158 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0686 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0686  integrase family protein  100 
 
 		 472 aa  956    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0094  Phage integrase  73.65 
 
 		 449 aa  684    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000297047  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0845  phage integrase  62.17 
 
 		 457 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1326  phage integrase family protein  62.17 
 
 		 457 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.558955  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2717  Phage integrase  61.05 
 
 		 479 aa  553  1e-156  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3323  integrase family protein  49.21 
 
 		 441 aa  421  1e-116  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3340  phage integrase family protein  44.13 
 
 		 452 aa  358  9.999999999999999e-98  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.58116  normal  0.0453376 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3461  integrase family protein  43.46 
 
 		 435 aa  317  3e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.538189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1526  phage integrase  38.43 
 
 		 440 aa  292  9e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3805  integrase family protein  41.65 
 
 		 450 aa  282  9e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1085  hypothetical protein  25.16 
 
 		 413 aa  120  3.9999999999999996e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0065  hypothetical protein  26.39 
 
 		 417 aa  117  3e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1227  integrase family protein  27.65 
 
 		 424 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.149921  normal  0.536296 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2240  Phage integrase  25 
 
 		 406 aa  101  3e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1016  integrase family protein  24.11 
 
 		 412 aa  97.4  5e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3498  integrase family protein  26.05 
 
 		 486 aa  96.7  8e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2964  phage integrase  26.68 
 
 		 387 aa  90.1  8e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.187641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4340  phage integrase family protein  26.01 
 
 		 420 aa  84.7  0.000000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.185587  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2136  phage integrase family protein  24.29 
 
 		 389 aa  83.6  0.000000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0404563  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0620  integrase family protein  25.05 
 
 		 452 aa  82.8  0.00000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3806  phage integrase  24.43 
 
 		 451 aa  79.3  0.0000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0304559  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0922  Phage integrase  23.63 
 
 		 403 aa  79  0.0000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.12188  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0831  Phage integrase  25.06 
 
 		 400 aa  74.7  0.000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00496745  hitchhiker  0.00000971423 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2770  integrase family protein  25.18 
 
 		 452 aa  72.4  0.00000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.251515  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0919  integrase family protein  24.75 
 
 		 448 aa  71.2  0.00000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.295922  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  23.13 
 
 		 402 aa  71.2  0.00000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000473566  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2535  phage integrase  23.62 
 
 		 463 aa  69.3  0.0000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2770  integrase family protein  25.95 
 
 		 434 aa  68.2  0.0000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00484712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7820  putative phage integrase  24.03 
 
 		 451 aa  67.8  0.0000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1272  phage integrase family protein  22.46 
 
 		 425 aa  67.4  0.0000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000707551  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0154  phage integrase family protein  24.72 
 
 		 451 aa  66.6  0.0000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.543339  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3493  integrase family protein  23.02 
 
 		 409 aa  64.3  0.000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.247982  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1679  phage-related integrase  24.12 
 
 		 410 aa  62.8  0.00000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0306  phage integrase  24.55 
 
 		 417 aa  62.4  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1997  integrase family protein  23.57 
 
 		 400 aa  62.4  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.726133 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1236  phage integrase  23.46 
 
 		 399 aa  61.6  0.00000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.449507  normal  0.10874 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2924  integrase family protein  27.29 
 
 		 390 aa  61.2  0.00000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2486  hypothetical protein  23.63 
 
 		 413 aa  58.5  0.0000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0292  phage integrase family protein  24.52 
 
 		 440 aa  58.9  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0395  phage integrase family protein  24.01 
 
 		 397 aa  57  0.0000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.887583 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3738  hypothetical protein  22.86 
 
 		 384 aa  56.6  0.0000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2499  phage integrase family protein  25.74 
 
 		 381 aa  55.8  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.005662  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1370  phage integrase  26.67 
 
 		 423 aa  55.5  0.000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000628694  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7637  integrase family protein  32.67 
 
 		 425 aa  55.5  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2309  phage integrase family protein  26.17 
 
 		 410 aa  55.5  0.000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.733964  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0747  integrase family protein  24.32 
 
 		 325 aa  55.1  0.000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.194299  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3737  hypothetical protein  41.98 
 
 		 150 aa  55.1  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1864  integrase family protein  26.06 
 
 		 429 aa  54.7  0.000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1849  integrase family protein  24.62 
 
 		 413 aa  54.7  0.000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3747  integrase  22.7 
 
 		 399 aa  54.7  0.000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0341835  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3980  phage integrase family protein  31.1 
 
 		 365 aa  54.3  0.000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.356268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003284  integrase  23.53 
 
 		 401 aa  54.7  0.000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03620  phage integrase family protein  26.02 
 
 		 391 aa  54.7  0.000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000382884  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1170  phage integrase family protein  30.89 
 
 		 412 aa  54.3  0.000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00333929  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2211  phage integrase  22.17 
 
 		 423 aa  53.9  0.000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.684899  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2093  integrase family protein  23.24 
 
 		 400 aa  53.9  0.000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2978  integrase family protein  30.77 
 
 		 377 aa  53.5  0.000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.230554  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0255  phage integrase  25.29 
 
 		 430 aa  53.5  0.000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1584  phage integrase family protein  24.88 
 
 		 376 aa  53.1  0.000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4399  integrase family protein  24.14 
 
 		 376 aa  53.1  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.685705  normal  0.0426652 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2564  phage integrase family protein  23.53 
 
 		 417 aa  53.1  0.00001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.326638  hitchhiker  0.000921348 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2959  phage integrase family protein  22.7 
 
 		 444 aa  53.1  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0924112  normal  0.542634 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1142  integrase family protein  24.82 
 
 		 399 aa  52.8  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.441894  hitchhiker  0.0000269765 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0044  phage integrase family site specific recombinase  24.14 
 
 		 376 aa  52  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.374231  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3867  phage integrase  27.29 
 
 		 400 aa  52.4  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3585  phage integrase  23.54 
 
 		 411 aa  52.4  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.597607 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3721  phage integrase family protein  24.14 
 
 		 376 aa  52  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5073  hypothetical protein  36.47 
 
 		 159 aa  52.4  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1337  integrase family protein  26.39 
 
 		 392 aa  52  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0155558  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0805  site-specific recombinase/integrase  22.54 
 
 		 396 aa  51.6  0.00003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0116297  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0831  integrase family protein  26.36 
 
 		 378 aa  51.6  0.00003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36120  Phage integrase  23.12 
 
 		 400 aa  51.2  0.00003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3468  integrase family protein  25.49 
 
 		 381 aa  52  0.00003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.459563  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0114  phage integrase  28.81 
 
 		 431 aa  51.2  0.00004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.646267 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0395  phage integrase family protein  26.9 
 
 		 396 aa  51.2  0.00004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.436905  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1844  phage integrase family protein  21.59 
 
 		 426 aa  51.2  0.00004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1347  phage integrase family protein  28.25 
 
 		 374 aa  50.8  0.00005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2203  integrase family protein  24.5 
 
 		 404 aa  50.8  0.00005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0820  integrase family protein  24.48 
 
 		 378 aa  50.4  0.00007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1371  phage integrase family protein  23.86 
 
 		 453 aa  50.1  0.00008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3091  phage integrase family protein  21.72 
 
 		 384 aa  50.4  0.00008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0927  phage integrase family protein  25.8 
 
 		 425 aa  50.1  0.00009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000881827 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2622  integrase protein  21.82 
 
 		 400 aa  49.7  0.0001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.561112  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1796  Phage integrase  26.96 
 
 		 390 aa  49.3  0.0001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2529  phage integrase  23.58 
 
 		 375 aa  49.7  0.0001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.153189  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1839  phage integrase family protein  22.71 
 
 		 414 aa  49.7  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3396  integrase family protein  27.39 
 
 		 414 aa  50.1  0.0001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.194125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2627  phage integrase family protein  26.95 
 
 		 376 aa  49.7  0.0001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000511904  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0357  integrase family protein  23.74 
 
 		 389 aa  49.7  0.0001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3461  phage integrase  25 
 
 		 381 aa  48.9  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2219  phage integrase  27.11 
 
 		 378 aa  48.9  0.0002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0923  integrase family protein  26.55 
 
 		 363 aa  48.9  0.0002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3112  integrase family protein  21.72 
 
 		 418 aa  48.9  0.0002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2668  phage integrase family site specific recombinase  21.9 
 
 		 411 aa  48.5  0.0002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3201  integrase family protein  26.84 
 
 		 351 aa  48.9  0.0002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.689071 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1574  integrase family protein  25.64 
 
 		 385 aa  49.3  0.0002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.00294023  normal  0.46427 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1237  integrase family protein  23.6 
 
 		 401 aa  48.1  0.0003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.184026  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2854  integrase family protein  27.75 
 
 		 351 aa  48.5  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.820272 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0614  integrase family protein  23 
 
 		 476 aa  48.5  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0089  phage integrase family protein  26.67 
 
 		 400 aa  48.5  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>