225 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_3323 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001637  EcDH1_3323  integrase family protein  100 
 
 
441 aa  905    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0845  phage integrase  51.23 
 
 
457 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1326  phage integrase family protein  51.23 
 
 
457 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.558955  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0094  Phage integrase  50.33 
 
 
449 aa  438  1e-121  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000297047  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0686  integrase family protein  49.21 
 
 
472 aa  421  1e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2717  Phage integrase  48.17 
 
 
479 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3340  phage integrase family protein  44.57 
 
 
452 aa  346  4e-94  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.58116  normal  0.0453376 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3461  integrase family protein  42.79 
 
 
435 aa  310  2.9999999999999997e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.538189  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1526  phage integrase  38.58 
 
 
440 aa  279  7e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3805  integrase family protein  39.5 
 
 
450 aa  258  1e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1227  integrase family protein  26.86 
 
 
424 aa  125  2e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.149921  normal  0.536296 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0065  hypothetical protein  27.18 
 
 
417 aa  124  3e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2240  Phage integrase  26.48 
 
 
406 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1085  hypothetical protein  26.78 
 
 
413 aa  105  2e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2136  phage integrase family protein  24.71 
 
 
389 aa  99  2e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0404563  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2964  phage integrase  24.83 
 
 
387 aa  93.6  6e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.187641  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4340  phage integrase family protein  24.19 
 
 
420 aa  92.8  1e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.185587  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1016  integrase family protein  25.43 
 
 
412 aa  88.2  3e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3493  integrase family protein  23.91 
 
 
409 aa  75.5  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.247982  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  22.39 
 
 
402 aa  74.7  0.000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000473566  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2309  phage integrase family protein  24.49 
 
 
410 aa  72.4  0.00000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.733964  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0292  phage integrase family protein  22.94 
 
 
440 aa  72.4  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1170  phage integrase family protein  24.32 
 
 
412 aa  72.4  0.00000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00333929  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0922  Phage integrase  24.49 
 
 
403 aa  69.3  0.0000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.12188  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0831  Phage integrase  22.48 
 
 
400 aa  67  0.0000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00496745  hitchhiker  0.00000971423 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3498  integrase family protein  25.62 
 
 
486 aa  66.6  0.0000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0614  integrase family protein  24.22 
 
 
476 aa  66.2  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0519  phage integrase family protein  27.65 
 
 
300 aa  65.1  0.000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.24612  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2770  integrase family protein  23.79 
 
 
434 aa  64.7  0.000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00484712  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2093  integrase family protein  23.42 
 
 
400 aa  64.3  0.000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0255  phage integrase  26.7 
 
 
430 aa  64.3  0.000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2535  phage integrase  26.62 
 
 
463 aa  63.5  0.000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2203  integrase family protein  23.94 
 
 
404 aa  63.5  0.000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2359  integrase family protein  28.4 
 
 
398 aa  63.2  0.000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.522134  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0306  phage integrase  23.38 
 
 
417 aa  63.2  0.00000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0395  phage integrase family protein  28.19 
 
 
396 aa  62.4  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.436905  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1639  integrase family protein  29.05 
 
 
301 aa  62.8  0.00000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0514216  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1997  integrase family protein  23.68 
 
 
400 aa  62.8  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.726133 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1679  phage-related integrase  23.66 
 
 
410 aa  61.6  0.00000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2956  integrase family protein  23.76 
 
 
487 aa  60.8  0.00000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0919  integrase family protein  22.41 
 
 
448 aa  60.8  0.00000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.295922  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4157  integrase family protein  31.34 
 
 
432 aa  60.8  0.00000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.225884  normal  0.636127 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1864  integrase family protein  28.78 
 
 
429 aa  60.1  0.00000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3795  integrase family protein  28.92 
 
 
413 aa  59.7  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.000111159  unclonable  0.000000215958 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2924  integrase family protein  23.63 
 
 
390 aa  58.5  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3091  phage integrase family protein  21.93 
 
 
384 aa  58.2  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3051  integrase family protein  25.91 
 
 
413 aa  58.2  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0515706  normal  0.125119 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0474  integrase family protein  23.7 
 
 
442 aa  58.2  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1584  phage integrase family protein  21.96 
 
 
376 aa  57.4  0.0000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0072  hypothetical protein  22.52 
 
 
406 aa  57.4  0.0000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1796  Phage integrase  26.07 
 
 
390 aa  57.4  0.0000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5518  integrase family protein  26 
 
 
477 aa  57.4  0.0000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0834932  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2612  phage integrase family protein  21.25 
 
 
443 aa  57  0.0000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4399  integrase family protein  21.61 
 
 
376 aa  56.6  0.0000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.685705  normal  0.0426652 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3738  hypothetical protein  21.15 
 
 
384 aa  56.6  0.0000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0747  integrase family protein  26.07 
 
 
325 aa  56.2  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.194299  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0044  phage integrase family site specific recombinase  21.71 
 
 
376 aa  56.2  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.374231  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3721  phage integrase family protein  23.23 
 
 
376 aa  56.2  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7637  integrase family protein  31.18 
 
 
425 aa  55.5  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0596  integrase family protein  24.02 
 
 
515 aa  55.5  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.687796  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3028  putative phage integrase family protein  22.79 
 
 
486 aa  54.7  0.000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1370  phage integrase  26.83 
 
 
423 aa  54.3  0.000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000628694  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1337  integrase family protein  26.98 
 
 
392 aa  54.3  0.000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0155558  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  27.81 
 
 
367 aa  53.9  0.000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1556  integrase family protein  27.53 
 
 
307 aa  53.9  0.000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.36987  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2499  phage integrase family protein  28.65 
 
 
381 aa  53.9  0.000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.005662  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3122  phage integrase family protein  26.12 
 
 
393 aa  53.9  0.000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0535  site-specific recombinase, phage integrase family  24.03 
 
 
413 aa  53.5  0.000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0114  phage integrase  26.79 
 
 
431 aa  53.5  0.000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.646267 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2564  phage integrase family protein  24.07 
 
 
417 aa  53.5  0.000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.326638  hitchhiker  0.000921348 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1619  phage integrase family protein  25.17 
 
 
286 aa  53.5  0.000008  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2770  integrase family protein  21.16 
 
 
452 aa  52.8  0.00001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.251515  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2864  phage integrase family protein  24.12 
 
 
385 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.988255 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3617  phage integrase family protein  22.45 
 
 
390 aa  52.8  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1247  putative phage related integrase  28.22 
 
 
434 aa  52.8  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.578843 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2123  hypothetical protein  29.79 
 
 
353 aa  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2529  phage integrase  23.86 
 
 
375 aa  52.4  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.153189  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0776  phage integrase  23.77 
 
 
334 aa  52  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.228831  normal  0.0322595 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3201  integrase family protein  26.11 
 
 
351 aa  52.4  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.689071 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001829  integrase  22.54 
 
 
405 aa  52  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.854488  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2854  integrase family protein  26.04 
 
 
351 aa  52  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.820272 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1905  hypothetical protein  27.22 
 
 
366 aa  52  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.397006  hitchhiker  0.00000424663 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2015  phage integrase family site specific recombinase  23.29 
 
 
390 aa  51.6  0.00003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0620  integrase family protein  25.5 
 
 
452 aa  51.6  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2978  integrase family protein  25.86 
 
 
377 aa  51.2  0.00003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.230554  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0419  integrase family protein  25.1 
 
 
414 aa  51.6  0.00003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000230336  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3995  phage integrase family protein  26.99 
 
 
415 aa  51.6  0.00003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000158235  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3980  phage integrase family protein  29.73 
 
 
365 aa  51.6  0.00003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.356268  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7820  putative phage integrase  29.41 
 
 
451 aa  51.6  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03620  phage integrase family protein  26.7 
 
 
391 aa  50.8  0.00004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000382884  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5029  phage integrase family protein  29.17 
 
 
450 aa  50.8  0.00004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.440555  normal  0.789511 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0395  phage integrase family protein  27.07 
 
 
397 aa  51.2  0.00004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.887583 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0154  phage integrase family protein  22.6 
 
 
451 aa  50.8  0.00004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.543339  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2668  phage integrase family site specific recombinase  22.8 
 
 
411 aa  50.8  0.00004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2219  phage integrase  28.85 
 
 
378 aa  50.8  0.00005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0927  phage integrase family protein  24.89 
 
 
425 aa  50.8  0.00005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000881827 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0548  hypothetical protein  28.06 
 
 
334 aa  50.8  0.00005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.271041 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2957  integrase family protein  22.72 
 
 
436 aa  50.8  0.00005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.571484  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1675  Phage integrase  22.62 
 
 
419 aa  50.4  0.00007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0064  Phage integrase  23.94 
 
 
420 aa  50.1  0.00007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>