253 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4993 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_4993  RagB/SusD domain protein  100 
 
 		 602 aa  1252    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00438028  normal  0.145323 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5507  RagB/SusD domain protein  31.36 
 
 		 549 aa  206  9e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000082911  hitchhiker  0.00267886 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1498  RagB/SusD domain protein  30.08 
 
 		 533 aa  172  1e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.855332  normal  0.354121 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4783  RagB/SusD domain protein  30.24 
 
 		 548 aa  171  5e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2301  RagB/SusD domain protein  28.05 
 
 		 565 aa  157  4e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3980  RagB/SusD domain protein  28.65 
 
 		 556 aa  153  1e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.607109  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0440  RagB/SusD domain protein  29.11 
 
 		 561 aa  142  1.9999999999999998e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00952484  normal  0.789519 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5673  RagB/SusD domain protein  28.25 
 
 		 555 aa  139  2e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0033424  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1709  RagB/SusD domain protein  27.08 
 
 		 573 aa  121  3.9999999999999996e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.131317  hitchhiker  0.00943188 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1260  RagB/SusD domain protein  30.94 
 
 		 685 aa  114  5e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.296024  normal  0.398588 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4254  RagB/SusD domain-containing protein  26.48 
 
 		 557 aa  109  1e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.804111  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7252  RagB/SusD domain protein  25.08 
 
 		 537 aa  103  8e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.298373  normal  0.555692 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5331  RagB/SusD domain protein  31.02 
 
 		 541 aa  82.4  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0214505  normal  0.577233 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0931  RagB/SusD domain protein  32.38 
 
 		 494 aa  79.7  0.0000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00244516  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0998  RagB/SusD domain protein  26.12 
 
 		 544 aa  79  0.0000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0107  RagB/SusD domain protein  27.65 
 
 		 476 aa  78.6  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2821  RagB/SusD domain protein  24.79 
 
 		 633 aa  78.6  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.226587  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1424  RagB/SusD domain protein  35.56 
 
 		 604 aa  76.6  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.560652 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4718  RagB/SusD domain protein  29.86 
 
 		 499 aa  75.9  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0344  RagB/SusD domain protein  30.05 
 
 		 612 aa  75.1  0.000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2021  RagB/SusD domain-containing protein  24.37 
 
 		 507 aa  75.1  0.000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.367368  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0869  RagB/SusD domain protein  26.69 
 
 		 503 aa  73.2  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0508495  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5675  RagB/SusD domain protein  28.06 
 
 		 608 aa  73.6  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.324394  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2232  RagB/SusD domain protein  31.28 
 
 		 486 aa  72.4  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3405  RagB/SusD domain protein  23.51 
 
 		 600 aa  72.8  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.363725  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4433  RagB/SusD domain-containing protein  36.62 
 
 		 494 aa  71.6  0.00000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.51618  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1078  RagB/SusD domain protein  24.68 
 
 		 509 aa  71.6  0.00000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.227742  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0338  RagB/SusD domain protein  28.12 
 
 		 447 aa  71.2  0.00000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2413  RagB/SusD domain protein  29.39 
 
 		 480 aa  71.2  0.00000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5395  RagB/SusD domain protein  27.11 
 
 		 506 aa  70.5  0.00000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0481462  normal  0.244827 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4207  RagB/SusD domain protein  38.17 
 
 		 451 aa  70.1  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1495  RagB/SusD domain protein  28.52 
 
 		 506 aa  69.3  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.253352  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4268  RagB/SusD domain protein  29.46 
 
 		 503 aa  68.9  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.246385  normal  0.146292 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1282  RagB/SusD domain protein  29.62 
 
 		 613 aa  69.3  0.0000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2293  RagB/SusD domain protein  27.42 
 
 		 514 aa  68.6  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1564  RagB/SusD domain protein  29.17 
 
 		 484 aa  68.2  0.0000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.914485 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1622  RagB/SusD domain protein  34.97 
 
 		 447 aa  68.2  0.0000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.339218 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0713  RagB/SusD domain protein  25.42 
 
 		 491 aa  67.4  0.0000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.10796  normal  0.438194 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2892  RagB/SusD domain protein  34.46 
 
 		 624 aa  67.4  0.0000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3391  RagB/SusD domain protein  30.03 
 
 		 507 aa  67.4  0.0000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.540028  normal  0.274912 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4848  RagB/SusD domain protein  28.52 
 
 		 523 aa  67  0.0000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.101496  hitchhiker  0.00561902 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0773  RagB/SusD domain protein  28.72 
 
 		 483 aa  67  0.0000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.961252  normal  0.23471 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1389  RagB/SusD domain protein  27.27 
 
 		 583 aa  66.6  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.451306  normal  0.627889 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2626  RagB/SusD domain protein  26.51 
 
 		 507 aa  66.6  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0592076  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3881  RagB/SusD domain-containing protein  33.99 
 
 		 646 aa  66.2  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0794  RagB/SusD domain protein  36.13 
 
 		 652 aa  66.2  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00512087  normal  0.040837 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1844  RagB/SusD domain protein  26.29 
 
 		 601 aa  65.9  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.273957  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5550  RagB/SusD domain protein  27.17 
 
 		 520 aa  65.9  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.255381  normal  0.337883 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4195  RagB/SusD domain-containing protein  28.38 
 
 		 506 aa  65.1  0.000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1275  RagB/SusD domain protein  27.93 
 
 		 460 aa  65.1  0.000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.583707 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0755  RagB/SusD domain protein  26.55 
 
 		 494 aa  65.1  0.000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.906028  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3539  RagB/SusD domain protein  40.15 
 
 		 496 aa  64.7  0.000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.247427  normal  0.288919 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1619  RagB/SusD domain protein  27.42 
 
 		 448 aa  64.3  0.000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.299192  normal  0.510793 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3965  RagB/SusD domain protein  29.67 
 
 		 664 aa  64.3  0.000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00142425  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0957  RagB/SusD domain protein  29.65 
 
 		 626 aa  64.3  0.000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.220782  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4183  RagB/SusD domain protein  27.2 
 
 		 610 aa  63.9  0.000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.927446  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6367  RagB/SusD domain protein  24.2 
 
 		 547 aa  63.9  0.000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0017837  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0322  RagB/SusD domain protein  27.76 
 
 		 534 aa  63.9  0.000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0946991  normal  0.209656 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4490  hypothetical protein  31.62 
 
 		 667 aa  63.2  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1013  RagB/SusD domain protein  27.57 
 
 		 494 aa  63.2  0.00000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.164224  normal  0.518942 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0547  hypothetical protein  30.11 
 
 		 446 aa  62.8  0.00000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.395816  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1344  RagB/SusD domain protein  28.29 
 
 		 557 aa  62.8  0.00000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.11655  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6432  RagB/SusD domain protein  32.42 
 
 		 542 aa  62.4  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.427253  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3213  RagB/SusD domain protein  26.36 
 
 		 510 aa  62.8  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3870  RagB/SusD domain-containing protein  32.52 
 
 		 498 aa  61.6  0.00000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.248974  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1583  RagB/SusD domain protein  30.69 
 
 		 479 aa  61.6  0.00000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00621618  normal  0.437007 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3171  RagB/SusD domain protein  29.76 
 
 		 579 aa  61.6  0.00000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.670451  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2282  RagB/SusD domain protein  27.3 
 
 		 540 aa  61.6  0.00000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00108991 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4105  RagB/SusD domain protein  33.93 
 
 		 551 aa  61.6  0.00000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2434  RagB/SusD domain protein  26.69 
 
 		 588 aa  61.6  0.00000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00000109153  normal  0.490439 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4950  RagB/SusD domain protein  26.32 
 
 		 592 aa  61.6  0.00000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0441936  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11493  putative outer membrane protein  29.06 
 
 		 476 aa  60.8  0.00000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.494565  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2603  RagB/SusD domain protein  34.01 
 
 		 497 aa  60.8  0.00000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2855  RagB/SusD domain protein  32.04 
 
 		 479 aa  60.8  0.00000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.142091 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4318  RagB/SusD domain protein  25.27 
 
 		 481 aa  60.5  0.00000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0553974 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1857  RagB/SusD domain protein  28.57 
 
 		 505 aa  60.5  0.00000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.363797  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3372  RagB/SusD domain protein  23.42 
 
 		 549 aa  59.7  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4950  RagB/SusD domain-containing protein  40.7 
 
 		 532 aa  60.1  0.0000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  unclonable  0.000000000321491  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1384  RagB/SusD domain protein  30.2 
 
 		 505 aa  60.1  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.116245  normal  0.23383 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2601  RagB/SusD domain protein  26.21 
 
 		 618 aa  60.1  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.913559 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2828  RagB/SusD domain protein  34.81 
 
 		 549 aa  58.9  0.0000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.251846  normal  0.0738006 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4209  RagB/SusD domain protein  42.86 
 
 		 456 aa  59.3  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1572  RagB/SusD domain protein  28.08 
 
 		 541 aa  59.3  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00617416  normal  0.812354 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1765  RagB/SusD domain protein  25.31 
 
 		 481 aa  59.7  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000000990073  normal  0.167051 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6447  RagB/SusD domain protein  25.32 
 
 		 527 aa  59.3  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2261  RagB/SusD domain protein  28.34 
 
 		 560 aa  59.3  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4709  RagB/SusD domain protein  32.61 
 
 		 479 aa  58.9  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.529727  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3595  RagB/SusD domain protein  27.5 
 
 		 527 aa  58.5  0.0000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.237544  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2140  RagB/SusD domain protein  27.64 
 
 		 529 aa  58.5  0.0000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.305226 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0726  RagB/SusD domain protein  26.98 
 
 		 448 aa  58.5  0.0000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.76013  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3951  RagB/SusD domain protein  26.23 
 
 		 491 aa  58.9  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.108472  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4974  RagB/SusD domain protein  40.78 
 
 		 636 aa  58.2  0.0000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4010  RagB/SusD domain protein  27.04 
 
 		 480 aa  58.2  0.0000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.19727  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0453  RagB/SusD domain protein  26.92 
 
 		 469 aa  58.2  0.0000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000455349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2644  RagB/SusD domain protein  23.02 
 
 		 490 aa  57.4  0.0000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.941538 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6739  RagB/SusD domain protein  27.78 
 
 		 513 aa  57.4  0.0000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6054  RagB/SusD domain protein  28.83 
 
 		 499 aa  57  0.0000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3036  RagB/SusD domain-containing protein  37.59 
 
 		 471 aa  57  0.0000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0180462  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3195  RagB/SusD domain protein  26.78 
 
 		 472 aa  57  0.0000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.803045  normal  0.231772 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2208  RagB/SusD domain protein  32.71 
 
 		 531 aa  57  0.0000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.721066  normal  0.400828 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>