More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0285 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0285  MATE efflux family protein  100 
 
 		 465 aa  892    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.47505 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3634  MATE efflux family protein  63.66 
 
 		 463 aa  539  9.999999999999999e-153  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0948956 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1623  MATE efflux family protein  49.13 
 
 		 520 aa  419  1e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1698  MATE efflux family protein  49.34 
 
 		 517 aa  419  1e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1825  MATE efflux family protein  51.02 
 
 		 515 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.559247  normal  0.52538 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1918  MATE efflux family protein  50.11 
 
 		 501 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2639  MATE efflux family protein  51.02 
 
 		 515 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1699  MATE efflux family protein  50.34 
 
 		 520 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2526  MATE efflux family protein  50.79 
 
 		 515 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2519  MATE efflux family protein  50.57 
 
 		 515 aa  413  1e-114  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1558  MATE efflux family protein  50.34 
 
 		 516 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1822  MATE efflux family protein  49.43 
 
 		 505 aa  402  9.999999999999999e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2765  MATE efflux family protein  46.93 
 
 		 503 aa  397  1e-109  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.256574  normal  0.220572 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2374  MATE efflux family protein  46.94 
 
 		 509 aa  392  1e-108  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01514  hypothetical protein  48.28 
 
 		 486 aa  389  1e-107  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1492  MATE efflux family protein  48.18 
 
 		 495 aa  390  1e-107  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2280  MATE efflux family protein  49.77 
 
 		 531 aa  389  1e-107  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.234689  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2111  MATE efflux family protein  48.21 
 
 		 505 aa  388  1e-106  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1591  MATE efflux family protein  47.96 
 
 		 521 aa  382  1e-105  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2191  MATE efflux family protein  43.41 
 
 		 442 aa  358  9e-98  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.114435  normal  0.562583 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3487  MATE efflux family protein  43.42 
 
 		 459 aa  338  9e-92  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3952  multi anti extrusion protein MatE  44.87 
 
 		 481 aa  323  5e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.667584 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1831  MATE efflux family protein  43.74 
 
 		 451 aa  320  5e-86  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113537 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3527  MATE efflux family protein  42.56 
 
 		 443 aa  318  1e-85  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.755877  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2619  multi antimicrobial extrusion protein MatE  45.23 
 
 		 479 aa  315  7e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2591  multi anti extrusion protein MatE  44.49 
 
 		 493 aa  314  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1992  multi antimicrobial extrusion protein MatE  43.33 
 
 		 483 aa  313  4.999999999999999e-84  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2253  MATE efflux family protein  44.12 
 
 		 434 aa  308  1.0000000000000001e-82  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5118  multi anti extrusion protein MatE  44.76 
 
 		 453 aa  308  1.0000000000000001e-82  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2814  multi antimicrobial extrusion protein MatE  44.71 
 
 		 493 aa  296  4e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.486087 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7265  multi antimicrobial extrusion protein MatE  45.1 
 
 		 491 aa  279  7e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6022  multi anti extrusion protein MatE  44.87 
 
 		 481 aa  276  4e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.837976  normal  0.0180252 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0370  MATE efflux family protein  33.7 
 
 		 458 aa  216  8e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3172  hypothetical protein  32.87 
 
 		 453 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0893735  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2888  MATE efflux family protein  29.21 
 
 		 462 aa  162  8.000000000000001e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0238453  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2187  multi anti extrusion protein MatE  31.31 
 
 		 446 aa  161  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.761127  normal  0.583389 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2964  MATE efflux family protein  28.54 
 
 		 453 aa  155  1e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000632854  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3037  hypothetical protein  30.47 
 
 		 453 aa  152  8e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0928609  normal  0.0798256 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0091  MATE efflux family protein  29.86 
 
 		 454 aa  150  4e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00144  multidrug efflux pump  26.98 
 
 		 456 aa  150  6e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0827  MATE efflux family protein  25.74 
 
 		 452 aa  144  4e-33  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1446  MATE efflux family protein  27.08 
 
 		 439 aa  140  3.9999999999999997e-32  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.484247 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002223  Na+-driven multidrug efflux pump  26.51 
 
 		 428 aa  138  2e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.851646  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0702  MATE efflux family protein  27.82 
 
 		 452 aa  137  4e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2244  hypothetical protein  28.1 
 
 		 460 aa  137  4e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0420  MATE efflux family protein  28 
 
 		 459 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000768677  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02728  MATE efflux family protein  27.46 
 
 		 460 aa  136  9.999999999999999e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0324679  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2709  MATE efflux family protein  30.12 
 
 		 454 aa  135  1.9999999999999998e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.74149  normal  0.13379 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2827  MATE efflux family protein  27.01 
 
 		 451 aa  133  7.999999999999999e-30  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.658448  normal  0.32606 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4310  MATE efflux family protein  27.94 
 
 		 451 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3710  MATE efflux family protein  28.51 
 
 		 455 aa  131  3e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.232724  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1639  MATE efflux family protein  30.97 
 
 		 466 aa  130  4.0000000000000003e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0643  MATE efflux family protein  28.51 
 
 		 455 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0666  MATE efflux family protein  28.51 
 
 		 455 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0670  MATE efflux family protein  28.28 
 
 		 455 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.358402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0699  MATE efflux family protein  27.48 
 
 		 456 aa  127  3e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0250563  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3691  MATE efflux family protein  29.1 
 
 		 453 aa  126  7e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.830643  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0640  MATE efflux family protein  27.85 
 
 		 454 aa  126  8.000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.690668  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3399  MATE efflux family protein  27.19 
 
 		 452 aa  125  2e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00107141 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0553  MATE efflux family protein  27.19 
 
 		 452 aa  124  3e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.136219 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000543  Na+-driven multidrug efflux pump  27.7 
 
 		 427 aa  124  3e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0470  MATE efflux family protein  27.88 
 
 		 455 aa  124  3e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.11231  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4099  MATE efflux family protein  27.39 
 
 		 442 aa  124  4e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00273315 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05345  Na+-driven multidrug efflux pump  27.54 
 
 		 445 aa  123  6e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3126  MATE efflux family protein  27.11 
 
 		 455 aa  123  8e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.113083  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0249  hypothetical protein  28.38 
 
 		 444 aa  120  4.9999999999999996e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1334  MATE efflux family protein  30.33 
 
 		 478 aa  119  9.999999999999999e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.402123  normal  0.231405 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3569  MATE efflux family protein  26.56 
 
 		 452 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0796958  normal  0.0492062 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04830  MATE efflux family protein  25.51 
 
 		 468 aa  118  1.9999999999999998e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000202645  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2626  MATE efflux family protein  26.68 
 
 		 467 aa  116  7.999999999999999e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.287795  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2291  MATE efflux family protein  28.68 
 
 		 460 aa  116  1.0000000000000001e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3799  Fis family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 440 aa  115  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.732609  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3963  MATE efflux family protein  26.33 
 
 		 457 aa  114  3e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0920263  normal  0.56178 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6251  MATE efflux family protein  26.29 
 
 		 461 aa  113  8.000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3662  MATE efflux family protein  24.67 
 
 		 476 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000000389251  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1820  Na+-driven multidrug efflux pump-like protein  28.41 
 
 		 461 aa  110  8.000000000000001e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1652  MATE efflux family protein  26.48 
 
 		 454 aa  108  1e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000778713  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0743  MATE efflux family protein  27.27 
 
 		 454 aa  108  3e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000193663  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3884  multi anti extrusion protein MatE  30.69 
 
 		 469 aa  108  3e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.316697 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0350  MATE efflux family protein  22.37 
 
 		 455 aa  107  4e-22  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0645  MATE efflux family protein  23.76 
 
 		 462 aa  107  4e-22  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000346552  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0147  MATE efflux family protein  26.16 
 
 		 462 aa  106  1e-21  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0000317216  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0485  hypothetical protein  24.76 
 
 		 454 aa  104  3e-21  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0273971  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03665  C-5 cytosine-specific DNA methylase:Multi antimicrobial extrusion (MatE) protein  24.71 
 
 		 455 aa  104  3e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2347  MATE efflux family protein  26.59 
 
 		 466 aa  104  4e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000304243  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1053  MATE efflux family protein  23.63 
 
 		 462 aa  102  2e-20  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  1.2115099999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0111  MATE efflux family protein  21.95 
 
 		 464 aa  102  2e-20  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2508  multi anti extrusion protein MatE  25.6 
 
 		 463 aa  100  5e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1204  MATE efflux family protein  26.91 
 
 		 461 aa  100  7e-20  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2651  MATE efflux family protein  25.78 
 
 		 449 aa  99.8  1e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000524124  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0012  MATE efflux family protein  28.44 
 
 		 477 aa  99.4  1e-19  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00000348389  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2653  MATE efflux family protein  26.21 
 
 		 484 aa  97.1  6e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0784  MATE efflux family protein  26.18 
 
 		 460 aa  97.1  6e-19  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0545  MATE efflux family protein  27.43 
 
 		 470 aa  97.1  6e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1790  hypothetical protein  24.57 
 
 		 443 aa  95.9  1e-18  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0835  Na+-driven multidrug efflux pump  24.83 
 
 		 452 aa  95.5  2e-18  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.552719  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2492  MATE efflux family protein  26.81 
 
 		 485 aa  94.7  3e-18  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.544481  normal  0.228664 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1317  MATE efflux family protein  27.87 
 
 		 443 aa  95.1  3e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.327813  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1171  MATE efflux family protein  25.31 
 
 		 457 aa  94.7  3e-18  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0006  MATE efflux family protein  25.96 
 
 		 442 aa  94.4  4e-18  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0243937 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>