000000001e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.971607  hitchhiker  0.00854554 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1945  YD repeat-containing protein  27.06 
 
 		 605 aa  129  5e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.312246  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0874  YD repeat protein  27.3 
 
 		 1732 aa  128  8.000000000000001e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.409966  normal  0.012689 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0317  Rhs family protein  24.23 
 
 		 924 aa  127  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.325486  normal  0.374096 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1373  integrins alpha chain  26.94 
 
 		 1976 aa  128  1e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00355  putative RHS-related transmembrane protein  28.55 
 
 		 741 aa  127  2e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  23.53 
 
 		 1609 aa  127  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  23.56 
 
 		 1595 aa  127  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0017  YD repeat protein  25.36 
 
 		 738 aa  127  2e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.215545  hitchhiker  0.000002636 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0148  YD repeat protein  26.38 
 
 		 765 aa  126  3e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0331  Rhs family protein  24.45 
 
 		 1568 aa  126  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  23.56 
 
 		 1586 aa  126  3e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2934  YD repeat protein  24.37 
 
 		 1953 aa  125  5e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.601825 
 
 
-
 
NC_003296  RS05537  putative RHS-related protein  27.31 
 
 		 764 aa  122  3.9999999999999996e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.285743  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1938  YD repeat protein  29.71 
 
 		 678 aa  122  7e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1371  YD repeat-containing protein  24.28 
 
 		 1959 aa  122  7e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1283  YD repeat-containing protein  22.86 
 
 		 1531 aa  121  9e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.950777 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4514  YD repeat-containing protein  24.84 
 
 		 3689 aa  121  9.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.40016 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  23.49 
 
 		 1572 aa  121  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3459  YD repeat-containing protein  25.85 
 
 		 3193 aa  121  9.999999999999999e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0346  YD repeat-containing protein  23.81 
 
 		 2035 aa  119  3e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4990  YD repeat-containing protein  24.44 
 
 		 867 aa  117  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  26.28 
 
 		 2277 aa  117  1.0000000000000001e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05526  putative RHS-related protein  27.92 
 
 		 705 aa  117  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2167  YD repeat-containing protein  25.26 
 
 		 2003 aa  117  2.0000000000000002e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.154621 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3881  YD repeat-containing protein  22.41 
 
 		 1386 aa  115  5e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  24.93 
 
 		 1400 aa  115  5e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  23.04 
 
 		 1560 aa  114  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  23.41 
 
 		 1547 aa  114  1.0000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0044  hypothetical protein  26.17 
 
 		 2117 aa  113  2.0000000000000002e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2808  peptidase C39, bacteriocin processing  23.88 
 
 		 1599 aa  114  2.0000000000000002e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0248  YD repeat protein  22.82 
 
 		 1434 aa  114  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4802  hypothetical protein  27.41 
 
 		 2017 aa  113  3e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.772458  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33070  Rhs family protein  27.1 
 
 		 1140 aa  112  5e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4986  YD repeat-containing protein  24.61 
 
 		 1409 aa  112  5e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2453  YD repeat-containing protein  24.95 
 
 		 1177 aa  112  7.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0637205 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8640  YD repeat protein  22.93 
 
 		 1518 aa  111  1e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.357358  normal  0.924086 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6085  YD repeat-containing protein  24.05 
 
 		 1410 aa  111  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.232268  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2740  YD repeat-containing protein  24.15 
 
 		 1602 aa  110  1e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1703  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  25.52 
 
 		 2094 aa  110  2e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2951  RhsD protein  22.47 
 
 		 1539 aa  109  4e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1452  YD repeat protein  25.87 
 
 		 1464 aa  109  4e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3108  rhs-related protein  22.56 
 
 		 1385 aa  108  6e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.93941 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  24.19 
 
 		 1411 aa  108  6e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00576  RhsD protein  25.82 
 
 		 613 aa  108  7e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1899  YD repeat-containing protein  31.55 
 
 		 423 aa  108  1e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.126482  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3503  YD repeat protein  24.84 
 
 		 2145 aa  107  1e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  23 
 
 		 1520 aa  108  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  22.72 
 
 		 1551 aa  108  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0572  YD repeat protein  22.47 
 
 		 1509 aa  107  2e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.442069  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2613  YD repeat-containing protein  23.79 
 
 		 866 aa  105  5e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.315185 
 
 
-
 
NC_011727  PCC8801_4560  YD repeat protein  24.96 
 
 		 1485 aa  105  7e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0267  rhsD protein  22.47 
 
 		 1539 aa  104  1e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3720  YD repeat-containing protein  23.66 
 
 		 1301 aa  103  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.148361  decreased coverage  0.000379992 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3344  PAAR  22.63 
 
 		 1494 aa  103  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0030504  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5023  YD repeat-containing protein  22.63 
 
 		 1494 aa  103  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00366927  normal  0.185239 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1967  YD repeat-containing protein  25.19 
 
 		 2486 aa  103  2e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2036  YD repeat-containing protein  25.44 
 
 		 3073 aa  103  2e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2925  YD repeat protein  24.46 
 
 		 3456 aa  103  3e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  23.09 
 
 		 1527 aa  103  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7436  Rhs family protein-like protein  26.14 
 
 		 2076 aa  103  3e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1237  YD repeat-containing protein  26.99 
 
 		 628 aa  102  5e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>