92 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2444 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_2444  Rhs family protein-like protein  100 
 
 		 661 aa  1387    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2445  YD repeat-containing protein  55.98 
 
 		 526 aa  557  1e-157  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32850  hypothetical protein  32.06 
 
 		 338 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.367921  hitchhiker  0.000249189 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2320  YD repeat-containing protein  31.88 
 
 		 508 aa  162  2e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0339952  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32840  hypothetical protein  33.33 
 
 		 317 aa  160  6e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00770451  hitchhiker  0.000240628 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20510  hypothetical protein  32.26 
 
 		 324 aa  154  4e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000829879  normal  0.312494 
 
 
-
 
NC_003296  RS00945  rhs-related protein  31.18 
 
 		 587 aa  148  3e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.68449  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2321  YD repeat-containing protein  30.08 
 
 		 500 aa  147  8.000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0122033  normal  0.914801 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2470  rhs-related protein  32.04 
 
 		 890 aa  146  1e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00947  putative RHS-related protein  34.29 
 
 		 499 aa  145  2e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.55464  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02144  putative RHS-related transmembrane protein  30 
 
 		 863 aa  141  4.999999999999999e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05538  putative RHS-related protein  29.79 
 
 		 818 aa  140  7e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.252151  normal  0.640714 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0173  Rhs family protein  31.58 
 
 		 1381 aa  134  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6263  YD repeat-containing protein  28.29 
 
 		 939 aa  129  2.0000000000000002e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2453  YD repeat-containing protein  25.2 
 
 		 1177 aa  124  4e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0637205 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00577  RhsD protein  28.83 
 
 		 683 aa  109  1e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6258  YD repeat-containing protein  31.37 
 
 		 509 aa  104  4e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.207507  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00943  rhs-related protein  27.51 
 
 		 681 aa  103  1e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.739239 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0941  YD repeat protein  26.48 
 
 		 1467 aa  98.2  5e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.125138  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2598  YD repeat-containing protein  27.21 
 
 		 802 aa  92.4  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000325868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1963  YD repeat-containing protein  26.65 
 
 		 781 aa  91.3  5e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0257216  decreased coverage  0.00891251 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5044  YD repeat protein  27.95 
 
 		 820 aa  88.6  4e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.928216  normal  0.520262 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2251  YD repeat protein  25.17 
 
 		 1577 aa  82  0.00000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.37026  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0016  YD repeat protein  34.59 
 
 		 1074 aa  64.7  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.15112  hitchhiker  0.0000418837 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3720  YD repeat-containing protein  25 
 
 		 1301 aa  64.3  0.000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.148361  decreased coverage  0.000379992 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  26.81 
 
 		 1352 aa  63.2  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4158  YD repeat-containing protein  28.66 
 
 		 1198 aa  60.8  0.00000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.529985 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  24.2 
 
 		 2277 aa  60.8  0.00000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0009  YD repeat-containing protein  27.07 
 
 		 1840 aa  59.7  0.0000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.886586  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1094  wall-associated protein  28.01 
 
 		 2224 aa  59.7  0.0000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1022  wall-associated protein  28.01 
 
 		 2224 aa  59.7  0.0000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2699  YD repeat protein  31.09 
 
 		 1892 aa  58.9  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.499088  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1178  putative wall-associated protein  27.69 
 
 		 2224 aa  58.9  0.0000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.811104 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1130  wall-associated protein  27.02 
 
 		 2225 aa  57.4  0.0000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.490053  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3445  wall-associated protein  26.82 
 
 		 2178 aa  56.6  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.837931  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1472  YD repeat-containing protein  27.27 
 
 		 1600 aa  56.2  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.059879  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0346  YD repeat-containing protein  23.88 
 
 		 2035 aa  54.7  0.000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1422  YD repeat-containing protein  24.86 
 
 		 1197 aa  54.7  0.000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.645858  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0648  Rhs family protein  22.6 
 
 		 1446 aa  53.9  0.000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000723582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6210  RHS protein  25.77 
 
 		 1421 aa  52.8  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0158165  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1201  wall associated protein, putative  27.12 
 
 		 2246 aa  52.4  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.491377  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1946  YD repeat-containing protein  25.09 
 
 		 1433 aa  52.8  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.465933  normal  0.94223 
 
 
-
 
NC_003296  RS05482  putative RHS-related transmembrane protein  24.1 
 
 		 1517 aa  52.8  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.489685  normal  0.876645 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  24.42 
 
 		 1550 aa  52  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  24.75 
 
 		 1520 aa  52  0.00003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4544  YD repeat protein  24.05 
 
 		 1488 aa  52  0.00003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0377133  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1171  rhsD protein  25 
 
 		 1543 aa  52  0.00004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2806  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  25 
 
 		 1552 aa  52  0.00004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32830  hypothetical protein  25.28 
 
 		 889 aa  51.2  0.00006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000050197  hitchhiker  0.0000345173 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0012  YD repeat protein  24.22 
 
 		 3027 aa  51.2  0.00006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05538  RHS Repeat family  26.21 
 
 		 1579 aa  50.8  0.00007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0425564  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20520  hypothetical protein  25.28 
 
 		 903 aa  51.2  0.00007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000061545  normal  0.488224 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1371  YD repeat-containing protein  25 
 
 		 1959 aa  50.4  0.00009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00283  RhsD protein  26.21 
 
 		 613 aa  50.4  0.00009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.333499  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1938  YD repeat protein  25.66 
 
 		 678 aa  50.4  0.0001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1609  YD repeat-containing protein  24.2 
 
 		 348 aa  50.4  0.0001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1792  YD repeat-containing protein  24.2 
 
 		 348 aa  50.4  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.227953  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00285  RhsD protein  26.21 
 
 		 1428 aa  50.4  0.0001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0673678  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0412  YD repeat-containing protein  24.2 
 
 		 342 aa  50.4  0.0001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0858889  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  23.68 
 
 		 1560 aa  49.7  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  24.89 
 
 		 1609 aa  49.7  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0462  YD repeat-containing protein  24.2 
 
 		 352 aa  50.1  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.756225  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2104  rhsD protein  25 
 
 		 1593 aa  49.3  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0967057  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0004  YD repeat-containing protein  25.56 
 
 		 1942 aa  49.7  0.0002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00941  rhs-related protein  22.55 
 
 		 881 aa  48.9  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3519  YD repeat protein  26.83 
 
 		 1508 aa  48.9  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0534715  normal  0.146276 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  23.79 
 
 		 1547 aa  48.5  0.0004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0248  YD repeat protein  24.73 
 
 		 1434 aa  48.1  0.0005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2902  YD repeat protein  26.01 
 
 		 1271 aa  47.8  0.0007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.729617  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6418  YD repeat-containing protein  22.84 
 
 		 1368 aa  47.8  0.0007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0100911  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3576  YD repeat protein  23.2 
 
 		 2149 aa  47.8  0.0007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.971607  hitchhiker  0.00854554 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1275  wall-associated protein, putative  24.78 
 
 		 2221 aa  47.4  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  25.1 
 
 		 1572 aa  46.6  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8635  YD repeat protein  25.87 
 
 		 1489 aa  46.2  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128218  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3344  PAAR  23.95 
 
 		 1494 aa  45.8  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0030504  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5023  YD repeat-containing protein  23.95 
 
 		 1494 aa  45.8  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00366927  normal  0.185239 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  27.16 
 
 		 1595 aa  45.4  0.003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  27.16 
 
 		 1586 aa  45.8  0.003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8640  YD repeat protein  23.17 
 
 		 1518 aa  45.4  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.357358  normal  0.924086 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5261  YD repeat-containing protein  23.95 
 
 		 1487 aa  45.1  0.004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.792751 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3683  peptidoglycan-binding LysM  24.83 
 
 		 5236 aa  45.1  0.005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1923  peptidoglycan-binding LysM  24.83 
 
 		 5189 aa  44.7  0.005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  24.91 
 
 		 1576 aa  45.1  0.005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1322  substrate-binding repeat-containing protein  22.56 
 
 		 1541 aa  44.7  0.005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4580  YD repeat protein  21.43 
 
 		 1401 aa  45.1  0.005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.315308  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0601  RHS Repeat family protein  25.79 
 
 		 1398 aa  45.1  0.005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2570  YD repeat-containing protein  22.56 
 
 		 1541 aa  44.7  0.006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011727  PCC8801_4560  YD repeat protein  27.66 
 
 		 1485 aa  44.3  0.007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2813  YD repeat protein  23.31 
 
 		 1673 aa  44.3  0.007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  23.7 
 
 		 1527 aa  44.3  0.008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1403  substrate-binding repeat-containing protein  22.56 
 
 		 1541 aa  44.3  0.008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2934  YD repeat protein  26.15 
 
 		 1953 aa  43.9  0.01  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.601825 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>