More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_0178 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_0178  diguanylate cyclase  100 
 
 		 521 aa  996    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.776824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2011  diguanylate cyclase  36.44 
 
 		 558 aa  160  5e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0457364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4159  diguanylate cyclase  35.55 
 
 		 530 aa  152  1e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.956326 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6137  diguanylate cyclase  30.13 
 
 		 551 aa  138  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.11555  normal  0.0857113 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6549  diguanylate cyclase  29.64 
 
 		 546 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.530699 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7005  GGDEF family protein  33.33 
 
 		 568 aa  121  3e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1066  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  41.48 
 
 		 609 aa  119  9.999999999999999e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.94417  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  44.07 
 
 		 661 aa  118  3e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  44.91 
 
 		 455 aa  117  5e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0380  diguanylate cyclase  39.76 
 
 		 563 aa  116  7.999999999999999e-25  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.620025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  34.48 
 
 		 461 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0809  hypothetical protein  35.45 
 
 		 516 aa  115  3e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0780  hypothetical protein  35.91 
 
 		 516 aa  114  3e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  39.89 
 
 		 457 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  42.7 
 
 		 457 aa  112  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.94 
 
 		 457 aa  112  2.0000000000000002e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.92 
 
 		 372 aa  111  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0267  diguanylate cyclase  39.5 
 
 		 550 aa  110  5e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.92395  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4417  diguanylate cyclase  45.03 
 
 		 401 aa  110  6e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  38.8 
 
 		 457 aa  110  6e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.67 
 
 		 314 aa  110  6e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  37.62 
 
 		 422 aa  110  6e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  32.61 
 
 		 334 aa  110  8.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.86 
 
 		 730 aa  109  1e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1213  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.67 
 
 		 457 aa  108  2e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2290  diguanylate cyclase  42.44 
 
 		 646 aa  107  5e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.666302 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1059  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  35.94 
 
 		 570 aa  107  5e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  39.29 
 
 		 457 aa  107  6e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0034  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.33 
 
 		 728 aa  107  7e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  41.57 
 
 		 454 aa  107  7e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.37 
 
 		 454 aa  107  7e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02778  GGDEF protein  35.71 
 
 		 946 aa  106  1e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1483  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.58 
 
 		 335 aa  106  1e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.882912  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3449  diguanylate cyclase  33.21 
 
 		 357 aa  106  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  37.85 
 
 		 609 aa  105  2e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 495 aa  105  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  39.52 
 
 		 457 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0023  diguanylate cyclase  42.62 
 
 		 584 aa  105  2e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0108472 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  37.85 
 
 		 709 aa  105  3e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  40 
 
 		 642 aa  105  3e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3131  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 464 aa  105  3e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.308445 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  43.86 
 
 		 381 aa  104  3e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3956  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.85 
 
 		 357 aa  104  4e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.892783  normal  0.485051 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 490 aa  104  4e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4055  diguanylate cyclase  32.73 
 
 		 354 aa  104  5e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.33875  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  39.52 
 
 		 457 aa  104  5e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  40.45 
 
 		 459 aa  104  5e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4311  diguanylate cyclase  32.73 
 
 		 354 aa  104  5e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.750548  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  35.39 
 
 		 671 aa  103  8e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  40.12 
 
 		 457 aa  103  8e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  34.26 
 
 		 451 aa  103  8e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 384 aa  103  8e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00199  response regulator/GGDEF domain protein  39.55 
 
 		 426 aa  103  9e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5099  diguanylate cyclase  39.25 
 
 		 653 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.873917  normal  0.160564 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  34.73 
 
 		 364 aa  102  1e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 493 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4523  diguanylate cyclase  37.34 
 
 		 532 aa  102  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.646592 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0651  diguanylate cyclase  32.63 
 
 		 574 aa  102  1e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000777615  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0891  diguanylate cyclase  34.76 
 
 		 332 aa  102  1e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.492307 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0766  diguanylate cyclase  43.6 
 
 		 501 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  37.37 
 
 		 343 aa  102  1e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  39.88 
 
 		 457 aa  102  1e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3470  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.01 
 
 		 353 aa  103  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.843913  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2413  diguanylate cyclase  42.69 
 
 		 544 aa  102  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1203  response regulator  31.6 
 
 		 634 aa  102  2e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.79 
 
 		 314 aa  102  2e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  31.88 
 
 		 334 aa  102  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  40.83 
 
 		 457 aa  102  2e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0493  diguanylate cyclase  39.81 
 
 		 356 aa  102  2e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000408461 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4360  serine/threonine protein kinase  42.94 
 
 		 1636 aa  102  2e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3222  diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 469 aa  102  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0257406  normal  0.307548 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 645 aa  102  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0119  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 324 aa  102  2e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.969085  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1281  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.65 
 
 		 586 aa  101  3e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3932  GGDEF domain-containing protein  40.96 
 
 		 402 aa  102  3e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0460046  normal  0.0449819 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.74 
 
 		 359 aa  101  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2018  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 355 aa  101  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.414914  normal  0.602726 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4025  diguanylate cyclase  40.79 
 
 		 516 aa  101  3e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000068225 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  34.98 
 
 		 668 aa  101  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.88 
 
 		 319 aa  101  3e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3016  GGDEF domain-containing protein  35.18 
 
 		 385 aa  101  3e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0864603  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  34.91 
 
 		 357 aa  101  3e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  33.82 
 
 		 352 aa  101  3e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3489  GGDEF domain-containing protein  36.81 
 
 		 312 aa  100  4e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7079  serine/threonine protein kinase  39.88 
 
 		 1643 aa  101  4e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6813  diguanylate cyclase  36.86 
 
 		 285 aa  100  4e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.823191  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0413  diguanylate cyclase  35 
 
 		 342 aa  101  4e-20  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2733  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  35.86 
 
 		 965 aa  101  4e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1372  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 436 aa  100  5e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.738866  normal  0.941955 
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  40.36 
 
 		 488 aa  100  5e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.69 
 
 		 345 aa  100  5e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3048  diguanylate cyclase  37.37 
 
 		 398 aa  100  5e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.795755  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2075  GGDEF protein  34.36 
 
 		 334 aa  100  6e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.605759  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  34.8 
 
 		 425 aa  100  6e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  40.48 
 
 		 690 aa  100  6e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 513 aa  100  6e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.03 
 
 		 334 aa  100  6e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3460  GGDEF domain-containing protein  40.36 
 
 		 644 aa  100  6e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0284505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1928  diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 365 aa  100  6e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.851461 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1171  diguanylate cyclase  36.67 
 
 		 674 aa  100  7e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>