165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_0016 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011071  Smal_0016  YD repeat protein  100 
 
 		 1074 aa  2206    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.15112  hitchhiker  0.0000418837 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2453  YD repeat-containing protein  31.63 
 
 		 1177 aa  121  9e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0637205 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0173  Rhs family protein  26.06 
 
 		 1381 aa  112  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6263  YD repeat-containing protein  25.43 
 
 		 939 aa  106  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4158  YD repeat-containing protein  30.8 
 
 		 1198 aa  105  4e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.529985 
 
 
-
 
NC_003296  RS05538  putative RHS-related protein  29.18 
 
 		 818 aa  104  1e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.252151  normal  0.640714 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2470  rhs-related protein  24.39 
 
 		 890 aa  100  1e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  23.53 
 
 		 2096 aa  100  2e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_003296  RS02144  putative RHS-related transmembrane protein  31.79 
 
 		 863 aa  99.4  4e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1472  YD repeat-containing protein  25.2 
 
 		 1600 aa  98.2  8e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.059879  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2251  YD repeat protein  24.47 
 
 		 1577 aa  97.4  1e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.37026  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00947  putative RHS-related protein  29.03 
 
 		 499 aa  95.5  4e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.55464  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00945  rhs-related protein  29.26 
 
 		 587 aa  93.6  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.68449  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6258  YD repeat-containing protein  29.28 
 
 		 509 aa  92  5e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.207507  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00577  RhsD protein  29.28 
 
 		 683 aa  92  6e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0346  YD repeat-containing protein  22.01 
 
 		 2035 aa  91.7  7e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0941  YD repeat protein  21.9 
 
 		 1467 aa  84.3  0.00000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.125138  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2598  YD repeat-containing protein  29.55 
 
 		 802 aa  79  0.0000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000325868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1963  YD repeat-containing protein  29.67 
 
 		 781 aa  78.2  0.0000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0257216  decreased coverage  0.00891251 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0321  Rhs family protein  24.6 
 
 		 1359 aa  76.3  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.73436  hitchhiker  0.000636537 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2320  YD repeat-containing protein  29.08 
 
 		 508 aa  75.5  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0339952  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2443  YD repeat-containing protein  36.8 
 
 		 927 aa  74.3  0.00000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2167  YD repeat-containing protein  24.51 
 
 		 2003 aa  71.2  0.0000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.154621 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3720  YD repeat-containing protein  22.32 
 
 		 1301 aa  70.1  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.148361  decreased coverage  0.000379992 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3576  YD repeat protein  24.86 
 
 		 2149 aa  69.3  0.0000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.971607  hitchhiker  0.00854554 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  22.31 
 
 		 1352 aa  69.7  0.0000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20520  hypothetical protein  32.26 
 
 		 903 aa  68.6  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000061545  normal  0.488224 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32830  hypothetical protein  32.26 
 
 		 889 aa  68.6  0.0000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000050197  hitchhiker  0.0000345173 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2321  YD repeat-containing protein  25.22 
 
 		 500 aa  67.8  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0122033  normal  0.914801 
 
 
-
 
NC_003296  RS00354  putative RHS-related transmembrane protein  26.52 
 
 		 1368 aa  66.6  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2322  YD repeat-containing protein  31.98 
 
 		 913 aa  65.9  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.330208  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00943  rhs-related protein  26.03 
 
 		 681 aa  65.1  0.000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.739239 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2444  Rhs family protein-like protein  34.59 
 
 		 661 aa  65.1  0.000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32850  hypothetical protein  34.95 
 
 		 338 aa  65.1  0.000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.367921  hitchhiker  0.000249189 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04849  RhsD protein  34.38 
 
 		 917 aa  65.1  0.000000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0148662  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0009  YD repeat-containing protein  20.96 
 
 		 1840 aa  64.7  0.000000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.886586  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32860  Rhs family protein  28.74 
 
 		 1259 aa  64.7  0.00000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.390343  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20510  hypothetical protein  34.51 
 
 		 324 aa  64.3  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000829879  normal  0.312494 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04723  RhsD protein  35.43 
 
 		 920 aa  64.3  0.00000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.370413  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1171  rhsD protein  28.79 
 
 		 1543 aa  63.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  23.08 
 
 		 2277 aa  63.5  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2806  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  28.79 
 
 		 1552 aa  63.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0248  YD repeat protein  23.88 
 
 		 1434 aa  63.2  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00941  rhs-related protein  31.08 
 
 		 881 aa  62.8  0.00000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0499  YD repeat-containing protein  23.01 
 
 		 1604 aa  62.4  0.00000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8635  YD repeat protein  23.56 
 
 		 1489 aa  62  0.00000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128218  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6210  RHS protein  24.32 
 
 		 1421 aa  61.6  0.00000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0158165  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32840  hypothetical protein  33.33 
 
 		 317 aa  61.6  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00770451  hitchhiker  0.000240628 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2445  YD repeat-containing protein  31.82 
 
 		 526 aa  60.5  0.0000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3345  YD repeat-containing protein  23.24 
 
 		 1583 aa  60.1  0.0000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.370886  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1373  YD repeat-containing protein  21.23 
 
 		 1917 aa  59.7  0.0000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0012  YD repeat protein  22.4 
 
 		 3027 aa  58.9  0.0000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3480  YD repeat-containing protein  35.2 
 
 		 1620 aa  58.5  0.0000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.219558 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2508  YD repeat-containing protein  22.41 
 
 		 1699 aa  58.2  0.0000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0105853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1946  YD repeat-containing protein  24.37 
 
 		 1433 aa  58.2  0.0000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.465933  normal  0.94223 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3481  YD repeat-containing protein  24.91 
 
 		 1586 aa  58.2  0.0000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.130925  normal  0.269624 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5510  YD repeat-containing protein  27.31 
 
 		 1390 aa  57.4  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.162905  normal  0.931179 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4426  Rhs family protein  25.35 
 
 		 1362 aa  56.6  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.479042 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4797  rhs-related transmembrane protein, YD repeat protein  24.47 
 
 		 1626 aa  56.6  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3459  YD repeat-containing protein  22.58 
 
 		 3193 aa  56.6  0.000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00285  RhsD protein  23.52 
 
 		 1428 aa  56.2  0.000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0673678  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0648  Rhs family protein  25.09 
 
 		 1446 aa  56.6  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000723582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05538  RHS Repeat family  23.52 
 
 		 1579 aa  56.6  0.000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0425564  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2902  YD repeat protein  23.94 
 
 		 1271 aa  55.5  0.000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.729617  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4544  YD repeat protein  23.86 
 
 		 1488 aa  55.5  0.000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0377133  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  21.38 
 
 		 1614 aa  55.5  0.000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3712  YD repeat-containing protein  22.98 
 
 		 1490 aa  55.5  0.000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.913964 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1371  YD repeat-containing protein  20.57 
 
 		 1959 aa  55.5  0.000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3788  YD repeat-containing protein  23.97 
 
 		 1554 aa  54.7  0.000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0253716  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2699  YD repeat protein  24.04 
 
 		 1892 aa  54.3  0.00001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.499088  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1653  YD repeat-containing protein  27.97 
 
 		 1251 aa  53.5  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000538479 
 
 
-
 
NC_003296  RS05482  putative RHS-related transmembrane protein  22.05 
 
 		 1517 aa  53.5  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.489685  normal  0.876645 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2740  YD repeat-containing protein  25.26 
 
 		 1602 aa  53.9  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3232  YD repeat-containing protein  20.88 
 
 		 1669 aa  53.9  0.00002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2951  RhsD protein  33.87 
 
 		 1539 aa  53.9  0.00002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4514  YD repeat-containing protein  22.69 
 
 		 3689 aa  53.9  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.40016 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00283  RhsD protein  25.33 
 
 		 613 aa  52.8  0.00003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.333499  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2870  YD repeat protein  29.62 
 
 		 2144 aa  53.1  0.00003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0267  rhsD protein  33.06 
 
 		 1539 aa  53.1  0.00003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2813  YD repeat protein  25.34 
 
 		 1673 aa  52.4  0.00004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1667  YD repeat-containing protein  27.97 
 
 		 1199 aa  52.4  0.00005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.620432 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3796  YD repeat-containing protein  25 
 
 		 422 aa  52.4  0.00005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.982597  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0244  protein RhsH  30.17 
 
 		 1417 aa  52.4  0.00005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0252  RHS Repeat family protein  30.17 
 
 		 1410 aa  52.4  0.00005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.661469 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2107  YD repeat protein  21.2 
 
 		 1681 aa  52  0.00007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2934  YD repeat protein  22.45 
 
 		 1953 aa  51.6  0.00007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.601825 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08820  Rhs family protein  21.57 
 
 		 1485 aa  51.6  0.00007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0271193  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2818  YD repeat protein  25.45 
 
 		 1679 aa  51.6  0.00008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5044  YD repeat protein  24.92 
 
 		 820 aa  51.6  0.00009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.928216  normal  0.520262 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2290  YD repeat protein  26.22 
 
 		 6272 aa  50.8  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  23.53 
 
 		 1560 aa  51.2  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2955  YD repeat-containing protein  22.84 
 
 		 1397 aa  50.4  0.0002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2826  substrate-binding repeat-containing protein  28.07 
 
 		 419 aa  50.1  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0303  YD repeat-containing protein  25.78 
 
 		 3273 aa  50.1  0.0002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02969  putative RHS-related protein  29.03 
 
 		 1710 aa  49.7  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00316448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2201  YD repeat-containing protein  28.57 
 
 		 1268 aa  49.7  0.0003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  29.93 
 
 		 1609 aa  49.7  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1434  YD repeat-containing protein  20.77 
 
 		 1553 aa  49.7  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.16383  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0234  YD repeat-containing protein  22.91 
 
 		 1411 aa  49.7  0.0003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4092  protein rhsB precursor  22.7 
 
 		 1411 aa  49.7  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.576153  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>