More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2470 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2470  rhs-related protein  100 
 
 		 890 aa  1812    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02144  putative RHS-related transmembrane protein  63.04 
 
 		 863 aa  1021    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05538  putative RHS-related protein  46.49 
 
 		 818 aa  513  1e-144  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.252151  normal  0.640714 
 
 
-
 
NC_003296  RS00945  rhs-related protein  47.58 
 
 		 587 aa  459  9.999999999999999e-129  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.68449  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00947  putative RHS-related protein  49.21 
 
 		 499 aa  435  1e-120  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.55464  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6263  YD repeat-containing protein  38.96 
 
 		 939 aa  415  1e-114  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6258  YD repeat-containing protein  41.8 
 
 		 509 aa  226  1e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.207507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0173  Rhs family protein  29.23 
 
 		 1381 aa  212  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5044  YD repeat protein  31.25 
 
 		 820 aa  203  9.999999999999999e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.928216  normal  0.520262 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2598  YD repeat-containing protein  32.1 
 
 		 802 aa  194  6e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000325868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1963  YD repeat-containing protein  31.31 
 
 		 781 aa  193  1e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0257216  decreased coverage  0.00891251 
 
 
-
 
NC_003296  RS00943  rhs-related protein  30.13 
 
 		 681 aa  187  6e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.739239 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0941  YD repeat protein  30.2 
 
 		 1467 aa  167  1.0000000000000001e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.125138  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00941  rhs-related protein  27.01 
 
 		 881 aa  155  2.9999999999999998e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00577  RhsD protein  29.06 
 
 		 683 aa  151  6e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  29.7 
 
 		 2096 aa  145  2e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2444  Rhs family protein-like protein  32.04 
 
 		 661 aa  146  2e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20510  hypothetical protein  33.54 
 
 		 324 aa  143  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000829879  normal  0.312494 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32840  hypothetical protein  35.79 
 
 		 317 aa  143  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00770451  hitchhiker  0.000240628 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2445  YD repeat-containing protein  27.59 
 
 		 526 aa  142  3e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2453  YD repeat-containing protein  26.26 
 
 		 1177 aa  138  5e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0637205 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6261  YD repeat-containing protein  37.21 
 
 		 399 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0346  YD repeat-containing protein  25.43 
 
 		 2035 aa  133  2.0000000000000002e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32850  hypothetical protein  34.76 
 
 		 338 aa  125  4e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.367921  hitchhiker  0.000249189 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2321  YD repeat-containing protein  26.71 
 
 		 500 aa  124  6e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0122033  normal  0.914801 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2251  YD repeat protein  26.47 
 
 		 1577 aa  122  3.9999999999999996e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.37026  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2320  YD repeat-containing protein  29.44 
 
 		 508 aa  120  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0339952  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  25.1 
 
 		 2277 aa  119  1.9999999999999998e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  27.51 
 
 		 1547 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0012  YD repeat protein  26.76 
 
 		 3027 aa  111  5e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3720  YD repeat-containing protein  27.25 
 
 		 1301 aa  111  5e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.148361  decreased coverage  0.000379992 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  27.69 
 
 		 1352 aa  109  2e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2902  YD repeat protein  26.37 
 
 		 1271 aa  109  2e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.729617  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3576  YD repeat protein  26.38 
 
 		 2149 aa  109  3e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.971607  hitchhiker  0.00854554 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  25.52 
 
 		 1550 aa  107  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04849  RhsD protein  26.84 
 
 		 917 aa  105  3e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0148662  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  26.73 
 
 		 1527 aa  105  4e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  25.28 
 
 		 1520 aa  104  9e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  26.53 
 
 		 1551 aa  101  5e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4158  YD repeat-containing protein  29.06 
 
 		 1198 aa  100  9e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.529985 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2647  YD repeat-containing protein  26.53 
 
 		 934 aa  100  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.217872  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3459  YD repeat-containing protein  26.02 
 
 		 3193 aa  99  3e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2934  YD repeat protein  26.95 
 
 		 1953 aa  98.6  5e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.601825 
 
 
-
 
NC_003296  RS05482  putative RHS-related transmembrane protein  25.75 
 
 		 1517 aa  95.5  3e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.489685  normal  0.876645 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0016  YD repeat protein  27.19 
 
 		 1074 aa  92.4  3e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.15112  hitchhiker  0.0000418837 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0009  YD repeat-containing protein  26.64 
 
 		 1840 aa  92.8  3e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.886586  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1422  YD repeat-containing protein  26.3 
 
 		 1197 aa  92.8  3e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.645858  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2081  YD repeat protein  27.34 
 
 		 1528 aa  92.4  3e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.359432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  22.4 
 
 		 1614 aa  92.8  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0004  YD repeat-containing protein  26.12 
 
 		 1942 aa  92  4e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  24.15 
 
 		 1586 aa  91.3  6e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1403  substrate-binding repeat-containing protein  26.46 
 
 		 1541 aa  91.3  7e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2570  YD repeat-containing protein  26.46 
 
 		 1541 aa  91.3  8e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  24.15 
 
 		 1595 aa  90.9  8e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  25.37 
 
 		 1572 aa  90.9  9e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  26.27 
 
 		 1576 aa  90.9  9e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2293  RhsD protein  51.95 
 
 		 187 aa  90.9  1e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4951  YD repeat-containing protein  27.42 
 
 		 1495 aa  90.5  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.746977 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1322  substrate-binding repeat-containing protein  26.46 
 
 		 1541 aa  90.5  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2104  rhsD protein  25.81 
 
 		 1593 aa  89.4  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0967057  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1373  YD repeat-containing protein  25.88 
 
 		 1917 aa  89.4  3e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  25.56 
 
 		 1560 aa  89.4  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32860  Rhs family protein  24.16 
 
 		 1259 aa  89.4  3e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.390343  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0509  YD repeat-containing protein  26.21 
 
 		 1541 aa  88.6  4e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0575036  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1059  YD repeat-containing protein  26.21 
 
 		 1541 aa  88.6  4e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0238  YD repeat-containing protein  26.21 
 
 		 1541 aa  88.6  4e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.691901  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1266  YD repeat-containing protein  26.21 
 
 		 1381 aa  88.6  5e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3232  YD repeat-containing protein  25.88 
 
 		 1669 aa  87  0.000000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1371  YD repeat-containing protein  24.64 
 
 		 1959 aa  87  0.000000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4092  protein rhsB precursor  26.29 
 
 		 1411 aa  87  0.000000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.576153  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4544  YD repeat protein  26.87 
 
 		 1488 aa  85.9  0.000000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0377133  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4797  rhs-related transmembrane protein, YD repeat protein  25.98 
 
 		 1626 aa  85.5  0.000000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0115  YD repeat protein  26.29 
 
 		 1377 aa  85.1  0.000000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6958  YD repeat protein  25.92 
 
 		 1495 aa  84.7  0.000000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0165328  normal  0.66981 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0727  protein rhsA precursor  26.07 
 
 		 1397 aa  84.3  0.000000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4965  Rhs family protein  26.07 
 
 		 1409 aa  84.3  0.000000000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.832182  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03331  rhsB element core protein RshB  26.29 
 
 		 1411 aa  84.3  0.000000000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0233  YD repeat protein  26.29 
 
 		 1411 aa  84.3  0.000000000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03284  hypothetical protein  26.29 
 
 		 1411 aa  84.3  0.000000000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2936  YD repeat protein  26.68 
 
 		 1397 aa  84  0.00000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011727  PCC8801_4560  YD repeat protein  26.29 
 
 		 1485 aa  84.3  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5395  RHS Repeat family protein  26.07 
 
 		 1394 aa  84  0.00000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.037802  normal  0.495388 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2167  YD repeat-containing protein  26.64 
 
 		 2003 aa  83.6  0.00000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.154621 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4473  protein rhsA precursor  26.07 
 
 		 1365 aa  83.2  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0794  RHS repeat protein  26.07 
 
 		 1399 aa  83.6  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3480  YD repeat-containing protein  26.1 
 
 		 1620 aa  82.8  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.219558 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08820  Rhs family protein  25.48 
 
 		 1485 aa  82.8  0.00000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0271193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1472  YD repeat-containing protein  26.25 
 
 		 1600 aa  82  0.00000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.059879  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2107  YD repeat protein  26.25 
 
 		 1681 aa  80.9  0.00000000000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4514  YD repeat-containing protein  25.29 
 
 		 3689 aa  80.1  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.40016 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8635  YD repeat protein  25.81 
 
 		 1489 aa  79.7  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128218  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0246  Rhs protein  24.82 
 
 		 1415 aa  79.7  0.0000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1452  YD repeat protein  27.64 
 
 		 1464 aa  79.7  0.0000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8640  YD repeat protein  25.89 
 
 		 1518 aa  80.1  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.357358  normal  0.924086 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3344  PAAR  26.11 
 
 		 1494 aa  79.7  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0030504  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5023  YD repeat-containing protein  26.11 
 
 		 1494 aa  79.7  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00366927  normal  0.185239 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2563  YD repeat-containing protein  23.04 
 
 		 1611 aa  79.7  0.0000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0248  YD repeat protein  25.98 
 
 		 1434 aa  79.3  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0234  YD repeat-containing protein  25.84 
 
 		 1411 aa  79.3  0.0000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0333  RHS/YD repeat-containing protein  22.56 
 
 		 1418 aa  79.3  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>