291 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS02144 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2470  rhs-related protein  63.04 
 
 		 890 aa  1021    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02144  putative RHS-related transmembrane protein  100 
 
 		 863 aa  1766    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05538  putative RHS-related protein  47.19 
 
 		 818 aa  501  1e-140  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.252151  normal  0.640714 
 
 
-
 
NC_003296  RS00945  rhs-related protein  47.96 
 
 		 587 aa  461  9.999999999999999e-129  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.68449  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6263  YD repeat-containing protein  39.27 
 
 		 939 aa  448  1.0000000000000001e-124  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00947  putative RHS-related protein  51.35 
 
 		 499 aa  427  1e-118  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.55464  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6258  YD repeat-containing protein  43.9 
 
 		 509 aa  243  1e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.207507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0173  Rhs family protein  31.76 
 
 		 1381 aa  242  2.9999999999999997e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5044  YD repeat protein  32.69 
 
 		 820 aa  210  8e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.928216  normal  0.520262 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1963  YD repeat-containing protein  33.15 
 
 		 781 aa  204  7e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0257216  decreased coverage  0.00891251 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2598  YD repeat-containing protein  34.11 
 
 		 802 aa  200  1.0000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000325868  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0941  YD repeat protein  30.62 
 
 		 1467 aa  181  7e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.125138  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32840  hypothetical protein  38.39 
 
 		 317 aa  172  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00770451  hitchhiker  0.000240628 
 
 
-
 
NC_003296  RS00943  rhs-related protein  30.81 
 
 		 681 aa  171  4e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.739239 
 
 
-
 
NC_003296  RS00941  rhs-related protein  27.29 
 
 		 881 aa  165  4.0000000000000004e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00577  RhsD protein  30.11 
 
 		 683 aa  162  2e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6261  YD repeat-containing protein  35.56 
 
 		 399 aa  153  2e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20510  hypothetical protein  34.28 
 
 		 324 aa  151  6e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000829879  normal  0.312494 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2453  YD repeat-containing protein  27.57 
 
 		 1177 aa  147  8.000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0637205 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2445  YD repeat-containing protein  27.71 
 
 		 526 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2444  Rhs family protein-like protein  30 
 
 		 661 aa  141  7e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2321  YD repeat-containing protein  28.14 
 
 		 500 aa  137  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0122033  normal  0.914801 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2251  YD repeat protein  27.97 
 
 		 1577 aa  132  3e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.37026  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2320  YD repeat-containing protein  29.61 
 
 		 508 aa  131  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0339952  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32850  hypothetical protein  36.57 
 
 		 338 aa  129  3e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.367921  hitchhiker  0.000249189 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0012  YD repeat protein  27.91 
 
 		 3027 aa  127  1e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0346  YD repeat-containing protein  26.36 
 
 		 2035 aa  122  1.9999999999999998e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  27.5 
 
 		 2096 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3720  YD repeat-containing protein  26.28 
 
 		 1301 aa  118  5e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.148361  decreased coverage  0.000379992 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  25.45 
 
 		 2277 aa  111  5e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  27.34 
 
 		 1352 aa  107  9e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4158  YD repeat-containing protein  27.85 
 
 		 1198 aa  99.4  3e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.529985 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0016  YD repeat protein  33.22 
 
 		 1074 aa  99.4  3e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.15112  hitchhiker  0.0000418837 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3576  YD repeat protein  25.49 
 
 		 2149 aa  97.4  9e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.971607  hitchhiker  0.00854554 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0009  YD repeat-containing protein  23.92 
 
 		 1840 aa  96.3  2e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.886586  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2902  YD repeat protein  24.42 
 
 		 1271 aa  94.7  6e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.729617  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  27.12 
 
 		 1576 aa  94.7  7e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  25.97 
 
 		 1572 aa  94.4  9e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3459  YD repeat-containing protein  24.95 
 
 		 3193 aa  94  1e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1472  YD repeat-containing protein  23.38 
 
 		 1600 aa  90.9  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.059879  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0004  YD repeat-containing protein  23.06 
 
 		 1942 aa  89.7  2e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  23.65 
 
 		 1560 aa  88.6  5e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1371  YD repeat-containing protein  25.42 
 
 		 1959 aa  87.8  9e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6111  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  26.18 
 
 		 1558 aa  86.7  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.25246 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4797  rhs-related transmembrane protein, YD repeat protein  26.44 
 
 		 1626 aa  86.3  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05482  putative RHS-related transmembrane protein  26.49 
 
 		 1517 aa  85.9  0.000000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.489685  normal  0.876645 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4544  YD repeat protein  26.39 
 
 		 1488 aa  86.3  0.000000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0377133  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  23.74 
 
 		 1614 aa  85.9  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1373  YD repeat-containing protein  26.23 
 
 		 1917 aa  85.1  0.000000000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1422  YD repeat-containing protein  27.06 
 
 		 1197 aa  84  0.00000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.645858  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3232  YD repeat-containing protein  26.74 
 
 		 1669 aa  83.6  0.00000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32860  Rhs family protein  28.34 
 
 		 1259 aa  83.2  0.00000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.390343  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  24.12 
 
 		 1527 aa  82.8  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  24.5 
 
 		 1550 aa  82.4  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2934  YD repeat protein  26.59 
 
 		 1953 aa  81.6  0.00000000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.601825 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  26.7 
 
 		 1547 aa  81.6  0.00000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  23.54 
 
 		 1595 aa  81.3  0.00000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  23.54 
 
 		 1586 aa  81.3  0.00000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2570  YD repeat-containing protein  26.54 
 
 		 1565 aa  80.9  0.00000000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.332337  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2577  YD repeat-containing protein  26.54 
 
 		 1565 aa  80.9  0.00000000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.328115  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2563  YD repeat-containing protein  26.17 
 
 		 1611 aa  80.5  0.0000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0766  YD repeat-containing protein  25.49 
 
 		 1466 aa  80.1  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.668703  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4142  YD repeat protein  24.67 
 
 		 1046 aa  79.7  0.0000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  24.12 
 
 		 1551 aa  80.1  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2647  YD repeat-containing protein  24.12 
 
 		 934 aa  79.3  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.217872  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  24.02 
 
 		 1520 aa  79.3  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08820  Rhs family protein  25.55 
 
 		 1485 aa  78.2  0.0000000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0271193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0303  YD repeat-containing protein  27.06 
 
 		 3273 aa  78.2  0.0000000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2813  YD repeat protein  25.24 
 
 		 1673 aa  78.2  0.0000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2818  YD repeat protein  25.16 
 
 		 1679 aa  77.8  0.0000000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2167  YD repeat-containing protein  25.21 
 
 		 2003 aa  77.8  0.0000000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.154621 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4092  protein rhsB precursor  26.93 
 
 		 1411 aa  77.4  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.576153  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5395  RHS Repeat family protein  26.4 
 
 		 1394 aa  76.3  0.000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.037802  normal  0.495388 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3519  YD repeat protein  25.39 
 
 		 1508 aa  76.6  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0534715  normal  0.146276 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2936  YD repeat protein  26.4 
 
 		 1397 aa  76.3  0.000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4965  Rhs family protein  26.4 
 
 		 1409 aa  75.9  0.000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.832182  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0410  YD repeat-containing protein  25.16 
 
 		 1189 aa  75.5  0.000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011727  PCC8801_4560  YD repeat protein  25.64 
 
 		 1485 aa  75.5  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0373  Rhs family protein  23.43 
 
 		 855 aa  75.1  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3233  YD repeat protein  25.35 
 
 		 1639 aa  75.1  0.000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.471244  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0794  RHS repeat protein  26.4 
 
 		 1399 aa  74.7  0.000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4426  Rhs family protein  23.2 
 
 		 1362 aa  74.3  0.000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.479042 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0347  YD repeat protein  23.33 
 
 		 1379 aa  73.6  0.00000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3480  YD repeat-containing protein  25.93 
 
 		 1620 aa  74.3  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.219558 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4951  YD repeat-containing protein  24.63 
 
 		 1495 aa  73.9  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.746977 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0341  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  24.95 
 
 		 1527 aa  74.3  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1050  YD repeat protein  23.71 
 
 		 2731 aa  73.6  0.00000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8635  YD repeat protein  25.19 
 
 		 1489 aa  73.6  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128218  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2104  rhsD protein  24.79 
 
 		 1593 aa  73.2  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0967057  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0248  YD repeat protein  24.14 
 
 		 1434 aa  73.2  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29400  hypothetical protein  24.86 
 
 		 1317 aa  73.2  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  22.85 
 
 		 1400 aa  72.8  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0017  YD repeat protein  24 
 
 		 738 aa  72.4  0.00000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.215545  hitchhiker  0.000002636 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2081  YD repeat protein  23.93 
 
 		 1528 aa  72.4  0.00000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.359432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4063  NHL repeat-containing protein  24.83 
 
 		 1763 aa  72.4  0.00000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.512891  normal  0.666526 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0698  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  24.75 
 
 		 1492 aa  72.4  0.00000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.632091  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6958  YD repeat protein  22.7 
 
 		 1495 aa  72  0.00000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0165328  normal  0.66981 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0244  protein RhsH  25.97 
 
 		 1417 aa  71.6  0.00000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2330  RHS protein  23.93 
 
 		 1573 aa  71.6  0.00000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.361613 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0233  YD repeat protein  26.65 
 
 		 1411 aa  71.6  0.00000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>