238 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3172 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3172  hypothetical protein  100 
 
 		 453 aa  880    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0893735  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3037  hypothetical protein  86.31 
 
 		 453 aa  744    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0928609  normal  0.0798256 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2187  multi anti extrusion protein MatE  48.4 
 
 		 446 aa  348  1e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.761127  normal  0.583389 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0370  MATE efflux family protein  42.82 
 
 		 458 aa  330  3e-89  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1831  MATE efflux family protein  37.14 
 
 		 451 aa  237  3e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113537 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2619  multi antimicrobial extrusion protein MatE  36.79 
 
 		 479 aa  226  6e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2591  multi anti extrusion protein MatE  36.79 
 
 		 493 aa  225  1e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1992  multi antimicrobial extrusion protein MatE  35.11 
 
 		 483 aa  224  2e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3952  multi anti extrusion protein MatE  35.96 
 
 		 481 aa  215  9.999999999999999e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.667584 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2814  multi antimicrobial extrusion protein MatE  36.79 
 
 		 493 aa  209  6e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.486087 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2253  MATE efflux family protein  33.18 
 
 		 434 aa  204  2e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2191  MATE efflux family protein  28.4 
 
 		 442 aa  202  9.999999999999999e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.114435  normal  0.562583 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1591  MATE efflux family protein  32.04 
 
 		 521 aa  201  3e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2374  MATE efflux family protein  31.69 
 
 		 509 aa  197  4.0000000000000005e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7265  multi antimicrobial extrusion protein MatE  37.94 
 
 		 491 aa  197  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2765  MATE efflux family protein  30.95 
 
 		 503 aa  195  1e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.256574  normal  0.220572 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3527  MATE efflux family protein  31.12 
 
 		 443 aa  193  7e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.755877  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1698  MATE efflux family protein  30.65 
 
 		 517 aa  192  8e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1623  MATE efflux family protein  30.65 
 
 		 520 aa  192  1e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1558  MATE efflux family protein  30.57 
 
 		 516 aa  192  1e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1699  MATE efflux family protein  30.65 
 
 		 520 aa  192  1e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1822  MATE efflux family protein  30.07 
 
 		 505 aa  189  1e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1918  MATE efflux family protein  30.25 
 
 		 501 aa  188  2e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01514  hypothetical protein  30.25 
 
 		 486 aa  186  7e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1825  MATE efflux family protein  30.99 
 
 		 515 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.559247  normal  0.52538 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2639  MATE efflux family protein  30.99 
 
 		 515 aa  184  3e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2526  MATE efflux family protein  30.99 
 
 		 515 aa  184  3e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5118  multi anti extrusion protein MatE  34.57 
 
 		 453 aa  183  4.0000000000000006e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2519  MATE efflux family protein  30.99 
 
 		 515 aa  183  5.0000000000000004e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2111  MATE efflux family protein  32.13 
 
 		 505 aa  178  2e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1492  MATE efflux family protein  31.11 
 
 		 495 aa  176  7e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6022  multi anti extrusion protein MatE  37.77 
 
 		 481 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.837976  normal  0.0180252 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3634  MATE efflux family protein  31.85 
 
 		 463 aa  169  1e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0948956 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2280  MATE efflux family protein  30.21 
 
 		 531 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.234689  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0285  MATE efflux family protein  32.87 
 
 		 465 aa  164  3e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.47505 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3487  MATE efflux family protein  28.42 
 
 		 459 aa  148  3e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2888  MATE efflux family protein  23.97 
 
 		 462 aa  100  5e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0238453  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02728  MATE efflux family protein  27.56 
 
 		 460 aa  94  5e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0324679  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2827  MATE efflux family protein  23.9 
 
 		 451 aa  91.7  3e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.658448  normal  0.32606 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0420  MATE efflux family protein  30.08 
 
 		 459 aa  84.7  0.000000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000768677  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0997  MATE efflux family protein  24.35 
 
 		 437 aa  84.7  0.000000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.207525  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1133  MATE efflux family protein  24.35 
 
 		 437 aa  83.2  0.000000000000009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0470  MATE efflux family protein  31.03 
 
 		 455 aa  82.8  0.00000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.11231  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1053  MATE efflux family protein  21.11 
 
 		 462 aa  81.3  0.00000000000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  1.2115099999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00144  multidrug efflux pump  24.13 
 
 		 456 aa  80.1  0.00000000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002223  Na+-driven multidrug efflux pump  25 
 
 		 428 aa  77.8  0.0000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.851646  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3799  Fis family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 440 aa  77.8  0.0000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.732609  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04830  MATE efflux family protein  26.82 
 
 		 468 aa  77.4  0.0000000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000202645  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4310  MATE efflux family protein  29.96 
 
 		 451 aa  77  0.0000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4099  MATE efflux family protein  26.69 
 
 		 442 aa  76.3  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00273315 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2964  MATE efflux family protein  26.49 
 
 		 453 aa  75.5  0.000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000632854  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2869  MATE efflux family protein  25.06 
 
 		 451 aa  75.1  0.000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000172656  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0305  MATE efflux family protein  25.26 
 
 		 467 aa  75.1  0.000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3691  MATE efflux family protein  30.23 
 
 		 453 aa  73.6  0.000000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.830643  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0743  MATE efflux family protein  20.4 
 
 		 454 aa  73.2  0.000000000009  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000193663  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0012  MATE efflux family protein  22.95 
 
 		 477 aa  73.2  0.000000000009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00000348389  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0091  MATE efflux family protein  24.25 
 
 		 454 aa  72.8  0.00000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1639  MATE efflux family protein  30.77 
 
 		 466 aa  72.8  0.00000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0699  MATE efflux family protein  26.82 
 
 		 456 aa  73.2  0.00000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0250563  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3884  multi anti extrusion protein MatE  27.81 
 
 		 469 aa  71.6  0.00000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.316697 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0640  MATE efflux family protein  29.15 
 
 		 454 aa  70.9  0.00000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.690668  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0666  MATE efflux family protein  27.87 
 
 		 455 aa  68.9  0.0000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0249  hypothetical protein  25.25 
 
 		 444 aa  68.9  0.0000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0645  MATE efflux family protein  23.55 
 
 		 462 aa  68.2  0.0000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000346552  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0643  MATE efflux family protein  27.46 
 
 		 455 aa  67.8  0.0000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3710  MATE efflux family protein  27.46 
 
 		 455 aa  67.8  0.0000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.232724  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0670  MATE efflux family protein  27.46 
 
 		 455 aa  67.4  0.0000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.358402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2244  hypothetical protein  25.86 
 
 		 460 aa  67  0.0000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2841  MATE efflux family protein  24.77 
 
 		 468 aa  66.6  0.0000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000678206  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05190  MATE efflux family protein  23.21 
 
 		 454 aa  66.6  0.0000000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.969197  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3662  MATE efflux family protein  27.14 
 
 		 476 aa  66.6  0.0000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000000389251  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2626  MATE efflux family protein  23.73 
 
 		 467 aa  66.6  0.0000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.287795  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000543  Na+-driven multidrug efflux pump  25.69 
 
 		 427 aa  65.9  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0014  MATE efflux family protein  24 
 
 		 453 aa  65.1  0.000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0029857  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3399  MATE efflux family protein  25.37 
 
 		 452 aa  65.5  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00107141 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0553  MATE efflux family protein  24.57 
 
 		 452 aa  65.5  0.000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.136219 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2458  MATE efflux family protein  28.52 
 
 		 500 aa  65.1  0.000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.672094  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1318  MATE efflux family protein  23.01 
 
 		 443 aa  64.3  0.000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000101978  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1334  MATE efflux family protein  23.9 
 
 		 478 aa  63.9  0.000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.402123  normal  0.231405 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1652  MATE efflux family protein  23.19 
 
 		 454 aa  63.5  0.000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000778713  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1067  MATE efflux family protein  26.87 
 
 		 453 aa  63.9  0.000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000154468  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0702  MATE efflux family protein  25.38 
 
 		 452 aa  63.5  0.000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0217  MATE efflux family protein  21.48 
 
 		 445 aa  63.2  0.000000009  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000958822  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05345  Na+-driven multidrug efflux pump  25.32 
 
 		 445 aa  62.4  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2890  MATE efflux family protein  26.61 
 
 		 466 aa  62  0.00000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.831923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3126  MATE efflux family protein  27.19 
 
 		 455 aa  62.4  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.113083  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0906  MATE efflux family protein  26.28 
 
 		 448 aa  62.4  0.00000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000766798  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3395  MATE efflux family protein  22.65 
 
 		 461 aa  62.4  0.00000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1058  MATE efflux family protein  22.53 
 
 		 453 aa  62  0.00000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2029  MATE efflux family protein  24.63 
 
 		 455 aa  61.6  0.00000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.139982  normal  0.342387 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1820  Na+-driven multidrug efflux pump-like protein  25.5 
 
 		 461 aa  61.6  0.00000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3569  MATE efflux family protein  25 
 
 		 452 aa  61.2  0.00000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0796958  normal  0.0492062 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3092  MATE efflux family protein  24.75 
 
 		 472 aa  61.6  0.00000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.755141 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0350  MATE efflux family protein  21.48 
 
 		 455 aa  61.2  0.00000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3173  MATE efflux family protein  22.79 
 
 		 448 aa  61.2  0.00000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000170892  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0883  MATE efflux family protein  25.42 
 
 		 451 aa  60.8  0.00000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000000230192  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1463  MATE efflux family protein  21.82 
 
 		 440 aa  60.5  0.00000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0174433  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1735  MATE efflux family protein  21.93 
 
 		 442 aa  60.1  0.00000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00244827  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3492  integral membrane protein  24.2 
 
 		 485 aa  59.7  0.0000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0396785  normal  0.244149 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0173  Na+-driven multidrug efflux pump  24.63 
 
 		 446 aa  59.3  0.0000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000291986  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>