239 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3319 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_3319  transcriptional regulatory protein-like protein  100 
 
 		 691 aa  1402    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.389048  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3384  transcriptional regulator, CadC  42.88 
 
 		 693 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  20.85 
 
 		 717 aa  100  1e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3323  transcriptional regulator domain protein  17.4 
 
 		 774 aa  93.6  1e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0826316  normal  0.463581 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04004  DNA-binding transcriptional activator  38.78 
 
 		 512 aa  86.3  0.000000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3858  transcriptional regulator, CadC  38.78 
 
 		 512 aa  86.3  0.000000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5649  DNA-binding transcriptional activator CadC  38.78 
 
 		 512 aa  86.3  0.000000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000157695  normal  0.551738 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4374  DNA-binding transcriptional activator CadC  38.78 
 
 		 512 aa  86.3  0.000000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00319503  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03966  hypothetical protein  38.78 
 
 		 512 aa  86.3  0.000000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.992437  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3894  DNA-binding transcriptional activator CadC  38.78 
 
 		 512 aa  86.3  0.000000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459738  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4602  DNA-binding transcriptional activator CadC  38.78 
 
 		 512 aa  86.3  0.000000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00143405  normal  0.967142 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0937  transcriptional regulator, CadC  22.17 
 
 		 696 aa  85.5  0.000000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0901523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4688  DNA-binding transcriptional activator CadC  37.76 
 
 		 512 aa  84.7  0.000000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0992  winged helix family two component response transcriptional regulator  23.92 
 
 		 715 aa  82  0.00000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.121669  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1517  transcriptional regulator, CadC  40.59 
 
 		 1067 aa  81.3  0.00000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2923  transcriptional regulator, CadC  21.89 
 
 		 711 aa  81.3  0.00000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2838  transcriptional regulator, CadC  42.55 
 
 		 1075 aa  78.6  0.0000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.199766  normal  0.195433 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1508  transcriptional regulator, CadC  39.6 
 
 		 1089 aa  78.6  0.0000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.76281  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1544  transcriptional regulator, CadC  39.6 
 
 		 1089 aa  78.6  0.0000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01092  transcriptional regulator  36.73 
 
 		 1092 aa  77.4  0.0000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.974377  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1241  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  34.04 
 
 		 412 aa  77.4  0.0000000000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0151467 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2580  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  40.59 
 
 		 1063 aa  75.5  0.000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2647  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  40.59 
 
 		 1075 aa  75.9  0.000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.15837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3769  DNA-binding transcriptional activator CadC  38.71 
 
 		 518 aa  75.5  0.000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000389639  normal  0.0128814 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1699  transcriptional regulator  40.59 
 
 		 1075 aa  75.1  0.000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2755  transcriptional regulator  40 
 
 		 1080 aa  74.7  0.000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.647625  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0799  transcriptional regulator, CadC  34.34 
 
 		 1102 aa  74.7  0.000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2494  DNA-binding transcriptional activator CadC  36 
 
 		 542 aa  74.3  0.000000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0944  transcriptional regulatory protein-like protein  34.86 
 
 		 1131 aa  73.6  0.00000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.80445  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0430  putative transcriptional regulator, CadC  34.78 
 
 		 1074 aa  73.6  0.00000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1209  winged helix family two component response transcriptional regulator  22.37 
 
 		 714 aa  72  0.00000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0310847  normal  0.0137892 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2656  DNA-binding transcriptional activator CadC  32.04 
 
 		 541 aa  71.6  0.00000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0918  transcriptional regulator, CadC  22.6 
 
 		 725 aa  70.1  0.0000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2713  transcriptional activator CadC  35.87 
 
 		 395 aa  70.1  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2820  DNA-binding transcriptional activator CadC  35.87 
 
 		 514 aa  69.7  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0342818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2799  DNA-binding transcriptional activator CadC  35.87 
 
 		 514 aa  69.7  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0038279  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2883  transcriptional regulator domain-containing protein  21.6 
 
 		 716 aa  69.7  0.0000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.011265  hitchhiker  0.0000000742237 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0607  putative transcriptional regulator, CadC  30.61 
 
 		 729 aa  69.3  0.0000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.178679 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2758  DNA-binding transcriptional activator CadC  35.87 
 
 		 514 aa  69.7  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00262539  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2933  DNA-binding transcriptional activator CadC  35.87 
 
 		 514 aa  69.7  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00185207  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4558  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  39.33 
 
 		 323 aa  68.9  0.0000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0557135 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002187  transcriptional activator of cad operon  33.33 
 
 		 522 aa  68.6  0.0000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000411708  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00207  DNA-binding transcriptional activator CadC  33.33 
 
 		 523 aa  68.6  0.0000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3061  transcriptional regulator domain-containing protein  19.73 
 
 		 716 aa  68.2  0.0000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0196528  hitchhiker  0.000417149 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0847  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system-like protein  21.49 
 
 		 700 aa  68.6  0.0000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.704427  normal  0.802494 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1415  transcriptional regulator, CadC  37.62 
 
 		 1092 aa  67.4  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.931625  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0794  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  34.38 
 
 		 724 aa  66.6  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0437  transcriptional regulatory protein-like protein  26.09 
 
 		 762 aa  65.9  0.000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000809247  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3544  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  30.28 
 
 		 945 aa  65.1  0.000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0810782  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0402  transcriptional regulator, CadC  32.69 
 
 		 1124 aa  65.1  0.000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4280  transcriptional regulator domain-containing protein  26.36 
 
 		 531 aa  64.7  0.000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2965  transcriptional regulator domain-containing protein  20.94 
 
 		 716 aa  63.9  0.000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00199161  normal  0.0124128 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1101  transcriptional regulator domain-containing protein  21.85 
 
 		 713 aa  62  0.00000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000631181  hitchhiker  0.00725129 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5304  transcriptional regulator, CadC  26.92 
 
 		 382 aa  61.6  0.00000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4499  transcriptional regulator, CadC  29.29 
 
 		 711 aa  61.6  0.00000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000101526  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1418  transcriptional regulator domain protein  30.23 
 
 		 522 aa  61.6  0.00000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6694  transcriptional regulator, winged helix family  30.77 
 
 		 504 aa  61.2  0.00000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.795253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1958  transcriptional regulator  31.68 
 
 		 928 aa  59.3  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3769  transcriptional regulator, CadC  29.79 
 
 		 756 aa  58.9  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0208668  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3508  putative transcriptional regulator  21.56 
 
 		 712 aa  58.5  0.0000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189289  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0563  transcriptional regulatory protein-like protein  34.67 
 
 		 678 aa  58.5  0.0000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2276  transcriptional regulatory protein-like  22.66 
 
 		 522 aa  58.2  0.0000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02602  transcriptional regulatory protein, C terminal  35.9 
 
 		 772 aa  57.8  0.0000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4234  transcriptional regulatory protein-like  35.63 
 
 		 469 aa  57.4  0.0000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2248  transcriptional regulator  27.18 
 
 		 959 aa  56.6  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2391  transcriptional regulator  29.79 
 
 		 954 aa  56.2  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.814373 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1246  transcriptional regulator  30.77 
 
 		 1020 aa  56.6  0.000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.571861  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1734  ATPase-like protein  32.86 
 
 		 977 aa  56.2  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2870  putative transcriptional regulator, CadC  26.73 
 
 		 425 aa  55.5  0.000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.806107 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0243  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.21 
 
 		 235 aa  55.5  0.000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0646165  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4485  transcriptional regulator, CadC  34.85 
 
 		 520 aa  54.7  0.000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0188012  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2882  transcriptional regulator, CadC  24 
 
 		 396 aa  54.3  0.000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.405219  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3304  transcriptional regulatory protein-like protein  27.91 
 
 		 580 aa  54.3  0.000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2970  transcriptional regulator, CadC  22.55 
 
 		 396 aa  54.3  0.000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1118  transcriptional regulator  23.58 
 
 		 518 aa  54.3  0.000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.714466 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0550  two component transcriptional regulator  27.55 
 
 		 229 aa  53.9  0.000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000958325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3121  transcriptional regulator, CadC  25.61 
 
 		 409 aa  53.9  0.000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0116051  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03140  two component response regulator transcription regulator protein  35.06 
 
 		 245 aa  53.1  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.249511  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3075  transcriptional regulator, CadC  22 
 
 		 396 aa  52.8  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1169  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  35.63 
 
 		 619 aa  53.1  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2206  translocation protein TolB  19.08 
 
 		 427 aa  52  0.00003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00281817 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4690  transcriptional regulator domain protein  26.67 
 
 		 521 aa  52.4  0.00003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.347611  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6167  transcriptional regulator, winged helix family  29.07 
 
 		 961 aa  52  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3415  transcriptional regulator, CadC  26.83 
 
 		 436 aa  52.4  0.00003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.126014  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4297  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.96 
 
 		 243 aa  52.4  0.00003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4185  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.96 
 
 		 243 aa  52.4  0.00003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.469867  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4023  invasion protein regulator  33.33 
 
 		 565 aa  51.6  0.00005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.876946 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2507  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  25.51 
 
 		 413 aa  51.6  0.00005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.54038  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2552  transcriptional regulator, CadC  25.51 
 
 		 413 aa  51.6  0.00005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.879063 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2544  transcriptional regulator, CadC  25.51 
 
 		 413 aa  51.6  0.00005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4123  transcriptional regulator  31.58 
 
 		 458 aa  51.2  0.00007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000465407 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3669  transcriptional regulatory protein-like  26.58 
 
 		 527 aa  50.8  0.00008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2729  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.71 
 
 		 228 aa  50.4  0.00009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.981161  normal  0.424997 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5719  transcriptional regulator  27.55 
 
 		 966 aa  50.8  0.00009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0302  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.18 
 
 		 221 aa  50.4  0.0001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1311  transcriptional regulator  22.4 
 
 		 262 aa  50.4  0.0001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0664  two component transcriptional regulator  28.43 
 
 		 237 aa  50.1  0.0001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2661  transcriptional regulator, CadC  24.39 
 
 		 541 aa  50.1  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000865937  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1575  DNA-binding transcriptional regulator RstA  34.38 
 
 		 243 aa  49.7  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.169233 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4571  transcriptional regulator domain-containing protein  21.36 
 
 		 525 aa  49.3  0.0002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>