More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3695 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3695  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 218 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.551475  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1780  regulatory protein, TetR  79.81 
 
 		 212 aa  354  6.999999999999999e-97  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.407505  normal  0.506261 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3171  transcriptional regulator, TetR family  53.59 
 
 		 216 aa  236  2e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.323724  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3036  regulatory protein, TetR  54.55 
 
 		 216 aa  236  2e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0300267  normal  0.0658454 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2186  TetR family transcriptional regulator  47.94 
 
 		 214 aa  194  6e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0785456  normal  0.820524 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3319  transcriptional regulator, TetR family  40.1 
 
 		 214 aa  165  4e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00311946  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3154  regulatory protein, TetR  42.11 
 
 		 214 aa  165  5e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0193225  normal  0.108939 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6256  Transcriptional regulator  36.59 
 
 		 219 aa  125  5e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.109242  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4700  transcriptional regulator, TetR family  35.12 
 
 		 224 aa  122  6e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0565878  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3500  transcriptional regulator, TetR family  35.87 
 
 		 209 aa  115  6e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00016281 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05720  transcriptional regulator  34.65 
 
 		 221 aa  114  1.0000000000000001e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.203838  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4786  transcriptional regulator, TetR family  35.71 
 
 		 211 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.187473  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35350  transcriptional regulator, TetR family  36.08 
 
 		 223 aa  113  2.0000000000000002e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.147408 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1508  transcriptional regulator, TetR family  38.73 
 
 		 215 aa  110  2.0000000000000002e-23  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0994502  normal  0.123569 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8489  putative transcriptional regulator, TetR family  35.2 
 
 		 203 aa  109  3e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.280909  normal  0.379927 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2974  transcriptional regulator, TetR family  36.36 
 
 		 199 aa  105  6e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0934  transcriptional regulator, TetR family  32.31 
 
 		 209 aa  103  2e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4043  transcriptional regulator, TetR family  34.07 
 
 		 222 aa  101  1e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2742  transcriptional regulator, TetR family  37.28 
 
 		 207 aa  100  2e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4429  TetR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 197 aa  97.4  1e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.679698  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1756  transcriptional regulator, TetR family  34.72 
 
 		 205 aa  92.8  3e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000229906 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2430  transcriptional regulator, TetR family  32.37 
 
 		 207 aa  92  5e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.466149 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3149  TetR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 205 aa  91.3  1e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2619  transcriptional regulator, TetR family  29.38 
 
 		 221 aa  89.4  3e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.844619 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0259  transcriptional regulator, TetR family  30.26 
 
 		 195 aa  89.4  4e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2853  transcriptional regulator, TetR family  33.15 
 
 		 195 aa  89.4  4e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.597651 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4432  TetR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 208 aa  87  2e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.21103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3170  TetR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 202 aa  87  2e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.148676  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2977  transcriptional regulator, TetR family  31.94 
 
 		 196 aa  87.4  2e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1023  transcriptional regulator, TetR family  29.38 
 
 		 269 aa  86.3  3e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.048156  normal  0.0140553 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3341  TetR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 196 aa  84.7  9e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4525  transcriptional regulator, TetR family  31.34 
 
 		 216 aa  84.7  0.000000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.397871 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3751  TetR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 210 aa  80.9  0.00000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3739  TetR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 210 aa  80.5  0.00000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.461772  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3812  TetR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 210 aa  80.5  0.00000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.246252 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4204  TetR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 213 aa  80.1  0.00000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2496  transcriptional regulator, TetR family  30.46 
 
 		 226 aa  79.3  0.00000000000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.40575  normal  0.202338 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17710  transcriptional regulator  31.37 
 
 		 203 aa  79  0.00000000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0632938  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27500  transcriptional regulator  31.72 
 
 		 214 aa  78.6  0.00000000000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4873  transcriptional regulator, TetR family  26.29 
 
 		 193 aa  77  0.0000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2546  transcriptional regulator, TetR family  28.96 
 
 		 207 aa  74.7  0.0000000000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5005  transcriptional regulator, TetR family  28.43 
 
 		 229 aa  74.3  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.143864  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34550  transcriptional regulator, TetR family  27.5 
 
 		 215 aa  73.9  0.000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00167706  normal  0.63182 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1940  AcrR family transcriptional regulator  23.16 
 
 		 204 aa  72  0.000000000006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.682868  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1933  AcrR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 243 aa  71.6  0.000000000009  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.189914  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02720  transcriptional regulator, tetR family  27.93 
 
 		 211 aa  71.2  0.00000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.460979  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1944  AcrR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 195 aa  71.2  0.00000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2447  TetR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 208 aa  70.5  0.00000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0466  TetR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 189 aa  65.1  0.0000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19890  transcriptional regulator  31.94 
 
 		 346 aa  62.4  0.000000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.403358  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28300  transcriptional regulator  32.24 
 
 		 280 aa  62  0.000000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3720  transcriptional regulator, TetR family  28.19 
 
 		 200 aa  61.6  0.000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.91394  normal  0.0177543 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19820  transcriptional regulator  31.25 
 
 		 260 aa  61.6  0.000000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1560  transcriptional regulator, TetR family  27.68 
 
 		 221 aa  60.5  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05643  putative transcription regulator protein  30.72 
 
 		 233 aa  59.7  0.00000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0265  TetR family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 200 aa  59.7  0.00000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00630944 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3709  TetR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 221 aa  59.3  0.00000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0975739  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4251  transcriptional regulator, TetR family  40.24 
 
 		 216 aa  58.9  0.00000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.22701  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4773  TetR family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 212 aa  58.9  0.00000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000164473  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0564  transcriptional regulator, TetR family  39.08 
 
 		 203 aa  59.3  0.00000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9073  putative transcriptional regulator, TetR family  28.9 
 
 		 193 aa  58.2  0.00000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3302  TetR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 215 aa  58.2  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.696216 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2859  transcriptional regulator, TetR family  44.62 
 
 		 186 aa  57.4  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.111234  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1372  transcriptional regulator, TetR family  41.38 
 
 		 210 aa  56.6  0.0000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.487007  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3781  TetR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 214 aa  57.4  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0441  TetR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 233 aa  57  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1244  TetR family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 206 aa  57  0.0000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3038  transcriptional regulator  36.78 
 
 		 230 aa  57  0.0000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3317  TetR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 214 aa  56.6  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.305506  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1636  TetR family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 200 aa  56.6  0.0000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1012  transcriptional regulator, TetR family  24.02 
 
 		 212 aa  56.2  0.0000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.156612  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4044  TetR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 214 aa  56.6  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0571  TetR family transcriptional regulator  23.95 
 
 		 200 aa  55.8  0.0000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.530829  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0817  TetR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 332 aa  55.8  0.0000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3148  transcriptional regulator, TetR family  24.34 
 
 		 310 aa  56.2  0.0000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4181  transcriptional regulator, TetR family  31.31 
 
 		 227 aa  55.5  0.0000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221958 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10145  TetR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 280 aa  55.5  0.0000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4682  TetR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 212 aa  55.5  0.0000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000014918  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3833  transcriptional regulator, TetR family  23.41 
 
 		 204 aa  55.1  0.0000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1436  TetR family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 125 aa  55.1  0.0000008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000772402  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06720  transcriptional regulator, TetR family  42.03 
 
 		 221 aa  55.1  0.0000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2488  TetR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 201 aa  55.1  0.0000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0524247 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1218  transcriptional regulator, TetR family  43.33 
 
 		 206 aa  54.7  0.000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1007  transcription regulator protein  29.51 
 
 		 239 aa  54.7  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.605979  normal  0.178446 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3573  transcriptional regulator, TetR family  26.4 
 
 		 196 aa  54.7  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3801  TetR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 215 aa  54.3  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000675626  normal  0.64863 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4455  TetR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 215 aa  54.3  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.10893e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04039  hypothetical protein  29.75 
 
 		 215 aa  54.7  0.000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000282396  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28930  transcriptional regulator  34.58 
 
 		 205 aa  54.3  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.218384 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3702  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 204 aa  54.7  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3293  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 190 aa  53.5  0.000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00124137 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6137  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 207 aa  53.9  0.000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.150449  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10440  transcriptional regulator  28.57 
 
 		 211 aa  53.9  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0189255  normal  0.0235057 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2507  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 207 aa  53.9  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.881075  normal  0.842438 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1746  transcriptional regulator, TetR family  49.06 
 
 		 195 aa  53.1  0.000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0873  TetR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 196 aa  53.5  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.682179 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0282  TetR family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 201 aa  53.1  0.000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.356366  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0096  TetR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 211 aa  53.1  0.000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0589326 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3859  TetR family transcriptional regulator  22.83 
 
 		 211 aa  53.1  0.000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4747  transcriptional regulator, TetR family  29.75 
 
 		 215 aa  53.1  0.000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000342659  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>