More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_4162 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_4162  diguanylate cyclase  100 
 
 		 501 aa  988    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0950734 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3643  diguanylate cyclase  39.76 
 
 		 516 aa  285  1.0000000000000001e-75  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.93603  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1305  diguanylate cyclase  40.17 
 
 		 509 aa  280  3e-74  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4025  diguanylate cyclase  39.96 
 
 		 516 aa  270  5.9999999999999995e-71  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000068225 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3494  diguanylate cyclase  37.96 
 
 		 505 aa  244  1.9999999999999999e-63  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.246951  normal  0.101528 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  44.3 
 
 		 668 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0380  diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 563 aa  112  2.0000000000000002e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.620025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  43.67 
 
 		 671 aa  111  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7005  GGDEF family protein  34.36 
 
 		 568 aa  110  5e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  37.93 
 
 		 357 aa  110  5e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  42.94 
 
 		 565 aa  110  6e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  38.6 
 
 		 308 aa  108  2e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0096  diguanylate cyclase  39.08 
 
 		 555 aa  107  4e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  35.63 
 
 		 714 aa  107  6e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  38.15 
 
 		 457 aa  107  6e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0266  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 942 aa  107  6e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.955306  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  37.57 
 
 		 457 aa  107  7e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.04 
 
 		 454 aa  106  1e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 314 aa  105  2e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0658  diguanylate cyclase  33.01 
 
 		 547 aa  105  2e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1213  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.14 
 
 		 457 aa  105  2e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3282  diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 523 aa  105  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.151406  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6813  diguanylate cyclase  42.36 
 
 		 285 aa  104  3e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.823191  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  37.57 
 
 		 457 aa  105  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  40.12 
 
 		 457 aa  105  3e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 309 aa  104  4e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2432  hypothetical protein  35.94 
 
 		 551 aa  104  5e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4172  GGDEF domain-containing protein  33.55 
 
 		 431 aa  104  5e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  38.01 
 
 		 457 aa  103  5e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32350  diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  34.46 
 
 		 628 aa  103  5e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.32989 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3264  diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 375 aa  103  5e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  30.04 
 
 		 458 aa  103  6e-21  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0734  GGDEF domain-containing protein  35.2 
 
 		 604 aa  103  6e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  37.21 
 
 		 457 aa  103  6e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1483  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.24 
 
 		 335 aa  103  7e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.882912  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2050  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 523 aa  103  8e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645943 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  38.64 
 
 		 527 aa  103  9e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  33.71 
 
 		 355 aa  103  9e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2021  diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 381 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  32.06 
 
 		 350 aa  102  1e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4330  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.78 
 
 		 325 aa  102  1e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  37.21 
 
 		 457 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1676  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.88 
 
 		 1021 aa  103  1e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.267843  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2413  diguanylate cyclase  38.24 
 
 		 544 aa  102  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  34 
 
 		 690 aa  102  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  36.22 
 
 		 466 aa  101  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0512  response regulator PleD  33.53 
 
 		 456 aa  102  2e-20  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  33.74 
 
 		 477 aa  101  3e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 310 aa  101  3e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 614 aa  101  3e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03046  GGDEF domain protein  32.93 
 
 		 518 aa  101  3e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.444384  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1914  GGDEF domain-containing protein  37.5 
 
 		 381 aa  101  3e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.743896  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2856  GGDEF domain-containing protein  37.57 
 
 		 568 aa  101  3e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.592717 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0261  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  25.22 
 
 		 463 aa  101  3e-20  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.3078  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2219  diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 413 aa  101  4e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.568447  normal  0.728186 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 355 aa  100  4e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 661 aa  100  5e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1681  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.62 
 
 		 496 aa  100  5e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.650455  unclonable  0.00000301378 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  33.33 
 
 		 458 aa  100  5e-20  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3824  diguanylate cyclase  35.33 
 
 		 659 aa  100  5e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  36.2 
 
 		 347 aa  100  6e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  30.95 
 
 		 340 aa  100  7e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0443  diguanylate cyclase  34.95 
 
 		 378 aa  100  7e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  39.74 
 
 		 301 aa  100  8e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04147  Putative signal protein with GGDEF domain  40.8 
 
 		 200 aa  100  8e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.83 
 
 		 315 aa  99.8  9e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0043  diguanylate cyclase  36.52 
 
 		 580 aa  99.8  9e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  37.21 
 
 		 457 aa  99.4  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4018  diguanylate cyclase  36.42 
 
 		 311 aa  99.4  1e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  32.5 
 
 		 696 aa  99.4  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  34.27 
 
 		 355 aa  99.4  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  43.85 
 
 		 351 aa  99  2e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  34.46 
 
 		 354 aa  98.6  2e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  40.25 
 
 		 387 aa  98.6  2e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56280  hypothetical protein  41.42 
 
 		 375 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  33.15 
 
 		 460 aa  98.2  3e-19  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2218  GGDEF  42.31 
 
 		 448 aa  98.2  3e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  36.05 
 
 		 457 aa  98.2  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1066  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  33.72 
 
 		 609 aa  97.8  4e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.94417  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3325  diguanylate cyclase  30.96 
 
 		 482 aa  97.8  4e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662914  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  37.06 
 
 		 354 aa  97.4  5e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0686  GGDEF/HAMP domain-containing protein  36.71 
 
 		 427 aa  97.4  5e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3522  diguanylate cyclase  33.75 
 
 		 636 aa  97.4  6e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.890826  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3678  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.85 
 
 		 418 aa  97.4  6e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.313961 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  36.54 
 
 		 532 aa  97.4  6e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4141  diguanylate cyclase  42.61 
 
 		 312 aa  97.1  6e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00274749 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1211  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.12 
 
 		 587 aa  97.1  6e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0242812 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  31.98 
 
 		 482 aa  97.1  6e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0339  GGDEF domain protein  34.34 
 
 		 677 aa  97.1  7e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4901  hypothetical protein  41.42 
 
 		 375 aa  97.1  7e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.296494  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1745  diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 401 aa  96.7  8e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.597218  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0138  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.23 
 
 		 1338 aa  96.7  8e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  37.27 
 
 		 343 aa  96.7  9e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3437  diguanylate cyclase  31.47 
 
 		 483 aa  96.7  9e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0184931  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  35.54 
 
 		 645 aa  96.7  9e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  36.72 
 
 		 464 aa  96.3  1e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3230  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 642 aa  96.7  1e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.7142  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00151  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  33.53 
 
 		 353 aa  96.3  1e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440614  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  36.31 
 
 		 319 aa  96.3  1e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  37.79 
 
 		 455 aa  95.9  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>