More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3884 on replicon NC_009956
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009956  Dshi_3884  multi anti extrusion protein MatE  100 
 
 		 469 aa  890    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.316697 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0091  MATE efflux family protein  35 
 
 		 454 aa  229  8e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0643  MATE efflux family protein  33.18 
 
 		 455 aa  200  3.9999999999999996e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0640  MATE efflux family protein  33.64 
 
 		 454 aa  200  3.9999999999999996e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.690668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0670  MATE efflux family protein  32.95 
 
 		 455 aa  199  6e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.358402  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0666  MATE efflux family protein  33.18 
 
 		 455 aa  200  6e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3710  MATE efflux family protein  32.95 
 
 		 455 aa  199  6e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.232724  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2888  MATE efflux family protein  29.56 
 
 		 462 aa  199  1.0000000000000001e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0238453  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4310  MATE efflux family protein  33.18 
 
 		 451 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0420  MATE efflux family protein  32.61 
 
 		 459 aa  195  1e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000768677  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0470  MATE efflux family protein  34.32 
 
 		 455 aa  194  4e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.11231  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0702  MATE efflux family protein  33.25 
 
 		 452 aa  193  5e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02728  MATE efflux family protein  31.01 
 
 		 460 aa  187  3e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0324679  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2964  MATE efflux family protein  31.51 
 
 		 453 aa  187  3e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000632854  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0699  MATE efflux family protein  33.41 
 
 		 456 aa  186  8e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0250563  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2827  MATE efflux family protein  30.73 
 
 		 451 aa  185  2.0000000000000003e-45  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.658448  normal  0.32606 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0553  MATE efflux family protein  33.25 
 
 		 452 aa  184  4.0000000000000006e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.136219 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3569  MATE efflux family protein  32.78 
 
 		 452 aa  183  6e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0796958  normal  0.0492062 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3399  MATE efflux family protein  33.02 
 
 		 452 aa  183  7e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00107141 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1334  MATE efflux family protein  31.63 
 
 		 478 aa  182  8.000000000000001e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.402123  normal  0.231405 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3662  MATE efflux family protein  33.88 
 
 		 476 aa  182  1e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000000389251  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3691  MATE efflux family protein  32.57 
 
 		 453 aa  179  8e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.830643  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3126  MATE efflux family protein  31.25 
 
 		 455 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.113083  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0249  hypothetical protein  30.37 
 
 		 444 aa  161  2e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05345  Na+-driven multidrug efflux pump  29.68 
 
 		 445 aa  159  1e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002223  Na+-driven multidrug efflux pump  29.74 
 
 		 428 aa  157  3e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.851646  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2244  hypothetical protein  31.13 
 
 		 460 aa  154  2e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00144  multidrug efflux pump  28.5 
 
 		 456 aa  153  5.9999999999999996e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000543  Na+-driven multidrug efflux pump  29.88 
 
 		 427 aa  152  1e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1822  MATE efflux family protein  29.03 
 
 		 505 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2709  MATE efflux family protein  27.29 
 
 		 454 aa  139  1e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.74149  normal  0.13379 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4099  MATE efflux family protein  26.93 
 
 		 442 aa  138  2e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00273315 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1808  MATE efflux family protein  28.16 
 
 		 499 aa  135  9.999999999999999e-31  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.848054  normal  0.460632 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2765  MATE efflux family protein  29.52 
 
 		 503 aa  134  3e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.256574  normal  0.220572 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2492  MATE efflux family protein  27.23 
 
 		 485 aa  133  6e-30  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.544481  normal  0.228664 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1639  MATE efflux family protein  29.63 
 
 		 466 aa  133  7.999999999999999e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3799  Fis family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 440 aa  132  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.732609  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2626  MATE efflux family protein  28.44 
 
 		 467 aa  130  7.000000000000001e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.287795  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2508  multi anti extrusion protein MatE  27.85 
 
 		 463 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01514  hypothetical protein  28.77 
 
 		 486 aa  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2111  MATE efflux family protein  31.12 
 
 		 505 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2374  MATE efflux family protein  29 
 
 		 509 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1699  MATE efflux family protein  27.55 
 
 		 520 aa  127  5e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1698  MATE efflux family protein  27.31 
 
 		 517 aa  127  6e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1623  MATE efflux family protein  27.31 
 
 		 520 aa  126  7e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2291  MATE efflux family protein  26.28 
 
 		 460 aa  126  1e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3948  MATE efflux family protein  24.64 
 
 		 458 aa  124  3e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1918  MATE efflux family protein  27.31 
 
 		 501 aa  124  4e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2653  MATE efflux family protein  27.71 
 
 		 484 aa  123  7e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1825  MATE efflux family protein  27.98 
 
 		 515 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.559247  normal  0.52538 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2639  MATE efflux family protein  27.98 
 
 		 515 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2526  MATE efflux family protein  27.98 
 
 		 515 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1558  MATE efflux family protein  27.1 
 
 		 516 aa  121  3e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2519  MATE efflux family protein  27.98 
 
 		 515 aa  119  9e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4033  MATE efflux family protein  25.82 
 
 		 458 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000078929 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1895  MATE efflux family protein  25 
 
 		 498 aa  118  1.9999999999999998e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0285  MATE efflux family protein  30.71 
 
 		 465 aa  119  1.9999999999999998e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.47505 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1492  MATE efflux family protein  27.98 
 
 		 495 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1597  MATE efflux family protein  22.42 
 
 		 460 aa  117  3.9999999999999997e-25  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  3.36267e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1591  MATE efflux family protein  27.02 
 
 		 521 aa  114  3e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0645  MATE efflux family protein  22.29 
 
 		 462 aa  114  5e-24  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000346552  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3634  MATE efflux family protein  27.16 
 
 		 463 aa  113  9e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0948956 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0707  MATE efflux family protein  26.48 
 
 		 518 aa  112  1.0000000000000001e-23  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.376903  normal  0.476505 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3487  MATE efflux family protein  27.01 
 
 		 459 aa  112  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2191  MATE efflux family protein  24.89 
 
 		 442 aa  112  2.0000000000000002e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.114435  normal  0.562583 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0147  MATE efflux family protein  25.35 
 
 		 462 aa  111  3e-23  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0000317216  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1180  MATE efflux family protein  22.35 
 
 		 455 aa  110  6e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1317  MATE efflux family protein  30.91 
 
 		 443 aa  110  7.000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.327813  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1579  MATE efflux family protein  25.88 
 
 		 445 aa  108  1e-22  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1454  MATE efflux family protein  26.22 
 
 		 477 aa  107  5e-22  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2280  MATE efflux family protein  28.25 
 
 		 531 aa  106  8e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.234689  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3963  MATE efflux family protein  24.72 
 
 		 457 aa  106  1e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0920263  normal  0.56178 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3337  MATE efflux family protein  26.87 
 
 		 470 aa  106  1e-21  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04830  MATE efflux family protein  22.97 
 
 		 468 aa  105  2e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000202645  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3677  MATE efflux family protein  23.46 
 
 		 500 aa  104  3e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.380257  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1171  MATE efflux family protein  24.94 
 
 		 457 aa  102  1e-20  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0404  MATE efflux family protein  25.49 
 
 		 457 aa  102  1e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.294226 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3527  MATE efflux family protein  28.12 
 
 		 443 aa  102  1e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.755877  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3395  MATE efflux family protein  25.6 
 
 		 461 aa  102  1e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0747  MATE efflux family protein  27.37 
 
 		 490 aa  102  2e-20  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1936  MATE efflux family protein  26.54 
 
 		 486 aa  102  2e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2315  MATE efflux family protein  24.62 
 
 		 470 aa  102  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.1458  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1166  ABC transporter releated protein  27.16 
 
 		 463 aa  102  2e-20  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.403976 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1820  Na+-driven multidrug efflux pump-like protein  26.25 
 
 		 461 aa  100  4e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1992  multi antimicrobial extrusion protein MatE  27.79 
 
 		 483 aa  100  5e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0048  MATE efflux family protein  29.9 
 
 		 460 aa  100  8e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.782578  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0906  MATE efflux family protein  23.23 
 
 		 448 aa  99.8  9e-20  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000766798  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0784  MATE efflux family protein  24.71 
 
 		 460 aa  99.8  1e-19  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1509  MATE efflux family protein  24.64 
 
 		 460 aa  97.4  4e-19  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.712333  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1067  MATE efflux family protein  22.96 
 
 		 453 aa  97.8  4e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000154468  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6251  MATE efflux family protein  25.42 
 
 		 461 aa  97.1  6e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2591  MATE efflux family protein  24.12 
 
 		 525 aa  97.1  7e-19  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.677976  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2205  hypothetical protein  30.77 
 
 		 480 aa  95.9  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.891807 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1662  MATE efflux family protein  25.55 
 
 		 453 aa  95.9  1e-18  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.226136  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2358  MATE efflux family protein  26.2 
 
 		 467 aa  95.9  1e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0111  MATE efflux family protein  21.9 
 
 		 464 aa  95.1  2e-18  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0485  hypothetical protein  21.67 
 
 		 454 aa  95.5  2e-18  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0273971  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0381  MATE efflux family protein  23.6 
 
 		 451 aa  93.2  8e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00954667  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0545  MATE efflux family protein  22.64 
 
 		 470 aa  93.6  8e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3120  MATE efflux family protein  26.97 
 
 		 461 aa  93.2  1e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.369114  normal  0.932515 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>