More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0640 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009665  Shew185_0643  MATE efflux family protein  79.1 
 
 		 455 aa  708    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3691  MATE efflux family protein  87.44 
 
 		 453 aa  744    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.830643  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0702  MATE efflux family protein  79.11 
 
 		 452 aa  719    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0666  MATE efflux family protein  79.1 
 
 		 455 aa  708    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0420  MATE efflux family protein  76.65 
 
 		 459 aa  676    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000768677  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0640  MATE efflux family protein  100 
 
 		 454 aa  895    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.690668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0670  MATE efflux family protein  79.1 
 
 		 455 aa  709    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.358402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3399  MATE efflux family protein  78.89 
 
 		 452 aa  694    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00107141 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0553  MATE efflux family protein  78.89 
 
 		 452 aa  694    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.136219 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3662  MATE efflux family protein  73.93 
 
 		 476 aa  655    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000000389251  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3569  MATE efflux family protein  79.33 
 
 		 452 aa  701    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0796958  normal  0.0492062 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3126  MATE efflux family protein  75.11 
 
 		 455 aa  667    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.113083  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4310  MATE efflux family protein  91.03 
 
 		 451 aa  813    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3710  MATE efflux family protein  79.1 
 
 		 455 aa  707    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.232724  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0470  MATE efflux family protein  84.15 
 
 		 455 aa  743    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.11231  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0699  MATE efflux family protein  79.69 
 
 		 456 aa  700    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0250563  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00144  multidrug efflux pump  48.69 
 
 		 456 aa  369  1e-101  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2964  MATE efflux family protein  44.29 
 
 		 453 aa  351  2e-95  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000632854  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002223  Na+-driven multidrug efflux pump  47.71 
 
 		 428 aa  348  9e-95  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.851646  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2888  MATE efflux family protein  42.98 
 
 		 462 aa  348  1e-94  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0238453  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2244  hypothetical protein  47.11 
 
 		 460 aa  345  1e-93  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02728  MATE efflux family protein  40.62 
 
 		 460 aa  338  8e-92  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0324679  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2827  MATE efflux family protein  39.81 
 
 		 451 aa  296  5e-79  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.658448  normal  0.32606 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0091  MATE efflux family protein  36.57 
 
 		 454 aa  273  3e-72  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2626  MATE efflux family protein  31.36 
 
 		 467 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.287795  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0249  hypothetical protein  34.03 
 
 		 444 aa  204  2e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1639  MATE efflux family protein  33.56 
 
 		 466 aa  199  1.0000000000000001e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3799  Fis family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 440 aa  198  1.0000000000000001e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.732609  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1334  MATE efflux family protein  30.61 
 
 		 478 aa  197  3e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.402123  normal  0.231405 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05345  Na+-driven multidrug efflux pump  32.11 
 
 		 445 aa  197  4.0000000000000005e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4099  MATE efflux family protein  29.84 
 
 		 442 aa  191  2.9999999999999997e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00273315 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000543  Na+-driven multidrug efflux pump  31.74 
 
 		 427 aa  187  3e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3884  multi anti extrusion protein MatE  33.88 
 
 		 469 aa  176  6e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.316697 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1936  MATE efflux family protein  29.45 
 
 		 486 aa  176  8e-43  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2709  MATE efflux family protein  30.39 
 
 		 454 aa  173  6.999999999999999e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.74149  normal  0.13379 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3677  MATE efflux family protein  27.37 
 
 		 500 aa  167  2.9999999999999998e-40  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.380257  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1317  MATE efflux family protein  34.35 
 
 		 443 aa  167  4e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.327813  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2492  MATE efflux family protein  26.09 
 
 		 485 aa  158  2e-37  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.544481  normal  0.228664 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1822  MATE efflux family protein  28.11 
 
 		 505 aa  157  5.0000000000000005e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1895  MATE efflux family protein  26.32 
 
 		 498 aa  153  5e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2765  MATE efflux family protein  28.61 
 
 		 503 aa  153  7e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.256574  normal  0.220572 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4033  MATE efflux family protein  28.68 
 
 		 458 aa  152  1e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000078929 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1808  MATE efflux family protein  25.71 
 
 		 499 aa  152  1e-35  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.848054  normal  0.460632 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2291  MATE efflux family protein  27.23 
 
 		 460 aa  152  1e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2612  MATE efflux family protein  26 
 
 		 459 aa  151  2e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0707  MATE efflux family protein  26.1 
 
 		 518 aa  149  9e-35  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.376903  normal  0.476505 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1918  MATE efflux family protein  28.86 
 
 		 501 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3634  MATE efflux family protein  30.21 
 
 		 463 aa  149  1.0000000000000001e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0948956 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2374  MATE efflux family protein  28.37 
 
 		 509 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3948  MATE efflux family protein  28.1 
 
 		 458 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3395  MATE efflux family protein  26.32 
 
 		 461 aa  148  2.0000000000000003e-34  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2191  MATE efflux family protein  29.08 
 
 		 442 aa  148  2.0000000000000003e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.114435  normal  0.562583 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1623  MATE efflux family protein  27.09 
 
 		 520 aa  147  3e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1699  MATE efflux family protein  27.21 
 
 		 520 aa  147  5e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1698  MATE efflux family protein  27.21 
 
 		 517 aa  146  6e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2280  MATE efflux family protein  28.31 
 
 		 531 aa  146  7.0000000000000006e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.234689  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1492  MATE efflux family protein  27.31 
 
 		 495 aa  146  8.000000000000001e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1558  MATE efflux family protein  26.98 
 
 		 516 aa  145  1e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2639  MATE efflux family protein  27.48 
 
 		 515 aa  144  4e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0147  MATE efflux family protein  26.64 
 
 		 462 aa  144  4e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0000317216  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1825  MATE efflux family protein  27.48 
 
 		 515 aa  144  4e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.559247  normal  0.52538 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2111  MATE efflux family protein  29.8 
 
 		 505 aa  144  4e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2526  MATE efflux family protein  27.73 
 
 		 515 aa  144  4e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2519  MATE efflux family protein  27.48 
 
 		 515 aa  143  8e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1925  MATE efflux family protein  26.77 
 
 		 455 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.16171  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2458  MATE efflux family protein  27.64 
 
 		 500 aa  141  3e-32  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.672094  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0906  MATE efflux family protein  25.48 
 
 		 448 aa  140  3.9999999999999997e-32  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000766798  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2591  MATE efflux family protein  26.55 
 
 		 525 aa  140  6e-32  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.677976  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1461  MATE efflux family protein  27.13 
 
 		 500 aa  139  7.999999999999999e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2508  multi anti extrusion protein MatE  28.54 
 
 		 463 aa  139  1e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1454  MATE efflux family protein  26.24 
 
 		 477 aa  139  1e-31  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2315  MATE efflux family protein  28.29 
 
 		 470 aa  137  4e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.1458  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3487  MATE efflux family protein  25.85 
 
 		 459 aa  135  9.999999999999999e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1899  putative MATE efflux protein  26.87 
 
 		 469 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00227155  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1621  Na+ driven multidrug efflux pump  26.62 
 
 		 469 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1591  Na+ driven multidrug efflux pump  26.62 
 
 		 469 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.742873  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1823  putative MATE efflux protein  26.62 
 
 		 469 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1579  MATE efflux family protein  28.22 
 
 		 445 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1846  integral membrane protein, putative  26.87 
 
 		 469 aa  134  3e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.563684  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1641  MATE efflux family protein  26.37 
 
 		 469 aa  134  3e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.725642  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0743  MATE efflux family protein  27.88 
 
 		 454 aa  134  3.9999999999999996e-30  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000193663  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2653  MATE efflux family protein  27.21 
 
 		 484 aa  134  5e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1591  MATE efflux family protein  26.5 
 
 		 521 aa  133  5e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3120  MATE efflux family protein  24.52 
 
 		 461 aa  133  5e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.369114  normal  0.932515 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04830  MATE efflux family protein  23.69 
 
 		 468 aa  132  9e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000202645  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3557  putative MATE efflux protein  26.37 
 
 		 469 aa  131  3e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.43043  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5118  multi anti extrusion protein MatE  28.27 
 
 		 453 aa  131  3e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1338  MATE efflux family protein  25.18 
 
 		 481 aa  131  3e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1662  MATE efflux family protein  26.15 
 
 		 453 aa  130  5.0000000000000004e-29  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.226136  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0404  MATE efflux family protein  25.5 
 
 		 457 aa  130  6e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.294226 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1597  MATE efflux family protein  27.32 
 
 		 460 aa  129  8.000000000000001e-29  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  3.36267e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0747  MATE efflux family protein  25.93 
 
 		 490 aa  129  1.0000000000000001e-28  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1670  MATE efflux family protein  24.89 
 
 		 466 aa  129  1.0000000000000001e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01514  hypothetical protein  27.74 
 
 		 486 aa  128  2.0000000000000002e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1787  putative MATE efflux protein  26.23 
 
 		 469 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1419  MATE efflux family protein  25.19 
 
 		 469 aa  126  8.000000000000001e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.703884  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3059  MATE efflux family protein  25.19 
 
 		 469 aa  125  1e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.231532  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3296  MATE efflux family protein  25.19 
 
 		 469 aa  125  1e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.660304  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2295  MATE efflux family protein  26.16 
 
 		 475 aa  126  1e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00026572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1790  hypothetical protein  25.13 
 
 		 443 aa  125  2e-27  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>