More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_3126 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_0702  MATE efflux family protein  76.07 
 
 
452 aa  689    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0643  MATE efflux family protein  74.07 
 
 
455 aa  686    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0670  MATE efflux family protein  74.29 
 
 
455 aa  687    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.358402  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3691  MATE efflux family protein  76.8 
 
 
453 aa  661    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.830643  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0666  MATE efflux family protein  74.29 
 
 
455 aa  686    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4310  MATE efflux family protein  76.98 
 
 
451 aa  699    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3399  MATE efflux family protein  75.28 
 
 
452 aa  665    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00107141 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0553  MATE efflux family protein  75.28 
 
 
452 aa  664    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.136219 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3569  MATE efflux family protein  75.72 
 
 
452 aa  667    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0796958  normal  0.0492062 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0699  MATE efflux family protein  76.23 
 
 
456 aa  663    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0250563  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3126  MATE efflux family protein  100 
 
 
455 aa  893    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.113083  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3710  MATE efflux family protein  74.51 
 
 
455 aa  686    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.232724  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0470  MATE efflux family protein  77.38 
 
 
455 aa  694    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.11231  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0640  MATE efflux family protein  75.11 
 
 
454 aa  686    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.690668  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0420  MATE efflux family protein  69.66 
 
 
459 aa  625  1e-178  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000768677  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3662  MATE efflux family protein  69.96 
 
 
476 aa  619  1e-176  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000000389251  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00144  multidrug efflux pump  49.64 
 
 
456 aa  386  1e-106  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002223  Na+-driven multidrug efflux pump  49.4 
 
 
428 aa  365  1e-100  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.851646  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2244  hypothetical protein  49.66 
 
 
460 aa  367  1e-100  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2888  MATE efflux family protein  42.92 
 
 
462 aa  353  5e-96  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0238453  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2964  MATE efflux family protein  43.19 
 
 
453 aa  352  7e-96  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000632854  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02728  MATE efflux family protein  39.56 
 
 
460 aa  335  9e-91  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0324679  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2827  MATE efflux family protein  39.1 
 
 
451 aa  292  7e-78  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.658448  normal  0.32606 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0091  MATE efflux family protein  36.48 
 
 
454 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2626  MATE efflux family protein  34.1 
 
 
467 aa  224  3e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.287795  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3799  Fis family transcriptional regulator  32.72 
 
 
440 aa  190  4e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.732609  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0249  hypothetical protein  31.78 
 
 
444 aa  187  3e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1334  MATE efflux family protein  30.39 
 
 
478 aa  186  5e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.402123  normal  0.231405 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1639  MATE efflux family protein  31.78 
 
 
466 aa  186  1.0000000000000001e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000543  Na+-driven multidrug efflux pump  30.38 
 
 
427 aa  180  4e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05345  Na+-driven multidrug efflux pump  31.06 
 
 
445 aa  179  1e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4099  MATE efflux family protein  28.18 
 
 
442 aa  178  2e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00273315 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3677  MATE efflux family protein  27.98 
 
 
500 aa  162  8.000000000000001e-39  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.380257  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1317  MATE efflux family protein  32.32 
 
 
443 aa  162  1e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.327813  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3884  multi anti extrusion protein MatE  31.29 
 
 
469 aa  161  2e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.316697 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4033  MATE efflux family protein  30.84 
 
 
458 aa  162  2e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000078929 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2709  MATE efflux family protein  29.89 
 
 
454 aa  161  2e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.74149  normal  0.13379 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2653  MATE efflux family protein  30.9 
 
 
484 aa  160  6e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3948  MATE efflux family protein  30.6 
 
 
458 aa  159  1e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1936  MATE efflux family protein  30.27 
 
 
486 aa  157  4e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2291  MATE efflux family protein  28.43 
 
 
460 aa  154  2.9999999999999998e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2492  MATE efflux family protein  27.9 
 
 
485 aa  153  5e-36  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.544481  normal  0.228664 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2458  MATE efflux family protein  28.12 
 
 
500 aa  149  1.0000000000000001e-34  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.672094  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2765  MATE efflux family protein  27.27 
 
 
503 aa  145  1e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.256574  normal  0.220572 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1822  MATE efflux family protein  26.76 
 
 
505 aa  145  1e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0404  MATE efflux family protein  26.82 
 
 
457 aa  145  2e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.294226 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2111  MATE efflux family protein  28.34 
 
 
505 aa  144  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1454  MATE efflux family protein  27.23 
 
 
477 aa  143  6e-33  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1918  MATE efflux family protein  28.29 
 
 
501 aa  143  7e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2508  multi anti extrusion protein MatE  29.88 
 
 
463 aa  142  1.9999999999999998e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2612  MATE efflux family protein  26.35 
 
 
459 aa  141  1.9999999999999998e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1895  MATE efflux family protein  26.86 
 
 
498 aa  142  1.9999999999999998e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1461  MATE efflux family protein  31.27 
 
 
500 aa  140  6e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2191  MATE efflux family protein  26.05 
 
 
442 aa  140  6e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.114435  normal  0.562583 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2374  MATE efflux family protein  27.06 
 
 
509 aa  139  8.999999999999999e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0906  MATE efflux family protein  25.43 
 
 
448 aa  139  1e-31  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000766798  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2315  MATE efflux family protein  28.11 
 
 
470 aa  139  2e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.1458  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1698  MATE efflux family protein  27.52 
 
 
517 aa  137  4e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1699  MATE efflux family protein  27.46 
 
 
520 aa  137  4e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0707  MATE efflux family protein  26.74 
 
 
518 aa  137  5e-31  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.376903  normal  0.476505 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1558  MATE efflux family protein  26.59 
 
 
516 aa  137  5e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1492  MATE efflux family protein  26.77 
 
 
495 aa  137  5e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1623  MATE efflux family protein  27.69 
 
 
520 aa  137  6.0000000000000005e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2358  MATE efflux family protein  31.18 
 
 
467 aa  136  7.000000000000001e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3527  MATE efflux family protein  29.21 
 
 
443 aa  135  1.9999999999999998e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.755877  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3395  MATE efflux family protein  24.38 
 
 
461 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2280  MATE efflux family protein  26.26 
 
 
531 aa  134  3e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.234689  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2526  MATE efflux family protein  25.85 
 
 
515 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1825  MATE efflux family protein  25.8 
 
 
515 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.559247  normal  0.52538 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2639  MATE efflux family protein  25.8 
 
 
515 aa  133  5e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2591  MATE efflux family protein  27.56 
 
 
525 aa  133  6.999999999999999e-30  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.677976  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3634  MATE efflux family protein  28.47 
 
 
463 aa  133  7.999999999999999e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0948956 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2519  MATE efflux family protein  25.8 
 
 
515 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1053  MATE efflux family protein  24.58 
 
 
462 aa  132  1.0000000000000001e-29  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  1.2115099999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1808  MATE efflux family protein  25.96 
 
 
499 aa  132  1.0000000000000001e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.848054  normal  0.460632 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1591  MATE efflux family protein  26.42 
 
 
521 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1925  MATE efflux family protein  25.39 
 
 
455 aa  131  3e-29  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.16171  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5118  multi anti extrusion protein MatE  29.63 
 
 
453 aa  130  5.0000000000000004e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04830  MATE efflux family protein  26.8 
 
 
468 aa  129  1.0000000000000001e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000202645  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3120  MATE efflux family protein  25.73 
 
 
461 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.369114  normal  0.932515 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1579  MATE efflux family protein  29.82 
 
 
445 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0048  MATE efflux family protein  30.41 
 
 
460 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.782578  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0285  MATE efflux family protein  26.88 
 
 
465 aa  127  4.0000000000000003e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.47505 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3317  MATE efflux family protein  26.87 
 
 
469 aa  127  5e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1274  Na+ driven multidrug efflux protein  25 
 
 
456 aa  127  5e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.605029  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1831  MATE efflux family protein  28.47 
 
 
451 aa  126  7e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113537 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0743  MATE efflux family protein  26.33 
 
 
454 aa  124  3e-27  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000193663  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1597  MATE efflux family protein  25.48 
 
 
460 aa  124  3e-27  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  3.36267e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3487  MATE efflux family protein  25.29 
 
 
459 aa  124  3e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1662  MATE efflux family protein  24.55 
 
 
453 aa  123  7e-27  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.226136  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2295  MATE efflux family protein  26.82 
 
 
475 aa  122  9.999999999999999e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00026572  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1483  MATE efflux family protein  24.94 
 
 
456 aa  122  9.999999999999999e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.820235  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05190  MATE efflux family protein  25.85 
 
 
454 aa  122  1.9999999999999998e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.969197  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1338  MATE efflux family protein  29.63 
 
 
481 aa  120  3.9999999999999996e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1641  MATE efflux family protein  26.34 
 
 
469 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.725642  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1992  multi antimicrobial extrusion protein MatE  29.62 
 
 
483 aa  120  4.9999999999999996e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1621  Na+ driven multidrug efflux pump  26.34 
 
 
469 aa  120  4.9999999999999996e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1591  Na+ driven multidrug efflux pump  26.34 
 
 
469 aa  120  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.742873  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3542  MATE efflux family protein  29.5 
 
 
467 aa  120  4.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.179333 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1823  putative MATE efflux protein  26.34 
 
 
469 aa  120  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>