More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1012 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_1012  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
438 aa  899    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0303063  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1352  extracellular ligand-binding receptor  34.19 
 
 
432 aa  224  4e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.533055  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1235  extracellular ligand-binding receptor  34.24 
 
 
445 aa  202  9.999999999999999e-51  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6487  extracellular ligand-binding receptor  28.33 
 
 
415 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203833  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3322  twin-arginine translocation pathway signal  28.06 
 
 
423 aa  119  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.204494  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  28.54 
 
 
408 aa  109  9.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0182  Extracellular ligand-binding receptor  26.63 
 
 
401 aa  108  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.955323  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4064  extracellular ligand-binding receptor  25.2 
 
 
401 aa  102  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00184477  normal  0.421947 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0664  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.03 
 
 
402 aa  101  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1241  Extracellular ligand-binding receptor  27.11 
 
 
406 aa  97.1  5e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4465  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
406 aa  93.6  6e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.662069  normal  0.481724 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0172  Extracellular ligand-binding receptor  25.8 
 
 
395 aa  93.2  8e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0221424  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0857  extracellular ligand-binding receptor  23.6 
 
 
411 aa  92.8  1e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0154  extracellular ligand-binding receptor  25.73 
 
 
395 aa  92.8  1e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1976  extracellular ligand-binding receptor  26.42 
 
 
406 aa  92.8  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.102141  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4279  extracellular ligand-binding receptor  25.56 
 
 
415 aa  88.6  2e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0563  twin-arginine translocation pathway signal  25.83 
 
 
421 aa  87  6e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.540695  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4333  Extracellular ligand-binding receptor  25.45 
 
 
402 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.782262 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4420  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  21.91 
 
 
411 aa  79.7  0.00000000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1663  extracellular ligand-binding receptor  24.54 
 
 
398 aa  78.6  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.596073  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4204  extracellular ligand-binding receptor  26.14 
 
 
400 aa  77.4  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.669867 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2205  extracellular ligand-binding receptor  26.53 
 
 
393 aa  76.3  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.327939  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  26.93 
 
 
384 aa  75.9  0.000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  30.59 
 
 
379 aa  74.7  0.000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2341  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
405 aa  74.3  0.000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.840598  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3998  extracellular ligand-binding receptor  26.37 
 
 
389 aa  74.3  0.000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0350284  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  25.89 
 
 
390 aa  73.6  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4882  Extracellular ligand-binding receptor  25.78 
 
 
394 aa  73.6  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1861  Extracellular ligand-binding receptor  31.51 
 
 
379 aa  73.2  0.000000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.571716  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2081  twin-arginine translocation pathway signal  31.53 
 
 
394 aa  72.8  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4056  extracellular ligand-binding receptor  26.58 
 
 
394 aa  72.8  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.423392  normal  0.164952 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2428  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic substrate- binding protein  24.36 
 
 
395 aa  72.8  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.600985  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  24.35 
 
 
396 aa  72.4  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  30.77 
 
 
379 aa  72  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2425  extracellular ligand-binding receptor  23.76 
 
 
411 aa  72  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3427  ABC transporter substrate-binding protein  27.34 
 
 
422 aa  72  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  28.22 
 
 
379 aa  71.2  0.00000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.5 
 
 
380 aa  71.2  0.00000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4910  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
397 aa  70.9  0.00000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.618157  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.37 
 
 
378 aa  70.9  0.00000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  28.39 
 
 
380 aa  70.9  0.00000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4853  extracellular ligand-binding receptor  30.11 
 
 
396 aa  70.1  0.00000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1792  branched-chain amino acid ABC transporter branched chain amino acid-binding protein  24.16 
 
 
405 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.525895  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1967  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  24.42 
 
 
405 aa  68.9  0.0000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000097926 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2628  extracellular ligand-binding receptor  27.17 
 
 
204 aa  68.9  0.0000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4215  extracellular ligand-binding receptor  23.01 
 
 
402 aa  68.6  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0877313 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1931  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  24.36 
 
 
395 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1559  Extracellular ligand-binding receptor  36.18 
 
 
386 aa  68.9  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2418  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.89 
 
 
393 aa  68.2  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1374  extracellular ligand-binding receptor  26.96 
 
 
393 aa  68.2  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5340  Extracellular ligand-binding receptor  29.57 
 
 
396 aa  68.2  0.0000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.200092  normal  0.984381 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7682  putative branched-chain amino-acid ABC transporter, periplasmic binding protein  25.75 
 
 
397 aa  67.8  0.0000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.540186  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  31.64 
 
 
379 aa  67.4  0.0000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1986  extracellular ligand-binding receptor  25.81 
 
 
395 aa  67.4  0.0000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.597173  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0229  Extracellular ligand-binding receptor  23.81 
 
 
441 aa  67.4  0.0000000005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  decreased coverage  0.00108704  normal  0.192891 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2316  extracellular ligand-binding receptor  23.99 
 
 
437 aa  67.4  0.0000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.147685  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1749  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  24.06 
 
 
405 aa  67  0.0000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.593163  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1966  Extracellular ligand-binding receptor  29.61 
 
 
396 aa  67  0.0000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0542442 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1847  twin-arginine translocation pathway signal  28.12 
 
 
416 aa  67  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.477463  normal  0.553437 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2556  ABC transporter substrate-binding protein  26.86 
 
 
414 aa  67  0.0000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.565773 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1801  extracellular ligand-binding receptor  25.56 
 
 
405 aa  65.9  0.000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.459563  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  25.09 
 
 
397 aa  66.2  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1948  Extracellular ligand-binding receptor  27.32 
 
 
415 aa  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0126  extracellular ligand-binding receptor  22.43 
 
 
402 aa  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  26.63 
 
 
394 aa  65.9  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1931  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  26.01 
 
 
405 aa  65.5  0.000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2010  branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein, putative  26.01 
 
 
405 aa  65.5  0.000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2031  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  26.01 
 
 
405 aa  65.5  0.000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0138904  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3411  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  26.01 
 
 
405 aa  65.5  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000582907 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2165  extracellular ligand-binding receptor  29.69 
 
 
390 aa  65.9  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1766  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  23.65 
 
 
405 aa  64.7  0.000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2884  putative branched-chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  28 
 
 
414 aa  65.1  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.144097 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3837  extracellular ligand-binding receptor  28.64 
 
 
395 aa  64.3  0.000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  25.32 
 
 
415 aa  64.7  0.000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3620  twin-arginine translocation pathway signal  27.56 
 
 
416 aa  64.3  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.963637  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2416  Extracellular ligand-binding receptor  25.69 
 
 
397 aa  64.3  0.000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.672056  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  22.57 
 
 
395 aa  63.2  0.000000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3303  extracellular ligand-binding receptor  31.72 
 
 
393 aa  63.2  0.000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2551  extracellular ligand-binding receptor  25.3 
 
 
400 aa  63.2  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0197  extracellular ligand-binding receptor  30.98 
 
 
397 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0483  Extracellular ligand-binding receptor  30.77 
 
 
411 aa  63.2  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0914571 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0952  twin-arginine translocation pathway signal  24.75 
 
 
419 aa  62.4  0.00000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.553309  normal  0.40345 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1823  extracellular ligand-binding receptor  23.32 
 
 
419 aa  62.4  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.158541  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0214  extracellular ligand-binding receptor  26.32 
 
 
393 aa  62.4  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.486026  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4167  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  26.72 
 
 
410 aa  62  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4549  Extracellular ligand-binding receptor  30 
 
 
393 aa  62.4  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2943  Extracellular ligand-binding receptor  27.52 
 
 
382 aa  61.2  0.00000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.35469  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4744  extracellular ligand-binding receptor  24.34 
 
 
390 aa  61.2  0.00000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1681  extracellular ligand-binding receptor  25.1 
 
 
385 aa  61.2  0.00000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.681493  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0986  twin-arginine translocation pathway signal  24.74 
 
 
418 aa  61.2  0.00000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3756  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  30.73 
 
 
407 aa  61.2  0.00000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.260098 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  24.4 
 
 
396 aa  60.5  0.00000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1622  extracellular ligand-binding receptor  24.73 
 
 
389 aa  60.5  0.00000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4234  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.23 
 
 
410 aa  60.8  0.00000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.408833 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3089  Extracellular ligand-binding receptor  21.3 
 
 
390 aa  60.5  0.00000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0366  Extracellular ligand-binding receptor  23.74 
 
 
401 aa  60.1  0.00000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1823  extracellular ligand-binding receptor  25.99 
 
 
380 aa  60.1  0.00000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1870  urea ABC transporter, urea binding protein  25.25 
 
 
418 aa  60.1  0.00000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.510403  normal  0.303887 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2193  urea ABC transporter, urea binding protein  25.25 
 
 
418 aa  60.1  0.00000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.200796 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4610  extracellular ligand-binding receptor  25.78 
 
 
389 aa  60.1  0.00000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>