99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_6258 on replicon NC_007972
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007972  Rmet_6258  YD repeat-containing protein  100 
 
 
509 aa  1055    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.207507  normal 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6263  YD repeat-containing protein  50.72 
 
 
939 aa  351  2e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02144  putative RHS-related transmembrane protein  43.9 
 
 
863 aa  243  7e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2470  rhs-related protein  41.8 
 
 
890 aa  226  8e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05538  putative RHS-related protein  38.38 
 
 
818 aa  219  1e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.252151  normal  0.640714 
 
 
-
 
NC_003296  RS00945  rhs-related protein  39.35 
 
 
587 aa  191  2.9999999999999997e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.68449  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS00947  putative RHS-related protein  43.52 
 
 
499 aa  163  6e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.55464  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5044  YD repeat protein  31.65 
 
 
820 aa  147  3e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.928216  normal  0.520262 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0173  Rhs family protein  32.29 
 
 
1381 aa  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2598  YD repeat-containing protein  34.97 
 
 
802 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000325868  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS00943  rhs-related protein  35.2 
 
 
681 aa  125  2e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.739239 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1963  YD repeat-containing protein  33.92 
 
 
781 aa  124  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0257216  decreased coverage  0.00891251 
 
 
-
 
NC_003296  RS00941  rhs-related protein  29.25 
 
 
881 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2320  YD repeat-containing protein  28.18 
 
 
508 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0339952  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2444  Rhs family protein-like protein  31.27 
 
 
661 aa  104  3e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2445  YD repeat-containing protein  32.22 
 
 
526 aa  103  7e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0941  YD repeat protein  29.67 
 
 
1467 aa  95.5  2e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.125138  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00577  RhsD protein  28.48 
 
 
683 aa  92.8  1e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0016  YD repeat protein  29.28 
 
 
1074 aa  92.4  2e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.15112  hitchhiker  0.0000418837 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2321  YD repeat-containing protein  27.43 
 
 
500 aa  85.5  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0122033  normal  0.914801 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2251  YD repeat protein  29.17 
 
 
1577 aa  84.7  0.000000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.37026  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32840  hypothetical protein  36.99 
 
 
317 aa  84.3  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00770451  hitchhiker  0.000240628 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32850  hypothetical protein  25.94 
 
 
338 aa  72.8  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.367921  hitchhiker  0.000249189 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20510  hypothetical protein  25.63 
 
 
324 aa  70.9  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000829879  normal  0.312494 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3720  YD repeat-containing protein  27.75 
 
 
1301 aa  66.6  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.148361  decreased coverage  0.000379992 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2453  YD repeat-containing protein  46.97 
 
 
1177 aa  63.9  0.000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0637205 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0012  YD repeat protein  25.78 
 
 
3027 aa  61.2  0.00000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0346  YD repeat-containing protein  26.64 
 
 
2035 aa  58.9  0.0000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1472  YD repeat-containing protein  27.68 
 
 
1600 aa  53.1  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.059879  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1050  YD repeat protein  28.65 
 
 
2731 aa  52.8  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32830  hypothetical protein  25.98 
 
 
889 aa  52.8  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000050197  hitchhiker  0.0000345173 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0548  RhsC protein  26.39 
 
 
1308 aa  52.4  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0794  RHS repeat protein  26.27 
 
 
1399 aa  52.4  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4010  protein rhsA precursor  26.16 
 
 
1388 aa  52.4  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8635  YD repeat protein  25.33 
 
 
1489 aa  52.4  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128218  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20520  hypothetical protein  26.07 
 
 
903 aa  51.6  0.00003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000061545  normal  0.488224 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  23.78 
 
 
1560 aa  52  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2955  YD repeat-containing protein  25.2 
 
 
1397 aa  51.2  0.00004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3681  RhsB protein  25.09 
 
 
1411 aa  51.2  0.00004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0748  RhsC protein  25.2 
 
 
1397 aa  51.2  0.00004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0234  YD repeat-containing protein  25.09 
 
 
1411 aa  51.2  0.00005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0233  YD repeat protein  25.09 
 
 
1411 aa  50.8  0.00006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0120  YD repeat-containing protein  25.37 
 
 
1377 aa  50.8  0.00006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0244  protein RhsH  22.74 
 
 
1417 aa  50.8  0.00006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03284  hypothetical protein  25.37 
 
 
1411 aa  50.8  0.00006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03331  rhsB element core protein RshB  25.37 
 
 
1411 aa  50.8  0.00006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  23.53 
 
 
2277 aa  50.8  0.00006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3459  YD repeat-containing protein  25.97 
 
 
3193 aa  50.4  0.00007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4092  protein rhsB precursor  25.84 
 
 
1411 aa  50.4  0.00007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.576153  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0115  YD repeat protein  25.51 
 
 
1377 aa  50.1  0.00009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3481  YD repeat-containing protein  26.82 
 
 
1586 aa  50.1  0.00009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.130925  normal  0.269624 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0727  protein rhsA precursor  24.8 
 
 
1397 aa  50.1  0.00009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4965  Rhs family protein  25.09 
 
 
1409 aa  49.7  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.832182  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  24.72 
 
 
2096 aa  49.7  0.0001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2936  YD repeat protein  25.09 
 
 
1397 aa  49.7  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4473  protein rhsA precursor  25 
 
 
1365 aa  49.7  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5395  RHS Repeat family protein  25.09 
 
 
1394 aa  49.3  0.0002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.037802  normal  0.495388 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0317  Rhs family protein  24.9 
 
 
924 aa  48.9  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.325486  normal  0.374096 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2902  YD repeat protein  23.24 
 
 
1271 aa  48.9  0.0002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.729617  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0331  Rhs family protein  24.51 
 
 
1568 aa  48.9  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0246  Rhs protein  22.5 
 
 
1415 aa  48.1  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  23.55 
 
 
1614 aa  48.5  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05538  RHS Repeat family  25.34 
 
 
1579 aa  47.8  0.0005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0425564  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0004  YD repeat-containing protein  26.55 
 
 
1942 aa  47.8  0.0005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00285  RhsD protein  25.34 
 
 
1428 aa  47.8  0.0005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0673678  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2167  YD repeat-containing protein  23.69 
 
 
2003 aa  47.4  0.0006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.154621 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00283  RhsD protein  25.34 
 
 
613 aa  47.4  0.0007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.333499  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00453  hypothetical protein  24.51 
 
 
1426 aa  47  0.0008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00448  rhsD element protein  24.51 
 
 
1426 aa  47  0.0008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3232  YD repeat-containing protein  26.55 
 
 
1669 aa  47  0.0008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  25.53 
 
 
1576 aa  47  0.0008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3113  YD repeat protein  24.51 
 
 
1426 aa  47  0.0009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.637043  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0252  RHS Repeat family protein  21.5 
 
 
1410 aa  47  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.661469 
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2808  peptidase C39, bacteriocin processing  28.33 
 
 
1599 aa  46.2  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1946  YD repeat-containing protein  20.58 
 
 
1433 aa  46.2  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.465933  normal  0.94223 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2201  YD repeat-containing protein  24.51 
 
 
1268 aa  46.6  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6210  RHS protein  21.49 
 
 
1421 aa  46.6  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0158165  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01426  hypothetical protein  24.51 
 
 
1216 aa  46.6  0.001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1373  YD repeat-containing protein  24.37 
 
 
1917 aa  46.6  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01414  rhsE element core protein RshE  24.51 
 
 
1200 aa  46.6  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2443  YD repeat-containing protein  36.47 
 
 
927 aa  45.4  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  25.53 
 
 
1352 aa  45.8  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0536  RhsD protein precursor  24.51 
 
 
1429 aa  45.4  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3788  YD repeat-containing protein  28.79 
 
 
1554 aa  45.1  0.003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0253716  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3796  YD repeat-containing protein  28.03 
 
 
422 aa  45.1  0.003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.982597  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2107  YD repeat protein  35.29 
 
 
1681 aa  45.1  0.003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0601  RHS Repeat family protein  24.02 
 
 
1398 aa  44.7  0.004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6684  YD repeat-containing protein  29.02 
 
 
1149 aa  44.3  0.005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.198743  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1371  YD repeat-containing protein  26.67 
 
 
1959 aa  44.3  0.005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  25.12 
 
 
1550 aa  44.3  0.005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2290  YD repeat protein  30.19 
 
 
6272 aa  44.3  0.005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1322  substrate-binding repeat-containing protein  24.64 
 
 
1541 aa  44.3  0.005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2570  YD repeat-containing protein  24.64 
 
 
1541 aa  44.3  0.006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  27.03 
 
 
1547 aa  43.9  0.006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4127  YD repeat protein  26.13 
 
 
2318 aa  44.3  0.006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0017  YD repeat protein  28.28 
 
 
738 aa  43.9  0.007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.215545  hitchhiker  0.000002636 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1403  substrate-binding repeat-containing protein  24.64 
 
 
1541 aa  43.9  0.007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1639  protein rhsD, truncation  25.37 
 
 
1405 aa  43.5  0.008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011727  PCC8801_4560  YD repeat protein  28.77 
 
 
1485 aa  43.5  0.008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>