More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1078 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_1078  RagB/SusD domain protein  100 
 
 		 509 aa  1055    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.227742  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3980  RagB/SusD domain protein  33.27 
 
 		 556 aa  241  2.9999999999999997e-62  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.607109  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7252  RagB/SusD domain protein  34.01 
 
 		 537 aa  234  3e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.298373  normal  0.555692 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2078  RagB/SusD domain-containing protein  34.33 
 
 		 530 aa  219  8.999999999999998e-56  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4783  RagB/SusD domain protein  30.82 
 
 		 548 aa  206  9e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5673  RagB/SusD domain protein  31.4 
 
 		 555 aa  204  3e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0033424  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1498  RagB/SusD domain protein  31.26 
 
 		 533 aa  201  3e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.855332  normal  0.354121 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0440  RagB/SusD domain protein  32.05 
 
 		 561 aa  200  5e-50  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00952484  normal  0.789519 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5507  RagB/SusD domain protein  29.89 
 
 		 549 aa  195  2e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000082911  hitchhiker  0.00267886 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2261  RagB/SusD domain protein  31.43 
 
 		 560 aa  189  9e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1709  RagB/SusD domain protein  30.47 
 
 		 573 aa  181  2e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.131317  hitchhiker  0.00943188 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2301  RagB/SusD domain protein  28.17 
 
 		 565 aa  166  6.9999999999999995e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0688  RagB/SusD domain protein  28.08 
 
 		 500 aa  161  2e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0549039  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6432  RagB/SusD domain protein  28.49 
 
 		 542 aa  161  3e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.427253  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2218  RagB/SusD domain protein  29.84 
 
 		 566 aa  160  7e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.149303 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0998  RagB/SusD domain protein  28.76 
 
 		 544 aa  159  9e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0107  RagB/SusD domain protein  29.45 
 
 		 476 aa  155  1e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2268  RagB/SusD domain protein  27.66 
 
 		 574 aa  147  4.0000000000000006e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4041  RagB/SusD domain protein  29.77 
 
 		 477 aa  147  6e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.763305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4254  RagB/SusD domain-containing protein  28.32 
 
 		 557 aa  145  2e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.804111  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0755  RagB/SusD domain protein  28.57 
 
 		 494 aa  145  2e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.906028  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2432  RagB/SusD domain-containing protein  29.96 
 
 		 499 aa  142  9.999999999999999e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.199141  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6054  RagB/SusD domain protein  28.02 
 
 		 499 aa  142  9.999999999999999e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1765  RagB/SusD domain protein  29.03 
 
 		 481 aa  142  9.999999999999999e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000000990073  normal  0.167051 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2603  RagB/SusD domain protein  28.31 
 
 		 497 aa  142  1.9999999999999998e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2081  RagB/SusD domain protein  27.99 
 
 		 473 aa  139  1e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0159839  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1495  RagB/SusD domain protein  27.6 
 
 		 506 aa  138  3.0000000000000003e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.253352  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1016  RagB/SusD domain protein  26.32 
 
 		 594 aa  134  5e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00288117  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0680  RagB/SusD domain protein  29.32 
 
 		 477 aa  134  5e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1583  RagB/SusD domain protein  28.27 
 
 		 479 aa  133  7.999999999999999e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00621618  normal  0.437007 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4718  RagB/SusD domain protein  28.41 
 
 		 499 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0773  RagB/SusD domain protein  27.49 
 
 		 483 aa  130  7.000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.961252  normal  0.23471 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2413  RagB/SusD domain protein  27.61 
 
 		 480 aa  129  2.0000000000000002e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1424  RagB/SusD domain protein  26.92 
 
 		 604 aa  128  2.0000000000000002e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.560652 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4105  RagB/SusD domain protein  27.72 
 
 		 551 aa  126  9e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1564  RagB/SusD domain protein  27.23 
 
 		 484 aa  125  1e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.914485 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2293  RagB/SusD domain protein  29.71 
 
 		 514 aa  125  1e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2232  RagB/SusD domain protein  27.93 
 
 		 486 aa  125  2e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3703  RagB/SusD domain protein  28.11 
 
 		 522 aa  125  2e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.380041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4380  RagB/SusD domain protein  25.96 
 
 		 478 aa  123  6e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.834955  normal  0.352412 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1619  RagB/SusD domain protein  27.42 
 
 		 448 aa  122  9.999999999999999e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.299192  normal  0.510793 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6739  RagB/SusD domain protein  27.38 
 
 		 513 aa  122  1.9999999999999998e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3524  RagB/SusD domain-containing protein  27.55 
 
 		 487 aa  121  3e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2208  RagB/SusD domain protein  27.19 
 
 		 531 aa  119  9e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.721066  normal  0.400828 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6530  RagB/SusD domain protein  26.52 
 
 		 521 aa  119  9.999999999999999e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1035  RagB/SusD domain protein  24.4 
 
 		 503 aa  119  9.999999999999999e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.896019  normal  0.0661736 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5550  RagB/SusD domain protein  27.55 
 
 		 520 aa  119  1.9999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.255381  normal  0.337883 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2522  RagB/SusD domain protein  27.5 
 
 		 522 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3634  RagB/SusD domain protein  26.59 
 
 		 508 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.623243  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1275  RagB/SusD domain protein  26.36 
 
 		 460 aa  117  5e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.583707 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4950  RagB/SusD domain-containing protein  28.23 
 
 		 532 aa  115  1.0000000000000001e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  unclonable  0.000000000321491  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2115  RagB/SusD domain protein  28.24 
 
 		 508 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.103234  normal  0.67321 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6367  RagB/SusD domain protein  25.51 
 
 		 547 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0017837  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5654  RagB/SusD domain protein  28.22 
 
 		 511 aa  115  3e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.576188  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4318  RagB/SusD domain protein  26.43 
 
 		 481 aa  114  3e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0553974 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4646  RagB/SusD domain-containing protein  26.78 
 
 		 490 aa  114  4.0000000000000004e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.600007  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3496  RagB/SusD domain protein  27.82 
 
 		 519 aa  113  8.000000000000001e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.0000423782  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1743  RagB/SusD domain protein  27.81 
 
 		 466 aa  113  8.000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0457607  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0322  RagB/SusD domain protein  25.53 
 
 		 534 aa  113  9e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0946991  normal  0.209656 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3391  RagB/SusD domain protein  26.14 
 
 		 507 aa  112  1.0000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.540028  normal  0.274912 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3165  RagB/SusD domain protein  27.45 
 
 		 456 aa  112  2.0000000000000002e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1656  RagB/SusD domain protein  27.24 
 
 		 497 aa  111  3e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.612346 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3195  RagB/SusD domain protein  27.87 
 
 		 472 aa  111  3e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.803045  normal  0.231772 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1041  RagB/SusD domain protein  28.01 
 
 		 501 aa  110  6e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0635892  normal  0.364021 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6568  RagB/SusD domain protein  24.72 
 
 		 502 aa  109  9.000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.101345  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1129  RagB/SusD domain protein  26.98 
 
 		 493 aa  108  2e-22  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.259882  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5600  RagB/SusD domain protein  28.41 
 
 		 488 aa  108  2e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.635453 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2021  RagB/SusD domain-containing protein  28.84 
 
 		 507 aa  108  3e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.367368  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5314  RagB/SusD domain protein  28.94 
 
 		 486 aa  108  3e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000248679  normal  0.692044 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4818  RagB/SusD domain protein  25.81 
 
 		 486 aa  108  3e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0677815  unclonable  0.0000000000000348036 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0963  RagB/SusD domain protein  24.55 
 
 		 514 aa  107  4e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.000181436  hitchhiker  0.00536177 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4010  RagB/SusD domain protein  24.51 
 
 		 480 aa  105  2e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.19727  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2709  RagB/SusD domain protein  31.76 
 
 		 489 aa  105  2e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.000284151  normal  0.714697 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0869  RagB/SusD domain protein  26.69 
 
 		 503 aa  105  2e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0508495  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5331  RagB/SusD domain protein  26.63 
 
 		 541 aa  105  3e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0214505  normal  0.577233 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1724  RagB/SusD domain protein  25.42 
 
 		 491 aa  104  3e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.120109  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1801  RagB/SusD domain protein  26.7 
 
 		 484 aa  103  6e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.587569  hitchhiker  0.000152838 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3207  RagB/SusD domain protein  28.8 
 
 		 462 aa  103  7e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.176888  normal  0.977355 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0931  RagB/SusD domain protein  25.49 
 
 		 494 aa  103  8e-21  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00244516  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11493  putative outer membrane protein  24.02 
 
 		 476 aa  102  1e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.494565  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3539  RagB/SusD domain protein  26.11 
 
 		 496 aa  102  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.247427  normal  0.288919 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1122  RagB/SusD domain protein  28.85 
 
 		 511 aa  102  2e-20  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2821  RagB/SusD domain protein  23.86 
 
 		 633 aa  102  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.226587  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4195  RagB/SusD domain-containing protein  26.2 
 
 		 506 aa  101  3e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3124  RagB/SusD domain protein  23.69 
 
 		 488 aa  101  4e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.115801  normal  0.453004 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2730  RagB/SusD domain protein  28.38 
 
 		 447 aa  100  5e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00424565 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3372  RagB/SusD domain protein  28.98 
 
 		 549 aa  100  7e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1481  RagB/SusD domain protein  26.42 
 
 		 499 aa  100  7e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.476602  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5561  RagB/SusD domain protein  26.64 
 
 		 452 aa  100  8e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0500213 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6683  RagB/SusD domain protein  24.74 
 
 		 490 aa  99.8  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0956  RagB/SusD domain protein  27.3 
 
 		 498 aa  99.8  1e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.587305  normal  0.507784 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4947  RagB/SusD domain protein  29.89 
 
 		 579 aa  99.4  1e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.993006 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1572  RagB/SusD domain protein  25.66 
 
 		 541 aa  99  2e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00617416  normal  0.812354 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1779  RagB/SusD domain protein  26.14 
 
 		 485 aa  99  2e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4268  RagB/SusD domain protein  24.47 
 
 		 503 aa  98.6  3e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.246385  normal  0.146292 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0781  RagB/SusD domain-containing protein  25.91 
 
 		 531 aa  97.8  4e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3250  RagB/SusD domain-containing protein  25.11 
 
 		 511 aa  97.4  5e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4433  RagB/SusD domain-containing protein  27.68 
 
 		 494 aa  97.4  5e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.51618  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2855  RagB/SusD domain protein  24.9 
 
 		 479 aa  97.4  5e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.142091 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5114  RagB/SusD domain protein  28.57 
 
 		 480 aa  97.4  6e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.184484  normal  0.114098 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>