More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2964 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2964  MATE efflux family protein  100 
 
 		 453 aa  891    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000632854  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02728  MATE efflux family protein  61.69 
 
 		 460 aa  560  1e-158  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0324679  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2888  MATE efflux family protein  55.66 
 
 		 462 aa  494  9.999999999999999e-139  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0238453  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4310  MATE efflux family protein  43.32 
 
 		 451 aa  347  4e-94  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00144  multidrug efflux pump  43.84 
 
 		 456 aa  345  1e-93  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0666  MATE efflux family protein  42.11 
 
 		 455 aa  343  4e-93  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0670  MATE efflux family protein  41.88 
 
 		 455 aa  342  9e-93  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.358402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3710  MATE efflux family protein  41.88 
 
 		 455 aa  342  9e-93  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.232724  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0643  MATE efflux family protein  41.88 
 
 		 455 aa  342  1e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0640  MATE efflux family protein  44.29 
 
 		 454 aa  342  1e-92  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.690668  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0702  MATE efflux family protein  41.23 
 
 		 452 aa  337  3.9999999999999995e-91  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3691  MATE efflux family protein  43.72 
 
 		 453 aa  333  5e-90  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.830643  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3126  MATE efflux family protein  43.19 
 
 		 455 aa  331  2e-89  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.113083  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0470  MATE efflux family protein  43.61 
 
 		 455 aa  330  4e-89  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.11231  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0420  MATE efflux family protein  43.32 
 
 		 459 aa  329  5.0000000000000004e-89  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000768677  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0553  MATE efflux family protein  41.46 
 
 		 452 aa  326  6e-88  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.136219 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3399  MATE efflux family protein  41.23 
 
 		 452 aa  325  9e-88  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00107141 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0699  MATE efflux family protein  40.91 
 
 		 456 aa  325  1e-87  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0250563  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2244  hypothetical protein  42.89 
 
 		 460 aa  321  9.999999999999999e-87  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3569  MATE efflux family protein  41 
 
 		 452 aa  319  5e-86  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0796958  normal  0.0492062 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2827  MATE efflux family protein  39.62 
 
 		 451 aa  316  6e-85  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.658448  normal  0.32606 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3662  MATE efflux family protein  40.89 
 
 		 476 aa  301  2e-80  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000000389251  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002223  Na+-driven multidrug efflux pump  42.34 
 
 		 428 aa  300  4e-80  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.851646  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0091  MATE efflux family protein  36.94 
 
 		 454 aa  290  4e-77  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3799  Fis family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 440 aa  257  3e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.732609  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2626  MATE efflux family protein  34.38 
 
 		 467 aa  249  8e-65  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.287795  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1639  MATE efflux family protein  35.83 
 
 		 466 aa  236  8e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4099  MATE efflux family protein  34.86 
 
 		 442 aa  233  6e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00273315 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0249  hypothetical protein  33.79 
 
 		 444 aa  222  9.999999999999999e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05345  Na+-driven multidrug efflux pump  33.33 
 
 		 445 aa  219  7e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2709  MATE efflux family protein  33.8 
 
 		 454 aa  213  7e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.74149  normal  0.13379 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000543  Na+-driven multidrug efflux pump  32.71 
 
 		 427 aa  209  7e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1317  MATE efflux family protein  35.24 
 
 		 443 aa  208  1e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.327813  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1334  MATE efflux family protein  32.72 
 
 		 478 aa  207  4e-52  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.402123  normal  0.231405 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2291  MATE efflux family protein  29.96 
 
 		 460 aa  195  2e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2492  MATE efflux family protein  30.46 
 
 		 485 aa  191  2e-47  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.544481  normal  0.228664 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1936  MATE efflux family protein  31.53 
 
 		 486 aa  186  6e-46  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1808  MATE efflux family protein  29.25 
 
 		 499 aa  185  1.0000000000000001e-45  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.848054  normal  0.460632 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3677  MATE efflux family protein  30 
 
 		 500 aa  184  2.0000000000000003e-45  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.380257  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2653  MATE efflux family protein  31.8 
 
 		 484 aa  183  5.0000000000000004e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2508  multi anti extrusion protein MatE  31.69 
 
 		 463 aa  179  1e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3948  MATE efflux family protein  29.16 
 
 		 458 aa  177  3e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4033  MATE efflux family protein  29.16 
 
 		 458 aa  173  6.999999999999999e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000078929 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0707  MATE efflux family protein  26.79 
 
 		 518 aa  169  7e-41  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.376903  normal  0.476505 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1925  MATE efflux family protein  26.32 
 
 		 455 aa  161  2e-38  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.16171  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1053  MATE efflux family protein  26.97 
 
 		 462 aa  160  5e-38  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  1.2115099999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1895  MATE efflux family protein  26.57 
 
 		 498 aa  158  2e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3884  multi anti extrusion protein MatE  31.15 
 
 		 469 aa  157  4e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.316697 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1662  MATE efflux family protein  27.52 
 
 		 453 aa  157  5.0000000000000005e-37  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.226136  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1509  MATE efflux family protein  27.93 
 
 		 460 aa  155  1e-36  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.712333  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0784  MATE efflux family protein  27.81 
 
 		 460 aa  155  1e-36  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1454  MATE efflux family protein  27.91 
 
 		 477 aa  155  1e-36  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1591  MATE efflux family protein  28.57 
 
 		 521 aa  155  1e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3337  MATE efflux family protein  30.4 
 
 		 470 aa  154  2e-36  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0147  MATE efflux family protein  27.73 
 
 		 462 aa  155  2e-36  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0000317216  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0404  MATE efflux family protein  30.17 
 
 		 457 aa  154  4e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.294226 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04830  MATE efflux family protein  25.23 
 
 		 468 aa  152  1e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000202645  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0012  MATE efflux family protein  27.96 
 
 		 477 aa  152  1e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00000348389  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1166  MATE efflux family protein  27.48 
 
 		 460 aa  150  4e-35  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0285  MATE efflux family protein  28.51 
 
 		 465 aa  150  4e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.47505 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1822  MATE efflux family protein  27.23 
 
 		 505 aa  150  6e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2374  MATE efflux family protein  27.84 
 
 		 509 aa  149  8e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3395  MATE efflux family protein  22.51 
 
 		 461 aa  148  2.0000000000000003e-34  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1371  MATE efflux family protein  26.49 
 
 		 463 aa  147  3e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2765  MATE efflux family protein  26.96 
 
 		 503 aa  147  3e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.256574  normal  0.220572 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2612  MATE efflux family protein  25.35 
 
 		 459 aa  147  3e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1597  MATE efflux family protein  23.36 
 
 		 460 aa  145  2e-33  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  3.36267e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1825  MATE efflux family protein  29.11 
 
 		 515 aa  145  2e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.559247  normal  0.52538 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2639  MATE efflux family protein  29.11 
 
 		 515 aa  145  2e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05190  MATE efflux family protein  26.44 
 
 		 454 aa  144  3e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.969197  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2526  MATE efflux family protein  29.02 
 
 		 515 aa  144  3e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1492  MATE efflux family protein  28.14 
 
 		 495 aa  144  3e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2519  MATE efflux family protein  29.11 
 
 		 515 aa  144  4e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0747  MATE efflux family protein  27.19 
 
 		 490 aa  144  5e-33  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1918  MATE efflux family protein  28.51 
 
 		 501 aa  143  6e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3527  MATE efflux family protein  30 
 
 		 443 aa  143  8e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.755877  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1670  MATE efflux family protein  26.86 
 
 		 466 aa  142  9e-33  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0645  MATE efflux family protein  24.94 
 
 		 462 aa  142  9.999999999999999e-33  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000346552  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0545  MATE efflux family protein  26.71 
 
 		 470 aa  141  1.9999999999999998e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1790  hypothetical protein  26.09 
 
 		 443 aa  141  1.9999999999999998e-32  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0906  MATE efflux family protein  27.65 
 
 		 448 aa  142  1.9999999999999998e-32  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000766798  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2191  MATE efflux family protein  27.63 
 
 		 442 aa  141  1.9999999999999998e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.114435  normal  0.562583 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1641  MATE efflux family protein  28.14 
 
 		 469 aa  141  3e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.725642  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1171  MATE efflux family protein  26.86 
 
 		 457 aa  141  3e-32  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0827  MATE efflux family protein  25.91 
 
 		 452 aa  140  3.9999999999999997e-32  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1699  MATE efflux family protein  28.44 
 
 		 520 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1446  MATE efflux family protein  25.91 
 
 		 439 aa  140  4.999999999999999e-32  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.484247 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0743  MATE efflux family protein  25.22 
 
 		 454 aa  140  4.999999999999999e-32  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000193663  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1623  MATE efflux family protein  27.56 
 
 		 520 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3557  putative MATE efflux protein  27.02 
 
 		 469 aa  139  1e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.43043  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1698  MATE efflux family protein  28.2 
 
 		 517 aa  139  1e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2439  MATE efflux family protein  26.8 
 
 		 485 aa  139  1e-31  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.739641  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1558  MATE efflux family protein  26.67 
 
 		 516 aa  138  2e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1338  MATE efflux family protein  26.61 
 
 		 481 aa  138  2e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2111  MATE efflux family protein  27.17 
 
 		 505 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1621  Na+ driven multidrug efflux pump  27.97 
 
 		 469 aa  137  4e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1591  Na+ driven multidrug efflux pump  27.97 
 
 		 469 aa  137  4e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.742873  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01514  hypothetical protein  27.8 
 
 		 486 aa  137  4e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1823  putative MATE efflux protein  27.97 
 
 		 469 aa  137  4e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1899  putative MATE efflux protein  27.33 
 
 		 469 aa  137  5e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00227155  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>