278 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS00941 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS00941  rhs-related protein  100 
 
 		 881 aa  1800    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_003296  RS00943  rhs-related protein  46.34 
 
 		 681 aa  409  1.0000000000000001e-112  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.739239 
 
 
-
 
NC_003296  RS00947  putative RHS-related protein  37.72 
 
 		 499 aa  266  1e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.55464  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00945  rhs-related protein  36.86 
 
 		 587 aa  250  6e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.68449  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05538  putative RHS-related protein  33.56 
 
 		 818 aa  240  1e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.252151  normal  0.640714 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6263  YD repeat-containing protein  27.29 
 
 		 939 aa  179  2e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02144  putative RHS-related transmembrane protein  27.44 
 
 		 863 aa  169  2e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0173  Rhs family protein  26.87 
 
 		 1381 aa  166  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2470  rhs-related protein  27.1 
 
 		 890 aa  155  2e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0941  YD repeat protein  25.97 
 
 		 1467 aa  154  5e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.125138  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00354  putative RHS-related transmembrane protein  28.76 
 
 		 1368 aa  137  9.999999999999999e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2251  YD repeat protein  29.67 
 
 		 1577 aa  136  9.999999999999999e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.37026  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00577  RhsD protein  24.96 
 
 		 683 aa  134  1.0000000000000001e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6258  YD repeat-containing protein  29.25 
 
 		 509 aa  120  9e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.207507  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2453  YD repeat-containing protein  26.63 
 
 		 1177 aa  120  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0637205 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  25.04 
 
 		 2277 aa  114  1.0000000000000001e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04849  RhsD protein  41.07 
 
 		 917 aa  112  3e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0148662  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04723  RhsD protein  41.07 
 
 		 920 aa  112  3e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.370413  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2322  YD repeat-containing protein  37.88 
 
 		 913 aa  109  2e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.330208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1472  YD repeat-containing protein  26.34 
 
 		 1600 aa  107  1e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.059879  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32830  hypothetical protein  36.84 
 
 		 889 aa  107  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000050197  hitchhiker  0.0000345173 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20520  hypothetical protein  36.65 
 
 		 903 aa  106  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000061545  normal  0.488224 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3720  YD repeat-containing protein  26.5 
 
 		 1301 aa  102  3e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.148361  decreased coverage  0.000379992 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  26.22 
 
 		 2096 aa  101  5e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  26.44 
 
 		 1352 aa  101  6e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0346  YD repeat-containing protein  22.12 
 
 		 2035 aa  98.6  5e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2902  YD repeat protein  26.87 
 
 		 1271 aa  97.4  9e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.729617  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3576  YD repeat protein  24.69 
 
 		 2149 aa  92.4  3e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.971607  hitchhiker  0.00854554 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4158  YD repeat-containing protein  34.92 
 
 		 1198 aa  89.7  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.529985 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0012  YD repeat protein  22.24 
 
 		 3027 aa  85.9  0.000000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1946  YD repeat-containing protein  24.65 
 
 		 1433 aa  85.1  0.000000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.465933  normal  0.94223 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2290  YD repeat protein  32.35 
 
 		 6272 aa  82.4  0.00000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4514  YD repeat-containing protein  23.07 
 
 		 3689 aa  82  0.00000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.40016 
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2808  peptidase C39, bacteriocin processing  28.77 
 
 		 1599 aa  77.8  0.0000000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1050  YD repeat protein  25.29 
 
 		 2731 aa  77  0.000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0160  YD repeat protein  30.73 
 
 		 2658 aa  76.3  0.000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  29.95 
 
 		 1595 aa  75.5  0.000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  29.95 
 
 		 1586 aa  75.5  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0148  YD repeat protein  28.86 
 
 		 765 aa  74.3  0.000000000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6261  YD repeat-containing protein  32.69 
 
 		 399 aa  72.8  0.00000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4085  RHS family protein, putative  32.52 
 
 		 1530 aa  70.5  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.572678  normal  0.0133781 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1171  rhsD protein  28.57 
 
 		 1543 aa  70.5  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2806  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  28.57 
 
 		 1552 aa  70.9  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2934  YD repeat protein  23.95 
 
 		 1953 aa  69.7  0.0000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.601825 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2167  YD repeat-containing protein  32.06 
 
 		 2003 aa  70.1  0.0000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.154621 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0132  YD repeat protein  30.17 
 
 		 2349 aa  70.1  0.0000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0499  YD repeat-containing protein  31.52 
 
 		 1604 aa  69.7  0.0000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  34.44 
 
 		 1614 aa  69.3  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2104  rhsD protein  27.46 
 
 		 1593 aa  68.6  0.0000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0967057  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2740  YD repeat-containing protein  31.07 
 
 		 1602 aa  68.6  0.0000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8635  YD repeat protein  25.13 
 
 		 1489 aa  68.2  0.0000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128218  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0341  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  31.29 
 
 		 1527 aa  68.2  0.0000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1452  YD repeat protein  25.62 
 
 		 1464 aa  67.8  0.0000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0410  YD repeat-containing protein  31.29 
 
 		 1189 aa  67.4  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0462  YD repeat-containing protein  28.12 
 
 		 352 aa  67  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.756225  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1475  YD repeat-containing protein  26.27 
 
 		 2294 aa  67  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.705972 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3480  YD repeat-containing protein  31.1 
 
 		 1620 aa  67  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.219558 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0412  YD repeat-containing protein  28.12 
 
 		 342 aa  66.6  0.000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0858889  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0403  YD repeat-containing protein  28.1 
 
 		 1390 aa  66.2  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1609  YD repeat-containing protein  28.12 
 
 		 348 aa  67  0.000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0330  RHS/YD repeat-containing protein  28.1 
 
 		 1402 aa  66.6  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.581458  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4797  rhs-related transmembrane protein, YD repeat protein  29.94 
 
 		 1626 aa  66.6  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3481  YD repeat-containing protein  32.22 
 
 		 1586 aa  66.6  0.000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.130925  normal  0.269624 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1792  YD repeat-containing protein  28.12 
 
 		 348 aa  67  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.227953  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3345  YD repeat-containing protein  31.71 
 
 		 1583 aa  65.9  0.000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.370886  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4951  YD repeat-containing protein  21.91 
 
 		 1495 aa  65.9  0.000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.746977 
 
 
-
 
NC_011727  PCC8801_4560  YD repeat protein  33.71 
 
 		 1485 aa  65.5  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05482  putative RHS-related transmembrane protein  35.33 
 
 		 1517 aa  64.7  0.000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.489685  normal  0.876645 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1422  YD repeat-containing protein  30.66 
 
 		 1197 aa  63.9  0.00000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.645858  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  31.79 
 
 		 1572 aa  64.3  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3959  hypothetical protein  23.14 
 
 		 1319 aa  64.3  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0016  YD repeat protein  29.82 
 
 		 1074 aa  64.3  0.00000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.15112  hitchhiker  0.0000418837 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2647  YD repeat-containing protein  24.82 
 
 		 934 aa  63.5  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.217872  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  32.04 
 
 		 1520 aa  63.9  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  24.82 
 
 		 1551 aa  63.9  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00448  rhsD element protein  30.67 
 
 		 1426 aa  63.2  0.00000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0536  RhsD protein precursor  30.67 
 
 		 1429 aa  63.2  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3113  YD repeat protein  30.67 
 
 		 1426 aa  63.2  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.637043  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00453  hypothetical protein  30.67 
 
 		 1426 aa  63.2  0.00000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0248  YD repeat protein  39.81 
 
 		 1434 aa  63.5  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20510  hypothetical protein  28.57 
 
 		 324 aa  63.2  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000829879  normal  0.312494 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5261  YD repeat-containing protein  34.46 
 
 		 1487 aa  63.2  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.792751 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2201  YD repeat-containing protein  30.67 
 
 		 1268 aa  63.5  0.00000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0244  protein RhsH  31.1 
 
 		 1417 aa  62.8  0.00000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6111  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  27.18 
 
 		 1558 aa  62.8  0.00000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.25246 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  30.77 
 
 		 1547 aa  62.4  0.00000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32840  hypothetical protein  23.5 
 
 		 317 aa  62.8  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00770451  hitchhiker  0.000240628 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2570  YD repeat-containing protein  23.06 
 
 		 1565 aa  62.8  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.332337  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2577  YD repeat-containing protein  23.06 
 
 		 1565 aa  62.8  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.328115  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1191  YD repeat-containing protein  28.66 
 
 		 425 aa  62.4  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.270395  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2443  YD repeat-containing protein  29.9 
 
 		 927 aa  62.4  0.00000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01426  hypothetical protein  31.29 
 
 		 1216 aa  62.4  0.00000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0698  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  29.19 
 
 		 1492 aa  62.4  0.00000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.632091  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01414  rhsE element core protein RshE  31.29 
 
 		 1200 aa  62  0.00000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  24.11 
 
 		 1527 aa  62  0.00000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2563  YD repeat-containing protein  23.06 
 
 		 1611 aa  62  0.00000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0004  YD repeat-containing protein  20.78 
 
 		 1942 aa  61.6  0.00000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0333  RHS/YD repeat-containing protein  27.62 
 
 		 1418 aa  61.6  0.00000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1639  protein rhsD, truncation  30.06 
 
 		 1405 aa  61.6  0.00000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4426  Rhs family protein  23.47 
 
 		 1362 aa  61.6  0.00000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.479042 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>