219 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_A1963 on replicon NC_007951
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007951  Bxe_A1963  YD repeat-containing protein  100 
 
 		 781 aa  1604    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0257216  decreased coverage  0.00891251 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2598  YD repeat-containing protein  89.82 
 
 		 802 aa  1427    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000325868  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5044  YD repeat protein  39.24 
 
 		 820 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.928216  normal  0.520262 
 
 
-
 
NC_003296  RS02144  putative RHS-related transmembrane protein  33.15 
 
 		 863 aa  204  6e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2470  rhs-related protein  31.31 
 
 		 890 aa  193  1e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6263  YD repeat-containing protein  29.61 
 
 		 939 aa  189  1e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05538  putative RHS-related protein  33.9 
 
 		 818 aa  164  7e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.252151  normal  0.640714 
 
 
-
 
NC_003296  RS00945  rhs-related protein  35.09 
 
 		 587 aa  160  6e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.68449  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00947  putative RHS-related protein  35.81 
 
 		 499 aa  137  6.0000000000000005e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.55464  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6258  YD repeat-containing protein  33.45 
 
 		 509 aa  125  4e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.207507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0173  Rhs family protein  26.53 
 
 		 1381 aa  114  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0941  YD repeat protein  30.62 
 
 		 1467 aa  113  1.0000000000000001e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.125138  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2444  Rhs family protein-like protein  26.65 
 
 		 661 aa  91.3  6e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  27.13 
 
 		 2096 aa  89.4  3e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32840  hypothetical protein  32.42 
 
 		 317 aa  88.6  5e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00770451  hitchhiker  0.000240628 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20510  hypothetical protein  34.91 
 
 		 324 aa  82.4  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000829879  normal  0.312494 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2320  YD repeat-containing protein  28.06 
 
 		 508 aa  80.9  0.00000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0339952  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0016  YD repeat protein  29.67 
 
 		 1074 aa  78.2  0.0000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.15112  hitchhiker  0.0000418837 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0346  YD repeat-containing protein  24.62 
 
 		 2035 aa  78.6  0.0000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0012  YD repeat protein  24.7 
 
 		 3027 aa  77.8  0.0000000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2902  YD repeat protein  26.97 
 
 		 1271 aa  77.8  0.0000000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.729617  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2453  YD repeat-containing protein  29.6 
 
 		 1177 aa  76.3  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0637205 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2445  YD repeat-containing protein  34.87 
 
 		 526 aa  76.6  0.000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  27.94 
 
 		 1352 aa  74.3  0.000000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32850  hypothetical protein  26.9 
 
 		 338 aa  73.2  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.367921  hitchhiker  0.000249189 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1373  YD repeat-containing protein  24.55 
 
 		 1917 aa  71.2  0.00000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0009  YD repeat-containing protein  23.84 
 
 		 1840 aa  71.2  0.00000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.886586  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  23.58 
 
 		 2277 aa  70.5  0.0000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3344  PAAR  28.06 
 
 		 1494 aa  69.7  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0030504  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5023  YD repeat-containing protein  28.06 
 
 		 1494 aa  69.7  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00366927  normal  0.185239 
 
 
-
 
NC_003296  RS05482  putative RHS-related transmembrane protein  28.02 
 
 		 1517 aa  68.2  0.0000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.489685  normal  0.876645 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3576  YD repeat protein  25.96 
 
 		 2149 aa  68.6  0.0000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.971607  hitchhiker  0.00854554 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1371  YD repeat-containing protein  24 
 
 		 1959 aa  67.8  0.0000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00577  RhsD protein  28.14 
 
 		 683 aa  67.8  0.0000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5261  YD repeat-containing protein  24.18 
 
 		 1487 aa  67.8  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.792751 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1578  Rhs family protein  24.62 
 
 		 1556 aa  67.4  0.0000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.883586  normal  0.184607 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2443  YD repeat-containing protein  24.05 
 
 		 927 aa  67  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3232  YD repeat-containing protein  23.7 
 
 		 1669 aa  66.2  0.000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1422  YD repeat-containing protein  27.76 
 
 		 1197 aa  66.2  0.000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.645858  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2251  YD repeat protein  27.3 
 
 		 1577 aa  65.9  0.000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.37026  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2321  YD repeat-containing protein  22.81 
 
 		 500 aa  65.5  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0122033  normal  0.914801 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0420  YD repeat protein  25.12 
 
 		 1475 aa  65.1  0.000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0004  YD repeat-containing protein  24.07 
 
 		 1942 aa  65.1  0.000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011727  PCC8801_4560  YD repeat protein  24.69 
 
 		 1485 aa  65.1  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0303  YD repeat-containing protein  27.68 
 
 		 3273 aa  65.1  0.000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1826  Rhs family protein  25.64 
 
 		 1429 aa  63.2  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831768  normal  0.546607 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2437  YD repeat-containing protein  24.68 
 
 		 690 aa  63.2  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2870  YD repeat protein  27.69 
 
 		 2144 aa  63.5  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4797  rhs-related transmembrane protein, YD repeat protein  29.21 
 
 		 1626 aa  62.4  0.00000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1472  YD repeat-containing protein  29.14 
 
 		 1600 aa  62  0.00000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.059879  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08820  Rhs family protein  24.04 
 
 		 1485 aa  62  0.00000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0271193  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1504  YD repeat protein  25.6 
 
 		 1457 aa  61.2  0.00000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3720  YD repeat-containing protein  25.76 
 
 		 1301 aa  60.8  0.00000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.148361  decreased coverage  0.000379992 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8635  YD repeat protein  24.32 
 
 		 1489 aa  60.8  0.00000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128218  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0536  RhsD protein precursor  27.9 
 
 		 1429 aa  60.5  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  26.17 
 
 		 1609 aa  60.1  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0129  Rhs family protein  23.98 
 
 		 1427 aa  60.1  0.0000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  29.49 
 
 		 1560 aa  59.7  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  25.07 
 
 		 1547 aa  60.1  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3178  type VI secretion system Vgr family protein  25.38 
 
 		 1981 aa  59.3  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.568675 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3459  YD repeat-containing protein  24.1 
 
 		 3193 aa  58.9  0.0000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2201  YD repeat-containing protein  27.9 
 
 		 1268 aa  58.5  0.0000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  24.63 
 
 		 1520 aa  58.5  0.0000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2036  YD repeat-containing protein  28.73 
 
 		 3073 aa  58.2  0.0000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6261  YD repeat-containing protein  28.03 
 
 		 399 aa  58.2  0.0000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3079  YD repeat-containing protein  25.35 
 
 		 1505 aa  57.8  0.0000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00723203  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0647  RHS Repeat family protein  24.64 
 
 		 1616 aa  57  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  25.34 
 
 		 1572 aa  57  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4514  YD repeat-containing protein  26.15 
 
 		 3689 aa  57  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.40016 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32860  Rhs family protein  29.17 
 
 		 1259 aa  57.4  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.390343  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1160  YD repeat protein  24.77 
 
 		 1423 aa  57  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00301652  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0572  YD repeat protein  25.59 
 
 		 1509 aa  57  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.442069  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0132  YD repeat protein  21.14 
 
 		 2349 aa  57  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4951  YD repeat-containing protein  22.05 
 
 		 1495 aa  57.4  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.746977 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  25 
 
 		 1586 aa  56.6  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  25 
 
 		 1595 aa  56.2  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1050  YD repeat protein  31.58 
 
 		 2731 aa  57  0.000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1946  YD repeat-containing protein  28.42 
 
 		 1433 aa  56.6  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.465933  normal  0.94223 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3519  YD repeat protein  23.97 
 
 		 1508 aa  56.6  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0534715  normal  0.146276 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4142  YD repeat protein  24.86 
 
 		 1046 aa  55.8  0.000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  23.68 
 
 		 1576 aa  55.5  0.000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1639  protein rhsD, truncation  26.72 
 
 		 1405 aa  55.5  0.000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4063  NHL repeat-containing protein  28.33 
 
 		 1763 aa  55.5  0.000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.512891  normal  0.666526 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0585  YD repeat-containing protein  24.52 
 
 		 1600 aa  55.5  0.000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00448  rhsD element protein  28.84 
 
 		 1426 aa  54.7  0.000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01414  rhsE element core protein RshE  28.84 
 
 		 1200 aa  54.7  0.000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00453  hypothetical protein  28.84 
 
 		 1426 aa  54.7  0.000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3345  YD repeat-containing protein  26.8 
 
 		 1583 aa  55.1  0.000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.370886  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01426  hypothetical protein  28.84 
 
 		 1216 aa  54.7  0.000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0017  YD repeat protein  23.5 
 
 		 738 aa  54.7  0.000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.215545  hitchhiker  0.000002636 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3113  YD repeat protein  28.84 
 
 		 1426 aa  54.7  0.000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.637043  n/a   
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2808  peptidase C39, bacteriocin processing  29.41 
 
 		 1599 aa  54.7  0.000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04760  putative RHS-related protein  28.57 
 
 		 788 aa  53.5  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05695  putative RHS-related protein  28.57 
 
 		 788 aa  53.5  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1609  YD repeat protein  21.88 
 
 		 1447 aa  53.5  0.00001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2104  rhsD protein  23.28 
 
 		 1593 aa  53.9  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0967057  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4092  protein rhsB precursor  26.32 
 
 		 1411 aa  54.3  0.00001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.576153  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0601  RHS Repeat family protein  27.59 
 
 		 1398 aa  53.9  0.00001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0499  YD repeat-containing protein  28.1 
 
 		 1604 aa  53.5  0.00001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0244  protein RhsH  26.59 
 
 		 1417 aa  53.9  0.00001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>