More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sare_4025 on replicon NC_009953
Organism: Salinispora arenicola CNS-205



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009953  Sare_4025  diguanylate cyclase  100 
 
 		 516 aa  1014    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000068225 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3643  diguanylate cyclase  91.67 
 
 		 516 aa  900    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.93603  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1305  diguanylate cyclase  42.53 
 
 		 509 aa  323  5e-87  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4162  diguanylate cyclase  40.08 
 
 		 501 aa  289  1e-76  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0950734 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3494  diguanylate cyclase  37.06 
 
 		 505 aa  262  1e-68  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.246951  normal  0.101528 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0096  diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 555 aa  107  4e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0138  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.12 
 
 		 1338 aa  106  1e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0346  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 570 aa  105  2e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.292647 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0658  diguanylate cyclase  39.55 
 
 		 547 aa  104  3e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0380  diguanylate cyclase  36.94 
 
 		 563 aa  103  5e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.620025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1619  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  38.75 
 
 		 632 aa  103  6e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.702165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  38.85 
 
 		 668 aa  103  8e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  35.26 
 
 		 565 aa  103  9e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 513 aa  102  2e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  34.74 
 
 		 569 aa  101  4e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1213  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 457 aa  100  4e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4360  serine/threonine protein kinase  41.36 
 
 		 1636 aa  100  5e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7005  GGDEF family protein  33.73 
 
 		 568 aa  100  6e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3376  diguanylate cyclase  39.07 
 
 		 520 aa  100  6e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0759429 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  37.58 
 
 		 671 aa  100  7e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0267  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 550 aa  99.4  1e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.92395  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  33.33 
 
 		 477 aa  99.8  1e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0734  GGDEF domain-containing protein  30.73 
 
 		 604 aa  99.8  1e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 410 aa  99  2e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  38.46 
 
 		 418 aa  98.2  3e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1681  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.76 
 
 		 496 aa  98.6  3e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.650455  unclonable  0.00000301378 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2989  diguanylate cyclase  37.27 
 
 		 628 aa  98.2  3e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542118  normal  0.107456 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2600  diguanylate cyclase with beta propeller sensor  33.7 
 
 		 977 aa  97.8  4e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7783  diguanylate cyclase  41.95 
 
 		 592 aa  97.4  5e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.466824 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  33.5 
 
 		 614 aa  97.4  5e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3230  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.35 
 
 		 642 aa  97.4  6e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.7142  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  37.65 
 
 		 1637 aa  97.4  6e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4330  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.14 
 
 		 325 aa  97.4  6e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4172  GGDEF domain-containing protein  38.12 
 
 		 431 aa  97.1  7e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0266  diguanylate cyclase  37.18 
 
 		 942 aa  96.7  9e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.955306  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32350  diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  34.78 
 
 		 628 aa  96.3  1e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.32989 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0178  diguanylate cyclase  40.43 
 
 		 521 aa  96.3  1e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.776824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3340  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.74 
 
 		 607 aa  96.7  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.489198 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 360 aa  96.7  1e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.06 
 
 		 309 aa  96.3  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1779  diguanylate cyclase  34.76 
 
 		 215 aa  96.3  1e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000143574  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1391  diguanylate cyclase  43.09 
 
 		 353 aa  96.3  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.723857  hitchhiker  0.0000000000000157902 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1148  diguanylate cyclase  32.57 
 
 		 634 aa  96.7  1e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0203006  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  36.49 
 
 		 357 aa  95.5  2e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  35.62 
 
 		 458 aa  95.5  2e-18  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  41.22 
 
 		 696 aa  95.9  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3143  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  39.87 
 
 		 786 aa  95.5  2e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.661256  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3287  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.54 
 
 		 1003 aa  94.7  3e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0071  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.68 
 
 		 336 aa  94.7  3e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  35.15 
 
 		 690 aa  94.7  3e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0512  response regulator PleD  34.36 
 
 		 456 aa  95.1  3e-18  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2169  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.79 
 
 		 713 aa  94.7  3e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2048  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.79 
 
 		 704 aa  94.4  4e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3855  serine/threonine protein kinase  41.36 
 
 		 1726 aa  94.7  4e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.993945  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3063  diguanylate cyclase  40.54 
 
 		 1003 aa  94.7  4e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.964207  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 591 aa  94.4  4e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4141  diguanylate cyclase  39.55 
 
 		 312 aa  94.4  5e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00274749 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00370  hypothetical protein with C-terminal GGDEF motif  34.78 
 
 		 529 aa  94.4  5e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2805  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  41.07 
 
 		 878 aa  94  5e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0866778 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3508  diguanylate cyclase  37.82 
 
 		 358 aa  94  6e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00123099  normal  0.413 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.44 
 
 		 367 aa  94  6e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  35.06 
 
 		 343 aa  93.6  7e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  33.15 
 
 		 578 aa  93.6  8e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  40.25 
 
 		 385 aa  93.6  8e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0773  diguanylate cyclase  34.19 
 
 		 323 aa  93.2  9e-18  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1840  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.09 
 
 		 806 aa  92.8  1e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.865886  normal  0.0522815 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2740  diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 670 aa  93.2  1e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1694  diguanylate cyclase  32.12 
 
 		 431 aa  92.8  1e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1814  diguanylate cyclase  37.42 
 
 		 267 aa  92.8  1e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0591  putative sensor protein  38.85 
 
 		 1121 aa  93.2  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  34.67 
 
 		 820 aa  93.2  1e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0355  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.42 
 
 		 464 aa  92.8  1e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44470  transmembrane sensor cyclic di-GMP signal transduction protein  46.36 
 
 		 513 aa  93.2  1e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  35.29 
 
 		 301 aa  92  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  29.71 
 
 		 354 aa  92  2e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.94 
 
 		 314 aa  92  2e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1211  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.07 
 
 		 587 aa  92  2e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0242812 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2736  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.61 
 
 		 748 aa  92  2e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  34.76 
 
 		 381 aa  92  2e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08240  GGDEF domain protein  37.5 
 
 		 448 aa  92.4  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  38.29 
 
 		 571 aa  92  2e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2664  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.6 
 
 		 874 aa  91.7  3e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3057  sensory box-containing diguanylate cyclase, putative  41.6 
 
 		 841 aa  91.7  3e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2824  GGDEF domain-containing protein  34.68 
 
 		 628 aa  91.7  3e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  38.36 
 
 		 457 aa  91.7  3e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2050  diguanylate cyclase  35.88 
 
 		 523 aa  91.7  3e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645943 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  36.05 
 
 		 609 aa  91.3  4e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3653  GGDEF  37.42 
 
 		 308 aa  91.3  4e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.203802  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  36.05 
 
 		 709 aa  90.9  5e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0780  hypothetical protein  35.29 
 
 		 516 aa  90.9  5e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0604  diguanylate cyclase  34.46 
 
 		 291 aa  90.9  5e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.436873  normal  0.310553 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2534  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.47 
 
 		 421 aa  90.9  5e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.657544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  36.42 
 
 		 608 aa  90.9  5e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1752  diguanylate cyclase  35.22 
 
 		 718 aa  90.5  6e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.972307  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  37.34 
 
 		 457 aa  90.5  6e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2518  GAF domain/diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  32.57 
 
 		 384 aa  90.5  6e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4642  serine/threonine protein kinase  38.27 
 
 		 1629 aa  90.5  7e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  34.38 
 
 		 458 aa  90.5  7e-17  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7079  serine/threonine protein kinase  36.81 
 
 		 1643 aa  90.5  7e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1599  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.32 
 
 		 343 aa  90.5  7e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>