More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0776 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0776  phage integrase  100 
 
 		 334 aa  686    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.228831  normal  0.0322595 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1721  phage integrase family protein  54.82 
 
 		 332 aa  334  1e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.108351  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3805  integrase  54.52 
 
 		 332 aa  333  3e-90  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.239705  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1492  phage integrase family protein  65.41 
 
 		 134 aa  189  5e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.278019 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2501  integrase family protein  31.9 
 
 		 348 aa  142  8e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.137002  normal  0.0538174 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0473  integrase family protein  29.74 
 
 		 377 aa  106  6e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  30.77 
 
 		 367 aa  102  9e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3986  phage integrase family site specific recombinase  36.81 
 
 		 172 aa  100  5e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3803  integrase family protein  31.35 
 
 		 368 aa  95.9  8e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2978  integrase family protein  28.57 
 
 		 377 aa  94  3e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.230554  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1456  integrase family protein  27.3 
 
 		 337 aa  94  3e-18  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.699839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2359  integrase family protein  29.18 
 
 		 398 aa  93.2  5e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.522134  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0222  integrase family protein  33.5 
 
 		 343 aa  92.8  7e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.948796  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3274  phage integrase family site specific recombinase  35.22 
 
 		 159 aa  92.4  9e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2236  integrase family protein  30 
 
 		 340 aa  92.4  1e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0483412  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2782  phage integrase family protein  32.29 
 
 		 356 aa  92.4  1e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.507501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1170  integrase family protein  33.04 
 
 		 368 aa  91.7  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.453741  normal  0.429636 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0831  integrase family protein  26.64 
 
 		 378 aa  90.9  3e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0290  integrase  27.05 
 
 		 324 aa  90.1  4e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0955438  normal  0.658855 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1722  hypothetical protein  27.9 
 
 		 339 aa  89  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.178853  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2923  phage integrase  27.68 
 
 		 379 aa  88.6  1e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2967  phage integrase family protein  27.68 
 
 		 379 aa  88.6  1e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.132884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0770  phage integrase family protein  31.82 
 
 		 387 aa  88.2  2e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.17567  normal  0.038003 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2257  phage integrase family protein  28.36 
 
 		 363 aa  87.8  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.0034941  normal  0.642714 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0600  prophage DLP12 integrase  28.38 
 
 		 387 aa  87.4  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000371504 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3869  integrase family protein  26.67 
 
 		 381 aa  87  4e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2244  phage integrase family protein  26.3 
 
 		 348 aa  86.7  5e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.16735  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0710  Integrase protein  36.14 
 
 		 343 aa  84.7  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1487  phage integrase family protein  31.61 
 
 		 342 aa  85.1  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.115706  normal  0.63189 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0603  prophage DLP12 integrase  25.74 
 
 		 387 aa  84  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.591827  normal  0.109932 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0401  phage integrase family protein  26.64 
 
 		 332 aa  83.2  0.000000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1111  phage integrase family protein  25.41 
 
 		 329 aa  83.2  0.000000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.30334  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3561  Phage integrase  29.02 
 
 		 275 aa  82.8  0.000000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00486  predicted integrase  26.43 
 
 		 387 aa  82.4  0.00000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00491  hypothetical protein  26.43 
 
 		 387 aa  82.4  0.00000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1187  integrase family protein  22.86 
 
 		 370 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.474728  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2564  phage integrase family protein  29.02 
 
 		 417 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.326638  hitchhiker  0.000921348 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  29.46 
 
 		 402 aa  80.9  0.00000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000473566  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2123  hypothetical protein  30.87 
 
 		 353 aa  80.1  0.00000000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5143  phage integrase family site specific recombinase  24.26 
 
 		 404 aa  79.3  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0463539  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003284  integrase  25.61 
 
 		 401 aa  79.3  0.00000000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0366  site-specific recombinase, phage integrase family  24.77 
 
 		 387 aa  79.3  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.529105  hitchhiker  0.00000000819042 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0419  integrase family protein  24.72 
 
 		 414 aa  79.3  0.00000000000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000230336  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0926  phage integrase family site specific recombinase  26.59 
 
 		 354 aa  78.6  0.0000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00000719898  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2854  integrase family protein  27.89 
 
 		 351 aa  78.2  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.820272 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1751  tyrosine recombinase XerD  26.14 
 
 		 294 aa  77.8  0.0000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1522  phage integrase family site specific recombinase  28.12 
 
 		 339 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2783  phage integrase family protein  25.81 
 
 		 367 aa  77  0.0000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00148084  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  28.33 
 
 		 298 aa  77  0.0000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1796  Phage integrase  27.62 
 
 		 390 aa  77  0.0000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3365  phage integrase  26.57 
 
 		 412 aa  77.4  0.0000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5518  integrase family protein  24.22 
 
 		 477 aa  75.5  0.000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0834932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3398  phage integrase family site specific recombinase  29.91 
 
 		 407 aa  75.5  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3122  phage integrase family protein  34.1 
 
 		 393 aa  75.9  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0995  site-specific recombinase, phage integrase family  27.49 
 
 		 349 aa  75.1  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.00503137  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0203  phage integrase family protein  28.19 
 
 		 353 aa  74.3  0.000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.205321  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2069  phage integrase  27.87 
 
 		 359 aa  74.3  0.000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.244007  hitchhiker  0.000737798 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3201  integrase family protein  27.4 
 
 		 351 aa  74.3  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.689071 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1428  integrase family protein  26.16 
 
 		 421 aa  74.3  0.000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0272  phage integrase family site specific recombinase  28.38 
 
 		 386 aa  73.9  0.000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2777  integrase family protein  23.92 
 
 		 387 aa  73.2  0.000000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.684948  normal  0.708845 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0923  integrase family protein  24.17 
 
 		 363 aa  73.2  0.000000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0395  phage integrase family protein  28.79 
 
 		 397 aa  72.8  0.000000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.887583 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0831  Phage integrase  27.76 
 
 		 400 aa  72.8  0.000000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00496745  hitchhiker  0.00000971423 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2661  phage integrase  25.56 
 
 		 347 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0679447  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0012  integrase family protein  28.26 
 
 		 383 aa  72  0.00000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000168789  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1247  putative phage related integrase  32.04 
 
 		 434 aa  72  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.578843 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0446  phage integrase family protein  25.56 
 
 		 347 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.286621  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5317  integrase family protein  26.57 
 
 		 354 aa  71.6  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3585  phage integrase  28.79 
 
 		 411 aa  71.2  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.597607 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3128  integrase family protein  26.09 
 
 		 384 aa  71.2  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.169868  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5334  integrase family protein  26.57 
 
 		 354 aa  71.6  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1336  integrase family protein  25.38 
 
 		 391 aa  71.2  0.00000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2589  DNA integration/recombination/invertion protein  22.09 
 
 		 369 aa  71.2  0.00000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1092  phage integrase  26.85 
 
 		 276 aa  71.6  0.00000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00970061  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0018  phage integrase family protein  26.15 
 
 		 388 aa  70.1  0.00000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0832  Phage integrase  27.66 
 
 		 341 aa  70.1  0.00000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  24.62 
 
 		 295 aa  70.1  0.00000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2252  phage integrase  26.61 
 
 		 305 aa  70.1  0.00000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.442177  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3730  integrase family protein  23.12 
 
 		 381 aa  69.3  0.00000000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000165595  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0829  integrase  19.22 
 
 		 388 aa  69.3  0.00000000009  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.141939  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2020  LigA  27.08 
 
 		 397 aa  69.3  0.00000000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.389387  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1917  integrase  25.87 
 
 		 375 aa  68.6  0.0000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0287  site-specific recombinase, phage integrase family  30.81 
 
 		 412 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2734  DNA integration/recombination/invertion protein  21.2 
 
 		 369 aa  68.9  0.0000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.117201  hitchhiker  0.0000120563 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  26 
 
 		 295 aa  68.9  0.0000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0017  integrase family protein  27.92 
 
 		 414 aa  68.6  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2535  phage integrase  27.83 
 
 		 463 aa  68.9  0.0000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1239  integrase family protein  23.86 
 
 		 390 aa  68.2  0.0000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.120865  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3658  putative bacteriophage integrase  30.3 
 
 		 444 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.626735 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  28.32 
 
 		 284 aa  68.6  0.0000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3213  integrase family protein  29.78 
 
 		 388 aa  68.2  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4124  integrase family protein  27.27 
 
 		 385 aa  67.8  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0046  Phage integrase  24.26 
 
 		 251 aa  67.4  0.0000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.380307  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0747  integrase family protein  21.62 
 
 		 325 aa  67.4  0.0000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.194299  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2060  phage integrase family protein  21.3 
 
 		 345 aa  67  0.0000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00257719  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2097  phage integrase family protein  21.3 
 
 		 345 aa  67  0.0000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0806496  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1554  putative integrase/recombinase protein  25.4 
 
 		 354 aa  67  0.0000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1337  integrase family protein  24.76 
 
 		 392 aa  67  0.0000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0155558  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.94 
 
 		 296 aa  66.6  0.0000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>