More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3122 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3122  phage integrase family protein  100 
 
 		 393 aa  811    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0395  phage integrase family protein  52.6 
 
 		 397 aa  412  1e-114  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.887583 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3738  hypothetical protein  53.79 
 
 		 384 aa  413  1e-114  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3091  phage integrase family protein  53 
 
 		 384 aa  407  1.0000000000000001e-112  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3585  phage integrase  52.28 
 
 		 411 aa  402  1e-111  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.597607 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3213  integrase family protein  40.48 
 
 		 388 aa  258  1e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1247  putative phage related integrase  37.56 
 
 		 434 aa  249  9e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.578843 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1182  putative phage integrase  36.64 
 
 		 400 aa  248  2e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.383522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2959  phage integrase family protein  36.04 
 
 		 444 aa  247  2e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0924112  normal  0.542634 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4137  phage integrase family protein  36.64 
 
 		 400 aa  248  2e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.031573  normal  0.207643 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2622  integrase protein  36.68 
 
 		 400 aa  236  4e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.561112  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4029  integrase family protein  35.45 
 
 		 467 aa  236  5.0000000000000005e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.161912  normal  0.0270341 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1236  phage integrase  34.55 
 
 		 399 aa  226  7e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.449507  normal  0.10874 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0671  phage integrase family protein  34.91 
 
 		 401 aa  226  8e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.707055 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2625  phage integrase family protein  35.79 
 
 		 400 aa  224  2e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.046264 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1244  phage integrase family protein  36.15 
 
 		 399 aa  224  2e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.797454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3045  phage integrase  36.13 
 
 		 415 aa  223  3e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.172973 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2745  integrase family protein  36.13 
 
 		 415 aa  223  3e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.99512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2601  integrase family protein  36.13 
 
 		 399 aa  224  3e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.533125 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1865  integrase family protein  35.42 
 
 		 401 aa  222  8e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.94549  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31280  putative integrase  35.42 
 
 		 401 aa  222  8e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000488668  unclonable  4.84268e-22 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3540  integrase family protein  35.6 
 
 		 399 aa  222  9e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3747  integrase  35.08 
 
 		 399 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0341835  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36120  Phage integrase  35.08 
 
 		 400 aa  216  5e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0497  integrase family protein  36.39 
 
 		 412 aa  215  9.999999999999999e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0831  Phage integrase  34.63 
 
 		 400 aa  211  1e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00496745  hitchhiker  0.00000971423 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4157  integrase family protein  36.5 
 
 		 432 aa  209  5e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.225884  normal  0.636127 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1864  integrase family protein  36.54 
 
 		 429 aa  208  1e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2770  integrase family protein  34.15 
 
 		 452 aa  202  8e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.251515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7820  putative phage integrase  34.22 
 
 		 451 aa  202  9e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0620  integrase family protein  34.73 
 
 		 452 aa  202  9e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2535  phage integrase  31.83 
 
 		 463 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3806  phage integrase  35.4 
 
 		 451 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0304559  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0154  phage integrase family protein  34.74 
 
 		 451 aa  197  3e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.543339  normal  1 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4399  integrase family protein  33.95 
 
 		 376 aa  193  3e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.685705  normal  0.0426652 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1584  phage integrase family protein  34.3 
 
 		 376 aa  194  3e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3721  phage integrase family protein  33.95 
 
 		 376 aa  193  4e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0044  phage integrase family site specific recombinase  33.69 
 
 		 376 aa  192  8e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.374231  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  32.46 
 
 		 402 aa  176  9e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000473566  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1016  integrase family protein  29.4 
 
 		 412 aa  168  2e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0322  phage integrase family protein  28.94 
 
 		 379 aa  166  6.9999999999999995e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00211784  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3752  phage integrase family protein  31.71 
 
 		 422 aa  166  6.9999999999999995e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.538338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4340  phage integrase family protein  32.52 
 
 		 420 aa  161  2e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.185587  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2964  phage integrase  31.39 
 
 		 387 aa  159  8e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.187641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0255  phage integrase  29.37 
 
 		 430 aa  154  2.9999999999999998e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1583  phage integrase family protein  31.91 
 
 		 451 aa  152  7e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0045  phage integrase family site specific recombinase  31.01 
 
 		 456 aa  152  7e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.869382  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3720  phage integrase family protein  31.05 
 
 		 451 aa  152  1e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4398  integrase family protein  31.73 
 
 		 451 aa  151  2e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0364227  hitchhiker  0.00879025 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0805  site-specific recombinase/integrase  31.96 
 
 		 396 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0116297  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0810  site-specific recombinase/integrase  31.4 
 
 		 482 aa  136  8e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0879139  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1679  phage-related integrase  28.22 
 
 		 410 aa  135  9e-31  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0287  site-specific recombinase, phage integrase family  29.21 
 
 		 412 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1428  integrase family protein  29.11 
 
 		 421 aa  126  6e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  31.07 
 
 		 367 aa  126  6e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0636  integrase family protein  30.39 
 
 		 397 aa  124  2e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00117125  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0807  integrase protein  37.29 
 
 		 181 aa  124  2e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0919  integrase family protein  26.87 
 
 		 448 aa  124  2e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.295922  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5143  phage integrase family site specific recombinase  27.95 
 
 		 404 aa  123  5e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0463539  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0306  phage integrase  30.95 
 
 		 417 aa  122  9.999999999999999e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1227  integrase family protein  28.11 
 
 		 424 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.149921  normal  0.536296 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2486  hypothetical protein  30.89 
 
 		 413 aa  117  3e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2612  phage integrase family protein  26.73 
 
 		 443 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2499  phage integrase family protein  34.72 
 
 		 381 aa  112  8.000000000000001e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.005662  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1281  integrase family protein  28.57 
 
 		 429 aa  110  5e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0441454  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1066  hypothetical protein  25.56 
 
 		 414 aa  106  9e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2136  phage integrase family protein  28.01 
 
 		 389 aa  105  2e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0404563  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1844  phage integrase family protein  25.92 
 
 		 426 aa  104  3e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1088  hypothetical protein  25.28 
 
 		 414 aa  103  8e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2401  phage integrase  30.77 
 
 		 242 aa  102  9e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.340015  normal  0.0277032 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0046  Phage integrase  34.13 
 
 		 251 aa  102  1e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.380307  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1456  integrase family protein  26.25 
 
 		 337 aa  102  2e-20  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.699839  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0072  hypothetical protein  25.96 
 
 		 406 aa  101  3e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2240  Phage integrase  27.16 
 
 		 406 aa  100  3e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3867  phage integrase  31.05 
 
 		 400 aa  100  3e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3274  phage integrase family site specific recombinase  38.82 
 
 		 159 aa  100  4e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1859  phage integrase family protein  30.56 
 
 		 427 aa  97.4  4e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0222826  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5334  integrase family protein  29.09 
 
 		 354 aa  95.9  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5317  integrase family protein  29.09 
 
 		 354 aa  95.9  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2460  integrase family protein  27.47 
 
 		 415 aa  94.4  3e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1337  integrase family protein  35.64 
 
 		 392 aa  93.6  5e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0155558  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2123  hypothetical protein  32.56 
 
 		 353 aa  93.2  8e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3986  phage integrase family site specific recombinase  35.9 
 
 		 172 aa  93.2  8e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003284  integrase  26.67 
 
 		 401 aa  92.8  9e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0065  hypothetical protein  25.37 
 
 		 417 aa  92.4  1e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2093  integrase family protein  24.73 
 
 		 400 aa  92  1e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0112  phage integrase family protein  27.93 
 
 		 413 aa  91.7  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.525516  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5073  hypothetical protein  38.46 
 
 		 159 aa  91.7  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3658  putative bacteriophage integrase  27.11 
 
 		 444 aa  90.1  5e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.626735 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3724  putative integrase protein  39.66 
 
 		 143 aa  89.7  8e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0022  shufflon-specific DNA recombinase  32.18 
 
 		 375 aa  89  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3853  integrase family protein  36.08 
 
 		 500 aa  89  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1271  integrase family protein  35.71 
 
 		 331 aa  88.6  2e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.828065  normal  0.193617 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1556  site-specific recombinase, phage integrase family  35.71 
 
 		 331 aa  88.6  2e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3995  phage integrase family protein  33.71 
 
 		 415 aa  87.4  4e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000158235  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2069  phage integrase  30.59 
 
 		 359 aa  87  5e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.244007  hitchhiker  0.000737798 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2809  integrase family protein  33.58 
 
 		 338 aa  85.5  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3048  integrase family protein  29.86 
 
 		 374 aa  85.5  0.000000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2564  phage integrase family protein  33.51 
 
 		 417 aa  85.5  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.326638  hitchhiker  0.000921348 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1679  phage integrase family site specific recombinase  34.13 
 
 		 356 aa  84.7  0.000000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.229259  normal  0.0687632 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>