More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Snas_1305 on replicon NC_013947
Organism: Stackebrandtia nassauensis DSM 44728



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013947  Snas_1305  diguanylate cyclase  100 
 
 		 509 aa  1022    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3494  diguanylate cyclase  55.17 
 
 		 505 aa  500  1e-140  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.246951  normal  0.101528 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3643  diguanylate cyclase  44.42 
 
 		 516 aa  341  2e-92  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.93603  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4025  diguanylate cyclase  43.86 
 
 		 516 aa  317  4e-85  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000068225 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4162  diguanylate cyclase  40.43 
 
 		 501 aa  289  7e-77  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0950734 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  41.67 
 
 		 668 aa  90.1  9e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32350  diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  34.78 
 
 		 628 aa  90.1  9e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.32989 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1078  diguanylate cyclase  32.79 
 
 		 283 aa  89.4  1e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.239628  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7005  GGDEF family protein  31.11 
 
 		 568 aa  89.4  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.06 
 
 		 415 aa  89.4  2e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0658  diguanylate cyclase  37.93 
 
 		 547 aa  89  2e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2276  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 257 aa  87.4  6e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.40422  normal  0.360858 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1598  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 257 aa  87.4  6e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4041  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 282 aa  85.9  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0649407 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1305  diguanylate cyclase  39.47 
 
 		 256 aa  86.3  0.000000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02110  GGDEF domain-containing protein  33.33 
 
 		 235 aa  86.3  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.594222 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3024  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 260 aa  85.5  0.000000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.104216  normal  0.207783 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2429  diguanylate cyclase  40.5 
 
 		 406 aa  85.5  0.000000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0271208 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1034  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 283 aa  85.5  0.000000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0249  hypothetical protein  32.75 
 
 		 275 aa  85.9  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.664064  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  41.3 
 
 		 513 aa  85.9  0.000000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1676  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.91 
 
 		 1021 aa  85.5  0.000000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.267843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  39.81 
 
 		 671 aa  84.7  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  30.07 
 
 		 569 aa  84.3  0.000000000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4114  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.13 
 
 		 692 aa  84.3  0.000000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.352586 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0346  diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 570 aa  84.3  0.000000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.292647 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1779  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 215 aa  84  0.000000000000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000143574  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1148  diguanylate cyclase  34.5 
 
 		 634 aa  84  0.000000000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0203006  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6762  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 411 aa  84  0.000000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.322015  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  34.97 
 
 		 308 aa  84  0.000000000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.57 
 
 		 314 aa  83.6  0.000000000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  44.21 
 
 		 355 aa  83.6  0.000000000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6905  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.81 
 
 		 635 aa  83.2  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.35 
 
 		 315 aa  82.8  0.00000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2736  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.69 
 
 		 748 aa  83.2  0.00000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  44.09 
 
 		 696 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2856  GGDEF domain-containing protein  32.16 
 
 		 568 aa  82.4  0.00000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.592717 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0093  diguanylate cyclase  32.93 
 
 		 426 aa  82.4  0.00000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2686  diguanylate cyclase  37.87 
 
 		 556 aa  81.6  0.00000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1927  diguanylate cyclase  43.56 
 
 		 253 aa  81.6  0.00000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.949533 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  37.38 
 
 		 614 aa  81.6  0.00000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1852  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 404 aa  81.3  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0317173  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2867  diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 402 aa  81.6  0.00000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  38.33 
 
 		 642 aa  81.6  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.97 
 
 		 578 aa  81.6  0.00000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65090  hypothetical protein  43.81 
 
 		 673 aa  82  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  36.18 
 
 		 527 aa  81.3  0.00000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  31.79 
 
 		 355 aa  81.3  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6813  diguanylate cyclase  31.51 
 
 		 285 aa  81.3  0.00000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.823191  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  32.74 
 
 		 457 aa  80.9  0.00000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2550  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.44 
 
 		 412 aa  80.5  0.00000000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.665651  normal  0.63887 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  34.97 
 
 		 384 aa  80.1  0.00000000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  36.77 
 
 		 385 aa  80.1  0.00000000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.36 
 
 		 367 aa  80.1  0.00000000000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0380  diguanylate cyclase  32.42 
 
 		 563 aa  80.1  0.00000000000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.620025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  34.04 
 
 		 645 aa  79.7  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5099  diguanylate cyclase  33.55 
 
 		 653 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.873917  normal  0.160564 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2527  diguanylate cyclase  29.94 
 
 		 381 aa  79.7  0.0000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.060153 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.14 
 
 		 310 aa  79.7  0.0000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  30.81 
 
 		 410 aa  79.3  0.0000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  33.51 
 
 		 645 aa  79  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  32.85 
 
 		 458 aa  78.6  0.0000000000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08240  GGDEF domain protein  34.11 
 
 		 448 aa  79  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 351 aa  79  0.0000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2778  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  46.73 
 
 		 1010 aa  79  0.0000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 314 aa  79  0.0000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4314  diguanylate cyclase  36.51 
 
 		 379 aa  79.3  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  31.58 
 
 		 457 aa  78.6  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1483  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32 
 
 		 335 aa  79  0.0000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.882912  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.9 
 
 		 317 aa  79  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.9 
 
 		 317 aa  79  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3376  diguanylate cyclase  34.75 
 
 		 520 aa  78.6  0.0000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0759429 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0096  diguanylate cyclase  35.53 
 
 		 555 aa  78.6  0.0000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0138  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.06 
 
 		 1338 aa  79.3  0.0000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0235  GAF/GGDEF domain-containing protein  37.16 
 
 		 391 aa  78.6  0.0000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0328746  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0215  GAF/GGDEF domain-containing protein  37.16 
 
 		 391 aa  78.6  0.0000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  28.95 
 
 		 346 aa  78.2  0.0000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2861  diguanylate cyclase  39.67 
 
 		 421 aa  78.2  0.0000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1752  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 718 aa  77.8  0.0000000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.972307  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0175  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.87 
 
 		 352 aa  77.8  0.0000000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.14726  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1076  diguanylate cyclase  29.17 
 
 		 345 aa  77.8  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000149455 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3763  GGDEF  36 
 
 		 358 aa  77.8  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.199974 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.52 
 
 		 469 aa  77.8  0.0000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1042  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.27 
 
 		 1059 aa  77.8  0.0000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.192885 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2249  response regulator/GGDEF domain-containing protein  31.4 
 
 		 400 aa  78.2  0.0000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3010  diguanylate cyclase  31.79 
 
 		 382 aa  77.8  0.0000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1213  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.03 
 
 		 457 aa  77.8  0.0000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0017  diguanylate cyclase  32.56 
 
 		 376 aa  77.8  0.0000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.156955  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0726  diguanylate cyclase  29.57 
 
 		 547 aa  77.8  0.0000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0341  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.38 
 
 		 775 aa  77.8  0.0000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2805  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  36.53 
 
 		 878 aa  77.8  0.0000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0866778 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  32.68 
 
 		 319 aa  78.2  0.0000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0266  diguanylate cyclase  34.5 
 
 		 942 aa  77.8  0.0000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.955306  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0402  diguanylate cyclase  37.14 
 
 		 866 aa  77.4  0.0000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.362695  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3508  diguanylate cyclase  36.94 
 
 		 358 aa  77.8  0.0000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00123099  normal  0.413 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2360  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 313 aa  77.8  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.701842  normal  0.29141 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0892  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.54 
 
 		 638 aa  77.8  0.0000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.599244  normal  0.0200514 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1619  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  39.29 
 
 		 632 aa  77.8  0.0000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.702165  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1652  diguanylate cyclase  32.35 
 
 		 490 aa  77.4  0.0000000000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.749875  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  32.95 
 
 		 457 aa  77.4  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>