More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lreu_1888 on replicon NC_009513
Organism: Lactobacillus reuteri DSM 20016



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009513  Lreu_1888  diguanylate cyclase  100 
 
 		 369 aa  759    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3083  diguanylate cyclase  36.93 
 
 		 409 aa  110  3e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.176077 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1517  Signal transduction diguanylate cyclase  34.76 
 
 		 371 aa  107  4e-22  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3991  diguanylate cyclase  39.31 
 
 		 396 aa  105  1e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 352 aa  102  1e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4604  diguanylate cyclase  34.21 
 
 		 489 aa  102  1e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0525  diguanylate cyclase  29.49 
 
 		 585 aa  102  1e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2154  GGDEF  30.77 
 
 		 411 aa  100  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0841  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.93 
 
 		 715 aa  100  5e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.44 
 
 		 797 aa  99.4  1e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0544  diguanylate cyclase  30.37 
 
 		 414 aa  99.4  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3895  diguanylate cyclase  31.73 
 
 		 355 aa  99  1e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4283  diguanylate cyclase  32.97 
 
 		 480 aa  99.4  1e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2518  GGDEF domain-containing protein  42.31 
 
 		 407 aa  98.6  2e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0538  diguanylate cyclase  30.41 
 
 		 585 aa  98.2  2e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3474  diguanylate cyclase  34.44 
 
 		 393 aa  97.8  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0624369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  30.39 
 
 		 220 aa  97.4  3e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2466  diguanylate cyclase  40 
 
 		 406 aa  97.8  3e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0503371  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  32.81 
 
 		 459 aa  97.1  4e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1270  diguanylate cyclase  31.43 
 
 		 318 aa  97.4  4e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  28.5 
 
 		 532 aa  97.1  5e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02711  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.1 
 
 		 605 aa  96.7  5e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.407326  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  33.51 
 
 		 671 aa  97.1  5e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1902  diguanylate cyclase  28.36 
 
 		 469 aa  96.7  6e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000136063  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1169  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.18 
 
 		 596 aa  96.7  6e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0126253 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0094  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.4 
 
 		 602 aa  96.7  7e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.666294  normal  0.206481 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.84 
 
 		 315 aa  96.3  7e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1733  diguanylate cyclase  32.74 
 
 		 568 aa  96.3  8e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0602531  normal  0.409385 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  33.15 
 
 		 381 aa  96.3  8e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2867  diguanylate cyclase  30.46 
 
 		 402 aa  96.3  8e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0206  GGDEF domain-containing protein  33.52 
 
 		 396 aa  95.9  9e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0389  GGDEF family protein  37.65 
 
 		 303 aa  95.9  1e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  32.98 
 
 		 614 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4161  diguanylate cyclase  31.9 
 
 		 490 aa  95.5  1e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.704055  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3864  diguanylate cyclase  33.54 
 
 		 448 aa  94.7  2e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.315138  normal  0.244588 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.68 
 
 		 827 aa  95.1  2e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0259  diguanylate cyclase  29.69 
 
 		 339 aa  94.7  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0787  GGDEF  30.81 
 
 		 585 aa  94.7  2e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109099  hitchhiker  0.00379197 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  34.55 
 
 		 454 aa  95.1  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3978  diguanylate cyclase  33.54 
 
 		 448 aa  94.7  2e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  32.45 
 
 		 668 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2151  hypothetical protein  36.14 
 
 		 296 aa  95.1  2e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0685659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1059  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  30.56 
 
 		 570 aa  94.7  2e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4379  diguanylate cyclase  32.96 
 
 		 419 aa  94.7  2e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.33 
 
 		 550 aa  94.7  2e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  28.89 
 
 		 342 aa  94.7  2e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2123  hypothetical protein  36.14 
 
 		 296 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0850031  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2110  diguanylate cyclase  36.14 
 
 		 296 aa  94.4  3e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000973231  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04010  diguanylate cyclase  29.47 
 
 		 556 aa  94.4  3e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000479519  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1744  hypothetical protein  36.14 
 
 		 296 aa  94.4  3e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00489018  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4164  diguanylate cyclase  30.77 
 
 		 384 aa  94.4  3e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562104  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1629  hypothetical protein  36.14 
 
 		 296 aa  94.4  3e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00134354  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1161  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.63 
 
 		 754 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.268415  normal  0.0126902 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0005  diguanylate cyclase  28.9 
 
 		 520 aa  94  3e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.379493  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0290  diguanylate cyclase  30.73 
 
 		 409 aa  94  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00649  Putative signal protein with GGDEF domain  32.02 
 
 		 324 aa  94.4  3e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0817646  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  30.95 
 
 		 382 aa  94.4  3e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  32.56 
 
 		 411 aa  94.4  3e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  32.35 
 
 		 490 aa  93.6  4e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  33.91 
 
 		 381 aa  94  4e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  35.2 
 
 		 346 aa  94  4e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3648  formamidopyrimidine-DNA glycolase  35.98 
 
 		 435 aa  94  4e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3566  diguanylate cyclase  27.36 
 
 		 460 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000340192  normal  0.133927 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0422  diguanylate cyclase  32.95 
 
 		 317 aa  94  4e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  30.64 
 
 		 532 aa  93.6  5e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4831  diguanylate cyclase  31.36 
 
 		 392 aa  93.6  5e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.169635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  31.12 
 
 		 413 aa  93.6  5e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  31.86 
 
 		 467 aa  93.6  5e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4080  diguanylate cyclase  32.96 
 
 		 439 aa  93.6  5e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1873  diguanylate cyclase  31.49 
 
 		 509 aa  93.6  5e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.41222  normal  0.823385 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0636  diguanylate cyclase  30.73 
 
 		 341 aa  93.6  5e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3932  GGDEF domain-containing protein  27.86 
 
 		 402 aa  93.2  6e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0460046  normal  0.0449819 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  26.42 
 
 		 382 aa  93.2  6e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.46 
 
 		 317 aa  93.2  6e-18  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2326  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.52 
 
 		 536 aa  93.2  6e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  34.15 
 
 		 405 aa  93.6  6e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  32.37 
 
 		 559 aa  93.2  7e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2119  response regulatory protein  30.8 
 
 		 371 aa  93.2  7e-18  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0736  diguanylate cyclase  34.27 
 
 		 412 aa  93.2  7e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000330305  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1625  hypothetical protein  36.14 
 
 		 296 aa  93.2  7e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000118322  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1723  diguanylate cyclase  39.44 
 
 		 420 aa  92.8  9e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.428268  hitchhiker  0.00000158997 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01494  hypothetical protein  35.54 
 
 		 296 aa  92  1e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00154345  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0186  diguanylate cyclase  33.71 
 
 		 398 aa  92  1e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  33.9 
 
 		 333 aa  92  1e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2288  diguanylate cyclase  32.78 
 
 		 358 aa  92  1e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  34.38 
 
 		 690 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3222  diguanylate cyclase  28.77 
 
 		 469 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0257406  normal  0.307548 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0318  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.6 
 
 		 612 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  33.16 
 
 		 696 aa  92  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1377  diguanylate cyclase  32.29 
 
 		 368 aa  92.4  1e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1914  GGDEF domain-containing protein  31.5 
 
 		 381 aa  92.4  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.743896  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0688  diguanylate cyclase  32.34 
 
 		 363 aa  92.4  1e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.106369  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01505  hypothetical protein  35.54 
 
 		 296 aa  92  1e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00205706  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3227  diguanylate cyclase  28.15 
 
 		 359 aa  92.4  1e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.709302  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2699  diguanylate cyclase  32.04 
 
 		 251 aa  92.4  1e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4678  GGDEF  30.94 
 
 		 432 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0470  GGDEF  32.58 
 
 		 412 aa  91.3  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.606028 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  28.44 
 
 		 360 aa  91.3  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  32.95 
 
 		 498 aa  91.3  2e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  27.85 
 
 		 384 aa  91.7  2e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>