77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2445 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_2445  YD repeat-containing protein  100 
 
 		 526 aa  1098    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2444  Rhs family protein-like protein  55.98 
 
 		 661 aa  557  1e-157  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32850  hypothetical protein  32.25 
 
 		 338 aa  162  1e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.367921  hitchhiker  0.000249189 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2320  YD repeat-containing protein  32.74 
 
 		 508 aa  159  9e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0339952  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20510  hypothetical protein  32.04 
 
 		 324 aa  159  1e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000829879  normal  0.312494 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2321  YD repeat-containing protein  29.09 
 
 		 500 aa  153  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0122033  normal  0.914801 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32840  hypothetical protein  32.37 
 
 		 317 aa  150  7e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00770451  hitchhiker  0.000240628 
 
 
-
 
NC_003296  RS05538  putative RHS-related protein  31.18 
 
 		 818 aa  147  4.0000000000000006e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.252151  normal  0.640714 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0173  Rhs family protein  28.19 
 
 		 1381 aa  147  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02144  putative RHS-related transmembrane protein  27.71 
 
 		 863 aa  142  9.999999999999999e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2470  rhs-related protein  27.59 
 
 		 890 aa  142  1.9999999999999998e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00945  rhs-related protein  30.54 
 
 		 587 aa  131  3e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.68449  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00947  putative RHS-related protein  32.21 
 
 		 499 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.55464  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6263  YD repeat-containing protein  28.25 
 
 		 939 aa  127  4.0000000000000003e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2453  YD repeat-containing protein  23.42 
 
 		 1177 aa  118  3e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0637205 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00577  RhsD protein  29.09 
 
 		 683 aa  110  7.000000000000001e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6258  YD repeat-containing protein  32.22 
 
 		 509 aa  103  6e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.207507  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00943  rhs-related protein  28.76 
 
 		 681 aa  103  8e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.739239 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5044  YD repeat protein  27.48 
 
 		 820 aa  86.3  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.928216  normal  0.520262 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0941  YD repeat protein  24.59 
 
 		 1467 aa  85.5  0.000000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.125138  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2251  YD repeat protein  26.02 
 
 		 1577 aa  84.3  0.000000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.37026  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1963  YD repeat-containing protein  34.87 
 
 		 781 aa  76.6  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0257216  decreased coverage  0.00891251 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2598  YD repeat-containing protein  36.8 
 
 		 802 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000325868  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4158  YD repeat-containing protein  26.55 
 
 		 1198 aa  71.6  0.00000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.529985 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0346  YD repeat-containing protein  27.45 
 
 		 2035 aa  70.5  0.00000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3720  YD repeat-containing protein  25.43 
 
 		 1301 aa  61.6  0.00000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.148361  decreased coverage  0.000379992 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0016  YD repeat protein  31.82 
 
 		 1074 aa  60.5  0.00000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.15112  hitchhiker  0.0000418837 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2699  YD repeat protein  28.72 
 
 		 1892 aa  60.5  0.00000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.499088  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  26.2 
 
 		 1572 aa  60.5  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  24.92 
 
 		 2277 aa  57.4  0.0000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20520  hypothetical protein  23.62 
 
 		 903 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000061545  normal  0.488224 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32830  hypothetical protein  23.99 
 
 		 889 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000050197  hitchhiker  0.0000345173 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8640  YD repeat protein  25.86 
 
 		 1518 aa  55.5  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.357358  normal  0.924086 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  25.93 
 
 		 1576 aa  55.1  0.000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1371  YD repeat-containing protein  30.26 
 
 		 1959 aa  53.5  0.000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4544  YD repeat protein  23.84 
 
 		 1488 aa  53.5  0.000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0377133  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0648  Rhs family protein  22.92 
 
 		 1446 aa  52  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000723582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0004  YD repeat-containing protein  28.29 
 
 		 1942 aa  51.2  0.00004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1373  YD repeat-containing protein  28.67 
 
 		 1917 aa  51.2  0.00005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  24.72 
 
 		 1595 aa  50.8  0.00005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4580  YD repeat protein  21.36 
 
 		 1401 aa  50.8  0.00006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.315308  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  24.72 
 
 		 1586 aa  49.3  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  24.17 
 
 		 1560 aa  48.9  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0009  YD repeat-containing protein  28.5 
 
 		 1840 aa  48.5  0.0003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.886586  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  25.66 
 
 		 1527 aa  48.1  0.0004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  25 
 
 		 1551 aa  47.8  0.0005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  23.42 
 
 		 2096 aa  47.8  0.0005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2934  YD repeat protein  24.02 
 
 		 1953 aa  47.4  0.0006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.601825 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  20.78 
 
 		 1609 aa  47.4  0.0007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00941  rhs-related protein  23.05 
 
 		 881 aa  47.4  0.0007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3576  YD repeat protein  23.46 
 
 		 2149 aa  46.6  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.971607  hitchhiker  0.00854554 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2902  YD repeat protein  26.75 
 
 		 1271 aa  47  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.729617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3232  YD repeat-containing protein  24.83 
 
 		 1669 aa  46.6  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8635  YD repeat protein  23.38 
 
 		 1489 aa  47  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128218  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3459  YD repeat-containing protein  24.56 
 
 		 3193 aa  46.2  0.001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3959  hypothetical protein  23.76 
 
 		 1319 aa  46.2  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1422  YD repeat-containing protein  22.78 
 
 		 1197 aa  46.2  0.002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.645858  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1235  hypothetical protein  23.78 
 
 		 1405 aa  45.8  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.617923 
 
 
-
 
NC_011727  PCC8801_4560  YD repeat protein  22.9 
 
 		 1485 aa  45.8  0.002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2081  YD repeat protein  24.29 
 
 		 1528 aa  45.8  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.359432  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05538  RHS Repeat family  25.29 
 
 		 1579 aa  45.1  0.003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0425564  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0321  Rhs family protein  24.75 
 
 		 1359 aa  45.4  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.73436  hitchhiker  0.000636537 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3681  RhsB protein  26.32 
 
 		 1411 aa  44.7  0.004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0012  YD repeat protein  22.11 
 
 		 3027 aa  44.7  0.004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0748  RhsC protein  26.32 
 
 		 1397 aa  44.7  0.004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2951  RhsD protein  24.43 
 
 		 1539 aa  44.7  0.004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4965  Rhs family protein  26.84 
 
 		 1409 aa  44.3  0.005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.832182  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00285  RhsD protein  25.29 
 
 		 1428 aa  44.3  0.006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0673678  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0267  rhsD protein  24.43 
 
 		 1539 aa  44.3  0.006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5395  RHS Repeat family protein  26.84 
 
 		 1394 aa  44.3  0.006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.037802  normal  0.495388 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  22.54 
 
 		 1352 aa  43.9  0.007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05482  putative RHS-related transmembrane protein  23.84 
 
 		 1517 aa  43.9  0.007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.489685  normal  0.876645 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0548  RhsC protein  26.32 
 
 		 1308 aa  43.5  0.008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0727  protein rhsA precursor  26.32 
 
 		 1397 aa  43.5  0.009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4010  protein rhsA precursor  26.32 
 
 		 1388 aa  43.5  0.009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  26.88 
 
 		 1614 aa  43.5  0.01  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_003296  RS00354  putative RHS-related transmembrane protein  24.64 
 
 		 1368 aa  43.5  0.01  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>