More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0091 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0091  MATE efflux family protein  100 
 
 		 454 aa  885    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2827  MATE efflux family protein  39.19 
 
 		 451 aa  296  7e-79  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.658448  normal  0.32606 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2964  MATE efflux family protein  36.94 
 
 		 453 aa  290  4e-77  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000632854  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2888  MATE efflux family protein  37.59 
 
 		 462 aa  286  5e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0238453  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4310  MATE efflux family protein  37.04 
 
 		 451 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1334  MATE efflux family protein  36.01 
 
 		 478 aa  275  1.0000000000000001e-72  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.402123  normal  0.231405 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0670  MATE efflux family protein  36.28 
 
 		 455 aa  273  4.0000000000000004e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.358402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3710  MATE efflux family protein  36.28 
 
 		 455 aa  273  4.0000000000000004e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.232724  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0643  MATE efflux family protein  36.28 
 
 		 455 aa  273  5.000000000000001e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0666  MATE efflux family protein  36.06 
 
 		 455 aa  273  7e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02728  MATE efflux family protein  35.27 
 
 		 460 aa  270  2.9999999999999997e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0324679  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0702  MATE efflux family protein  35.7 
 
 		 452 aa  270  4e-71  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0640  MATE efflux family protein  36.57 
 
 		 454 aa  267  2.9999999999999995e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.690668  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3126  MATE efflux family protein  36.12 
 
 		 455 aa  267  2.9999999999999995e-70  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.113083  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3691  MATE efflux family protein  36.81 
 
 		 453 aa  259  9e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.830643  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0420  MATE efflux family protein  33.55 
 
 		 459 aa  258  2e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000768677  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0699  MATE efflux family protein  37.01 
 
 		 456 aa  255  1.0000000000000001e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0250563  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0470  MATE efflux family protein  35.65 
 
 		 455 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.11231  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0553  MATE efflux family protein  35.84 
 
 		 452 aa  253  7e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.136219 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3569  MATE efflux family protein  35.84 
 
 		 452 aa  252  9.000000000000001e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0796958  normal  0.0492062 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3399  MATE efflux family protein  35.62 
 
 		 452 aa  252  1e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00107141 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2244  hypothetical protein  33.92 
 
 		 460 aa  240  4e-62  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00144  multidrug efflux pump  33.41 
 
 		 456 aa  237  3e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3662  MATE efflux family protein  33.8 
 
 		 476 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000000389251  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002223  Na+-driven multidrug efflux pump  33.49 
 
 		 428 aa  223  4e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.851646  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2626  MATE efflux family protein  34.4 
 
 		 467 aa  211  2e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.287795  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3884  multi anti extrusion protein MatE  35.92 
 
 		 469 aa  199  9e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.316697 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1936  MATE efflux family protein  32.03 
 
 		 486 aa  198  1.0000000000000001e-49  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2111  MATE efflux family protein  33.41 
 
 		 505 aa  191  2.9999999999999997e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2374  MATE efflux family protein  32.47 
 
 		 509 aa  189  7e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1825  MATE efflux family protein  31.79 
 
 		 515 aa  188  1e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.559247  normal  0.52538 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2639  MATE efflux family protein  31.79 
 
 		 515 aa  189  1e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1918  MATE efflux family protein  32.71 
 
 		 501 aa  188  2e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3799  Fis family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 440 aa  187  2e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.732609  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2519  MATE efflux family protein  31.57 
 
 		 515 aa  187  3e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1558  MATE efflux family protein  33.25 
 
 		 516 aa  187  4e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2526  MATE efflux family protein  31.7 
 
 		 515 aa  187  4e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1698  MATE efflux family protein  31.64 
 
 		 517 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1699  MATE efflux family protein  32.08 
 
 		 520 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1623  MATE efflux family protein  31.84 
 
 		 520 aa  184  3e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1639  MATE efflux family protein  30.25 
 
 		 466 aa  181  2.9999999999999997e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2765  MATE efflux family protein  30.79 
 
 		 503 aa  180  4e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.256574  normal  0.220572 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1591  MATE efflux family protein  31.67 
 
 		 521 aa  180  4e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1895  MATE efflux family protein  28.85 
 
 		 498 aa  179  8e-44  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1492  MATE efflux family protein  33.11 
 
 		 495 aa  178  1e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2291  MATE efflux family protein  27.19 
 
 		 460 aa  176  9e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1579  MATE efflux family protein  28.47 
 
 		 445 aa  175  9.999999999999999e-43  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4099  MATE efflux family protein  27.57 
 
 		 442 aa  173  5.999999999999999e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00273315 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1822  MATE efflux family protein  31.24 
 
 		 505 aa  172  2e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2492  MATE efflux family protein  27.86 
 
 		 485 aa  169  1e-40  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.544481  normal  0.228664 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05345  Na+-driven multidrug efflux pump  28.21 
 
 		 445 aa  168  2e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2709  MATE efflux family protein  29.71 
 
 		 454 aa  165  1.0000000000000001e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.74149  normal  0.13379 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0249  hypothetical protein  30.12 
 
 		 444 aa  165  2.0000000000000002e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1597  MATE efflux family protein  27.18 
 
 		 460 aa  164  4.0000000000000004e-39  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  3.36267e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0707  MATE efflux family protein  27.14 
 
 		 518 aa  163  6e-39  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.376903  normal  0.476505 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3527  MATE efflux family protein  30.18 
 
 		 443 aa  161  2e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.755877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1925  MATE efflux family protein  29.72 
 
 		 455 aa  161  2e-38  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.16171  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2280  MATE efflux family protein  30.62 
 
 		 531 aa  161  2e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.234689  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000543  Na+-driven multidrug efflux pump  28.47 
 
 		 427 aa  160  4e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2653  MATE efflux family protein  28.5 
 
 		 484 aa  159  1e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1808  MATE efflux family protein  26.06 
 
 		 499 aa  157  5.0000000000000005e-37  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.848054  normal  0.460632 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4033  MATE efflux family protein  27.12 
 
 		 458 aa  154  4e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000078929 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3337  MATE efflux family protein  28.17 
 
 		 470 aa  154  5e-36  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0404  MATE efflux family protein  30.81 
 
 		 457 aa  153  5.9999999999999996e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.294226 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01514  hypothetical protein  30.17 
 
 		 486 aa  151  2e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3677  MATE efflux family protein  26.47 
 
 		 500 aa  150  5e-35  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.380257  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0485  hypothetical protein  25.42 
 
 		 454 aa  150  5e-35  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0273971  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3948  MATE efflux family protein  26.15 
 
 		 458 aa  149  9e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2508  multi anti extrusion protein MatE  26.89 
 
 		 463 aa  149  9e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0747  MATE efflux family protein  28.15 
 
 		 490 aa  149  1.0000000000000001e-34  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0285  MATE efflux family protein  29.86 
 
 		 465 aa  148  3e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.47505 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3487  MATE efflux family protein  29.52 
 
 		 459 aa  146  6e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3634  MATE efflux family protein  31.42 
 
 		 463 aa  145  1e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0948956 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1166  ABC transporter releated protein  27.2 
 
 		 463 aa  146  1e-33  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.403976 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04830  MATE efflux family protein  26.1 
 
 		 468 aa  143  8e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000202645  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1851  MATE efflux family protein  26.23 
 
 		 475 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  hitchhiker  0.00783953  normal  0.201536 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3395  MATE efflux family protein  23.66 
 
 		 461 aa  140  3e-32  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0111  MATE efflux family protein  24.01 
 
 		 464 aa  140  3.9999999999999997e-32  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2841  MATE efflux family protein  27.07 
 
 		 468 aa  139  1e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000678206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0743  MATE efflux family protein  28.09 
 
 		 454 aa  137  3.0000000000000003e-31  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000193663  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0305  MATE efflux family protein  29.56 
 
 		 467 aa  136  6.0000000000000005e-31  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1831  MATE efflux family protein  27.66 
 
 		 451 aa  136  7.000000000000001e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113537 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1058  MATE efflux family protein  26.14 
 
 		 453 aa  134  1.9999999999999998e-30  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0012  MATE efflux family protein  23.52 
 
 		 477 aa  134  3e-30  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00000348389  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0545  MATE efflux family protein  25.57 
 
 		 470 aa  134  3.9999999999999996e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2191  MATE efflux family protein  28.22 
 
 		 442 aa  134  3.9999999999999996e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.114435  normal  0.562583 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2591  multi anti extrusion protein MatE  28.87 
 
 		 493 aa  134  5e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03665  C-5 cytosine-specific DNA methylase:Multi antimicrobial extrusion (MatE) protein  26.8 
 
 		 455 aa  132  1.0000000000000001e-29  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6251  MATE efflux family protein  26.9 
 
 		 461 aa  131  3e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2253  MATE efflux family protein  28.94 
 
 		 434 aa  131  3e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05190  MATE efflux family protein  27.23 
 
 		 454 aa  131  3e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.969197  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3963  MATE efflux family protein  27.2 
 
 		 457 aa  131  3e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0920263  normal  0.56178 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0645  MATE efflux family protein  23.57 
 
 		 462 aa  129  9.000000000000001e-29  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000346552  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1371  MATE efflux family protein  26.53 
 
 		 463 aa  129  1.0000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0577  Na+-driven multidrug efflux pump  25.19 
 
 		 454 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00131825  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2619  multi antimicrobial extrusion protein MatE  29.77 
 
 		 479 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1317  MATE efflux family protein  27.57 
 
 		 443 aa  129  2.0000000000000002e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.327813  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2315  MATE efflux family protein  25.9 
 
 		 470 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.1458  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2612  MATE efflux family protein  24.51 
 
 		 459 aa  127  3e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0827  MATE efflux family protein  22.78 
 
 		 452 aa  127  4.0000000000000003e-28  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>