More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3662 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011663  Sbal223_0666  MATE efflux family protein  76.06 
 
 		 455 aa  682    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0699  MATE efflux family protein  74.66 
 
 		 456 aa  655    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0250563  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0702  MATE efflux family protein  75.73 
 
 		 452 aa  684    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0643  MATE efflux family protein  76.51 
 
 		 455 aa  684    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0670  MATE efflux family protein  75.77 
 
 		 455 aa  684    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.358402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0420  MATE efflux family protein  73.15 
 
 		 459 aa  647    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000768677  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3691  MATE efflux family protein  73.71 
 
 		 453 aa  635    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.830643  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3399  MATE efflux family protein  74.72 
 
 		 452 aa  654    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00107141 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0553  MATE efflux family protein  74.5 
 
 		 452 aa  654    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.136219 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0640  MATE efflux family protein  73.93 
 
 		 454 aa  668    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.690668  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3662  MATE efflux family protein  100 
 
 		 476 aa  949    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000000389251  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3569  MATE efflux family protein  75.56 
 
 		 452 aa  661    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0796958  normal  0.0492062 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4310  MATE efflux family protein  73.38 
 
 		 451 aa  666    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3710  MATE efflux family protein  76.51 
 
 		 455 aa  684    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.232724  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0470  MATE efflux family protein  73.05 
 
 		 455 aa  649    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.11231  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3126  MATE efflux family protein  69.96 
 
 		 455 aa  613  9.999999999999999e-175  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.113083  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00144  multidrug efflux pump  45.37 
 
 		 456 aa  343  5e-93  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002223  Na+-driven multidrug efflux pump  44.71 
 
 		 428 aa  330  3e-89  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.851646  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2244  hypothetical protein  45.7 
 
 		 460 aa  323  3e-87  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2964  MATE efflux family protein  40.89 
 
 		 453 aa  311  1e-83  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000632854  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2888  MATE efflux family protein  38.38 
 
 		 462 aa  310  4e-83  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0238453  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02728  MATE efflux family protein  36.7 
 
 		 460 aa  297  3e-79  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0324679  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2827  MATE efflux family protein  37.8 
 
 		 451 aa  266  7e-70  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.658448  normal  0.32606 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0091  MATE efflux family protein  32.96 
 
 		 454 aa  244  3e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1334  MATE efflux family protein  30.92 
 
 		 478 aa  197  4.0000000000000005e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.402123  normal  0.231405 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2626  MATE efflux family protein  30.59 
 
 		 467 aa  188  2e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.287795  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1639  MATE efflux family protein  29.8 
 
 		 466 aa  178  2e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05345  Na+-driven multidrug efflux pump  30.57 
 
 		 445 aa  175  9.999999999999999e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4099  MATE efflux family protein  28.7 
 
 		 442 aa  175  9.999999999999999e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00273315 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0249  hypothetical protein  28.73 
 
 		 444 aa  170  7e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3884  multi anti extrusion protein MatE  33.81 
 
 		 469 aa  169  1e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.316697 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000543  Na+-driven multidrug efflux pump  29.49 
 
 		 427 aa  168  2e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3799  Fis family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 440 aa  168  2e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.732609  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1936  MATE efflux family protein  28.97 
 
 		 486 aa  164  3e-39  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2111  MATE efflux family protein  29.56 
 
 		 505 aa  161  2e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2492  MATE efflux family protein  26.77 
 
 		 485 aa  160  3e-38  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.544481  normal  0.228664 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2765  MATE efflux family protein  28.18 
 
 		 503 aa  157  3e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.256574  normal  0.220572 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1808  MATE efflux family protein  27.35 
 
 		 499 aa  155  2e-36  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.848054  normal  0.460632 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2709  MATE efflux family protein  28.76 
 
 		 454 aa  154  4e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.74149  normal  0.13379 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1699  MATE efflux family protein  28.31 
 
 		 520 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2526  MATE efflux family protein  27.07 
 
 		 515 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2639  MATE efflux family protein  27.27 
 
 		 515 aa  152  1e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1623  MATE efflux family protein  28.31 
 
 		 520 aa  152  2e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1698  MATE efflux family protein  28.38 
 
 		 517 aa  152  2e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1918  MATE efflux family protein  28.17 
 
 		 501 aa  151  3e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1317  MATE efflux family protein  30.61 
 
 		 443 aa  151  3e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.327813  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1825  MATE efflux family protein  27.03 
 
 		 515 aa  150  6e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.559247  normal  0.52538 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2519  MATE efflux family protein  27.23 
 
 		 515 aa  149  9e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0707  MATE efflux family protein  26.1 
 
 		 518 aa  146  8.000000000000001e-34  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.376903  normal  0.476505 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1822  MATE efflux family protein  28.16 
 
 		 505 aa  146  9e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2280  MATE efflux family protein  26.71 
 
 		 531 aa  145  1e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.234689  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3677  MATE efflux family protein  25.2 
 
 		 500 aa  145  2e-33  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.380257  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1492  MATE efflux family protein  28.14 
 
 		 495 aa  145  2e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2291  MATE efflux family protein  26.24 
 
 		 460 aa  144  3e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3487  MATE efflux family protein  26.93 
 
 		 459 aa  141  1.9999999999999998e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4033  MATE efflux family protein  29.13 
 
 		 458 aa  142  1.9999999999999998e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000078929 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2374  MATE efflux family protein  27.46 
 
 		 509 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3395  MATE efflux family protein  26.29 
 
 		 461 aa  140  6e-32  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3948  MATE efflux family protein  28.29 
 
 		 458 aa  140  6e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1558  MATE efflux family protein  26.74 
 
 		 516 aa  137  6.0000000000000005e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1591  MATE efflux family protein  26.71 
 
 		 521 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1579  MATE efflux family protein  28.1 
 
 		 445 aa  134  5e-30  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2612  MATE efflux family protein  25.06 
 
 		 459 aa  133  6e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2315  MATE efflux family protein  28.54 
 
 		 470 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.1458  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1895  MATE efflux family protein  24.28 
 
 		 498 aa  131  2.0000000000000002e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0404  MATE efflux family protein  26.43 
 
 		 457 aa  132  2.0000000000000002e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.294226 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2191  MATE efflux family protein  25.9 
 
 		 442 aa  132  2.0000000000000002e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.114435  normal  0.562583 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2508  multi anti extrusion protein MatE  27.87 
 
 		 463 aa  131  3e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1662  MATE efflux family protein  24.05 
 
 		 453 aa  130  7.000000000000001e-29  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.226136  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1274  Na+ driven multidrug efflux protein  24.79 
 
 		 456 aa  129  8.000000000000001e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.605029  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2653  MATE efflux family protein  27.23 
 
 		 484 aa  129  9.000000000000001e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0906  MATE efflux family protein  25.79 
 
 		 448 aa  129  2.0000000000000002e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000766798  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0591  MATE efflux family protein  25.23 
 
 		 438 aa  127  4.0000000000000003e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1597  MATE efflux family protein  23.68 
 
 		 460 aa  127  6e-28  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  3.36267e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3120  MATE efflux family protein  26.9 
 
 		 461 aa  126  8.000000000000001e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.369114  normal  0.932515 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1483  MATE efflux family protein  26.5 
 
 		 456 aa  125  1e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.820235  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2591  MATE efflux family protein  29.6 
 
 		 525 aa  126  1e-27  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.677976  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04830  MATE efflux family protein  25.6 
 
 		 468 aa  123  9e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000202645  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2205  hypothetical protein  26.73 
 
 		 480 aa  122  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.891807 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2295  MATE efflux family protein  27.23 
 
 		 475 aa  122  9.999999999999999e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00026572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5118  multi anti extrusion protein MatE  28.37 
 
 		 453 aa  121  1.9999999999999998e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1454  MATE efflux family protein  26.34 
 
 		 477 aa  122  1.9999999999999998e-26  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0012  MATE efflux family protein  24.18 
 
 		 477 aa  120  3.9999999999999996e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00000348389  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1831  MATE efflux family protein  28.18 
 
 		 451 aa  120  4.9999999999999996e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113537 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3963  MATE efflux family protein  27.85 
 
 		 457 aa  120  7.999999999999999e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0920263  normal  0.56178 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1461  MATE efflux family protein  23.98 
 
 		 500 aa  118  1.9999999999999998e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2358  MATE efflux family protein  28.09 
 
 		 467 aa  119  1.9999999999999998e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1338  MATE efflux family protein  30.27 
 
 		 481 aa  118  3e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1992  multi antimicrobial extrusion protein MatE  28.54 
 
 		 483 aa  117  3e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0048  MATE efflux family protein  25.43 
 
 		 460 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.782578  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3634  MATE efflux family protein  27.13 
 
 		 463 aa  117  3.9999999999999997e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0948956 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3542  MATE efflux family protein  26.63 
 
 		 467 aa  117  5e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.179333 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01514  hypothetical protein  29.51 
 
 		 486 aa  116  6.9999999999999995e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0545  MATE efflux family protein  24.08 
 
 		 470 aa  116  8.999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2458  MATE efflux family protein  24.65 
 
 		 500 aa  116  8.999999999999998e-25  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.672094  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1670  MATE efflux family protein  24.06 
 
 		 466 aa  115  1.0000000000000001e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1823  putative MATE efflux protein  26.11 
 
 		 469 aa  115  3e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1621  Na+ driven multidrug efflux pump  26.11 
 
 		 469 aa  115  3e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1591  Na+ driven multidrug efflux pump  26.11 
 
 		 469 aa  115  3e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.742873  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1925  MATE efflux family protein  25 
 
 		 455 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.16171  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>