221 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_B2598 on replicon NC_007952
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007951  Bxe_A1963  YD repeat-containing protein  89.95 
 
 		 781 aa  1438    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0257216  decreased coverage  0.00891251 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2598  YD repeat-containing protein  100 
 
 		 802 aa  1654    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000325868  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5044  YD repeat protein  39.65 
 
 		 820 aa  456  1e-127  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.928216  normal  0.520262 
 
 
-
 
NC_003296  RS02144  putative RHS-related transmembrane protein  34.11 
 
 		 863 aa  199  2.0000000000000003e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2470  rhs-related protein  32.1 
 
 		 890 aa  194  6e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6263  YD repeat-containing protein  30.57 
 
 		 939 aa  191  4e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05538  putative RHS-related protein  34.31 
 
 		 818 aa  164  5.0000000000000005e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.252151  normal  0.640714 
 
 
-
 
NC_003296  RS00945  rhs-related protein  35.25 
 
 		 587 aa  160  7e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.68449  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00947  putative RHS-related protein  35.58 
 
 		 499 aa  136  1.9999999999999998e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.55464  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6258  YD repeat-containing protein  34.97 
 
 		 509 aa  127  6e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.207507  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0941  YD repeat protein  30.45 
 
 		 1467 aa  111  7.000000000000001e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.125138  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0173  Rhs family protein  26.34 
 
 		 1381 aa  110  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2444  Rhs family protein-like protein  27.21 
 
 		 661 aa  92.4  3e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32840  hypothetical protein  32.2 
 
 		 317 aa  90.5  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00770451  hitchhiker  0.000240628 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  25.61 
 
 		 2096 aa  88.2  6e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20510  hypothetical protein  33.18 
 
 		 324 aa  83.2  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000829879  normal  0.312494 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2320  YD repeat-containing protein  27.8 
 
 		 508 aa  81.3  0.00000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0339952  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0012  YD repeat protein  24.86 
 
 		 3027 aa  79  0.0000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0016  YD repeat protein  29.55 
 
 		 1074 aa  79  0.0000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.15112  hitchhiker  0.0000418837 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0346  YD repeat-containing protein  25.32 
 
 		 2035 aa  79  0.0000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  28.91 
 
 		 1352 aa  77.8  0.0000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2445  YD repeat-containing protein  36.8 
 
 		 526 aa  75.5  0.000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2902  YD repeat protein  26.49 
 
 		 1271 aa  74.7  0.000000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.729617  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  23.73 
 
 		 2277 aa  72.4  0.00000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3344  PAAR  28.92 
 
 		 1494 aa  72.8  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0030504  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5023  YD repeat-containing protein  28.92 
 
 		 1494 aa  72.8  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00366927  normal  0.185239 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0009  YD repeat-containing protein  23.18 
 
 		 1840 aa  71.2  0.00000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.886586  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32850  hypothetical protein  27.17 
 
 		 338 aa  70.9  0.00000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.367921  hitchhiker  0.000249189 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1422  YD repeat-containing protein  28.33 
 
 		 1197 aa  70.1  0.0000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.645858  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1373  YD repeat-containing protein  23.91 
 
 		 1917 aa  70.1  0.0000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2453  YD repeat-containing protein  28.66 
 
 		 1177 aa  70.5  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0637205 
 
 
-
 
NC_011727  PCC8801_4560  YD repeat protein  24.69 
 
 		 1485 aa  68.9  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00577  RhsD protein  28.2 
 
 		 683 aa  68.6  0.0000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5261  YD repeat-containing protein  25.97 
 
 		 1487 aa  68.6  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.792751 
 
 
-
 
NC_003296  RS05482  putative RHS-related transmembrane protein  28.32 
 
 		 1517 aa  68.2  0.0000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.489685  normal  0.876645 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0420  YD repeat protein  25.67 
 
 		 1475 aa  67  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3576  YD repeat protein  25.65 
 
 		 2149 aa  66.6  0.000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.971607  hitchhiker  0.00854554 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1371  YD repeat-containing protein  24 
 
 		 1959 aa  66.6  0.000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2321  YD repeat-containing protein  24 
 
 		 500 aa  65.5  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0122033  normal  0.914801 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0303  YD repeat-containing protein  28.06 
 
 		 3273 aa  65.1  0.000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0004  YD repeat-containing protein  23.28 
 
 		 1942 aa  65.1  0.000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2251  YD repeat protein  35.42 
 
 		 1577 aa  64.7  0.000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.37026  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4951  YD repeat-containing protein  23.81 
 
 		 1495 aa  62.8  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.746977 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08820  Rhs family protein  24.04 
 
 		 1485 aa  63.2  0.00000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0271193  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1578  Rhs family protein  24.01 
 
 		 1556 aa  62.8  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.883586  normal  0.184607 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2870  YD repeat protein  27.96 
 
 		 2144 aa  63.2  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1472  YD repeat-containing protein  29.14 
 
 		 1600 aa  63.5  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.059879  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1504  YD repeat protein  25.38 
 
 		 1457 aa  62.8  0.00000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0129  Rhs family protein  23.98 
 
 		 1427 aa  62.4  0.00000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2443  YD repeat-containing protein  24.53 
 
 		 927 aa  62.8  0.00000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3232  YD repeat-containing protein  21.92 
 
 		 1669 aa  62.4  0.00000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4797  rhs-related transmembrane protein, YD repeat protein  24.65 
 
 		 1626 aa  62  0.00000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0536  RhsD protein precursor  27.78 
 
 		 1429 aa  61.6  0.00000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  25.07 
 
 		 1547 aa  61.6  0.00000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  26.17 
 
 		 1609 aa  61.6  0.00000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0572  YD repeat protein  24.94 
 
 		 1509 aa  60.8  0.00000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.442069  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8635  YD repeat protein  24.76 
 
 		 1489 aa  60.5  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128218  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2437  YD repeat-containing protein  24.68 
 
 		 690 aa  60.8  0.0000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3459  YD repeat-containing protein  24.1 
 
 		 3193 aa  60.5  0.0000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  24.34 
 
 		 1520 aa  60.1  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1160  YD repeat protein  25.08 
 
 		 1423 aa  59.7  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00301652  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  22.5 
 
 		 1560 aa  59.7  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2201  YD repeat-containing protein  27.78 
 
 		 1268 aa  59.7  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3720  YD repeat-containing protein  25.76 
 
 		 1301 aa  59.7  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.148361  decreased coverage  0.000379992 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3178  type VI secretion system Vgr family protein  24.59 
 
 		 1981 aa  59.3  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.568675 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8640  YD repeat protein  26.47 
 
 		 1518 aa  58.9  0.0000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.357358  normal  0.924086 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1826  Rhs family protein  24.54 
 
 		 1429 aa  58.5  0.0000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831768  normal  0.546607 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6261  YD repeat-containing protein  28.03 
 
 		 399 aa  58.2  0.0000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0132  YD repeat protein  22.25 
 
 		 2349 aa  57.8  0.0000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  24.8 
 
 		 1586 aa  57.8  0.0000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  25.34 
 
 		 1572 aa  57  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4514  YD repeat-containing protein  26.46 
 
 		 3689 aa  57.4  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.40016 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  24.8 
 
 		 1595 aa  57.4  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0188  YD repeat-containing protein  30.8 
 
 		 1147 aa  57  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.336651  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4142  YD repeat protein  24.59 
 
 		 1046 aa  57.4  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2036  YD repeat-containing protein  28.69 
 
 		 3073 aa  57  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  23.25 
 
 		 1576 aa  56.2  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3519  YD repeat protein  25.36 
 
 		 1508 aa  56.2  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0534715  normal  0.146276 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3079  YD repeat-containing protein  24.51 
 
 		 1505 aa  56.6  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00723203  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00448  rhsD element protein  28.57 
 
 		 1426 aa  55.8  0.000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01414  rhsE element core protein RshE  28.57 
 
 		 1200 aa  55.8  0.000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3113  YD repeat protein  28.57 
 
 		 1426 aa  56.2  0.000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.637043  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04760  putative RHS-related protein  28.43 
 
 		 788 aa  55.8  0.000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05695  putative RHS-related protein  28.43 
 
 		 788 aa  55.8  0.000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1050  YD repeat protein  30.92 
 
 		 2731 aa  56.2  0.000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1609  YD repeat protein  22.19 
 
 		 1447 aa  55.5  0.000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00453  hypothetical protein  28.57 
 
 		 1426 aa  55.8  0.000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01426  hypothetical protein  28.57 
 
 		 1216 aa  55.8  0.000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1946  YD repeat-containing protein  27.78 
 
 		 1433 aa  55.5  0.000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.465933  normal  0.94223 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4063  NHL repeat-containing protein  25.44 
 
 		 1763 aa  55.1  0.000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.512891  normal  0.666526 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3345  YD repeat-containing protein  26.8 
 
 		 1583 aa  55.1  0.000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.370886  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0601  RHS Repeat family protein  27.47 
 
 		 1398 aa  55.1  0.000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4092  protein rhsB precursor  26.32 
 
 		 1411 aa  54.7  0.000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.576153  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0244  protein RhsH  26.67 
 
 		 1417 aa  54.7  0.000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4158  YD repeat-containing protein  23.46 
 
 		 1198 aa  54.3  0.000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.529985 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2936  YD repeat protein  26.46 
 
 		 1397 aa  53.9  0.00001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2694  YD repeat protein  22.2 
 
 		 1428 aa  53.5  0.00001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00194911  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0585  YD repeat-containing protein  24.75 
 
 		 1600 aa  53.9  0.00001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2065  protein rhsD  27.16 
 
 		 1400 aa  53.9  0.00001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.595023 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0499  YD repeat-containing protein  28.1 
 
 		 1604 aa  53.9  0.00001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>