More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS05538 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS00945  rhs-related protein  80.21 
 
 		 587 aa  896    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.68449  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00947  putative RHS-related protein  84.38 
 
 		 499 aa  839    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.55464  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05538  putative RHS-related protein  100 
 
 		 818 aa  1655    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.252151  normal  0.640714 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2470  rhs-related protein  46.49 
 
 		 890 aa  526  1e-148  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02144  putative RHS-related transmembrane protein  47.19 
 
 		 863 aa  511  1e-143  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00943  rhs-related protein  44.38 
 
 		 681 aa  410  1e-113  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.739239 
 
 
-
 
NC_003296  RS00354  putative RHS-related transmembrane protein  42.55 
 
 		 1368 aa  405  1e-111  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6263  YD repeat-containing protein  39.2 
 
 		 939 aa  362  2e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0941  YD repeat protein  33.23 
 
 		 1467 aa  286  1.0000000000000001e-75  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.125138  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0173  Rhs family protein  32.38 
 
 		 1381 aa  264  4.999999999999999e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00577  RhsD protein  33.04 
 
 		 683 aa  245  1.9999999999999999e-63  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00941  rhs-related protein  34.07 
 
 		 881 aa  244  7e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2251  YD repeat protein  33.9 
 
 		 1577 aa  235  2.0000000000000002e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.37026  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6258  YD repeat-containing protein  38.38 
 
 		 509 aa  218  2e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.207507  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2453  YD repeat-containing protein  26.27 
 
 		 1177 aa  191  5.999999999999999e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0637205 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5044  YD repeat protein  33.87 
 
 		 820 aa  187  5e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.928216  normal  0.520262 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1963  YD repeat-containing protein  33.26 
 
 		 781 aa  170  8e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0257216  decreased coverage  0.00891251 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2598  YD repeat-containing protein  33.56 
 
 		 802 aa  170  9e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000325868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  28.11 
 
 		 2096 aa  162  3e-38  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4158  YD repeat-containing protein  27.47 
 
 		 1198 aa  154  7e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.529985 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2445  YD repeat-containing protein  31.18 
 
 		 526 aa  147  7.0000000000000006e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32840  hypothetical protein  34.06 
 
 		 317 aa  145  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00770451  hitchhiker  0.000240628 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20510  hypothetical protein  33.02 
 
 		 324 aa  144  9e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000829879  normal  0.312494 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2444  Rhs family protein-like protein  29.79 
 
 		 661 aa  140  7.999999999999999e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0004  YD repeat-containing protein  27.97 
 
 		 1942 aa  137  9.999999999999999e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0009  YD repeat-containing protein  26.63 
 
 		 1840 aa  135  3e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.886586  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1373  YD repeat-containing protein  27.1 
 
 		 1917 aa  135  3e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2321  YD repeat-containing protein  32.86 
 
 		 500 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0122033  normal  0.914801 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2322  YD repeat-containing protein  40.86 
 
 		 913 aa  132  3e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.330208  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04723  RhsD protein  38.5 
 
 		 920 aa  130  9.000000000000001e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.370413  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0346  YD repeat-containing protein  26.05 
 
 		 2035 aa  130  1.0000000000000001e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2320  YD repeat-containing protein  33.33 
 
 		 508 aa  130  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0339952  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1371  YD repeat-containing protein  26.22 
 
 		 1959 aa  129  3e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04849  RhsD protein  40.91 
 
 		 917 aa  128  5e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0148662  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  26.44 
 
 		 2277 aa  127  7e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3576  YD repeat protein  26.65 
 
 		 2149 aa  127  7e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.971607  hitchhiker  0.00854554 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3720  YD repeat-containing protein  25.1 
 
 		 1301 aa  125  3e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.148361  decreased coverage  0.000379992 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20520  hypothetical protein  36.98 
 
 		 903 aa  124  9e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000061545  normal  0.488224 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32830  hypothetical protein  36.98 
 
 		 889 aa  124  9e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000050197  hitchhiker  0.0000345173 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32850  hypothetical protein  29.75 
 
 		 338 aa  124  9e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.367921  hitchhiker  0.000249189 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1472  YD repeat-containing protein  28.62 
 
 		 1600 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.059879  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  26.95 
 
 		 1352 aa  116  2.0000000000000002e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2902  YD repeat protein  28.13 
 
 		 1271 aa  114  9e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.729617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3232  YD repeat-containing protein  25.2 
 
 		 1669 aa  108  4e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0016  YD repeat protein  30.09 
 
 		 1074 aa  108  5e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.15112  hitchhiker  0.0000418837 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0012  YD repeat protein  24.41 
 
 		 3027 aa  107  1e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1946  YD repeat-containing protein  24.33 
 
 		 1433 aa  103  1e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.465933  normal  0.94223 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4514  YD repeat-containing protein  27.96 
 
 		 3689 aa  102  3e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.40016 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1434  YD repeat-containing protein  24.13 
 
 		 1553 aa  99.4  2e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.16383  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1403  substrate-binding repeat-containing protein  25.17 
 
 		 1541 aa  98.2  5e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1322  substrate-binding repeat-containing protein  25.17 
 
 		 1541 aa  97.8  7e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2570  YD repeat-containing protein  25.17 
 
 		 1541 aa  97.4  8e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0238  YD repeat-containing protein  25.17 
 
 		 1541 aa  97.4  9e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.691901  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0509  YD repeat-containing protein  25.17 
 
 		 1541 aa  97.4  9e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0575036  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1059  YD repeat-containing protein  25.17 
 
 		 1541 aa  97.4  9e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1266  YD repeat-containing protein  25.17 
 
 		 1381 aa  97.1  1e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05482  putative RHS-related transmembrane protein  25.48 
 
 		 1517 aa  95.9  3e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.489685  normal  0.876645 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08820  Rhs family protein  24.72 
 
 		 1485 aa  92.8  2e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0271193  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2934  YD repeat protein  25 
 
 		 1953 aa  92.4  3e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.601825 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2081  YD repeat protein  25.73 
 
 		 1528 aa  91.7  5e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.359432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  26.24 
 
 		 1576 aa  90.9  8e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1422  YD repeat-containing protein  25.7 
 
 		 1197 aa  90.1  2e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.645858  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2167  YD repeat-containing protein  25.04 
 
 		 2003 aa  89.4  3e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.154621 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00948  Rhs family protein  25.34 
 
 		 1008 aa  88.6  4e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00234387  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0499  YD repeat-containing protein  25.63 
 
 		 1604 aa  89  4e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06218  Rhs family protein  25.34 
 
 		 1008 aa  88.6  4e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.374255  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05631  RHS Repeat family  25.34 
 
 		 1345 aa  88.6  4e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.000440631  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06221  RHS Repeat family  25.34 
 
 		 1345 aa  88.6  4e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0388129  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3459  YD repeat-containing protein  25.54 
 
 		 3193 aa  87.4  9e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4426  Rhs family protein  24.46 
 
 		 1362 aa  86.7  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.479042 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4797  rhs-related transmembrane protein, YD repeat protein  26.4 
 
 		 1626 aa  86.3  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4142  YD repeat protein  24.54 
 
 		 1046 aa  85.9  0.000000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  23.99 
 
 		 1547 aa  85.9  0.000000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0874  YD repeat protein  26.51 
 
 		 1732 aa  85.5  0.000000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.409966  normal  0.012689 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  25.25 
 
 		 1520 aa  85.5  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2104  rhsD protein  24.02 
 
 		 1593 aa  85.1  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0967057  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  23.87 
 
 		 1614 aa  85.1  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3480  YD repeat-containing protein  25.05 
 
 		 1620 aa  84.7  0.000000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.219558 
 
 
-
 
NC_011727  PCC8801_4560  YD repeat protein  25.45 
 
 		 1485 aa  84.7  0.000000000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8635  YD repeat protein  26.8 
 
 		 1489 aa  84.3  0.000000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128218  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1609  YD repeat protein  24.64 
 
 		 1447 aa  83.6  0.00000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2808  peptidase C39, bacteriocin processing  26.03 
 
 		 1599 aa  84  0.00000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6261  YD repeat-containing protein  32.24 
 
 		 399 aa  84  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  25.73 
 
 		 1550 aa  83.2  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1050  YD repeat protein  26.71 
 
 		 2731 aa  83.2  0.00000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7071  YD repeat protein  26.32 
 
 		 1160 aa  82.8  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3519  YD repeat protein  24.46 
 
 		 1508 aa  83.6  0.00000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0534715  normal  0.146276 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0650  YD repeat protein  25.88 
 
 		 1422 aa  82.8  0.00000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.614814  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0303  YD repeat-containing protein  25.18 
 
 		 3273 aa  82  0.00000000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32860  Rhs family protein  25.54 
 
 		 1259 aa  82  0.00000000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.390343  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4544  YD repeat protein  24.72 
 
 		 1488 aa  81.6  0.00000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0377133  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0648  Rhs family protein  26.28 
 
 		 1446 aa  81.3  0.00000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000723582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  25.05 
 
 		 1586 aa  80.9  0.00000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  25.05 
 
 		 1595 aa  81.3  0.00000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0248  YD repeat protein  23.75 
 
 		 1434 aa  80.9  0.00000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5510  YD repeat-containing protein  25.68 
 
 		 1390 aa  80.5  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.162905  normal  0.931179 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1452  YD repeat protein  25.59 
 
 		 1464 aa  80.5  0.0000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0188  YD repeat-containing protein  26.34 
 
 		 1147 aa  80.9  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.336651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  24.57 
 
 		 1527 aa  80.1  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  25.05 
 
 		 1572 aa  79.7  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>