More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_3376 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_3376  diguanylate cyclase  100 
 
 		 520 aa  1016    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0759429 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0096  diguanylate cyclase  35.25 
 
 		 555 aa  120  6e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  37.93 
 
 		 459 aa  111  3e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  37.57 
 
 		 588 aa  109  1e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3677  diguanylate cyclase  39.44 
 
 		 524 aa  108  2e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4314  diguanylate cyclase  38.76 
 
 		 379 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3643  diguanylate cyclase  41.06 
 
 		 516 aa  107  4e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.93603  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.52 
 
 		 772 aa  107  5e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6137  diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 551 aa  107  7e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.11555  normal  0.0857113 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2050  diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 523 aa  107  7e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645943 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00370  hypothetical protein with C-terminal GGDEF motif  42.33 
 
 		 529 aa  105  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 527 aa  105  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6549  diguanylate cyclase  38.32 
 
 		 546 aa  105  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.530699 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0413  diguanylate cyclase  32.37 
 
 		 342 aa  104  4e-21  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32350  diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  29.02 
 
 		 628 aa  104  4e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.32989 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  34.81 
 
 		 372 aa  103  5e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2413  diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 544 aa  103  6e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  36.11 
 
 		 319 aa  103  7e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.75 
 
 		 610 aa  103  8e-21  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2011  diguanylate cyclase  36.21 
 
 		 558 aa  103  9e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0457364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  33.89 
 
 		 578 aa  102  1e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3282  diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 523 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.151406  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3873  diguanylate cyclase  33.72 
 
 		 430 aa  102  2e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  35.48 
 
 		 591 aa  101  3e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 314 aa  101  3e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1641  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.28 
 
 		 640 aa  101  4e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.320869  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3903  diguanylate cyclase  36.62 
 
 		 370 aa  101  4e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0522591 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4025  diguanylate cyclase  39.07 
 
 		 516 aa  100  6e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000068225 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1085  putative sensory box/GGDEF family protein  33.72 
 
 		 430 aa  100  7e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  35.11 
 
 		 443 aa  100  7e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  34.48 
 
 		 661 aa  100  9e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0266  diguanylate cyclase  36.77 
 
 		 1195 aa  100  9e-20  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4153  putative sensory box/GGDEF family protein  33.14 
 
 		 430 aa  99.8  1e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.36181  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2748  diguanylate cyclase  32.35 
 
 		 651 aa  99.8  1e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0199433  hitchhiker  0.0067097 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  35.76 
 
 		 532 aa  99  2e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08240  GGDEF domain protein  36.24 
 
 		 448 aa  99  2e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  35.87 
 
 		 556 aa  98.6  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0797  diguanylate cyclase  34.59 
 
 		 408 aa  99  2e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.71948  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.5 
 
 		 901 aa  99  2e-19  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  33.51 
 
 		 949 aa  99  2e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.85 
 
 		 710 aa  98.6  2e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0259  diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 339 aa  98.6  2e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  30.41 
 
 		 659 aa  98.2  3e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  34.13 
 
 		 536 aa  98.2  3e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  37.8 
 
 		 343 aa  98.2  3e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  35.2 
 
 		 650 aa  98.2  3e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0841  GGDEF family protein  32.97 
 
 		 372 aa  98.2  4e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000214515  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3653  GGDEF  38.65 
 
 		 308 aa  98.2  4e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.203802  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  35.33 
 
 		 369 aa  97.8  4e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  40.85 
 
 		 457 aa  97.8  4e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1748  diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 417 aa  97.8  4e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3010  diguanylate cyclase  38.29 
 
 		 377 aa  97.8  4e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0798808  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0267  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 550 aa  97.4  5e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.92395  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0963  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.73 
 
 		 300 aa  97.4  5e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2825  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.95 
 
 		 651 aa  97.4  5e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0147323 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1893  hypothetical protein  43.83 
 
 		 533 aa  97.4  6e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0317418  normal  0.65749 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  38.24 
 
 		 381 aa  97.4  6e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1194  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 471 aa  97.4  6e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.361877  normal  0.129887 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7005  GGDEF family protein  35.33 
 
 		 568 aa  97.1  6e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1761  diguanylate cyclase  32.81 
 
 		 720 aa  97.1  6e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.54 
 
 		 415 aa  97.1  6e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  39.26 
 
 		 308 aa  97.1  7e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1914  GGDEF domain-containing protein  37.36 
 
 		 381 aa  97.1  7e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.743896  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00151  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  30.54 
 
 		 353 aa  97.1  8e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440614  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3785  sensory box/GGDEF family protein  33.14 
 
 		 431 aa  96.7  8e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4111  sensory box/GGDEF family protein, putative  33.14 
 
 		 430 aa  96.7  9e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3954  sensory box/GGDEF family protein  33.14 
 
 		 431 aa  96.7  9e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4263  sensory box/GGDEF family protein  33.14 
 
 		 430 aa  96.7  9e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2084  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 417 aa  96.7  9e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000571313 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4175  putative sensory box/GGDEF family protein  33.14 
 
 		 430 aa  96.7  9e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00125122  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  39.02 
 
 		 384 aa  96.7  9e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4064  putative sensory box/GGDEF family protein  33.14 
 
 		 431 aa  96.7  9e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3800  sensory box/GGDEF family protein  32.56 
 
 		 431 aa  96.3  1e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0221299  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1887  diguanylate cyclase  32.9 
 
 		 517 aa  96.3  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  38.67 
 
 		 457 aa  96.3  1e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3131  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.29 
 
 		 464 aa  96.3  1e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.308445 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  34.76 
 
 		 1637 aa  96.3  1e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3010  diguanylate cyclase  35.16 
 
 		 382 aa  96.7  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0689  diguanylate cyclase  41.4 
 
 		 413 aa  96.7  1e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.427043  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001599  GGDEF domain protein  35.62 
 
 		 637 aa  96.3  1e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.707658  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0651  diguanylate cyclase  28.94 
 
 		 574 aa  96.3  1e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000777615  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.1 
 
 		 668 aa  96.3  1e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3348  GGDEF domain-containing protein  39.77 
 
 		 381 aa  95.5  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0658  diguanylate cyclase  29.44 
 
 		 547 aa  95.9  2e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2249  response regulator/GGDEF domain-containing protein  35.23 
 
 		 400 aa  95.5  2e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  33.8 
 
 		 355 aa  95.1  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.26 
 
 		 668 aa  95.5  2e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3728  diguanylate cyclase  38.29 
 
 		 341 aa  95.9  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.183496 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  33.52 
 
 		 298 aa  95.5  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 278 aa  95.5  2e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  38.25 
 
 		 377 aa  95.5  2e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.01 
 
 		 367 aa  95.5  2e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1842  diguanylate cyclase  38.65 
 
 		 308 aa  95.5  2e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.721538  normal  0.677546 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5656  GGDEF domain-containing protein  38.46 
 
 		 629 aa  95.9  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1056  diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 580 aa  95.1  2e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.77678  normal  0.689214 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.07 
 
 		 355 aa  95.9  2e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4523  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 532 aa  95.1  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.646592 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0076  diguanylate cyclase  39.8 
 
 		 444 aa  94.7  3e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0429  diguanylate cyclase  37.64 
 
 		 469 aa  95.1  3e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.469713 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3659  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.87 
 
 		 362 aa  95.1  3e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>