231 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_6261 on replicon NC_007972
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007972  Rmet_6261  YD repeat-containing protein  100 
 
 		 399 aa  816    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6263  YD repeat-containing protein  59.5 
 
 		 939 aa  464  1e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02144  putative RHS-related transmembrane protein  35.56 
 
 		 863 aa  153  7e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2470  rhs-related protein  37.21 
 
 		 890 aa  135  9e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00947  putative RHS-related protein  28.02 
 
 		 499 aa  73.9  0.000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.55464  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05538  putative RHS-related protein  32.24 
 
 		 818 aa  72  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.252151  normal  0.640714 
 
 
-
 
NC_003296  RS00941  rhs-related protein  32.69 
 
 		 881 aa  71.2  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_003296  RS00945  rhs-related protein  32.42 
 
 		 587 aa  70.1  0.00000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.68449  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0012  YD repeat protein  29.75 
 
 		 3027 aa  63.9  0.000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1171  rhsD protein  28.75 
 
 		 1543 aa  63.5  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2806  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  28.75 
 
 		 1552 aa  63.5  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00943  rhs-related protein  26.96 
 
 		 681 aa  63.2  0.000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.739239 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0173  Rhs family protein  37.89 
 
 		 1381 aa  63.2  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2902  YD repeat protein  27.56 
 
 		 1271 aa  61.6  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.729617  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2453  YD repeat-containing protein  35.29 
 
 		 1177 aa  61.2  0.00000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0637205 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  28.57 
 
 		 1520 aa  60.5  0.00000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5044  YD repeat protein  30.37 
 
 		 820 aa  60.1  0.00000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.928216  normal  0.520262 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0941  YD repeat protein  33.58 
 
 		 1467 aa  60.1  0.00000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.125138  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2740  YD repeat-containing protein  30.77 
 
 		 1602 aa  60.1  0.00000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2568  YD repeat protein  28.4 
 
 		 931 aa  60.1  0.00000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3796  YD repeat-containing protein  33.57 
 
 		 422 aa  60.1  0.00000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.982597  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  26.44 
 
 		 1352 aa  59.3  0.0000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8640  YD repeat protein  31.29 
 
 		 1518 aa  59.3  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.357358  normal  0.924086 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0317  Rhs family protein  26.32 
 
 		 924 aa  58.2  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.325486  normal  0.374096 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0017  YD repeat protein  34.11 
 
 		 738 aa  58.9  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.215545  hitchhiker  0.000002636 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2598  YD repeat-containing protein  28.03 
 
 		 802 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000325868  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1160  YD repeat protein  29.69 
 
 		 1423 aa  58.5  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00301652  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3788  YD repeat-containing protein  31.65 
 
 		 1554 aa  58.5  0.0000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0253716  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3576  YD repeat protein  28.26 
 
 		 2149 aa  58.2  0.0000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.971607  hitchhiker  0.00854554 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0009  YD repeat-containing protein  31.21 
 
 		 1840 aa  58.5  0.0000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.886586  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0331  Rhs family protein  26.32 
 
 		 1568 aa  58.5  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4514  YD repeat-containing protein  28.72 
 
 		 3689 aa  58.5  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.40016 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1504  YD repeat protein  29.69 
 
 		 1457 aa  58.2  0.0000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1963  YD repeat-containing protein  28.03 
 
 		 781 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0257216  decreased coverage  0.00891251 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0420  YD repeat protein  29.69 
 
 		 1475 aa  58.2  0.0000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  27.98 
 
 		 1550 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal  1 
 
 
-
 
NC_011727  PCC8801_4560  YD repeat protein  42.67 
 
 		 1485 aa  57.8  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  25.91 
 
 		 2277 aa  57.4  0.0000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  30.56 
 
 		 2096 aa  57.4  0.0000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  34.59 
 
 		 1614 aa  56.2  0.0000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08820  Rhs family protein  30.77 
 
 		 1485 aa  55.8  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0271193  normal  1 
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2808  peptidase C39, bacteriocin processing  28.57 
 
 		 1599 aa  55.5  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4951  YD repeat-containing protein  33.57 
 
 		 1495 aa  55.1  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.746977 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0346  YD repeat-containing protein  25.42 
 
 		 2035 aa  55.5  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  29.52 
 
 		 1560 aa  55.5  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6111  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  30.77 
 
 		 1558 aa  55.5  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.25246 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3344  PAAR  36.67 
 
 		 1494 aa  55.1  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0030504  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5023  YD repeat-containing protein  36.67 
 
 		 1494 aa  55.1  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00366927  normal  0.185239 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003490  Rhs family protein  31.25 
 
 		 1384 aa  54.7  0.000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3481  YD repeat-containing protein  29.91 
 
 		 1586 aa  55.1  0.000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.130925  normal  0.269624 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  25.88 
 
 		 1527 aa  55.1  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6958  YD repeat protein  26.03 
 
 		 1495 aa  55.1  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0165328  normal  0.66981 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3519  YD repeat protein  31.76 
 
 		 1508 aa  54.7  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0534715  normal  0.146276 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4158  YD repeat-containing protein  32.38 
 
 		 1198 aa  54.7  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.529985 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  27.59 
 
 		 1572 aa  54.3  0.000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2290  YD repeat protein  31.06 
 
 		 6272 aa  54.7  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2107  YD repeat protein  35.35 
 
 		 1681 aa  54.7  0.000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0766  YD repeat-containing protein  28.14 
 
 		 1466 aa  54.7  0.000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.668703  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0698  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  28.14 
 
 		 1492 aa  53.9  0.000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.632091  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2813  YD repeat protein  28.14 
 
 		 1673 aa  53.9  0.000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2818  YD repeat protein  28.14 
 
 		 1679 aa  53.9  0.000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04723  RhsD protein  32.41 
 
 		 920 aa  53.9  0.000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.370413  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1235  hypothetical protein  29.94 
 
 		 1405 aa  53.5  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.617923 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  31.34 
 
 		 1576 aa  53.5  0.000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2870  YD repeat protein  26.77 
 
 		 2144 aa  53.5  0.000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1371  YD repeat-containing protein  29.66 
 
 		 1959 aa  53.5  0.000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32860  Rhs family protein  24.86 
 
 		 1259 aa  53.5  0.000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.390343  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3445  wall-associated protein  26.01 
 
 		 2178 aa  53.1  0.000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.837931  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04849  RhsD protein  34.33 
 
 		 917 aa  53.1  0.000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0148662  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0499  YD repeat-containing protein  27.78 
 
 		 1604 aa  53.1  0.000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2508  YD repeat-containing protein  34.86 
 
 		 1699 aa  52.4  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0105853  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4085  RHS family protein, putative  25.81 
 
 		 1530 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.572678  normal  0.0133781 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5261  YD repeat-containing protein  33.57 
 
 		 1487 aa  52.4  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.792751 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2330  RHS protein  27.98 
 
 		 1573 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.361613 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0051  YD repeat protein  26.75 
 
 		 1437 aa  52.4  0.00001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3480  YD repeat-containing protein  28.66 
 
 		 1620 aa  52.4  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.219558 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8635  YD repeat protein  28.49 
 
 		 1489 aa  52.8  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128218  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  25.29 
 
 		 1551 aa  52.4  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4010  protein rhsA precursor  28.98 
 
 		 1388 aa  52.4  0.00001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0548  RhsC protein  28.98 
 
 		 1308 aa  52.8  0.00001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2251  YD repeat protein  31.97 
 
 		 1577 aa  51.6  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.37026  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2443  YD repeat-containing protein  30.08 
 
 		 927 aa  51.6  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4797  rhs-related transmembrane protein, YD repeat protein  29.27 
 
 		 1626 aa  51.6  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1609  YD repeat protein  23.68 
 
 		 1447 aa  51.6  0.00003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0412  YD repeat-containing protein  27.71 
 
 		 342 aa  51.2  0.00003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0858889  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2322  YD repeat-containing protein  35.11 
 
 		 913 aa  51.6  0.00003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.330208  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2694  YD repeat protein  23.68 
 
 		 1428 aa  51.2  0.00003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00194911  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1609  YD repeat-containing protein  27.71 
 
 		 348 aa  51.6  0.00003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1792  YD repeat-containing protein  27.71 
 
 		 348 aa  51.6  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.227953  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0462  YD repeat-containing protein  27.71 
 
 		 352 aa  51.2  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.756225  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4092  protein rhsB precursor  28.24 
 
 		 1411 aa  51.6  0.00003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.576153  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1422  YD repeat-containing protein  27.49 
 
 		 1197 aa  50.8  0.00004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.645858  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0299  YD repeat-containing protein  27.37 
 
 		 1525 aa  50.8  0.00004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1115  protein RhsA  29.17 
 
 		 1388 aa  50.8  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  32.46 
 
 		 1547 aa  50.8  0.00004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20520  hypothetical protein  36.46 
 
 		 903 aa  50.8  0.00004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000061545  normal  0.488224 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3052  YD repeat-containing protein  28.25 
 
 		 2942 aa  50.8  0.00004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2521  YD repeat-containing protein  27.37 
 
 		 1509 aa  50.8  0.00005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1826  Rhs family protein  31.43 
 
 		 1429 aa  50.4  0.00005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831768  normal  0.546607 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4482  YD repeat-containing protein  27.37 
 
 		 1528 aa  50.4  0.00005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>