More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2437 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_2437  YD repeat-containing protein  100 
 
 		 690 aa  1400    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2443  YD repeat-containing protein  97.39 
 
 		 927 aa  1049    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20520  hypothetical protein  40.07 
 
 		 903 aa  361  2e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000061545  normal  0.488224 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32830  hypothetical protein  39.04 
 
 		 889 aa  333  5e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000050197  hitchhiker  0.0000345173 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0173  Rhs family protein  39.18 
 
 		 1381 aa  327  6e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2322  YD repeat-containing protein  38.04 
 
 		 913 aa  318  2e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.330208  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1946  YD repeat-containing protein  36.59 
 
 		 1433 aa  288  2.9999999999999996e-76  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.465933  normal  0.94223 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04849  RhsD protein  33.63 
 
 		 917 aa  273  8.000000000000001e-72  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0148662  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1945  YD repeat-containing protein  36.12 
 
 		 605 aa  273  9e-72  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.312246  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04723  RhsD protein  34 
 
 		 920 aa  270  8.999999999999999e-71  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.370413  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4158  YD repeat-containing protein  32.65 
 
 		 1198 aa  267  5.999999999999999e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.529985 
 
 
-
 
NC_003296  RS05526  putative RHS-related protein  35.27 
 
 		 705 aa  264  4e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05537  putative RHS-related protein  35.27 
 
 		 764 aa  263  1e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.285743  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0017  YD repeat protein  35.49 
 
 		 738 aa  255  2.0000000000000002e-66  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.215545  hitchhiker  0.000002636 
 
 
-
 
NC_003296  RS04760  putative RHS-related protein  34.09 
 
 		 788 aa  254  3e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05695  putative RHS-related protein  34.09 
 
 		 788 aa  254  3e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0941  YD repeat protein  33.77 
 
 		 1467 aa  254  4.0000000000000004e-66  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.125138  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2251  YD repeat protein  34.06 
 
 		 1577 aa  249  1e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.37026  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00355  putative RHS-related transmembrane protein  33.72 
 
 		 741 aa  242  2e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00576  RhsD protein  31.49 
 
 		 613 aa  209  2e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0129  Rhs family protein  28.37 
 
 		 1427 aa  201  3.9999999999999996e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  28.57 
 
 		 1586 aa  198  3e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  28.57 
 
 		 1595 aa  197  6e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3720  YD repeat-containing protein  29.03 
 
 		 1301 aa  196  1e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.148361  decreased coverage  0.000379992 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5510  YD repeat-containing protein  31.4 
 
 		 1390 aa  195  2e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.162905  normal  0.931179 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2298  YD repeat protein  29.38 
 
 		 1338 aa  192  2e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  31.08 
 
 		 1352 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  31.77 
 
 		 1572 aa  189  2e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  30.51 
 
 		 1576 aa  185  3e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  30.77 
 
 		 1614 aa  183  1e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2563  YD repeat-containing protein  28.98 
 
 		 1611 aa  177  5e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1899  YD repeat-containing protein  36.41 
 
 		 423 aa  176  9.999999999999999e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.126482  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1472  NHL/RHS/YD repeat-containing protein  29.39 
 
 		 1834 aa  174  3.9999999999999995e-42  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4990  YD repeat-containing protein  26.98 
 
 		 867 aa  170  9e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  30.27 
 
 		 2096 aa  170  1e-40  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003490  Rhs family protein  26.35 
 
 		 1384 aa  166  1.0000000000000001e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4986  YD repeat-containing protein  26.43 
 
 		 1409 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2434  RHS protein  26.71 
 
 		 1348 aa  166  2.0000000000000002e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2925  YD repeat protein  27.53 
 
 		 3456 aa  165  2.0000000000000002e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2453  YD repeat-containing protein  36.59 
 
 		 1177 aa  166  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0637205 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1826  Rhs family protein  28.18 
 
 		 1429 aa  164  5.0000000000000005e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831768  normal  0.546607 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1373  YD repeat-containing protein  28.2 
 
 		 1917 aa  163  1e-38  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4426  Rhs family protein  27.7 
 
 		 1362 aa  162  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.479042 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1472  YD repeat-containing protein  29.29 
 
 		 1600 aa  161  3e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.059879  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  27.38 
 
 		 1560 aa  161  5e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3459  YD repeat-containing protein  27.89 
 
 		 3193 aa  160  9e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0009  YD repeat-containing protein  27.72 
 
 		 1840 aa  159  1e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.886586  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  26.91 
 
 		 1411 aa  159  1e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08820  Rhs family protein  26.88 
 
 		 1485 aa  159  2e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0271193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0333  RHS/YD repeat-containing protein  27.83 
 
 		 1418 aa  158  3e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3108  rhs-related protein  26.23 
 
 		 1385 aa  158  3e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.93941 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0004  YD repeat-containing protein  26.49 
 
 		 1942 aa  158  3e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  25.94 
 
 		 1400 aa  158  3e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0317  Rhs family protein  26.46 
 
 		 924 aa  158  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.325486  normal  0.374096 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1283  YD repeat-containing protein  26.12 
 
 		 1531 aa  157  4e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.950777 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2355  YD repeat-containing protein  27.68 
 
 		 1494 aa  157  4e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0403  YD repeat-containing protein  27.77 
 
 		 1390 aa  157  6e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0331  Rhs family protein  26.64 
 
 		 1568 aa  157  7e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1371  YD repeat-containing protein  28.36 
 
 		 1959 aa  157  7e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4544  YD repeat protein  27.76 
 
 		 1488 aa  156  1e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0377133  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  26.16 
 
 		 1547 aa  156  1e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32860  Rhs family protein  26.42 
 
 		 1259 aa  155  2e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.390343  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4992  YD repeat-containing protein  33.66 
 
 		 451 aa  154  4e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0330  RHS/YD repeat-containing protein  27.6 
 
 		 1402 aa  154  4e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.581458  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3178  type VI secretion system Vgr family protein  28.21 
 
 		 1981 aa  154  5e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.568675 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  26.78 
 
 		 1527 aa  153  8e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0347  YD repeat protein  28.01 
 
 		 1379 aa  153  8.999999999999999e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0698  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  26.27 
 
 		 1492 aa  153  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.632091  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0572  YD repeat protein  25.54 
 
 		 1509 aa  153  1e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.442069  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2613  YD repeat-containing protein  27.77 
 
 		 866 aa  153  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.315185 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6958  YD repeat protein  27.8 
 
 		 1495 aa  152  1e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0165328  normal  0.66981 
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2808  peptidase C39, bacteriocin processing  28.11 
 
 		 1599 aa  153  1e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3788  YD repeat-containing protein  24.67 
 
 		 1554 aa  153  1e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0253716  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0766  YD repeat-containing protein  26.91 
 
 		 1466 aa  153  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.668703  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3881  YD repeat-containing protein  26.12 
 
 		 1386 aa  152  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2081  YD repeat protein  26.2 
 
 		 1528 aa  152  2e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.359432  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0321  Rhs family protein  26.62 
 
 		 1359 aa  152  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.73436  hitchhiker  0.000636537 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3576  YD repeat protein  28.62 
 
 		 2149 aa  151  3e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.971607  hitchhiker  0.00854554 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3232  YD repeat-containing protein  27 
 
 		 1669 aa  151  5e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0770  YD repeat-containing protein  26.86 
 
 		 693 aa  150  6e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.163533  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  25.77 
 
 		 1551 aa  150  6e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2537  YD repeat protein  26.11 
 
 		 665 aa  150  7e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.424104  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1475  YD repeat-containing protein  29.36 
 
 		 2294 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.705972 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2292  hypothetical protein  34.3 
 
 		 347 aa  150  1.0000000000000001e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0341  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  26.87 
 
 		 1527 aa  149  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  26.3 
 
 		 1550 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0410  YD repeat-containing protein  26.74 
 
 		 1189 aa  149  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3344  PAAR  25.89 
 
 		 1494 aa  148  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0030504  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5023  YD repeat-containing protein  25.89 
 
 		 1494 aa  148  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00366927  normal  0.185239 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2020  YD repeat-containing protein  24.26 
 
 		 1140 aa  147  6e-34  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5261  YD repeat-containing protein  27.27 
 
 		 1487 aa  147  9e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.792751 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2022  YD repeat-containing protein  24.81 
 
 		 1488 aa  146  1e-33  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.904557  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  25 
 
 		 1609 aa  145  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  26.38 
 
 		 1520 aa  145  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4951  YD repeat-containing protein  25.98 
 
 		 1495 aa  145  3e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.746977 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3692  RHS/YD repeat-containing protein  26.48 
 
 		 1419 aa  145  3e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.333413  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1452  YD repeat protein  26.62 
 
 		 1464 aa  145  3e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1560  YD repeat-containing protein  24.02 
 
 		 1126 aa  144  5e-33  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8635  YD repeat protein  27.26 
 
 		 1489 aa  143  8e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128218  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2740  YD repeat-containing protein  24.86 
 
 		 1602 aa  144  8e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>